三代将军源实朝娶了前权大纳言坊门信清的女儿为妻以后，宫方和武方的关系看似非常亲密，因为坊门信清本是后鸟羽院生母七条院的弟弟，是本院最亲近之人，宫方很想依靠这段婚姻，把京都和镰仓联为一体。
一心想恢复皇族权力的后鸟羽院以为时机来到，于是向源实朝提出种种要求，诸如幕府停止向各地派驻地头等等，想要逐步将权力收归中央。实朝本人倒并不想违逆本院的意思，然而实际掌握幕府权力的并不是他，北条政子和时政毫不犹豫地驳回了本院的请求。
后鸟羽院一怒之下，心说你既然不肯归权，我就自己来干，他先逼迫亲幕府派的关白藤原兼实下台，然后又插手本该由幕府掌握的守护的补任权。这种种行为 遭到了镰仓方针锋相对的反弹，只可怜了夹在中间的实朝将军，他甚至一度想亲率六十名随员出访宋朝——反正幕府大事也不需要我说了算——因为新建大船不能在 镰仓附近下水方才作罢。
到了承久元年〔1219年〕元月，将军源实朝前往镰仓鹤冈八幡宫参拜，却就此一去不返，遭了刺客的毒手——刺杀他的乃是他的亲侄子，也就是二代将军 源赖家的遗子公晓。源赖家被害后，公晓在祖母北条政子的抚养下长大，因为深信父亲之死乃是叔父源实朝的阴谋，所以找机会刺杀了实朝。当时还有谣言说，其实 是北条义时煽动公晓谋害幕府将军的，因为将军最近的所作所为，颇有靠拢宫方，出卖御家人集体利益的倾向。
源实朝被刺杀了，凶手公晓及其兄弟禅晓也随即被捕处死，源氏幕府的血脉就此断绝——源赖朝杀光平氏，杀光自己的兄弟，他可料不到自己也会有绝后的一 天吧？按照日本传统的家族制度，血源并不是最重要的，如果家族血缘断绝，那就从别家过继一个来担任家主，只要维持家名不堕，家业不毁就行了。于是执权北条 义时希望挑选一位皇子来继任将军，这样可以使幕府的威信不降反升。
据说北条政子和后鸟羽院之间曾有过约定，如果将军家断嗣，就由后鸟羽院派一位亲王来入镇镰仓。可是后鸟羽院趁此要挟幕府，再提停派地头的事情，在再 次遭到拒绝后就推翻前议，坚决不肯让皇族入继镰仓了。在后鸟羽院想来，幕府不肯让步，则自己派亲王去镰仓也无法控制武士们，使他们屈服，反倒是送给了他们 一个合适的人质，这又是何苦来哉？
北条义时无奈之下，只好退而求其次，去向摄关家求告，最终商定由九条道家〔兼实之孙〕的第三子、年仅二岁的三寅就任新的幕府将军。这个叫三寅的孩子 的外祖母是一条能保和源赖朝的妹妹所生，七拐八绕也算是沾了点源氏的血脉，就这样，新将军继承了源氏代代相传的赖字，称为九条赖经。
幕府最终放弃了迎接一位“宫将军”的努力，转而向摄关家求援，这使后鸟羽院更为愤怒。于是承久三年〔1221年〕四月，后鸟羽院命令顺德天皇让位给 年仅四岁的怀仁亲王，随即于次月发动政变，派遣手下武士突袭消灭了京都守护伊贺光季。初战胜利，后鸟羽院得意洋洋，自以为得到上天庇佑，于是颁发院宣，号 召全国武士都站出来讨伐幕府执权北条义时。
得知这一重大消息后，北条义时非常惊慌，因为虽然拥护宫方的人数不多，但是如果天皇亲征，当御辇出现在敌阵前面时，幕府方的武士势必要摘掉头盔、扯 断弓弦，跪拜降伏。到那时，战不能战、退不能退的尴尬局面便会出现，召集起来的部队纵有百万，也要一哄而散，甚至因为形势所迫站到敌人一边去。
当天，北条义时、大江广元以下所有在镰仓的御家人都被北条政子召集到了一起。在众人到齐后良久，政子才缓缓走出，她流着泪动情地向御家人们讲起了过 去武士被贵族象狗一样呼来喝去的悲惨命运，讲起了先将军赖朝率领武士们披荆斩棘、建立起镰仓幕府的光辉业绩，指出武士只有团结在幕府周围才不会再次沦为贵 族的奴婢。在场的御家人都感动得哭泣了起来，最后大家横下一条心，决定为了保卫自己的政权而和朝廷战斗到底。
后鸟羽院拼凑了武士、僧兵一万七千人准备讨伐北条氏，而北条义时则采纳了大江广元速战速决的建议，以其子泰时为总大将，弟时房为副将，大军分为三 路，分别攻略尾张、美浓、三越，直逼京都。一路之上，各地的武士闻风而至，当到达京都时，幕府军已达十九万之多。据说义时说过这样的话：“先派十九万大军 供上皇御览吧，如果不够的话，我就再亲率二十万军势上洛〔日本古代模仿中国东汉，称京都为洛中〕！”
宫方部队不得不收缩防线，死守宇治、势多、淀等要隘。时值初夏，宇治川河水暴涨，宫方部队又毁坏了所有的桥梁，但这却无法抵挡幕府军的汹涌如潮之 势。在高昂士气的驱动下，大将佐佐木信纲第一个冒着如雨的箭矢纵马跃进浊流，泅渡过河〔当年源平合战时，他的舅舅佐佐木高纲也是这样纵马跃进宇治川，渡河 杀敌的〕，在其感召下，十九万幕府武士纷纷纵马跃进了宇治川，一举击溃了对岸的宫方部队。这次贵族叛乱历时一月，但决战只用了半天时间，史称“承久之 乱”。
北条泰时不费吹灰之力就杀入京都，占领了皇宫，在六波罗设下大本营。他不仅杀死和流放了大批敢于跟随后鸟羽院造幕府反的公卿们，没收了公家和在京武 士的领地赏赐给有功的御家人，还勒逼仲恭天皇退位，让后鸟羽院的侄孙、十岁的茂仁皇子继位，是为后堀河天皇。仲恭天皇在位仅七十七日，因为还没来得及正式 举行继位典礼，所以史称“废帝”或“半帝”。
北条氏当然不会放过这次造反的后台老板，他们逼迫后鸟羽院削发为僧，然后将其流放到西方的隐岐岛，顺德院则被流放去了佐渡岛，就连没有参与叛乱的土 御门上皇也难逃被流放的命运，他的目的地是四国的阿波。后鸟羽法皇在流放地又活了整整十八年，一直到延应元年〔1239年〕才病死，享年六十岁。
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