正史中司马迁只有出生年：公元前145年（汉景帝中元五年），无卒年记载。后世传说不一，有说被武帝所杀，右说是自杀，那么司马迁究竟是死于什么情况呢？分析如下：
第一，被武帝所杀。
据东汉《汉书旧仪注》（卫宏著）记载：“司马迁作景帝本纪，极言其短，及武帝过，武帝怒而削去之。后坐举李陵，李陵降匈奴，故下迁蚕室。有怨言，下狱死。”就是说，司马迁因写《孝景本纪》揭露了景帝的短及武帝的过，使武帝怒不可遏，于是借司马迁为李陵辩护一事而处治他，被阉出狱后，又因有怨言，而再度下狱处死。
正史《汉书·司马迁传》（班固著）也记载了司马迁的死因是“以迁之博物洽闻，而不能以知自全，既陷极刑，幽而发愤，书亦信矣，迹其所以自伤悼，《小雅》巷伯之伦，夫唯《大雅》既明其哲，能保其身。难矣哉！”即班固隐晦地哀叹司马迁未能保全自己的性命。
近代学者郭沫若提出司马迁之死有被武帝二度下狱致死的说法，郭沫若据《盐铁论·周秦篇》（桓宽著）所载：“一日下蚕室，创未瘳……出入宫殿……食大官享赐……故或载卿相之列，就刀锯而不见悯。”就是说司马迁第一次入狱，处以腐刑（下蚕室），出狱后当上中书令，后又再度入狱终至处死（“就刀锯”）。
至于再度下狱的原因，有人认为是因为武帝不满司马迁写《孝景本纪》及《武帝本纪》的实录，然后借巫蛊之祸处治他。因为《汉书》有载，武帝晚年的“巫蛊之祸”连坐处死了不少人，包括士大夫在内。司马迁性刚言直，必然对当时武帝犯下的这一大过失有所针砭，所以被害。
有人认为是司马迁给任安写的《报任少卿书》对武帝的抱怨和隐指，而被武帝杀害。试想《报任少卿书》是司马迁对武帝血泪的控诉。武帝岂能容忍他向一个死囚犯指控自己，所以自司马迁写《报任少卿书》之后，司马迁就神秘地失踪了。
第二，自杀说。
司马迁自杀的可能性是比较大的，其《报任少卿书》中司马迁就对挚友任安如泣如诉地表明，自己受了奇耻大辱，之所以还苟活，就是为了要完成史书的撰写。
司马迁说：“悲莫痛于伤心，行莫丑于辱先，诟莫大子宫刑。”认为自己已受了天下最大的耻辱，成为了“与宦官为伍”的人，只要想起这些，就“汗未尝不凉背沾衣也”！
司马迁说他之所以忍辱苟活，就是为了要完成《史记》的撰写。
他的千古名句：文王拘而演《周易》，仲尼厄而作《春秋》；屈原放逐，乃赋《离骚》；左丘失明，厥有《国语》；孙子膑脚，兵法修列；不韦迁蜀，世传《吕贤》；韩非囚秦，《说难》、《孤愤》；《诗》三百篇，大抵圣贤发愤之所为所作也。也表明他活着的目的是为了完成史书。现在书已写成就没有再生存下去的必要。
司马迁认为：“人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛。”现在自己自从遭了祸后，“重为乡党所笑，以污辱先人，亦何面目复上父母丘墓乎？”
再加上司马迁从来最重气节，年轻时就在泪罗江为屈原之死而痛哭，他写的《史记》中也以大量篇幅讴歌前人的气节，这就是说，司马迁一旦完成《史记》就没有再生存下去的欲望。所以司马迁自杀的可能比较大。但是书还没有出版，司马迁还不应该去死，这就是说司马迁还有另外的原因促使他必须速死，那就是第三种原因。
第三，被逼自杀。
被逼跳河，这是本书给司马迁安排的结局。理由何在？
司马迁受宫刑后所以苟活的原因，在其《报任少卿书》中已经骂得很清楚，是为了完成父嘱写史书，书虽然完成了，但尚未出版，那他是不可能就去死的。但为何匆匆而死，肯定是有人相逼。
那么是谁逼他的，当然是汉武帝。因为武帝病重，所以非常关心自己身后的历史记载，就逼迫司马迁按旨修改，但司马迁坚持要实录，致武帝不满，于是为保名节，只有以死相抗。
另一原因是司马迁《报任少卿书》到了武帝手中，使武帝下决心处治他，所以司马迁不得不托人把副本藏于名山，然后自己匆匆出逃后跳河自杀。
黄河龙口是司马迁出生的地方，所以司马迁在被君王所逼的情况下效法屈原投江，用生命捍卫历史的真实，就成为了司马迁的最大可能。这也就是本书之所以安排司马迁投黄河的缘由。
另外，据《汉书》作者班固说《史记》缺十篇，这十篇只有目录无文字。《汉书·艺文志》载：“《太史公》百三十篇。十篇有录无书。”
《汉书·司马迁传》也载：“而十篇缺，有录无书。”三国张晏具体认为所缺十篇中包括《景帝本纪》及《武帝本纪》，如果真是这样，那么《史记》中的《孝景本纪》及《武帝本纪》就可能非司马迁原著，那就更可说明汉武帝当时的震怒，从而人们对司马迁的死因也就更有了清楚的了解。
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