因此，李三才被劾，顾宪成为他致书宰相叶向高申救。李的被劾起于工部郎中邵辅忠说他“大奸似忠、大诈似直”，有“贪、伪、险、横”四大罪；御史徐兆魁采取了同样的行动。于是一面李三才上疏自辩，也有人为他说话，一面是攻者不绝，而神宗一概不理，牵延数月，纠纷越闹越大。叶向高奏言：“三才已杜门待罪，宜速定去留。”神宗依然“不报”。此时顾宪成致书叶向高，称李三才廉直；在野名流致宰相的这一私函居然见于“邸报”，传播海内。此虽是异闻，而亦足见东林已隐操天下清议。
李三才的案子，最后的结果是：他自请罢官的奏疏“十五上，久不得命，遂自引去，帝亦不罪”，变成不了了之。但党争在这一案中已充分表面化，门户壁垒亦在这一案中充分形成。
顾宪成自谓：做京官志不在君父，做地方官志不在生民，“居水边林下，志不在世道，君子无取焉”！这是他在东林于讲学以外，“讽讥朝政，裁量人物”的理论根据。中国读书人的传统，以天下为己任，他有权这样做，也应该这样做；衡之现代民主政治的法则，更非有此批评的自由不可。但如实际干与政治，就是件非常危险的事，顾宪成为李三才一案开了一个异常严重的恶例。今天我们论明朝党祸，以为东林亦不得辞祸国之咎，主要的原因就在此。
在顾宪成时代，徐兆魁攻东林有言：
浒墅有小河，东林专其税为书院费，关使（按：指浒墅税使）至，东林辄以书招之，即不赴，亦必厚馈。讲学所至，仆从如云，县令馆谷供亿，非二百金不办。会时，必谈时政，郡邑行事偶相左，必令改图。
徐兆魁的话，在当时认为“恣意诬诋”，而至末流，却成事实。东林最后的领袖为张溥，学者称“西铭先生”，力量足以产生宰相：崇祯十四年周延儒复起，即是张溥的操纵。《明史》三百八《周延儒传》：张溥说延儒：“公若再相，易前辙可重得贤声。”其后诏起入京，“溥等以数事要之，延儒慨然曰：‘吾当锐意行之，以谢诸公。’既入朝，悉反（温）体仁辈弊政”。于此可见东林在政治上的影响力。英国有“影子内阁”，张溥此时，可谓“影子宰相”。
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清朝的皇帝正德外记玉垒浮云八大胡同红顶商人胡雪岩全传柏台故事三春争及初春景吕不韦清官册、假官真做李娃大浪淘沙李鸿章慈禧全传乾隆韵事粉墨春秋汪精卫恩怨江湖买命任公与刁间红顶商人胡雪岩董小宛丁香花李三才的案子，最后的结果是：他自请罢官的奏疏“十五上，久不得命，遂自引去，帝亦不罪”，变成不了了之。但党争在这一案中已充分表面化，门户壁垒亦在这一案中充分形成。
顾宪成自谓：做京官志不在君父，做地方官志不在生民，“居水边林下，志不在世道，君子无取焉”！这是他在东林于讲学以外，“讽讥朝政，裁量人物”的理论根据。中国读书人的传统，以天下为己任，他有权这样做，也应该这样做；衡之现代民主政治的法则，更非有此批评的自由不可。但如实际干与政治，就是件非常危险的事，顾宪成为李三才一案开了一个异常严重的恶例。今天我们论明朝党祸，以为东林亦不得辞祸国之咎，主要的原因就在此。
在顾宪成时代，徐兆魁攻东林有言：
浒墅有小河，东林专其税为书院费，关使（按：指浒墅税使）至，东林辄以书招之，即不赴，亦必厚馈。讲学所至，仆从如云，县令馆谷供亿，非二百金不办。会时，必谈时政，郡邑行事偶相左，必令改图。
徐兆魁的话，在当时认为“恣意诬诋”，而至末流，却成事实。东林最后的领袖为张溥，学者称“西铭先生”，力量足以产生宰相：崇祯十四年周延儒复起，即是张溥的操纵。《明史》三百八《周延儒传》：张溥说延儒：“公若再相，易前辙可重得贤声。”其后诏起入京，“溥等以数事要之，延儒慨然曰：‘吾当锐意行之，以谢诸公。’既入朝，悉反（温）体仁辈弊政”。于此可见东林在政治上的影响力。英国有“影子内阁”，张溥此时，可谓“影子宰相”。
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