2002年2月，吴敬琏有了一项新的工作——他被中共中央和国务院国家信息化领导小组聘任为国家信息化专家咨询委员会副主任，兼政策规划专门委员会主任。这样，他的研究领域不能不扩展到经济的长期发展，即宏观经济的长期问题上，为此，需要阅读大量的理论书籍和各国的研究报告。好在吴敬琏从来就是一个科学技术迷，在这个领域内读书补课钻研，倒也不算困难，而且很有乐趣。
时间转入2003年10月，吴敬琏撰写的《当代中国经济改革》一书出版，受到市场欢迎，不到3个月就销罄加印。此书可谓是吴式改革理论的集大成，吴敬琏对此期许很高，日后确实也得到了海内外学界的重视，被认定是运用现代经济学的分析工具考察中国改革的扛鼎之作，国内诸多高校以此为基础教材。境外也陆续出版了英文版、日本版，台湾和香港还出了繁体字版。
也就在这时，吴敬琏的目光不得不再次回到宏观经济的基本面。
经济过热的景象从2003年的第四个季度就开始冒出苗头。1998年东亚金融风暴之后采取的宽松的宏观经济政策的后续效应开始显现。“中国制造”与地产热，直接营造出一个内外俱旺、无比繁荣的经济景象，与此伴生出现的，便是对上游能源的空前饥渴。各种原材料及能源因紧缺而价格一路飞涨，特别是水泥、钢铁的价格到了“一月三价”的地步。在长江三角洲一带甚至流传着“五个一”的说法：“生产一吨钢只需投资1 000万元，生产设施只需一年建成，一年可达产，一年就可收回投资。”这种疯狂的投入产出效率，听来近乎传奇。利益驱动投资，2002年，全国钢铁行业的投资总额为710亿元，比上年增长45.9%，2003年，这个数字达到了1 329亿元，增长96%。与钢铁行业类似的是，电解铝的投资增长了92.9%，水泥投资增长121.9%。就这样，在2003年年底，中国经济和产业结构迅速向重型化方向推进。
于是，在经济界和政府内部展开了一场持续多年的热烈讨论，主题是那么的似曾相识：宏观经济是否出现过热和应否采取降温措施？
2003年10月21日，在国务院经济形势分析会上，吴敬琏做了题为“当前经济形势的分析与展望”的发言，他将当时的观点分为三种。第一种观点肯定宏观经济出现了“过热”，主张采取适度从紧、相机微调的总量政策，防止进一步“过热”造成大起大落的经济波动；第二种观点认为，当前货币供应适合于增加内需和抑制通货紧缩的需要，投资增长只会带来效益，而不会造成“过热”，“气可鼓不可泄”，对增长的积极性要保护好，不必也不应踩动刹车；第三种观点，可能也是政府方面的主流观点认为，经济出现了局部“过热”，但还不能说是“全面过热”，政府应当采取的政策不是对货币供应进行总量控制，而是“有保有压”，进行结构调整，在扩大“偏冷”部门需求的同时，加强对“过热”部门的项目审批和投资控制。
吴敬琏明确表示，自己持第一种观点。他说，自1999年之后，决策当局采取了适度扩张的货币政策，使得货币供应量逐年上升，到2003年的第二季度以后，货币供应和银行信贷的增长速度都在20%以上，这使得经济变得越来越“热”，各种资源瓶颈突现。更让人担忧的是，目前总需求的增长过快，是由政府主导的投资“过热”拉动的。他警告说：“如果听任投资加速扩张，一旦资源短线支持不住，就会出现市场崩溃、大量产品卖不出去的情况。于是，经济就由‘过热’急速转变为‘过冷’，这就是‘大起’必有‘大落’的道理所在。”
不过，吴敬琏的这种意见在决策层和经济学家中都不占主流地位。据吴敬琏回忆议，直到2004年年初，第二种意见都是占优势的。到了2004年四五月间，第三种意见成了主流，国务院的几个部委联合发出通知，对几个过热的行业的投资进行了控制。主流传媒也发表文章，论证在中国条件下主要使用行政手段进行“宏观调控”的必要性。与此同时，从2003年下半年开始的用巨额资本和资源投入重化工业以拉动本地经济增长的做法，成了全国许多省份的共同选择，各地纷纷有了从轻工业向重工业转型的愿望与趋势，一个“重化工业化时代”的潮流迅猛地席卷而来。而理论界似乎也对之形成热烈的呼应之势。《经济日报》发表的一份《新型工业化道路研究报告》便是最生动的例子。更有媒体宣布：“现在，政府、学界和企业界显然已经取得了这样的共识：重化工业化是中国经济不可逾越的阶段。”
2003年12月1日，《经济日报》全文刊发了一篇国务院发展研究中心“新型工业化道路研究”课题组的研究报告《我国工业化进入新阶段》，它在回答中国经济是否已经发生过热的问题时说：“中国当前经济既不是总体过热，又不是局部过热，也不是没有新特点的正常发展，而是中国工业化已进入以重工业重新大发展为主要特点的历史新阶段。”这篇报告援引德国经济学家瓦尔特·霍夫曼的论点，认为“每个国家的经济发展都要经历一个重工业化阶段”。这是一个对宏观经济长期趋势作出的大判断。而更引人瞩目的是，这份报告的署名人是发展研究中心的“新型工业化道路研究”课题组。吴敬琏知道，当时许多国务院的职能机构和咨询研究单位都开始了对2005年就要制定的第十一个五年规划（2006~2010年）的研究。这一预研究的一项重要课题，就是什么是“新型工业化道路”和怎样走“新型工业化道路”。因此，这份报告提出的观点，将会影响“十一五”方针的制定。
有意思的是，这份报告的执笔人是吴敬琏的博士研究生，国务院发展研究中心产业经济研究部的研究员李佐军。
