庆长二年（1597年）二月，丰臣秀吉调集了十四万大军，第二次大规模侵略朝鲜，这在日本历史上被称为“庆长之役”。
因为“永禄之役”实际上的失败，日本人吸取了部分教训，重新调整战略部署。首先，丰臣秀吉实施反间计，运用散播谣言等方法，使朝鲜李朝解除了李舜臣 的职务，并将其逮捕下狱——这种自毁长城的做法，历史上也是屡见不鲜的，朝鲜朝廷一定会为这种愚蠢行为付出代价，然而可怜的是，无辜的朝鲜人民也被迫要遭 到同绑连坐。
七月十五日，以“海贼大名”九鬼嘉隆为首，庞大的日本舰队偷袭了停泊在漆川岛的朝鲜水军。此时双方仍处于停战状态，加上接替李舜臣指挥舰队的又是元 均那个彻底的无能之辈，竟然误以为远远驶来的是日本的运输船团，等遭到猛烈的攻击，再想抵抗已经来不及了。战斗很快就结束了，朝鲜水军几乎全部覆没，日本 人就此掌握了制海权，随即运送大量物资和兵源在朝鲜半岛登陆。
而在明朝方面，自从去年谈判破裂以后，对于日军随时可能发动突然袭击就已经做好了心理准备。当年元月，朝鲜国王遣使入明，因为日本军队长期占据朝鲜 沿海釜山等地，而请求明朝再次出兵，将其彻底驱逐出去。于是二月间，明朝再起援朝之议，任命麻贵为备倭总兵官，开始集合人马，整备物资。三月，又任命山东 右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务，以侍郎邢玠代替石星为兵部尚书，总督蓟、辽、保定军务，协同御倭。
从这些人事安排来看，明朝并没有汲取第一次援朝战争获得惨胜的教训，邢玠等人的能力比宋应昌要差很多，而麻贵无论经验还是威望，也都比不上李如松，更重要的是，主要准备调动的仍是蓟辽等地善于平原作战的部队。
不过杨镐上任以后，立刻就给丰臣秀吉发了一道咨文，就其内容来看，明朝对日本的内情比过去已经有了较为详细的了解。咨文中嘲笑并且警告秀吉说：“你 已经六十多岁了，还能再活几年？你的儿子还不到十岁，要靠谁来辅佐？听说日本列岛的酋长们都在等待时机，好趁机起兵报仇，一旦祸起萧墙，加藤清正等人也会 个个都想当国王，谁肯屈居于你之下？将来又有谁肯屈居你儿子之下？”
然而这时候，丧心病狂的丰臣秀吉已经没有回头路可走了，他只能孤注一掷。朝鲜水军覆没以后，日本陆军立刻分兵两路北侵。左路由宇喜多秀家做主将，以 小西行长为先锋，率四万九千人沿宜宁、晋州一线向全罗道挺进，目标是重镇南原；右路军由毛利辉元做主将，以加藤清正为先锋，率六万四千人沿密阳、大丘一线 指向全州。日军步步为营，到处构筑日本式的城砦，以扼杀各地层出不穷的朝鲜义军。
日军的目标是稳固地占领朝鲜南部四道，然后左右两路大军合围京城。听闻日军开始行动的消息，朝鲜朝廷这才慌了手脚，匆忙于七月二十二日把李舜臣从狱 中放了出来，但仍不让他官复原职，而要其“白衣从军”，戴“罪”立功。李舜臣集合漆川岛海战中残留的舰船，只剩下十二艘而已，于是他暂时蛰伏，重新整合扩 充兵力，寻找时机再进攻日本水军。
日本陆军进展顺利，左路军先后攻克泗川、南海、光州，一直杀到南原城下。此时防守南原的只有明军和朝鲜官军各三千人，主将为明朝副总兵杨元，坚守数 日后，杨元见损失惨重，遂弃城而走。南原西北方就是重镇全州，守备全州的明将陈愚忠见南原失陷，也立刻向北撤退。此后不久，日军又攻陷了忠清道的金州、公 州等城。
就这样，开战仅仅两个月，朝鲜南方的全罗、庆尚、忠清三道就全部丢失了，京城再度裸露在日本侵略者面前。然而就在这一危急时候，扭转战局的仍是天神一般的大将李舜臣。
李舜臣重整朝鲜水军的基地，是在半岛最西南端的右水营，由此地再往西南，通过一道狭窄而水流湍急的海峡，就是珍岛，这道海峡就称为“鸣梁”。日军在 得知这一情报后，就于九月初派出以藤堂高虎为主将的三百三十余艘战船，并两万陆军，准备趁鸣梁涨潮的时候快速突入，全歼朝鲜水军。
李舜臣早趁退潮的时候，派人在海峡中设置了铁索和木桩，以迟滞侵入敌军的进退速度。等到十六日日军攻来，他先将许多民船伪装成战船，排列在水营后面 以迷惑敌军，然后亲率那十二条战船出而诱敌。一番大战，两艘日舰被击沉，日军主力直到退潮时候也没能靠近朝鲜水营。潮水向东退去的时候，日舰无法前进，原 地打转，李舜臣趁机发起猛攻，先后击沉被铁索和木桩拦住的三十多艘日舰，击毙日军四千余人。连三岛水军的大将得居通年、来岛通总兄弟也中箭而亡——通总是 这场战争中唯一被击毙的日本大名。
