阉党工部主事曹钦程出面，劾奏赵南星、高攀龙、黄尊素、魏大中等人收受贿赂。
崔呈秀急不可耐，向魏公公呈献《天鉴》、《同志》两部名单录，把叶向高列为东林党之首，《同志》列陈宗器等词林部院卿寺等大臣，登名造册，以供阉党抓人有依有据。阉党王绍微又献《点将录》，这个目录更是鲜活形象，以水浒一百单八将为蓝本，其“首领”为“天罡星”三十六人，托塔天王李三才、及时雨叶向高、浪子钱谦益、圣手书生文震孟、大刀杨涟、智多星缪昌期等；又有“地煞星”七十二人，包括神机军帅顾大章、旱地忽律游大任等。魏公公听人念这个，高兴得手舞足蹈。昔日在市井为无赖时，魏忠贤最爱听水浒、三国，如今有这么一个“点将录”，他不能不为之开颜。
可笑的是，魏忠贤拿王绍徽《点将录》给明熹宗看，这小伙子看见“托塔天王”四字，不知何解，他没听过《水浒》说书，自然不知这些绰号由来。魏公公来了精神，给皇帝大讲特讲起《水浒传》中“托塔天王”晁盖等人智劫“生辰钢”
的故事。皇帝越听越入神，大叫“托塔天王真是神勇有智！”这一来，论事离题，怕皇帝对现实名录中的“托塔天王”东林党人等大臣产生联想的好感，魏忠贤此后再也不给天启帝《点将录》看。（史家研究，《点将录》很可能是阉党阮大铖代作，这位戏曲大家擅长此种东西，他自己上献魏公公《百官图》，更形象地以画图方式来教魏忠贤按部就班杀人。）汪文言为人是条刚烈汉子，在狱中两个多月受尽常人想象不到的刑讯，至死不攀诬诸大臣。主审阉党许显纯力逼他指称杨涟受熊廷弼之贿，汪文言仰天大呼：“哎！世上岂有贪赃的杨大洪，天下人谁信！”大洪，乃杨涟别号。
汪文言不承认也不要紧，许显纯自己撰写“供词”，然后抓住已经被打死的汪文言手指往案卷上“按手印”。
天启五月（1625年）秋，杨涟、左光斗、周朝瑞、顾大章等先前劾奏魏忠贤最力的言官即被逮捕入北镇抚司。阉党许显纯备极楚毒，严刑拷掠诸人。
杨涟等人坚持不认罪。其间，左光斗对同牢的人说：“阉党杀我辈有两法，乘我等不服罪，严刑致我们死地；其二，在狱中暗害我们，慢慢报称我们是病死。
不如我们现在先行认罪，执送法司，或可免于立死。”诸人觉得有理，就暂时承认受贿的罪名。
坏人的卑鄙和阴险，超出一般君子人的想象力。阉党早有心理准备，左光斗等人承认“受贿”，正好给了他们“追比”的机会。所谓“追比”，又称“杖比”
，即犯人每次受杖刑，均定出下一次交出贿银的日期，到时候交不出，又会再以大杖伺侯。一般是每五日一比，犯人只能被迫说出下一次交银日期。只要吐不出所承的受贿银两数目，就会五日一刑，无休止折磨下去。
身为朝臣武夫，阉学锦衣卫帮凶许显纯阴毒如蝎，他叱命昔日的这些同僚叠跪阶前，剥去衣服，裸体反接，戴枷受刑。杖打之后，又处以夹刑，日夜拷掠，惨毒无比。打了十多天，诸人已经连跪都跪不住。均身荷百余斤大木枷葡伏于地受杖。