2004年春节那一天，吴敬琏与他的学生们欢聚一堂。大家的话题自然而然就转到了中国经济发展方式与道路的选择问题上。李佐军正好也在场，他兴致勃勃地向大家报告了自己2003年的工作成绩，也涉及他执笔的那份报告的观点，不料他关于中国经济已经进入“重化工业化阶段”的论点，却遭到一些同学的批评。他们认为课题组的论证不周密，其一，“每个国家的经济发展都要经历一个重工业化阶段”，并不是现代发展经济学的公认定理；其二，用短期间的数据——中国的工业经济在国民经济中的比重从2000年的51.8%飚升到57.3%，并不能证明这是一种长期的正常趋势；其三，用工业内部结构的变化——在过去3年内重工业的增长速度高于轻工业，也不能证明重工业已经成为整个国民经济的主导产业。
吴敬琏颇有兴致地旁观学生们的讨论，当时并没有发表自己的意见。
事实上，学生们所热烈讨论的，正是过去几年里，吴敬琏一直在思考的命题：中国应该选择一种怎样的经济增长模式？让他感到忧心忡忡的是，进入新世纪之后，在GDP的压力下，几乎所有的省份都把“经济重型化”视为发展的“必由之路”和“必经阶段”，甚至连一些市场元素最为活跃的地区和省份也提出了“经济重型化”的要求。
据吴敬琏回忆：“我开始意识到增长模式问题重要性的时间并不久远，它只是始于2000年年末的北京中关村发展问题讨论。”当时，中关村企业家俱乐部邀请了一些产业界、金融界和政府人士，举行了两天的研讨会，对中关村高技术的发展问题进行深入的讨论。当吴敬琏和四通集团董事长段永基就研讨会的讨论结果向北京市的领导人作汇报时，对方反过来向他们提出了这样的问题：“北京中关村搞了这么多年，名声也很响亮，但是产值和税收都上不去，这使市里很为难。这个问题应当怎样解决，希望听听你们的意见。”
“老实说，我们原来并没有考虑过这个问题，自然也就提不出好的意见。”接下来，北京市所采取的办法则让他颇感意外——2002年中期，在经历了长时期的争论之后，“发展汽车制造业的观点最终占据了上风”。这年10月，中韩合资的北京现代汽车有限公司宣布成立。12月23日用韩国部件组装的第一批汽车开始下线。2003年，北京现代共生产轿车5.5万辆，实现销售收入87.7亿元，利税37.1亿元，加上北京地区的配套企业，主要是现代自己的和它从韩国带来的零部件供应商，全年完成销售收入114亿元。就这样，北京现代创造了北京主流传媒所说的“200天现代奇迹”。
就这样，北京的财政收入和GDP增长终于因为“一辆轿车”而如愿以偿地实现。但是短期获得的巨额产值和大量利税并不能解除吴敬琏心中的疑惑：北京现代直到投产两年以后，基本上仍然是一个主要用外资零部件供应商提供的零部件进行组装的汽车KD厂商（组装商）。在汽车工业已经高度机电一体化、轿车成本中电子器件成本占1\/3~3\/4的情况下，北京要想成为具有高附加值和高盈利率的轿车生产基地，而不是简单地做装配加工，赚取微薄的加工费，不把中关村富集的人才资源开发出来，充分发挥其创业精神和创造才能，是绝不可能做到的。
另外一件让吴敬琏感到冲击的事情，发生在2003年的深圳市。
深圳是中国重要的高新科技产业中心，特别是信息通信技术的产业基地，拥有华为、中兴以及台湾富士康等众多中外高科技公司。吴敬琏是深圳市政府的高级顾问，在两年一次的高级顾问例会上，深圳市的党政领导在工作报告中提出，深圳经济存在“结构太轻”的“重大缺陷”，需要进行“重型化”转型。据此，他们还提出扩大辖区面积、发展重化工业的设想。当时与会的广东省老领导任仲夷等人对此不表赞成，吴敬琏和高尚全等学者还将深圳与香港进行了比较——后者开发了100多年，到2003年年末已开发土地只占可用土地的22%；前者的GDP只有香港的1\/6，却出现了土地紧张的状况，这表明深圳的产业素质还有很大的提升空间，因此，出路在于提高土地的利用率，而不应当寄希望于外延的扩大。
不过在开始，吴敬琏只是把全国掀起的重工业化投资热看作部分地区产业结构的最优选择问题，而没有把它和中国经济增长方式选择问题联系起来。看到了发展研究中心的研究报告以后，他才意识到，这是一个关系全局的重大理论和政策问题。
2004年的4月和5月份，吴敬琏两次南下浙江调研，在这里他看到了问题的严重性。
自1993年之后，吴敬琏对浙江情有独钟，将之当成自己观察中国市场经济成长的试验田。改革开放以来，浙江是民营经济最发达的地方，产业以轻工业、加工业为主，自1998年之后，外贸经济急速发展，许多商品在世界市场上销量第一，在经济最为低迷的1990年前后，吴敬琏正是在这里发现了生动的经济活力，此后，浙江省也成为他最喜欢行走的地方。这一次，吴敬琏在浙江的9个县市做了调研，他发现，在经历了20多年的数量扩张后，浙江经济出现了疲态，当地官员发出“速度比不过广东，质量比不过上海，外向型比不过江苏，潜能比不过后发省”的叹息。按吴敬琏的观察与分析，浙江的问题出在产品档次较低、技术含量不高以及市场业态过于低级等原因，所以应当在结构调整和产业升级上大下工夫。然而，他的观点却似乎不为浙江的许多官员所认可。
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