桓武天皇时代，土地私有化日益严重，各地产生出大大小小的封建庄园来，严重影响到国家税收和天皇制集权统治，使得朝廷不得不进行一系列的改革措施，以挽救班田制的彻底覆亡。
为什么呢？因为虽然颁布了班田收授法，这项法令因为并不完全符合当时的社会生产状况，仍存在种种漏洞，最主要的就是，各大寺社仍保有寺社地，而很多 贵族也仍保有自己的封地〔位田、职田和功田等〕，这些寺社地和封地是不用缴税的。人口分布不均以及赋税沉重，导致很多百姓得不到授田或耕不起授田，遂被迫 进入寺社地或贵族封地，变成了新兴庄园中的农奴。
为了避免这种状况进一步扩大，奈良朝廷多次移民边远地区，开垦荒地。然而因为这些新开垦地的地权是属于国家的——养老七年〔723年〕就颁布“三世 一身法”，规定利用原有沟池新开的土地仍归开垦者一代所有，新修沟池开垦的土地则准许流传三代——所以开垦者积极性不高，“农民怠倦，开地复荒”。天平十 五年〔743年〕，朝廷被迫修改旧制，发布“恳田永世私财法”，等于打破土地国有制，允许部分土地的所有权归于个人。
既然有了私有土地，当然也就会产生土地兼并问题。于是，贵族、寺社凭藉权势和财力，大量圈占和收买土地，收容逃亡农民耕种——他们在自己的私地上派驻管理人，也即庄长，由庄长负责经营的田地就称为庄园。
桓武天皇无力逆历史的车轮运转，彻底解决庄园问题，他只能在力所能及的范围内搞点修修补补，暂时缓和一下社会矛盾，保证一下国家的税收。他所实行的 改革措施主要有：一，整顿吏制，设“勘解由使”一职以监督地方官吏；二，修正班田收授法；三，承认良民和贱民间的通婚，允许所生子女成为“良民”，以彻底 消灭奴隶制残余；四，部分改征兵制为募兵制；等等。
这些改革措施，无疑会遭到守旧派的反对，为了摆脱那些掣肘的家伙们，尤其是玄昉、道镜以来日益庞大的寺社势力，他在藤原种继〔藤原式家宇合之孙〕的倡议下，于784年离开平城京，迁都长冈京。然而延历四年〔785年〕九月，长冈新都还没修好，总指挥藤原种继却被人暗杀了。
桓武天皇大为恼怒，下令追查，不但揪出一批阴谋分子，包括大伴、佐伯等煊赫氏族的重要人物数十人，甚至还最终把矛头指向了自己的兄弟、东宫早良亲 王。早良亲王是否冤屈，没有人知道，总之他因此事被废黜太子之位，幽禁在道成寺中，没过一个月就绝食而死。死后次月，桓武天皇立自己的儿子安殿亲王为东 宫。
据说早良亲王留下了恶毒的诅咒，其后不久，天皇的皇后、生母和诸位夫人相继死去，伊势神宫也遭逢天火，全国很多地方暴发疫病。桓武天皇在长冈京呆不下去了，于是在794年接纳和气清麻吕的建议，再度迁都，是为平安京。
平安京南北约4.7公里，东西约4.5公里，基本架构和平城京很相似，也是北部中央为内里，城中由南北向的朱雀大街相隔为左京和右京，然后由平直的 多条横、纵向街道分割为数十个坊。桓武天皇在平安京四周建设了贺茂、松尾、稻荷等神社，东寺、西寺等寺院，却不允许平城京的旧寺社搬迁过来。
两度修建新都，那钱当然花得如同流水一般，不仅如此，桓武天皇还三次大规模用兵讨伐虾夷，才因为制度改革而积累起来的一点财富，又被他全都抛将出去 了。到了延历二十四年〔805年〕十二月，眼看朝廷财政就要崩溃，藤原绪嗣、菅野道真等人上书谏阻造宫和征夷，提出实行所谓“德政”，桓武天皇无奈之下全 盘接受了——这恐怕是回光返照，因为次年三月，他就呜呼哀哉，翘了辫子。
桓武朝有位名人值得一提，那就是首任征夷大将军坂上田村麻吕。此人的祖先据说是汉灵帝的子孙，称为阿知使主，因为曹魏篡汉而率七姓十七县人口经朝鲜 半岛流亡到了日本〔天晓得！〕。阿知使主的后人，曾被赐姓“东汉直”，分为坂上、路、桧前等许多支派，坂上家的坂上田村麻吕乃是一代名将。
从前任将派兵征讨虾夷，大都冠以“征东将军”、“征东大使”等名号。延历十一年〔792年〕，桓武天皇任命大伴弟麻吕为征东大使，率军东征，经过四 年的时间，获得大胜。其间，改征东大使为征夷大将军，，到了延历十六年〔797年〕，作为大伴弟麻吕的部将坂上田村麻吕也被封为征夷大将军——这是此一职 衔诞生的由来。
延历二十一年〔802年〕，坂上田村麻吕身为主将，率军四万东征，大破虾夷主力，收降虾夷大首领阿弓〔原字为弓下加一横〕流为，在北上川中游胆泽之地筑城，设镇守府以统治之。此后坂上田村麻吕的子孙大多出任奥羽地区的官员，显赫一时。
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