于是，二十多天后，先前首疏魏忠贤二十四大罪的杨涟先被拷掠死。死时土囊压身，两只大铁钉贯耳，惨状让人不忍卒睹；紧接着，魏大中被打死，尸体溃烂，筋骨皆碎；接着，左光斗、周朝瑞等人相继被残杀。“辽案”主犯熊廷弼也被押入闹市，公开问斩。熊廷弼被杀前肯定纳闷，怎么有这么多东林“同志”陪绑被杀？前些年熊廷弼在朝中当御史时，性刚好骂，专门与姚宗文等人排斥东林党人，他与这些东林党根本就不是“同路人”。其后，阉党当廷杖死熊廷弼姻亲、御史吴裕中。对于被害诸臣家属，魏阉党人仍不放过，继续严刑求比。
根据吴应箕《熹朝忠节死臣列传》统计，死于魏忠贤阉党之手的，最早是被杖死的万燝；汪文言一案左光斗、杨涟等六人惨死；阉党李实诬奏致死的有周顺昌、高攀龙、李应升等七人；以逆党罪逮入狱中拷掠至死的有王元相等十六人；刘铎之因作诗嘲讽魏忠贤被杀于市；苏继欧等七人得罪阉党被缢死；赵南星在戌所被折磨死。每弄死一个大臣，阉党许显纯就会剔取死者喉骨装入一小盒内，在封识上写清死者姓名，送交魏忠贤为验信。
紧接着，阉党疯狂在朝廷进行“大清除”，把不附于已的尚书李宗延、张问达以及侍郎公鼐等五十多正、副部级官员削逐出廷，朝暑一空。吏部尚书赵南星被遣送振武卫劳改，并累死在戌所。赵南星与阉党魏广微父亲还是好友，他再入朝后待小魏以子侄辈之礼，激起魏广微私恨，竟致父亲老友于死地。
在窜逐异已的同时，魏忠贤遍植私人党羽于要津，所以，当时的朝廷，实为魏忠贤朝廷，他本人获得明熹宗赐印，文曰“顾命元臣”。客氏也有赐印，文曰“钦赐奉圣夫人”。大家甭以为这两块印最大不过是玉玺大小。不对，每块印用黄金铸成，重三百两。巨大金印，以老魏魁梧的体格，他自己都拿不起这块大金印。
明熹宗根本不知外朝之事，终日家人欢会一般与客氏、魏忠贤游玩。一次，皇帝本人在西苑湖面与两个小宦官划船玩，边玩边与岸上敞坐饮酒的魏、客二人笑乐招呼。忽然一阵风起，小船翻覆，明熹宗摔入水中。魏忠贤、客氏相顾错愕，不知如何是好。幸亏明熹宗会几下狗刨，扑腾上岸。两个小宦者旱鸭子，沉入水底淹死。这次很悬，明熹宗差点步昔日正德皇帝后尘。
气焰熏张，热火烹油，魏忠贤借助东厂特务机关，横行肆意，破家败户，凡是被他们盯上的，三族九宗，均顿成齑粉。一般官员百姓自不必讲，连宁安大长公主儿子李承恩这样的皇亲，由于魏公公贪图他家中御赐器物，便诬其偷盗宫中御物，逮起来弄死，然后把财物抄收后全部运入自己宅中。
同时，魏公公拔苗助长，竭力培植自己家族势力，以其侄魏良卿为佥书锦衣卫，掌南镇抚司事；以其侄魏希孟为锦衣同知，控制锦衣卫；以其族叔魏志德其外甥傅之琮、冯继先为都督佥事，掌御林军；内廷太监方面，王体乾、李朝钦等三十余人对他“热烈拥护”；外廷方面，文臣有崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕云出坏主意，外号“五虎”；武臣有田尔耕、许显纯、崔应元、孙云鹤、杨寰等负责杀人清除异已，号“五彪”；又有吏部尚书周应秋等人管“组织人事”，号“十狗”；又有“十孩儿”、“四十孙”等名号，不可数计。自内阁、六部至四方总督巡抚，魏忠贤皆遍布死党，内外大权，一归于魏忠贤一人之手。
