CC系与陈诚矛盾也很大，陈诚当时担任“行政院长”，CC系控制“立法院”。“行政院”通过的行政法令必须经过“立法院”才能生效，本来“立法院”也就是一个橡皮图章，而二陈为了控制陈诚的力量，多方制约，使陈诚大为恼火，斗争激烈的时候，陈诚要求将陈立夫抓起来，送火烧岛监禁。蒋介石依赖陈诚，对陈立夫自然也是深恶之。
更重要的是，蒋经国当时已经逐渐控制了特务系统，在蒋介石的接班顺序中，蒋经国还要控制党的系统，二陈是老资格，又是蒋经国的兄长一般人物，二陈不去，蒋经国在党务系统难以开展工作，蒋经国本来对二陈就没有好印象，现在终于是消除二陈影响的时候了。
1950年国民党中常会开会，决定原有的全部中常会委员自觉辞职，让总裁对国民党进行改造，并派于右任、居正等去请蒋介石出席中常会。蒋介石先见陈果夫，当时陈果夫已经病入膏盲，没有几天活了。蒋介石问二陈：“你们弟兄俩跟着我这么多年，没有想到会被共产党赶到这海岛上来吧？”
陈立夫不知道蒋介石的意思，只好顺着话说：“确实没有想到今天这个局面，惭愧了！”
蒋介石又问道：“不知道你对我党的改造现在有什么考虑？”
陈立夫想了片刻才说：“我是认为，大陆失败，党、政、军三方面都应有人出面承担责任。党的方面，当然由我和果夫承担。我俩就不适宜参加党的改造了。”
陈立夫本来是准备投石问路，以退为进，哪知道蒋介石顺坡赶驴，果然让二陈下台了。
7月，蒋介石宣布了由他指定的中央改造委员会及中央评议委员会名单。中央改造委员会中有10人原来在国民党党中是名不见经传的人物，5人曾经当过蒋介石的侍从秘书，这些人都同蒋经国和陈诚关系非常密切，平均年龄只有48岁，是国民党的最高权力机关，也是国民党到台湾之后最年轻的领导班子。在这个机构中，蒋经国成为核心人物，而过去的陈立夫完全靠边站了，连陈果夫也只是在安慰性的中央评议会中挂了一个名而已。
蒋介石通过国民党改造委员会的设立，将一些年纪轻资格浅的人组合进来，对以前党政军界的老资格人员，则给予象征性的位置，基本予以冻结，使他们成为蒋介石的表决机器。
大陆时期叱咤风云的何应钦，一直是仅仅次于蒋介石的军界要人，到台湾后，自称要“闭门思过”，蒋介石给了一个“总统府战略顾问委员会”主任一职，好像很重要，实际上只是一个咨询机关，何应钦宦海风波几十年，对蒋介石的意图和了解，连咨询都懒得做，闭门在家“著述”。但蒋介石有时要何出来应付一下场面，所以何参加了“世界道德重整运动”，何跟共产党斗了几十年，败了几十年，现在觉得需要从“道德”角度再跟共产党较量，对这个运动十分热心。何应钦到日本留过学，跟日本上下关系很好，在抗战结束后，对日本俘虏礼遇有加，因而在对日“外交”上有特长，蒋介石要求他紧跟日本要人联系，尽力展开对日“外交”。何应钦虽然事情很多，但做的是闲职，不能对台湾政治产生什么实质性影响。
阎锡山是蒋介石的把兄弟，也是民国政坛风云几十年的人物，到台湾之后，无法得到蒋介石的重用和信任。在蒋介石复职之后的第五天，就免去了他的“行政院长”职务，由陈诚替代。阎锡山这个政治老油子，知道在台湾跟大陆不同了，在大陆他有山西这个老巢，现在则是看蒋介石脸色行事，多年的政治风浪使他非常明了自己的处境，在免去“行政院长”职务之后，立即去阳明山，用石块堆了一个种能洞，埋头著述，要以文字传天下。蒋介石看到这个老朋友兼老对手，很明白自己的意图，对他当然是尊敬有加，经常去看望他，而阎锡山也不辜负蒋介石的“重望”，在“种能洞”写书，为蒋介石对抗大陆服务。为了继续参与政治，阎锡山还多次出席蒋介石主持召开的各种重要会议，除按照蒋介石意见，大力鼓吹反共之外，阎锡山没有别的意见。
