“军统”和“中统”是国民党的两个最大的特务组织。其特务活动范围虽未正式划分，但各有中心任务。蒋介石认为，戴笠是黄埔军校学生，所用干部也大都是军校学生，专搞军事情报、监视国民党军队，以及为他排除异己，从事绑票、暗杀等一类活动，较为适宜；而“中统”在搞政治党派斗争以及文教界方面的活动较为熟悉。然而，军统头子戴笠，千方百计派人打入共产党内部进行破坏，想在反共活动中大显身手，争夺头功，为此，曾多次与“中统”发生摩擦。当时许多中统特务骂军统“不务正业”。
1938年，“军统”迁往重庆，选定中二路罗家湾原重庆市警察局警士教练所为局本部办公地点。后经几次扩建，成为一组庞大的办公和宿舍区。原来大门对着枣子岚垭，以后把大门开在中二路，原来的大门便成了后门。共占地二百亩左右。
旧的军统局二处，发展至1937年，直属工作单位已有六个区、二十余站、一百多个组队，在编工作人员，已达三千六百余人，拥有电台约二百座，分布在全国各地。控制和利用的公开单位，仅警察机关，就多达四十个以上。
军统局迁渝以后，戴笠呈准蒋介石，逐步调整机构，加倍扩大编制。开始时，内部设有四处四室，十六个以上的科，另有一个设计委员会，两个训练班，一个有系统的电讯机构。外勤设三十余个区站，约三百个工作组队。还有特务武装“忠义救国军”和一些难以数计的直属工作组。其基本工作人员，约有七千人左右。最多时，内部扩建到十个处。即：第一处为秘书处，第二处为情报处，第三处为行动处，第四处为电讯处，第五处为译电处，第六处为总务处，第七处为人事处，第八处为会计处，第九处为警卫处，第十处为训练处。此外，还有二十余个相当于处的室、区、组、委员会等机构。外勤区站及直接控制利用机构也随之不断增加。然而，军统机构从无固定，根据戴笠的需要，时多时少，随意变动，有时连人事部门亦难以掌握。
特务总队是专门担任军统内部、中美特种技术合作所和军统有关单位的武装警卫、便衣警卫，以及在各集中营担任看守和杀人刽子手的。它有三个武装大队、一个便衣中队和1个看守所。看守所设在重庆望龙门两湖会馆，是临时囚禁革命人士和违纪军统特务的地方。在这里审讯时便于使用各种惨无人道的酷刑。审讯完毕后，分别送进各集中营去长期囚禁或杀害。军统特务们称这个看守所为“小学”，因为戴笠把被禁闭的特务称作“修养人”。先经过这所“小学”，才能进到“中学”和“大学”里去长期“修养”。被特务们称为“中学”的集中营设在重庆磁器口小歌乐山北面的白公馆看守所。这是四川军阀白驹在抗战前修建的一所叫“香山别墅”的两层楼房，后被军统占用做看守所。叶挺将军就曾在这所房子里被囚禁过几年。1944年后，中美合作所的美国特务看中了这所房子，要做宿舍，戴笠便在中美所西端渣滓洞煤炭厂旧址另建了一些房屋，把白公馆的犯人全部移到那里。
白公馆后面洪炉厂山坡上，还有一些单独的平房，是囚禁个别重要政治犯的地方。
被军统特务称为“大学”的息烽监狱，是军统设在贵州息烽县阳朗坝的一所规模最大的集中营，可以囚禁四、五百人。中共四川省委车耀先、罗世文及马寅初等许多中共党员、进步人士都在这里被囚禁过。
另外，在西安冰窖巷还设有一个西北看守所。因当时在西北地区被捕的中共人员和去延安参加抗日的爱国人士很多，除了在胡宗南的青年训导大队、劳动营等集中营囚禁外，重要的都送进这个看守所。