其间好笑的是，阉党太仆少卿曹钦程与诸人关系不睦，被削籍为民，排挤出朝。老曹辞行，到魏忠贤面前哭辞：“君臣之义已绝，父子之恩难忘！”魏公公心中厌恶此人，迎头一口大浓痰，老曹狼狈踉跄而去。魏忠贤败后，曹钦程被下狱论死，关在牢中好多年，其家人不送饭给他。老曹天天抢夺其他同牢囚犯的伙食，终日醉饱。李自成攻破北京，曹钦程破狱投降，最后随闯贼败走，不知所终。
为了进一步打击东林党人，魏忠贤又让阉党阁臣顾秉谦总裁，会修《三朝要典》，详细记述“红丸案”、“梃击案”、“移宫案”，想把“三案”颠倒黑白，铸成铁案。
天启六年，锦衣卫去苏州逮捕吏部主事周顺昌时，由于缇骑霸横，周顺昌民望又好，市民颜佩韦等人率众勇为，打死缇骑特务三人，几乎酿成一次大的民变。
当然，最后周顺昌以及要救他的颜佩韦等五烈人皆被杀。中学课本中的《五人墓碑记》，详细地记载了这件事情的始末。其实，此类民变也是一个苗头，说明明王朝的统治，确有日薄西山之感。基层百姓心中的怨恨，皆入火山内的融浆一样，蓄势待发。
一改以前太监上疏自称“奴婢”的称呼，魏忠贤自称“臣”；一改以前宦者称皇帝为“万岁爷”，魏忠贤改称“皇上”、“陛下”，把自己这种没老二的公公等同于外廷大臣。而且，此时的魏忠贤，已经被宫内宦官们称为“九千岁”，只要是逢他生日，“千岁、千岁、千千岁”之声，轰响若雷，在禁宫中经久回荡。
外廷大臣更有无耻者，拜见魏公公时称谀他为“九千九百岁”，比皇帝只差“一百岁”。
为了宣示威仪，每次外出，魏忠贤均乘坐华丽异常的羽幢青盖文轩车，四匹如龙骏马拉引，周遭握刀骑卫锦衣卫列侍，加上优伶、百戏、厨传，下人等杂役人等，随从万人左右。魏公公喜爱大戏一样的排场，途中饶鼓雷鸣，敲敲打打，吹吹奏奏，烟尘避天，旗帜匝地，道旁行人总误会是天子驾到。
魏公公老姘头客氏当仁不让。每次出行，盛服靓妆，几十岁的老娘们描眉涂眼，打粉打腮，有太监王朝忠等数十人皆腰缠红玉带作前驱，随从甚盛。她还常常在禁宫内坐乘马车四处游逛，到乾清宫圣驾休息处也从不下车，太上奶奶一样。
客氏很喜在晚夜出宫回私宅，灯炬彻地，照如白昼。其马车四周，数百宫女着穿华美宫衣，各提灯笼，远望俨然似仙女下凡，簇拥客氏马车。私宅大门中开之后，自管事到家仆，上千人挨次叩头，齐叫“老祖太太千岁、千岁、千千岁”，喧声震天。
为了进一步尊崇魏忠贤，满朝文武和内廷太监，皆不敢直呼其名，只称其为“厂臣”。阁臣以皇帝名义拟票，开口闭口是“朕与厂臣”，即在官方正式文件中，魏公公与当今天子肩挨肩呆着。
天启六年夏，浙江巡抚潘汝桢开头，以机户感恩的名义，在当地为魏忠贤建“生祠”，即活人纪念馆，地点位于关羽庙和岳飞庙之间。他上疏谀赞魏公公“心勤体国，念切恤民”。疏上，圣旨称道，赐名“普德”。由此一来，天下阿谀官员群起效仿，魏公公生祠遍天下，祠坊均属“奉旨”而建，额题都是“广恩”
、“永恩”、“崇德”、“崇仁”、“报恩”一类的上嘉好名。而一祠所费，少则数万，多则数十上百万，均从公库支出，外加刮剑民财。
生祠建筑，各地林木也大遭殃，多被砍供以作修祠木料。吴淳夫等人所建生祠规模巨大，九进殿庭，肃穆如太庙，壮丽如帝居。仅占地一项，就拆毁民房数万间。大同、湖广、蓟州等地的生祠中，魏忠贤座像皆系纯金制成，头戴冲天寇，手执玉笏，俨如上天尊帝一个派头。由于巧匠众多，江南一带的魏忠贤祠内座像多以沉香木为体，眼耳口鼻手足皆栩栩如生，晴能顾盼，口欲发声，连坐像肚子中也按真实比例用金玉珠宝雕成肠子肚子心肝肺腰子大油和杂碎，充斥其中，以拟真人。
