庾楷以失豫州四郡，说王恭起兵，王恭又联络上游的殷仲堪与桓玄，同赴京师。鉴于上年起兵时殷仲堪观望误期，王恭乃先行举动，上表请讨王愉及司马尚之、休之兄弟。殷仲堪应期发兵，以杨佺期兄弟（兄广，弟思平，从弟孜敬）率舟师为前锋，桓玄次之，殷仲堪军继进。八月，杨、桓兵至溪口，江州无备，刺史王愉仓猝出奔临川，被桓玄偏师追获。王愉是桓温之婿，所以桓玄篡晋时犹以王愉为尚书仆射。元兴三年刘裕诛王愉，夷及子孙。王愉兄恺、弟国宝、弟忱，均先愉死。这样，太原王氏王坦之诸子作为司马道子的妃党，活动十余年后终告覆灭。
桓玄、杨佺期兵至石头，王恭所遣北府将刘牢之军据竹里，夹击建康。此时中枢权力已经转移至会稽王世子司马元显之手。王恭以门第傲物，既恃刘牢之的武力，又以部曲将薄遇刘牢之。司马元显利用这一矛盾，遣原为北府将的高素①说刘牢之倒戈。王恭败走被擒，与其子弟党羽俱斩。这样，作为孝武帝后党的太原王氏的王蕴一支，也告覆灭。
本书《论郗鉴》篇曾论及东晋门阀政治出现的两个基本条件，一是皇权不振，一是士族专兵。太元以来太原王氏活跃之时，孝武帝力图重振皇权，又图以司马道子的相权相辅，是皇权不振这一基本条件已在改变之中，或者说已有了改变的可能性。太原王氏二支之中，居京口重镇的王恭，兵力仰赖于并非门阀士族的刘牢之；先后居上游荆、江的王忱、王愉，也都无兵权在握，是士族专兵的这一基本条件已不存在。所以，代表门阀政治一个特定阶段的太原王氏两支的覆灭，实际上也是东晋百年门阀政治的终场。
太原王氏在东晋的政治作用消失了，东晋一朝的门阀政治从此结束。但是，司马氏政权的命运也处在风雨飘摇之中。政局山重水复，前路何在，什么力量将代之而起，孝武帝开始的振兴皇权的历史趋势是否还能继续下去，这一切，此时此刻尚不见端倪。
王恭死后，刘牢之代王恭居北府之任，北府重镇第一次落到将门出身的下层士族之手。刘牢之率北府兵至京邑以拒上游之师，杨佺期、桓玄、殷仲堪回军蔡洲，司马道子信左卫将军桓修（桓冲之子，桓玄从兄，尚简文帝女武昌公主）之谋，以桓玄为江州，杨佺期为雍州，黜殷仲堪为广州，而委桓修以荆州之任，居上游之核心。桓修说：“西军可说而解也，修知其情矣。若许佺期以重利，无不倒戈于仲堪者”（《殷仲堪传》）。由此可知，上游诸军存在重重矛盾，其军事实力的关键在杨佺期。殷仲堪初不接受朝命。但是，桓玄一则喜于江州宠授，二则喜于与荆州桓修为邻，所以意存观望，有接受朝命的可能。杨佺期亦在可否之间。但是桓、杨将士家属多在殷仲堪治下的江陵，殷仲堪命将士南归荆州，否则大军至江陵，将悉戮余口，以此胁迫桓、杨置朝命于不顾。这种复杂的利害关系，使得殷—桓—杨联盟又维持了一个短暂的时间。他们彼此以子弟为质，盟于寻阳，共拒朝命，不过盟主地位已由殷仲堪改属桓玄。此时，孙恩之众已起于会稽，上游之事朝廷已无力顾及。
隆安三年（399年），殷仲堪与杨佺期共谋袭击桓玄，反被桓玄分别消灭。桓玄并有殷、杨军力，独揽上游，对建康威胁甚大。只是由于孙恩之众横扫三吴，上游才得短期敛兵，未向下游发动攻击。
元兴元年（402年），司马元显讨伐桓玄，桓玄乘机举兵东下，至于姑孰，北府将刘牢之向桓玄投降。桓玄入京师总揽大局，刘牢之所领的徐、兖刺史亦为桓玄所夺。桓玄杀司马元显，流司马道子。刘牢之惧祸，拟奔江北，途中自缢而死。桓玄消灭了一切对手，并趁卢循主力泛海南下之机，于元兴二年十二月代晋为楚。
① 《北堂书抄》卷九○、《太平御览》卷五二九引。
② 《太平御览》卷八九二引。
③ 《太平御览》卷六六六引。
① 哀帝王皇后为孝武帝王皇后之姑，但哀帝在辈分上却是孝武帝之侄。可见东晋士族婚姻并不讲究行辈。庾冰妹为明帝皇后，而庾冰女又为明帝之孙废帝皇后。周一良先生《魏晋南北朝史札记》“婚姻不论行辈”条，以南朝事例说明士族婚姻不论行辈，甚是。不过这一现象六朝都是如此，不只南朝，也不只东晋，孙吴时已多有此等例证。六朝婚姻行辈错乱特多，我想士族通婚范围过于狭窄，可供选择的余地甚少，所以再不能拘泥于行辈了。
① 忱，《晋书》误为悦。
① 以青、兖二州刺史镇京口而不带徐州刺史，这是由于徐州刺史已为宰相司 马道子兼领之故。以下王恭以青、兖二州刺史镇京口，亦同此。
② 据《南齐书》卷一五《州郡志》（下），太元四年前秦陷襄阳后，桓冲避居 上明，“重戍江南，轻戍江北。”王忱刺荆州，始还治江陵。
③ 庾楷党于王国宝，见《晋书》卷八四《王恭传》；王国宝以庾楷为豫州刺史 在十五年八月，见《宋书》卷二○《五行志》（一）。
① 分见《通鉴》大元十六年九月及《世说新语·言语》“桓玄义兴还后”条。
① 东汉胡广屈从千梁冀，背弃与李固、赵戒共立长君之约，获讥于当世。《后汉书》卷七四《胡广传》谚曰：“万事不理问伯始（胡广字），天下中庸有胡公。”《通鉴》太元二一年胡注曰：“谓依违权奸之间以保禄位。”
① 关于天师道与晋末政治关系，下章有说。
① 高素出乐安高氏，世为北府将，事详下章。
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