二○○七年七月，侯冠群跟随新党主席郁慕明访问团访问大陆。他的脚疾通过朋友介绍采用北京中医按摩理疗有了很大的好转。“北京中医理疗手艺不错，下次还去找他。”面对《香港文汇报》报道，侯冠群顿了顿手里的拐杖说道，“今天感觉好很多，再去几次就不用拐杖了。”“你每月几乎都会来北京，有时候一个月就会来几次，这是为什么？”有记者这样问他。侯冠群没有直接回答这个问题，反而说道：“你见过大陆省与省之间需要签证出入海关的吗？目前我们回大陆就需要这些手续，真的很烦琐，还会让人找不到回家的感觉。”他想要回家。二○○八年七月十五日，台北市内湖国小与北京中关村第三小学缔结姐妹校，台北市内湖国小上午接待来访的北京中关村第三小学代表，双方并缔结姐妹校，这是两岸六十年来最大规模的国小学童互访。内湖国小及中关村第三小学分别派出九十七名三至五年级的学童交流，由内湖国小校长陈福源及中关村第三小学教务主任刘东燕签订姐妹校约，随后互相交换礼物，并进行直笛演奏与舞蹈、偶戏表演。
这是两岸关系史上的一件大事，居中牵线的侯冠群与台湾教育局国教科科长李招誉、体卫科科长廖进安、驻区督学王永进，及中国国民党台北市议员李彦秀、内湖国小家长会长王熙隆等一起在场观礼。“北京中关村第三小学的学童到台湾拿的是中华人民共和国护照，抵达台湾拿的是中华民国入境证，很奇怪对不对？”侯冠群在致词的时候说道，“来到台湾少了几个字，其实，我们的国家叫'中国'。”由于侯冠群“我们的国家叫'中国'”的谈话，引起了台湾各界的质疑。晚间，他解释说，两岸在文化、制度交流后，在达到无差异的时代，自然而然就统一起来，成为一个国家。二○○八年十一月，侯冠群又要结婚了，这是他人生中的第二次婚礼。十几年前，他和前妻程皑宁相识并结婚，可是“一国两制”，两地分居的婚姻并没有给两人带来多少幸福，最后他们还是离婚了。时隔几年，侯冠群终于再次迈入了婚姻的殿堂。他的性情如此，新娘自然也不俗。她正是台北市三十岁的李彦秀议员。两名现任“议员”共结连理，是台北市“议会”六十年来首例，婚宴吸引上千宾客参加。
马英九亲自为两个议员夫妻证婚，他送给这对新人八字箴言：“跨党联姻，府会双赢。”也向侯冠群喊话，要他：“尽速归队，否则归零。”（返回国民党籍之意），后来又说觉得最后一句太重，改成“鸾凤和鸣”。马英九维持一贯证婚原则，还说为李彦秀开设单一申诉窗口，只要侯冠群对她不好，他一定接受申诉，并以最速件办理。关于侯冠群和李彦秀的婚姻，外界的普遍反应是大吃一惊。这对新人交往六年，却撂倒所有电子媒体与周刊的狗仔队，马英九也佩服两人的“保密防谍”做得相当好。他对新郎开玩笑：“我把国安局长找来，问他怎么都没有掌握，他回我说，因为预计活动都在室内和平举行。”众人都哄然大笑，马英九继续“夸奖”侯冠群：“这么优秀的人，怎么没有找来搞情报？”侯冠群知道马英九是在借机调侃自己，以报上次自己“损”马之仇。那是在二○○六年十月，侯冠群有次和马英九同处一台，侯冠群拿出自己的拿手好戏，模仿李登辉的语气惟妙惟肖地对马英九说：“一天到晚，只会穿着短裤，吸引女性选票，今天这么多女孩子在，赶快秀给大家看一下。
”台下的选民立即跟着起哄，让英俊腼腆的马英九脸上通红。侯冠群和马英九颇有渊源，因为李登辉，两人多了一些意外话题。一九九八年，侯冠群第一次见到马英九，一个是以模仿李登辉声名鹊起的电台节目主持人，一个准备参选的台北市市长，但是让侯冠群难忘的是：在他和马英九做直播节目时进广告的那短短几分钟。马英九突然和侯冠群说：“我告诉你，我也很会模仿那个人喔！”侯冠群还没听懂马英九讲的那个人是谁，马英九就开始说了：“这个人家都在讲，后李时代，后李时代，我只知道后里马尝后里收费站。”讲完之后，侯冠群吓了一跳：哇！这个人怎么模仿得这么像！他自己是以模仿李登辉出名的，却想不到马英九竟然也能模仿得不比自己差！然后广告一播完，马英九已经恢复到他的常态。这个插曲，让侯冠群对马英九更多了几分亲近感，就像家人那样的感觉。侯冠群不断向马英久眨眼示意求饶。马英九又调侃了几句才放过新郎：“新娘都等急了，赶紧去。”侯冠群连忙匆匆跑了进去。新娘李彦秀出身于政治世家，父亲李金璋曾任两任台北市议员，双方的婚姻出人意料，就跟恋情一样低调。
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