魏忠贤的雕像外饰以华丽彩仪，髻上留一孔，以供每日一换时令鲜花插上。
一次，由于一间祠内坐像的头部雕凿稍大，朝廷派来赐冠的小宦官手拿真珍黄金宝冠往头上按了半天按不下去。工匠惶恐，见尺寸稍稍差一点，便抡起斧子剔削像头两下，把宝冠放稳。小宦者亲见“亲爹”脑袋挨削，痛在心头，抱像头大哭，责骂工匠不止。……宦者如此，官员们更甚。山东巡抚李精白上建祠疏时有“尧天之巍荡”之语奉承魏公公，特意把“巍”字上的山字头放在下面，并派人转告魏公公：“我怕山字压了魏大人的‘魏’”；天津巡抚黄运泰率地方官员群迎魏公公雕像，行五拜三叩首之礼，乘马前导，有如迎圣旨；蓟辽总督阁鸣泰谄词，有“人心之依归，即天心之向顺”，魏公公完全成了人民的大救星；不少官员群跪于魏公公雕像前，依次“宣誓”：“某年某月某日，蒙九千岁升拨！”而后，叩头致谢，拜舞连连。
魏公公个人尊拜发展最甚时，国子监生员陆万龄上疏，提出要以魏忠贤与孔圣人并誉，理由是魏公公“芟除奸党，保全善类”。他还一一比拟：孔子作《春秋》，魏公公作《三朝要典》；孔子诛少正卯，魏公公诛除东林邪党。
生员朱之俊更绝，他免去上书走衙门的麻烦，直接在大路上张贴大字报，声称魏忠贤的功劳，“在大禹之下，孟子之上”，应该把魏忠贤像搬入孔庙与孔子并座。
京城读书人都无耻到这个地步，可见阉党对士气的摧残有多剧烈。
骄蛮到这种地步，魏忠贤与客氏接着打起明熹宗皇后张氏主意，准备先拿张皇后的爸爸张国纪开刀。张皇后贤淑严正妇人，非常讨厌魏忠贤与客氏，有一次她见客氏在宫中太招摇，以皇太后自居，就把半老婆子召来训斥一顿。就宫廷礼仪讲，皇后至尊，客氏当时不敢吭气，但心中恨死这位女主子。
张皇后对熹宗也有所讽谏。一日，年青皇帝入皇后宫闲聊，看见张后正在读书，便笑嘻嘻问“皇后读何书？”张氏严肃回答：“《赵高传》。”熹宗皇帝不傻，知道皇后话中有话，为之默然。
客氏安插的亲信宫婢很快把此事禀告。和老插杆密议后，客氏与魏忠贤就散布张皇后不是张国纪亲生女，准备先拿张皇后之父太康伯张国纪为锲入点来施行打击。于是，魏公公暗遣壮士数人于便殿，让他们身怀利刃。锦衣卫军早就安排好，一举把这些壮汉拿下。当时明熹宗正做家俱，闻听庭院汹汹，吵嚷声一片，忙自己走出问个究竟。
结果，看见数位大汉和一地的明晃晃凶器，这位皇帝爷又惊又怒，立刻唤魏公公把他们送入厂卫严加刑求。
大汉们入狱后，按照魏公公事先的交待，都承认自己是为张皇后父亲张国纪指派，准备入宫弑帝后谋立帝弟信王朱由检。几天之内，魏忠贤已经派人把口供整理成册，准备兴起大狱，把张皇后一家和熹宗之弟信王一起网罗其中做掉。
正准备往皇帝处呈送，大太监王体乾读书很多，深知熹宗皇帝本人性格，劝魏忠贤说：“主人对朝内外一切大事皆糊里糊涂，惟独对待夫妇、兄弟之间情谊不薄。如果万一事不成，皇上大怒，吾辈全都玩完！”
