三吴成为东晋的战略后方，还有经济上的原因，这就是建康的粮食供应，建康以下长江两岸军队的给养，都要仰给三吴。
《舆地纪胜》卷七“丁卯港”注引《舆地志》：“晋元帝子哀镇广陵，运粮出京口，为水涸，奏请立埭。丁卯制可，因以为名。”案东晋琅邪王司马衷镇广陵，在建武元年（317年）六月至十月，丁卯埭即此年所开，今镇江市东南郊运河沿岸有丁卯桥，当是古丁卯埭所在处。广陵军粮，赖三吴所产，经运河北出京口运来。苏峻乱时，江南漕运断绝，因而据广陵的郗鉴“城孤粮绝”；而郗鉴过江后军在京口，得暂仰张闿自丹阳、晋陵就近供给米谷。苏峻扰三吴得手，粮食较充，故得以米万斛溯流供给豫州祖约。郗鉴就是根据这些情况，建议于曲阿一带立垒断苏峻三吴粮运。由此可见，三吴米谷，是交战双方赖以进行战争的物质基础①。
江南地方，由今苏南以迄浙东，今天都是产粮之地。但是在东晋，丹阳、晋陵还很贫瘠，产粮区在此以南的三吴。三吴开发潜力最大的地方，首推会稽，是三吴的腹心所在。据《三国志·吴志·钟离牧传》，会稽永兴（今浙江萧山）稻田，亩产至三斜之多。《晋书》卷七七《诸葛恢传》，恢为会稽太守，晋元帝语恢曰：“今之会稽，昔之关中，足食足兵，在于良守。”会稽有此条件，所以苏峻叛乱前夕，王导谋树外援，出弟王舒为会稽内史；而苏峻兵起，有挟持成帝东奔会稽以为久计的图谋；乱平以后，建康残破，三吴之豪也请迁都会稽。
由于会稽具有优越的经济条件，在南北对峙形势中又较安全，所以东晋成、康以后，王、谢、郗、蔡等侨姓士族争相到此抢置田业，经营山居，卸官后亦遁迹于此，待时而出。《宋书》卷九三《隐逸·王弘之传》载谢灵运与庐陵王义真笺曰：“会境既丰山水，是以江左嘉遁并多居之。但季世慕荣，幽栖者寡，或复才为时求，弗获从志……。”这样，会稽又具有特殊的政治地位，栖迟会稽的门阀士族人物，其动静出处，在政治上极具影响。
会稽郡除有这些作用以外，在军事上也有很大的重要性。据吴廷燮《东晋方镇年表·序》，东晋方镇，扬本畿甸，荆地分陕，徐曰北府，豫曰西藩。江、兖、雍、梁，亦称雄剧，益、宁、交、广，斯为边寄。这些州虽轻重不同，但都有都督刺史以为镇守，当时所谓“军州”。军州以外，以郡的地位而得列为方镇者，只有会稽内史一职。吴廷燮说：“会稽内史都督五郡军事，亦方镇也。” 五郡，即是会稽（治今绍兴）、临海（治今临海）、东阳（治今金华）、永嘉（治今温州）、新安（治今淳安）。
会稽本为郡，成帝咸和二年（327年）十二月，当苏峻初起兵时，东晋朝廷徙元帝子琅邪王昱为会稽王①，会稽乃改郡为国。大概言之，东晋一朝凡是东方有事，则会稽内史以居职者资望深浅重轻，分别带都督五郡军事、监五郡军事、督五郡军事衔，无事时除另有原因者外，一般不带。咸和二年十一月，以吴兴太守虞潭“督三吴、晋陵、宣城、义兴五郡军事”②，似为会稽内史督五郡军事职之滥觞。史籍可考的会稽内史带督五郡军事衔者，从王舒开始，前后共九人，具如下表，内史而不带都督军衔者不在此内。
始任年 资料出处
王舒 咸和二年（327） 《晋书·王舒传》
郗愔 咸安元年（371） 《晋书·郗愔传》
王蕴 太元五年（380） 《晋书·王蕴传》
王荟 太元十年（385） 《晋书，王荟传》
谢琰 隆安三年（399） 《资治通鉴》
刘牢之 隆安四年（400） 《资治通鉴》
何无忌 义熙元年（405） 《晋书·何无忌传》、
《建康实录》③
司马休之 义熙六年（410） 《晋书·司马休之传》
孔季恭 义熙八年（412） 《宋书·孔季恭传》
