镰仓幕府内部为了争权夺势而纷争频仍，也算可以理解的，可是与此同时，权力已经大为萎缩，如同一镇诸侯般的朝廷内部也争斗了起来，想想却是极度可笑的事情。不过这番无聊的争斗却产生蝴蝶效应，最终颠覆了幕府统治，这倒是当时代人所始料不及的。
争斗的起源，是后嵯峨天皇。前面提到过，北条泰时平定上皇反乱后，拥立了后堀河天皇，到了贞永元年〔1232年〕十月，后堀河天皇病重，在幕府的授 意下让位给秀仁皇太子，也即四条天皇。这位四条天皇初登基的时候年仅二岁，还是个什么都不懂的小屁孩子，据说他顽皮透顶，十二岁那年在宫中走廊上撒了很多 石粉，想看宫女和近臣滑倒的样子取乐，结果自己也被滑倒，撞伤了头部，不治而亡。
朝臣们主张拥立顺德上皇的儿子忠成王继位，但遭到幕府执权北条泰时的坚决抵制。泰时一想，好，当年后鸟羽、顺德两院造反被我剿平，现在要立叛贼的儿子继位，故意想给我难堪吗？于是授意另立没有牵扯进反乱活动的土御门天皇的儿子邦仁亲王接班，这就是后嵯峨天皇。
后嵯峨天皇在位四年，让给自己的儿子久仁亲王，是为后深草天皇，自己仍然把持着朝中的权力。后深草天皇在位十三年，遵从父命，把皇位传给弟弟恒仁亲 王，是为龟山天皇。此后很长一段时间内，皇统就在后深草和龟山两位天皇的后代中轮替，因为后深草天皇的皇宫称为持明院，而龟山天皇的儿子后宇多天皇后来出 家大觉寺，故此这两个体系就被称为持明院统和大觉寺统。
两统迭立，是笔糊涂帐，光靠叙述谁都看不明白，不如让咱们来简单列个表格吧——
序数 天皇 系统 来源 在位年
第89代 后深草 持明院 后嵯峨天皇子 13年
第90代 龟山 —— 后嵯峨天皇子 15年
第91代 后宇多 大觉寺 龟山天皇子 13年
第92代 伏见 持明院统 后深草天皇子 12年
第93代 后伏见 持明院统 伏见天皇子 3年
第94代 后二条 大觉寺统 后宇多天皇子 7年
第95代 花园 持明院统 伏见天皇子 10年
第96代 后醍醐 大觉寺统 后宇多天皇子 21年
上皇反乱，幕兵入京以后，原本的皇室领地被切割、没收了七七八八，靠那点点收入根本就无法养活庞大的、没本事却会生养的皇室一门〔龟山天皇就有后妃 十七人，子女二十八人〕，全靠了幕府的捐助和卖官鬻爵，皇室成员才能勉强温饱。且说卖官鬻爵，那可是笔不错的生意，虽然乡下武士们粗鲁无文，不懂风雅，可 他们莫不喜欢获得朝廷赏赐个一官半职来光宗耀祖，根本不用给殿上人，给个六、七位的官职就能令他们兴奋莫名，主动献上大量钱财和吃穿用具了。
然而这些卖官鬻爵所得的资财，也包括幕府的捐助，一般情况下只有在位天皇及其直系亲属才有权享用，旁支皇族只能干流口水，很难分到一杯羹。想后嵯峨 天皇在位的时候，盗贼于光天化日之下冲入皇宫，抢掠内藏寮或阴阳寮，抢走天皇的衣服，甚至偷掘历代天皇的陵墓，把鸟羽天皇、天武天皇的坟墓都翻了个底朝 天。然而后嵯峨天皇本人在退位以后，却有资金在京西的龟山上修建宏伟壮丽的宫殿，两相对比，真是绝大的讽刺。
所以要想吃饱喝足，要想骄奢淫逸，就非得牢牢把住天皇的虚位不可，这大概就是两统迭立，兄弟子侄间矛盾重重的一个重要原因吧。当然，也不能排除幕府 为了削弱和控制天皇朝廷而在其中做的努力，皇统一分为二，公卿们不知所从，武士们倒是开心得不得了——御内人和御家人的矛盾，预示着北条幕府的倒台；大觉 寺统和持明院统的分立，则预示着国家的分裂。
就在这种背景下，文保二年〔1318年〕二月，大觉寺统的后醍醐天皇继位了。这位后醍醐天皇，一方面想把皇权牢牢地掌握在自己这一系统中，再不让 人，另方面也反感幕府的操控和播弄，想要起而反抗。他的所作所为，一如源平合战时的后白河法皇，也是拉一个，打一个，激化矛盾，混水摸鱼，但因此所产生的 乱局，也比一百多年前更为严重。
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