魏忠贤一寻思，越想越怕，万一皇上因讯案而召对其弟信王与皇后张氏，那些人逼急眼说出自己许多阴事，没准会使皇上一改对自己的信任。
大惧之下，老魏杀人灭口，派人把事先他自己派去当“刺客”的几个壮汉皆乱刀砍死，抛尸野外。
在此之后，魏忠贤还想尽收天下兵权，便派心腹太监外出镇守山海关，命司礼监手下总督太仓、切慎两大库，在抓兵权的同时抓后勤保障。但明代军制太复杂，魏公公在朝内把持朝政容易，各地大员向他效忠也容易，如果真要一揽子总领天下兵柄，实在不是一件容易的事情。亲戚方面，魏忠贤以皇帝名义加自己是宁国公的侄子魏良卿为太子太保，魏明望进轶少帅，侄孙魏良栋安侯，魏鹏翼安平伯（这两人一个两岁，一个三岁）。魏家姻亲董芳名、王选、杨六奇等人皆至左、右都督及都督同知等军中要职。
魏忠贤大力擢升自己的心腹首谋之士崔呈秀，以之为兵部尚书、少傅兼太子太傅，仍兼左都御史。崔呈秀刚死了妈，依礼应该回家守丧，老魏自然不能离他，让他“夺情”视事。明朝“夺情”二字最乍人眼目的时代，是张居正父亲死后皇帝让这位首辅“夺情”。本来，“夺情”一般指军队将帅出征抵御之际，如果危急时刻弃军奔丧，肯定要贻误军情，所以一般军人会守忠退孝，带哀视事，以孝情次于忠国之情，故称为“夺情”。在这样的情况下，官员可免于丁忧。张居正恋权，他当时本该回老家奔丧然后居家服教守制二十七个月。在心腹李幼孜劝说下，想出“夺情”一招，其实已经是离经叛道，当时就被不少正臣攻击不已。
后人有样学样，到了崔呈秀这里，又玩“夺情”把戏，甚至平时朝上朝下他连孝服也不穿。
一切顺利之时，魏忠贤富贵荣华的根子出大问题：明熹宗因多年痛饮纵欲加上狂吃春药，身子骨不行了。
魏忠贤的灭亡天启七年（1627年）秋八月二十二日，多年狂吃春药的明熹宗“崩”了。时年仅二十三岁。史书记载，阉党霍维华有个内弟是守午门的小宦官，向熹宗皇帝进献一种“仙方灵露”，制法是取粇糯等杂米淘净，放入木甑慢蒸，甑底安放长颈银瓶，杂米随时一点一点添加，锅中水也一点一点倾加，蒸馏出来的甜汗，号称米谷之精，据说饮后可以延年益寿。明熹宗很喜欢喝这种饮料，平时还喜欢把饮剩的“仙露”遍赐近侍。
明熹宗病重，魏忠贤心慌之余老大不高兴，认定是霍维华的内弟宦官上献的饮料有问题，加重了皇上病情，就把霍维华叫来一顿臭骂。从“配方”上看，这种饮品绝对纯天然，没有任何有毒矿物质，如果熹宗皇帝饮此真加剧病情，只能说明他还患有严重的糖尿病。否则，甜甜的纯米饮料，对一般人根本无害。
霍维华见魏公公把责任推给自己，又侦知皇上处于弥留状态，恨惧之下，已携贰心。
明熹宗死前，曾召异母弟弟朱由校入宫，嘱托后事。人之将死，其言也善，这位荒淫君王衷心希望弟弟能为“尧舜”一样的明君，并要他好好照顾自己的张皇后，最后切嘱皇弟一定信用魏忠贤。
当时，信王朱由检泪下如雨，连连点头不止。
熹宗崩后，信王朱由检得召入宫。魏公公亲自门前迎接。当时正是黎明时分，百官一闻讣诏，皆赴宫门，被宦者拦住，告知他们要穿丧服入宫。众人连忙改服，再入，又被告知还应该穿常服。群臣奔走不暇，气喘吁吁，纷纷哀求守门宦者开恩，希望能先入宫哭灵。最终，把门宦官见忽喇喇跪了一大片朝臣恸哭，只得挥手让他们进去。