根据上表，参考其它资料，我们可以看到如下一些问题：
第一 王舒以后四十余年中，未见置都督会稽五郡军事，说明至少这四十余年中，会稽一带无大动乱，这反映了都鉴经营京口以后东方局势长期安定的成果。
第二 郗愔、王蕴、王荟出任此职，都另有原因，并非由于会稽五郡有事。郗愔居其职，出于桓温对于他让出镇京口的徐兖二州刺史地盘的酬答，反映桓、郗矛盾。王蕴居其职，出于谢安对于王蕴让出镇京口的徐州刺史地盘的安排，反映谢、王矛盾。王荟居其职，出于谢安不允许王荟出就江州刺史以壮桓冲声势而采取的一种妥协，反映桓、谢矛盾①。郗愔、王蕴、王苔三人在士族中属于谦退的人物，他们居此职，都是在其门户不甚得势之时执政者采取的权宜措施，并不反映东方局势有此需要。东方有此需要，是在谢琰任职以镇压东方农民起义之时，在王舒以后七十余年，这七十余年中，会稽五郡都是比较安定的。
第三 任此职者除东晋末年的刘牢之、何无忌以外，都是门阀士族人物，包括琅邪王氏（舒、荟）、高平郗氏（愔）、太原王氏（蕴）、陈郡谢氏（琰）、会稽孔氏（季恭）以及东晋皇族（休之）。其中除孔季恭外，都是侨姓士族。按居其职者的门望说来，与居扬州、荆州、徐州的人物相当②。
第四 东晋末年孙恩、卢循义军在会稽郡境活动时期，此职先由徐州刺史谢谈，后由北府主将刘牢之兼充。北府主将成分变化，由门阀士族出任变为次等士族的武将出任，会稽都督亦然。所以何无忌得援例为会稽都督。北府主将兼任会稽都督以后，东方诸郡逐渐不直接由朝廷而由北府就近控制，会稽都督的权事亦随之转轻。卢循退出会稽五郡地界以迄于刘宋建国的这段时间里，会稽的军事价值下降，其中当刘裕或其宗族居职京口之时，情况更是如此。《宋书》卷三《武帝纪》（下）永初二年（421年）正月，“罢会稽郡府”，吴廷燮认为即是罢置都督会稽军事一职，甚是。
第五 会稽都督最后任职者为南士孔季恭，亦有缘由。据《晋书》卷八五《何无忌传》及《宋书》卷五四《孔季恭传》，刘裕击卢循时，何无忌曾于元兴三年（403年）说刘裕于会稽山阴起兵，以讨伐建康的桓玄。刘裕谋于山阴土豪孔季恭（名靖，以字行，孔愉之孙），孔季恭劝刘裕待桓玄正式篡位时举义。《金楼子》卷六《杂记》：“孔静（即靖）居山阴，宋武微时以静东豪，故往候之。静时昼寝，梦人语曰：‘天子在门’。觉寤即遣人出看，而帝亦适至。静虚已接对，仍留帝宿。……贼平，京都以帝为奋威将军、会稽内史”云云。案此事《太平御览》卷一二八引《述异记》略同，唯多出孔静延入刘裕，“结交赠遗，临别执帝手曰：‘卿后必当大贵，愿以身嗣为托。’帝许之”诸语。由此可见刘裕与孔季恭定交甚早，孔助刘裕平定建康，功劳颇大。《南史》卷二七《孔靖传》，谓刘裕本欲于山阴起事，孔靖以路远止之。刘裕曾率军屡次出入山阴，得孔季恭赡给甚厚。以后，刘裕出于酬答旧谊，乃以孔季恭居会稽都督之职。不过到了这时，会稽都督已没有什么实际作用了。
第六 会稽五郡，在当时人看来确实自成一个区域，不但军事上如此。《世说新语·仇隙》：王羲之与王述情好不协，“彼此嫌隙大构。后兰田（述）临扬州，右军（羲之）尚在郡（会稽），初得消息，遣一参军诣朝廷，求分会稽为越州。”王羲之不愿屈居上述之下，乃作此请，说明会稽等郡有可分之势。此议在东晋虽未成为事实。但宋孝建元年（454年）割会稽五郡为东扬州①，实际上实现了王羲之先前之议。
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