在“种能洞”呆了几年，阎锡山果然“著作等身”，出版了十几种书，包括：《共产主义的哲学、共产主义、共产党的错误》。《人应当怎样》《反共反什么，凭什么反共》、《收复大陆与土地问题》、《怎样胜过敌人》、《共产党何以中国文化为敌》等等，阎锡山为反共不遗余力，受到蒋介石的赞赏，蒋介石说：“中央政府率有阎院长锡山，苦心孤诣，撑持危局，由重庆迁至成都，复由成都迁移台湾，继续至当年3月为止，政府统绪赖以不坠者，阎院长之功实不可泯。”正当阎锡山废寝忘食著述反共理论之际，身体越来越差，1960年5月23日病逝。蒋介石为其致祭，并葬其于阳明山七星之阳。
白崇禧是桂系头目，也是蒋介石长期的政治对手，但在解放前夕，却听信了蒋介石的甜言蜜语，跑到台湾。当时中共领导人周恩来就说，白在军事上很在行，但在政治上是门外汉，他到台湾不会有好的结果。果然被周恩来说中，蒋介石非常讨厌桂系，桂系也与蒋介石斗了一辈子。之所以让白崇禧到台湾，主要是针对李宗仁。蒋介石在台湾稳定之后，给了白崇禧一个“战略顾问委员会”副主任的职务，还让其担任了“中国回教协会理事长”、“国民党中央执行委员”等名号，看起来很多，但实际上毫无权利。蒋介石还是对他不放心，在国民党第七次代表大会后，连原有的评议委员也给拿掉了，当时的很多老朋友很为白鸣冤，但蒋介石以含混的态度说：“健生，这个，这个，他的问题我知道。”此后就无下文了。
白崇禧没有权利，但人在屋檐下，还不得不为蒋介石服务，一旦蒋介石要拿李宗仁说事，白崇禧就得第一个站起来，支持总统。李宗仁跟白崇禧合作几十年，可谓比亲弟兄还亲，但在蒋介石淫威之下，只得听命蒋介石。郁郁之中，白崇禧1966年死去，死的时候全身发绿，怀疑为别人所害。
除阎锡山、何应钦、白崇禧之外，在大陆时候位置很高，但低于以上三人的，也先后被闲置冻结，逐渐失去了政治上的价值。例如胡宗南到台湾后，蒋介石给了一个“国防部战略顾问”的位置，实际上是不顾不问，汤恩伯也是顾问之一，但蒋介石因为陈仪一案对汤不信任，很少召见汤，后来汤发病，连动手术的钱都没有。胡和汤是蒋介石最信任的黄埔学生，看见这二人的命运如此，别人也不好再说什么了。
通过对国民党改造，提拔了一大批新人，又通过对国民党元老的整顿，国民党算是“焕然一新”了。少壮派逐渐占据上风，担任了实际的领导责任。在这些新人之中，大部分都是大陆时期默默无闻之人，他们在资历上和蒋经国一样，这就为蒋经国的核心作用奠定基础。过去，蒋介石有意让蒋经国担负更多的责任，但碍于“元老”的面子，蒋经国不好开展工作。现在经过大动乱淘汰清洗，不再需要顾虑内部的平衡和倾轧，蒋经国顺利成为少壮派的核心，蒋介石的接班策略取得了第一回合的胜利。
蒋介石在台湾为重建自己最高权力所作的努力，遇到了一些人事上的麻烦。他与台湾省主席吴国桢之间的矛盾和较量，即为显著一例。