这些看守所，除囚禁中共人员和进步人士外，还把军统违纪特务也送进去关在一起。这种混合囚禁，实际上是个阴谋。这样做既可利用特务们监视牢房内的革命人士，了解一些用酷刑拷打所得不到的情况，又给犯错误的特务一个立功机会。有的特务被判了长期徒刑，往往很快恢复了自由，并继续得到重用或提升，这便是在囚禁中替他们做了工作。当然这种事情并不多见。大多数忠贞不屈的革命者，是经过酷刑而不叛变的。中共四川省委车耀先、罗世文两位烈士被囚禁多年，特务们用尽了一切办法都没有收到效果。息烽监狱主任周养浩不得不亲自出马劝说，然而得到的答复是：“我不能出卖良心和人格。”那时候，只要在这些集中营关上两三年，没有一个不被折磨得身体残废或瘦弱不堪的。
1943年以后，为了加强军统在重庆的反共反苏活动，破例成立两个小组，由军统局局本部直接领导：一个是设在重庆水巷子一号的“特别侦察组”，另一个是“外事侦察组”。军统凡是加“特别”两字的单位，都是干些见不得人的勾当的。这两个组几乎完全由戴笠、毛人凤亲自指挥。特别侦察组的主要任务，是对付当时在重庆的中共许多组织，千方百计派人打进《新华日报》、新华书店，以及八路军和中共办事处等组织。当时监视中共在重庆的机构和负责人，本来已经有稽查处、警察局、刑警处、渝特区的重庆组、化龙桥组等不少公开和秘密单位，但戴笠还嫌不够，还要成立这个专门小组，亲自指挥。外事侦察组主要是对苏联驻重庆大使馆、塔斯社，以及商务代表团等进行侦察监视的。这个组名义上属于重庆稽查处，实际上一切工作、经费、人事，完全由军统局局本部国际科直接掌握，稽查处完全不能过问。它的专用化名是“毕孔殷”。
军统的外勤单位，除各省都设有省站外，还有一些区或特区，如渝特区、川康区、北方区、西北区、晋陕区、华南区、粤桂区、沿海区等等。除了区站外，还设有许多办事处，如滇缅办事处、桂林办事处、东南办事处、华北办事处、五原办事处、青海办事处、衡阳办事处、贵阳办事处，抗战胜利后又增加上海办事处、武汉办事处、北平办事处等。
海外地区的组织有：印度站和德里、孟买两个分站、缅甸仰光站、腊戍站、曼谷站、新加坡站、菲律宾站、海防站、西贡站、美国站、伦敦站、巴黎站等。
总之，军统局内勤工作的特务有一千四百多人。大部分都集中在重庆罗家湾局本部和磁器口乡下办事处。内勤和外勤最多时总共近五万人。当时每个外勤特务都有几个到几十个运用人员，若全部算起来就太多了。
军统局局长一职，由蒋介石指定侍从室主任贺耀组兼任，戴笠为副局长。但军统局实际上由戴笠负责，贺很少过问。从1940年起，改由戴笠任局长，下设总书记一人。毛人凤任总书记兼秘书处处长，代理戴笠处理一切公私文件，代拆代行。由于组织变化无常，人员调动频繁，所以其他处室及其负责人员均无固定，大致如：曾先后任情报处长的有郑介民、何芝园，副处长张炎元、曾庆集、黄天迈、鲍志鸿等；曾任行动处长的有唐纵，副处长赵理君；电讯处长魏大铭，副处长董益三；译电处长龚学诗；总务处长先后由刘芳雄、郭斌、杨隆祜、沈醉担任；人事处长王新衡；会计处长白星洲、徐人骥等；警卫处长王兆槐；训练处长周佛龙等。
从戴笠来说，由于归入军委会建制，经费有了着落，不必由蒋每月从特别费里支出。但是特务处的工作，他遇有重大问题，仍然直接去找蒋介石请示报告，一般问题，则自作主张。陈立夫、陈焯的局长、副局长头衔，在戴笠眼里不过是徒有其表，一钱不值。