大家入宫，“大行皇帝”尸身已摆在灵堂，众臣大哭。除信王以外，在丧所的重要人物，只有太监魏忠贤和王体乾。王体乾司礼监提督太监，识文知礼，在一旁不停指挥礼部安排丧事细节。魏大公公如丧考妣，哭得双目烂桃一样，呆呆坐在灵前发楞。
群臣出宫后，魏忠贤独召兵部尚书崔呈秀入内，屏人秘语移时，后人不知二人商议何事。史臣推测：“魏忠贤欲自篡，崔呈秀以时机未可，事遂中止。”这完全是妄自揣测，近乎造谣。魏公公恶贯满盈，罪恶滔天，但“篡位”的念头，他绝对没有！他再没有文化，再目不识丁，也应该知道，自古至今，从来没有公公当皇帝这一说。况且，明熹宗是他一身带大，爷俩感情之深，俨若父子。所以，他才会哭得二目皆肿，神昏意迷，连坏念头也暂时停转。
不仅老魏悲伤欲绝，熹宗皇帝奶妈客氏也哭得死去活来，她在灵前跪哭，从小金盒子里面拿出黄绫包裹的熹宗儿时“胎发痘痂”以及累年积存的剃发、落齿、指甲等物，边哭边烧，几近昏厥。
这两位大恶之人此时的悲痛，全无一丝做戏成份。一是因为多年的亲情，二是因为他们内心中产生的那种黑色不祥的预感：作为“寄主”的皇帝死了，他们这些“虫子”再大再硬朗，还能支持几天？
信王朱由检即皇帝位，是为明朝最后一位皇帝，即明思宗崇祯皇帝。
为试探新帝的意思，魏忠贤上表乞辞官职。新帝老成谨慎之人，佯装不许，先稳住魏公公。但是，“奉圣夫人”客氏已经没有在宫中呆下去的理由，她灰溜溜搬出皇宫。
崇祯皇帝继位时仅十七岁，处事非常冷静、机敏。登基后，他不仅没动魏忠贤，还很快颁旨，授魏忠贤的侄子和侄孙以“铁券”，似乎是给老魏家上保险一样。外臣不知就里，江西巡抚杨邦宪等人仍旧上疏申请为魏忠贤建生祠，诏报不许。这似乎是魏忠贤要倒霉的信号。
隔了几天，登莱巡抚上奏宣川大捷，行功论赏，魏忠贤、崔呈秀等人皆有份儿。这一切，均使观望的众臣摸不住头脑，阉党心里也拿捏不准新皇的意图。
原本是魏阉党羽的御史杨维垣由于阉党首领之一魏广微不提拔重用他，心怀怨恨。嗅闻政治空气后，他与表叔徐大化详商后，决定先行参劾崔呈秀，准备以之押宝。如此，阉党倒台，他就会成为首批倒阉党的“功臣”。世事确实可笑，天熹帝死后，第一个跳出来与阉党对着干的人，竟然是最早替魏忠贤把忠臣顾大章牵入熊廷弼案中的阉党骨干分子。
崇祯帝随波就势，按奏章办事，先罢崔呈秀之官。不久，下诏给予首先上奏为魏忠贤建生祠的浙江巡抚潘汝桢以削籍处分。
接着，工部主事陆澄源上疏，指出魏忠贤所受恩爵过厚，但未敢显斥。紧跟而至的兵部主事钱元悫不客气，上劾魏忠贤不法：
厂臣魏忠贤以枭獐之姿，供缀衣之役，先帝念其服勤左右，假以事权，群小蚁附，势渐难返。称功颂德，布满天下，几如王莽之妄引符命；列爵三等，畀于乳臭，几如梁冀之一门五候；遍列私人，分置要津，几如王衍之狡兔三窟；舆珍辇宝，藏积肃宁，几如董卓之郿坞自固；动辄传旨，钳制百僚，几如赵高之指鹿为马：诛锄士类，伤残元气，几如节甫之钩党侏连；阴养死士，陈兵自卫，几如桓温之壁后置人；广开告讦，道路以目，几如（武）则天之罗钳吉网。先帝念忠贤有驱使之微劳，闻誉言之日至，岂料其威权趋附之至此。使先帝而早知其横祸，亦必有以处忠贤矣。……魏良卿辈，原非开国之勋，又非从龙之宠，安得玷兹茅士，污此彝章。速令解组褫绅，长农没世。至告讦获赏之张体干，锻炼骤贵之杨寰，夫头乘轿之张凌云，委官开棍之陈大同，号称长儿之田尔耕，宁国契友之白太始、龚翼明等，凡为爪牙，俱明暴其罪，或殛或放，奸党肃清，九流澄沏。