吴国桢，字峙之，湖北建始人。早年就读清华大学，后获美国普林斯顿大学哲学博士，素有“民主先生”之称；先后曾担任过南京政府的汉口市长、重庆市长、外交部政务次长。上海特别市长，以及国民党中央宣传部长，1949年12月任台湾省政府主席兼保安司令。他本来很受蒋介石的器重和宠爱；但是，由于与蒋经国之间发生的一次又一次矛盾，使他与蒋介石的关系蒙上了一层阴影。1948年8月，蒋经国以“协助督导”的身份到上海执行严厉的限价措施，曾与时任上海特别市市长的吴国桢意见分歧，发生正面冲突。1950年，蒋经国、彭孟缉又为逮捕台湾火柴公司总经理王哲甫事，与台湾省主席吴国桢发生矛盾。蒋介石的贴身秘书周宏涛告诉吴，抓王是蒋介石的意思。吴仍不让步，曰：“大家都为蒋先生做事，上级命令，无违抗余地。但王案涉及到一个是非之争，是非是原则问题。此刻台湾既风雷震荡，敌人伺机而动，政府标榜民主法治，焉能言行不一。”结果，蒋介石将王由死刑改判7年徒刑；不过，吴与蒋氏父子之间的距离却愈拉愈大。经过此事，蒋经国、彭孟缉任意捕人的作风仍旧不改。他们曾令全省特务以户口检查为名，于一夜之间，逮捕398个，其中只19人有轻微的违警记录，后经吴国桢出面干预，方始予以释放。到1952年2月，吴终按捺不住，向蒋介石当面进言：“如钧座厚爱经国兄，则不应使其主持特务，盖无论其是否仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点。”蒋介石当然听不进吴氏之谏，不仅让蒋经国继续控制特务，且又于同年10月，任其为新成立的中国青年反共救国团主任。
事情的发展，远远超出了吴国桢的预料。1953年4月5日，既是中国传统的清明节，又是西方的复活节。吴国桢在台北士林官邸与宋美龄作长时间晤谈后，携夫人同车返回日月潭休养地。吴氏夫妇辞宋下山时，发现自己车子的驾驶员不在了，只得另请一名。途中吴夫人胃疼，不能继续于车内食“三明治”，便在台中无锡饭店用餐。其时驾驶员发现，汽车两只前轮的螺帽俱失。无螺帽，则插销极易丧失；无插销，则车轮不能转向。吴氏认为：此事与蒋经国有关，“弄手脚者将两螺帽用法做坏，看去似好，但走走则坏落”；“走直路时尚可勉强”，“若上山走曲路，则危险不堪言矣”。
对此，吴国桢深感惶恐。加之，吴氏与“行政院长”陈诚亦素不相合。他遂于1953年4月以“健康欠佳”为由，辞去台省主席职务，仍留“行政院政务委员”和国民党中央常委身份，5月飞美“养病”。
11月，美国副总统尼克松来台访问。蒋介石向尼氏寻求美援。尼克松说：“中国政府似不需要过多的美援，因为中国官员在国外存有大批款项。”他并告以吴国桢在美国银行存有50万美元的事实，美联邦调查局与国会均有此项调查记录。尼克松离台后，蒋介石追查吴氏之巨额外汇存款事，首当其冲者为“总统府秘书长”王世杰。王似有难言之隐，蒋于震怒之下，斥王“蒙混舞弊”，将其免职。
1954年1月初，蒋介石收到吴国桢通过国民党中央党部秘书长张其昀转致的有关巨额外汇案的函件。吴要求蒋“转知政府对所传彻底查明，公布真相”。中旬，张其昀向吴转达了蒋的答覆：“外间流言，原属毫无根据，兄可不必介意。”但在此前，吴已将一份“辟谣启事”交驻在台北的父亲联系登报。蒋介石得知此举后，表示“此事已经证明”，“不必登报”。吴国桢以“含冤莫白”，分别呈请“行政院”、国民党中央党部，坚辞“政务委员”、中央常务委员两职。1月29日，吴在纽约《民气日报》以公开信形式谈及辟谣事；接着，台湾《中央日报》刊登原送“启事”，并由张其昀函告：“前次总裁指示不必登报，纯出于爱护之意，以为此类无稽之谈，不必与之计较，今兄在纽约侨报既有公开信谈及此事，此间自亦无妨同时发表也。”吴氏在“启事”中宣称：“此次来美，曾经由行政院陈院长批准，以私人所有台币向台湾银行购买美金五千元，作为旅费，此外并未由政府或政府中之任何人员批准拨给分文公款”；自去年10月起，居住于伊利诺州艾凡斯登城一座公寓旅舍中，“房屋二间另一小厨房，内子执炊，桢自洗碗”，“为国服务三十余年，平生自爱，未曾贪污，在此国难当头之际，若尚存心混水摸鱼盗取公帑，实际自觉不侪于人类”。