陈立夫本来就看不起戴笠那一套粗鲁和穷凶极恶的做法，他认为特工应该处处讲究技术。现在戴笠的特务处隶属给自己指挥，可是自己又抓不住他，这使陈立夫更加恼怒，于是，他对戴笠处处予以抑制。在一处和二处的争吵中，他公开地站在一处一边，为徐恩曾撑腰打气。此时，由于一处的政治地位高于二处，许多政治上的便宜都让一处占先，戴笠显得无可奈何，私下里非常痛恨。但戴笠有蒋介石当大老板，陈立夫亦奈何不得。
在当时局内势力范围的划分上，局本部是双方面的人都有，但一处的力量占优势。争夺得最激烈的当数三处的力量。由于邮电检查活动是特工活动的重要内容，因而戴笠和徐恩曾都十分看重三处的力量，双方都投入很大精力进行抢夺，一时争得不亦乐乎，甚至为此大打出手。
国民党的邮电检查活动始于1931年九·一八事变后，由中央组织部调查科具体负责，企图从邮电通讯中发现线索，追捕共产党人和进步人士。结果有的特务甚至把同事、同学、朋友、熟人写给女友的信的内容当作笑料进行传说，可见达到了无耻而又无聊的境地。
自从成立以陈立夫为局长的军事委员会调查统计局以后，蒋介石同意将原先在各大城市秘密进行的邮电检查转变为公开的活动，并挂出了邮电检查所的招牌，由调查统计局三处主管。三处处长丁默村下台之后，由首都警察厅督察长金斌接替，两人都是由陈立夫一手向蒋介石保荐，与CC系关系很深。因此，各个城市的邮电检查所从所长到一般工作人员都是CC系特务占先，戴笠的特务只占十分之二三，最好的职位只能占一个被架空的副所长。戴笠在干部方面斗不过一处，自然在通过邮检获取情报方面要吃亏。各检查所凡有所获，照例先将材料送三处，然后转送局本部，但是三处的承办人是指导科科长应泽，他原是一处的人，结果，材料还没送到局本部，已先由应泽透露给一处了，一处也就据此抢先处理报送蒋介石，等到戴笠知道消息，已成了“马后炮”。戴笠有时找副所长核实什么情报，往往是一问三不知，气得大骂一通。戴笠手下的人被欺压到这种程度，其内心的仇恨也可想而知，所以一处、二处在邮电检查领域里的斗争异乎寻常地激烈，双方都告状告到蒋介石那里。正在这时，被戴笠抓到了一件可以置陈立夫于死地的黑幕，就向蒋介石告了一状。
1935年11月，国民党在南京召开第五次全国代表大会。会间，陈立夫利用CC系的力量操纵选举。选举的票数清点后，陈立夫竟然比蒋介石多四票。陈立夫是深知蒋的为人的，立即亲自在黑板上擦掉一个“正”字，所得结果只比蒋少了一票。事后，戴笠了解了全部经过，又搜集了CC系在会中幕后活动的种种情况，向蒋奏了一本。蒋介石看到陈立夫的地位已经威胁到自己的“最高”权威，当然不能容忍，就下令把陈立夫扣留起来。陈立夫在朝中经营多年，耳目很多，消息灵通，能上能下，躲入天目山“养病”，然后托了许多与蒋亲近的“重臣”向蒋说话，甚至动员了他的叔叔陈其美的妻子去说情。当时，陈其美的独生子学习驾驶飞机摔死了，蒋介石也为之惋惜不已。陈其美的夫人就向蒋介石哭诉说：“我的儿子死了，立夫就是我的儿子，他有多大胆子敢不听委员长的话，你难道忍心叫英士绝后吗？”陈其美是蒋介石的恩人，到了这份上，蒋介石不看僧面看佛面，也就原谅了陈立夫的“死罪”，但感到必须对陈立夫的权力和嚣张的气焰加以抑制。