文章写得好，文学气十足，铺陈恣肆，只是没说到点子上。正在这时，又有浙江贡生钱嘉征上书，详详细细列明魏忠贤十大罪恶：
曰“并帝”：封章必先关白，至颂功德，上配先帝；及奉谕旨，必云“朕与厂臣”，从来有此奏体乎？曰“蔑后”：皇亲张国纪未罹“不赦”之条，先帝令忠贤宣皇后灭旨不传，致皇后御前面折逆奸；遂罗织皇亲，欲致之死。赖先帝神明，只膺薄愆。不然，中宫几危！曰“弄兵”：祖宗朝不闻内操，忠贤外胁臣工、内偪宫闱，操刀厉刃，炮石雷击。曰“无二祖列宗”：高皇帝垂训“中涓不许干预朝政”，乃忠贤一手障天，仗马辄斥，虿毒搢绅，蔓连士类；凡钱榖衙门、边腹重地、漕运咽喉，多置腹心，意欲何为？曰“克剥藩封”：三王之国，庄田赐赉不及福藩之一；而忠贤封公侯伯之土田，拣选膏腴，不下万顷。曰“无圣”
：先师为万世名教主，忠贤何人，敢祠太学之侧！曰“滥爵”：古制非军功不侯，忠贤竭天下之物力佐成三殿，居然袭尚公之爵，腼不知省！曰“邀边功”：建贼（满洲人）犯顺以来，堕名城、歼士女、杀大帅，神人共愤；今未恢复尺寸地、广宁稍捷，袁崇焕功未克终、席未及暖，忠贤冒封侯伯。假辽阳、广宁复归版籍，又何以酬之乎？曰“朘民脂膏”：郡县请词不下百余，计祠费不下五万金；敲骨剥髓，孰非国家之膏血！曰“通同关节”：顺天乡榜二十六日拆卷，而二十四日崔铎贴出，复上忠贤书；其夤缘要结，不可胜数。
魏忠贤得知几个人弹劾他的消息，并不知详情，急扯火眼跑入宫中，跪哭自诉于崇祯皇帝。
见昔日威风八面的魏公公如此松样，崇祯帝心内暗笑，就让他的同党太监王体乾大声朗读钱嘉征奏疏。
魏忠贤跪听，惶骇至极，汗下如雨。
面如死灰的魏忠贤出宫回家，绞尽脑汗，想起崇祯帝当王爷时有个宠信太监徐应元是自已昔年乡间的老赌友，便攀住这根“救命稻草”，连夜送无数珍宝于徐公公，表示自己要把东厂太监的职位让与老徐，让他在皇上面前为自己说几句好话。
崇祯帝不是天熹帝，立刻叱责徐应元受贿为魏忠贤进言，下诏把他谪戌于远地。这样一来，魏公公只有在家中等宰的份儿。
到了十一月，崇祯帝下诏免去魏忠贤东厂太监等要职。由于害怕他的亲戚党羽急红眼生变，对那些人仅采取降职处理，剥夺手中握兵的实权，没有立刻下狠手诛除。
呆了数日，见魏党根本没有任何丘弹迹象，崇祯帝胆气上来，下诏贬魏忠贤凤阳安置，将客氏交浣衣局收押，同时对他们进行抄家。对于魏忠贤与客氏的罪恶名，一一列出：