因为鸣梁海战的败北，加上明朝大军也已开入朝鲜战场，日军被迫放弃了合围京城的计划，收缩防线，后退到东南沿海的蔚山等地固守，打算熬过漫长的冬季，等到春暖花开再发动新一轮的进攻。
●蔚山之败
明军第一支开到前线的部队是副总兵解生所率的两千人，九月七日到达了稷山。稷山在忠清道重镇忠州西北，距离忠州大约是距离京城距离的二分之一，可谓 京南的门户。解生在稷山附近遭遇日本黑田长政和伊达政宗的一部兵马，激战中，杨登山等人也率援军赶到，将日军击退。同一时间，进攻青山的日军也被明朝参将 彭友德战败。
日本水军在鸣梁海战中惨败于李舜臣之手，陆军经过稷山、青山两战，虽然损失不大，但挫动锐气，被迫纷纷后撤。冬季到来的时候，日军大都退至朝鲜南部 沿海，凭藉预先构筑的日式城砦，打算严密防守，积聚物资，熬至明春再发动新的攻势。当时其基本部署是，由西向东，小西行长在顺天，岛津义弘在泗川，黑田长 政在梁山，加藤清正在蔚山。
为了打破对峙的僵局，明军策划发动了蔚山战役，准备先击垮位于最东北方的加藤清正，然后再将剩余敌军各个击破。这一策略本来颇有道理，然而入朝的明 军总兵力不过七万余，要对付超过十万的日本陆军，必须集中兵力击其一部，争取快速将其吃掉，可惜杨镐用兵却并没有那样雷厉风行。
当时杨镐、李如梅率左路军，麻贵、李芳春率右路军，高策明率中路军，三路合围蔚山，总兵力三万余。当时蔚山守敌兵力不过五千上下，大概杨镐认为以三万对五千，就可以稳操胜券了吧。
十二月二十三日，战斗正式打响。明游击摆寨首先率三千精骑前往诱敌，随即斩杀四百余人，突进攻克了蔚山。加藤清正被迫后退到地势更为险要的岛山，连 夜筑就三砦，抵抗明军的进攻。此时日军后无退路，抵抗得极为顽强，相反，杨镐则分明显得决心不足，深怕损失过大，于是打打停停，迁延日久。仗打到次年 （1598年）一月四日，小西行长、黑田长政、岛津义弘等将率援兵赶到，前部一万三千人绕至明军侧后方，杨镐大惊失色，首先驳马落荒而逃，麻贵看到主将撤 离，也立刻退兵，牵动全军，败得难看无比。
蔚山之战，日军损失近万，明军则估计在两万上下，辎重物资全都抛散。杨镐一口气逃回京城，越想越是担心，竟然和邢玠合谋串通，向北京发了大捷的伪报，并且声称明军损失只有百余人。
杨镐麾下的赞画主事丁应泰听说吃了败仗，跑去找杨镐，问他该怎样处理善后事宜，杨镐不但不自责，还拿出宰辅张位、沈一贯写来的信给丁应泰看，神情非 常得意。原来杨镐在出征前父亲死了，按礼法本该回家守丧，但朝廷正当用人之际，就“夺情”派他来朝鲜指挥战斗。宰辅们都觉得对不起杨镐，准备颁旨奖勉，旨 意还没有下，张位、沈一贯等人先写信来通知他这件事。杨镐的这副嘴脸使丁应泰恶心透了，于是愤而上书，把明军战败的真实情况汇报给朝廷。万历皇帝怒不可 遏，当场就要下旨砍杨镐的脑袋，多亏首辅赵志皋的保护，才暂时免去杨镐职务，改由天津巡抚万世德代为经略朝鲜军务。
万世德还没上任，此时身在朝鲜的明朝最高统帅是兵部尚书邢玠，这个人还算有点头脑，他知道兵力不足是无法打垮日军的，于是急忙从江南招募水军，通过 水路又运来了大批兵马。1598年二月，都督陈璘率广东兵、刘綎率四川兵、邓子龙率浙江兵，陆续赶到朝鲜战场——这些都是惯于山地步兵作战的劲旅。
这个时候，日军的部署是分为三路，东路为蔚山的加藤清正，中路为岛津义弘据泗川，西路为小西行长，占据粟林、曳桥等地，行长配下水军往来三处联络支 援。相应日军的三地拒防，邢玠也将明军分为三路，东路麻贵、西路刘綎、中路李如梅（后以董一元代之），加上陈璘所率水军，各守防区，相机进剿。
从蔚山之战以后，日明双方都暂时丧失了发动大举进攻的能力，因此一直对峙了大半年。直到当年九月，邢玠认为部队休整得差不多了，于是指挥水陆大军全 面挺进。他的计划是各部齐头并进，使得日军不能互相支援，认为这样就可以避免蔚山之败的悲剧重演。然而明军总数此时仍比不上日军，再分兵而进，还有机会对 敌军任何一部造成重大打击甚至是歼灭吗？
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