于是，蒋介石开始有意识地削弱和抑制CC系特工的力量，下令把三处划归军事委员会办公厅主管，处长仍然是金斌。但随着形势的发展，安插在邮电检查部门的戴笠系统的特务不断伺机反扑。特别是唐纵从驻德大使馆回国后，向戴笠详细介绍了德国纳粹第二号头目戈林领导的一个专门窃听电话、破译密码四研究所每年监听电话和破译密码4万份以上，在巩固希特勒及戈林权力和地位的斗争中产生了意料不到的效果。
戴笠听了唐纵的介绍，喜形于色，发誓要在中国建立一个同样不逊色的研究所，并决心第一步不遗余力地把邮检处从CC手中夺过来。于是，戴笠一方面向CC发动凌厉攻击，与CC争夺邮检处的各级领导权，一方面向蒋介石不断揭露CC控制邮检处的黑幕，要求取得邮电检查的垄断权。不久，蒋终于下令邮检处划归戴笠领导，由戴笠派军统特务、黄埔一期生刘燔担任处长。戴笠自此更是扬眉吐气地对邮检部门大刀阔斧地进行改组，从处长以下到一般干部，逐步换上自己的人，而把CC特务一个一个地赶了出来。
为此，徐恩曾几次找戴笠进行交涉，戴笠则一味卖“牛皮糖”，敷衍搪塞。戴笠手下特务、重庆邮检所所长罗杏芳回忆起曾任南京电报检查所副所长受CC系特务欺压的情况，总是耿耿于怀地说：“CC分子还想从我这里得到情报吗？对不起，老子请他们吃CC（罗杏芳是湖南酃县人，湖南土话称尿为CC）。”可见戴笠手下的特务对CC系特务仇恨之深。
戴笠处处与CC系为敌，使CC系感到如鲠在喉，咽不进，吐不掉。CC系头子陈立夫深知蒋介石的一贯手法是要使两大特务系统互相掣肘，以利于其掌握运用，以防形成尾大不掉，权重震主。CC系的特务们有时与戴笠摩擦吃了败仗，陈立夫总是对特务们晓谕说：“人办事，要用脑筋。用脑必目有所见，耳有所闻。而且，耳与目不能只有一个，必须有双耳双目，才能兼收并蓄。因此，情报机关必须同时有两个、才能心明眼亮，决策无误。”“作为领袖的耳目，也应有两个，兼听则明嘛！”陈立夫清楚，蒋不会同意让CC系把戴笠的特务处吃掉，当然也不会同意让特务处把CC系的特务系统吃掉，双方的矛盾和斗争，只要不危及到蒋手中的权力和地位，蒋不但会默许，而且还希望有这种矛盾存在下去。
在这场斗争中，戴笠后来居上，开始立稳了脚跟。借力施威
1934年3月，蒋介石接到CC系分子的一份密报，说北平有敌对势力复东会的秘密组织。蒋介石对这个问题处理比较慎重，他召见戴笠，面授机宜，要他赴北平会同复兴社的另一个大头目、北平军分会政训处长刘健群进行调查。
戴笠有一个特点，就是腿脚勤快，当然这也是蒋介石喜欢他的一个方面。
受命之后，戴笠马不停蹄，立即赶到北平。
见到刘健群，略事寒暄后，戴笠马上问道：
“听说北平有一个秘密组织‘复东会’，具体情况如何？”
刘健群回答：“是有这么一个组织，名义上是收复东北，听说是一批流亡北平的东北人发起的。”
“据有人密报，这个组织表面上是要收复东北，实际上干一些对委员长不利的勾当，是不是这么回事？”戴笠压低声音说。
刘健群觉得事情严重，便很认真地说：“既然如此，那我马上组织力量调查一下。”
戴笠和刘健群奉命在北平进行了相当一段时间的周密调查，基本上弄清了事情的来龙去脉。
“东总”全称是“东北救亡总会”，东总成立之初几乎受到全国各界人士的支持，包括国民党内的诸多派系的支持。当时的背景是“西安事变”的“和平解决”，制止了罪恶滔天的十年内战，并为实现全民抗战开辟了道路。但是，全国人民鉴于日寇侵略，民族危机的深重，因而要求实行抗战的浪潮日形高涨。
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