与此同时，吴氏在美国还通过新闻媒介，公开表示：他之所以离开台湾，是由于“健康”和“政治”两个原因，“因为我主张台湾民主化，而别人则认为反共须用共产党的手段”；他深信，“目前的政府过于专权”。
对于吴国桢的批评，蒋介石当然不能容忍，也组织了有力的反击。“立法院长”张道藩首先发难，于2月26日、3月4日和12日，三次就此在“立法院”会议上向“行政院”提出质询。3月17日，“国民代表大会”通过临时动议：“吴国桢身为现任官吏，在美竟发表荒谬言论，诋毁政府，迹近叛国，应予严厉制裁。”该议案要求“政府”：明令撤免吴政务委员职务；彻查其在省主席任内之各种不法行为，依法究办；饬令吴迅即回国，听候查办。蒋介石于同日发布了将吴撤职查办的命令：
查该吴国桢，历任政府高级官吏，负重要职责者二十余年，乃出国甫及数月，即背叛国家，诬蔑政府，妄图分化国军，离间人民、政府及侨胞与祖国之关系，居心叵测，罪迹显著，应即将所任行政院政务委员一职，予以撤免，以振纲纪。至所报吴国桢，前在台湾省政府主席任内，违法渎职情事，并应依法彻查究办。
同时，国民党中央改造委员会决定，开除了吴国桢党籍。
通过修改“临时条款”，蒋介石不仅第三次当选“总统”，还获得了当“终身总统”的“法律保障”，本该高兴一阵子。可这时台湾政坛上一股长期存在的不利于蒋介石独裁统治的暗潮却活跃起来，使他大伤脑筋，以至最后以极端手段解决问题。这股政坛暗潮的代表是雷震和他主持的《自由中国》半月刊。
雷震系国民党元老，1917年即在日本由张继等介绍加入国民党。1935年国民党“五全大会”上当选为“中央监察委员”，抗战期间任国民参政会副秘书长，抗战胜利后曾任“政治协商会议”秘书长，是国民党内的开明分子。到台后，曾任“总统府国策顾问”和“国民党中央改造委员会考核设计委员会委员”，负责与滞留海外的“第三势力”联络。使雷震扬名台湾内外的是他长期主持的政论性刊物《自由中国》。《自由中国》半月刊于国民党大陆失败前即由胡适与雷震等人筹办，由胡适为发行人，雷震实际主持的。杂志取名《自由中国》，意在效仿当年戴高乐的《自由法国》，1949年11月20日在台正式出版。
《自由中国》是一群受西方自由民主思想影响较深的人办的刊物，他们在“反共抗俄”问题上与当局有共识，但又不满当局的政治经济措施，希望建立西方的“自由民主的社会”，用胡适的话来说，即要把刊物办成当局的“诤友”。
《自由中国》本其宗旨，创刊以后不断有批评当局腐败的言论，台湾当局虽然恼火，可限于时局，对其采取“容忍”态度，以博取美国的好感。
待到台湾局面稍稳，蒋介石地位巩固之后，蒋介石便越发觉得《自由中国》的言论刺耳，必欲除之而后快。
1954年，《自由中国》上发表了一篇名为《抢救教育危机》的读者来信，抨击当局教育政策的失误。“蒋中正闻之勃然大怒，说开除雷震党籍好了。”有人说雷震“没有归队，等于没有党籍”，蒋介石愤愤地说：“没有党籍也要开除。”这样，1954年12月28日雷震被“注销党籍”。
被开除党籍的雷震不惧怕高压，无丝毫改弦更张的意思，反意欲同当局对抗到底。《自由中国》的矛头所向，也由一些具体社会问题转向了“反攻”、“法统”等国民党当局不许讨论的“禁止”，甚至指向蒋介石本人。
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