朕闻去恶务尽，御世之大权，人臣无将，有位之炯戒。我国家明悬三尺，严惩大憝，典至重也。朕览诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，俱已洞悉。窃思先帝以左右微劳，稍假恩宠，（魏）忠贤不思尽忠报国，以酬恩遇，乃逞私植党怙恶肆奸，擅作威福，难以枚举。略数其概：将皇兄怀宁公主生母成妃李氏，假旨革夺，至今含冤未雪；威逼裕妃张氏，立致弃生；借旨将敢谏忠直之臣，罗列削夺，又同心腹酷刑严栲，诬扞脏私，立毙多命。他若謇谔痛于杖下，柔良苦于立枷。臣民重足，道路以目。而身受三爵，位崇五等，极人臣未有之荣。通同客氏，表里为奸，先帝弥留之时，犹叼恩晋秩，亡有纪极。赖祖宗在天之灵，天厌巨恶，神夺其魄，罪状毕露。朕思忠贤等不止窥攘名器，紊乱刑章，将我祖宗蓄积贮库传国奇珍异宝金银等朋比侵盗几空，本当寸磔，念梓宫在殡，姑置凤阳。二犯家产，籍入官。其冒滥宗戚，俱烟瘴永戍。
从前的“九千九百岁”，现在连一条狗都不如！魏忠贤只得乖乖上路。走了三天，一行人晚间在阜城一家尤姓店主家所开小旅舍歇脚，魏公公接到京中党徒的密报：朝廷新下诏旨，要逮捕他回京重新收审。
大公公昔日虐畜一样杀人无数，想到自己很快要回到锦衣卫诏狱中的那个活地狱，亲身感受昔日他以为笑乐的残酷刑罚，老魏浑身上下连指甲盖都冰凉。绝望之下，思前想后，明白脱不开一个“死”字。于是，延至半夜，魏公公与他的同党宦官双双对缢于房梁。
作恶多端的魏忠贤，竟得“良死”。
客氏方面，锦衣卫抄家时搜出八个怀孕的年青妇女，据称可能是想趁明熹宗临崩前混入宫冒充“皇子”之用。
崇祯帝大怒，马上命令卫士赴浣衣局，大棒交下，把老娘们打成一堆肉泥。
崔呈秀当时在苏州家中被“双规”待勘。得知魏忠贤败讯，他自知不免。于是，一夜之间，他大开筵宴，令数十妓妾白肉相陈陪酒，遍摆几年来收受的奇珍奇宝，开启数坛美味御酒，敞怀畅饮。每满饮一杯，他均捡起一件宝物，熟视后猛摔于地毁碎。一连畅饮十杯，摔得无数价值连城的珍稀之宝。大笑之余，复又痛哭。崔呈秀的众多姬妾皆心中茫然，不知主人为何得了失心痛。
大醉酩酊之下，这位阉党主谋往房梁上甩了一根白绳，悬梁自尽。
至于魏忠贤族人，如其侄魏良卿等人，凡是姓魏的有亲戚关系的，一个不剩，皆押入闹市问斩。数百颗大小男女人头，放满了几萝筐。其中有不少还是婴儿，小身子摆在大刀之下时，还静静在睡梦之中。“天下以为惨毒之报，无不快之。”
杀掉这头一批“首恶”后，崇祯帝召回从前被阉学排挤的首辅韩旷，要他组织人力清查魏忠贤党羽。韩阁老厚道人，对老仇人们网开一面，细查慢究，数日也没有上报人名数字。
崇祯帝这时沉不住气，力催吏部、刑部官员协查办案，终于在崇祯二年公布“逆案”名单，颁示天下：
首逆凌迟者二人：魏忠贤，客氏（魏忠贤已死，只能戮尸）。
首逆同谋决不待时者六人：（崔）呈秀及魏良卿，客氏子都督侯国兴，太监李永贞、李朝钦、刘若愚。
交结近侍秋后处决者十九人：刘志选、梁梦环、倪文焕、田吉、刘诏、薛贞、吴淳夫、李夔龙、曹钦程，大理寺正许志吉，顺天府通判孙如冽，国子监生陆万龄，丰城侯李承祚，都督田尔耕、许显纯、崔应元、杨寰、孙云鹤、张体乾。
结交近侍次等充军者十一人：魏广微、周应秋、阎呜泰、霍维华、徐大化、潘汝祯、李鲁生、杨维垣、张讷，都督郭钦，孝陵卫指挥李之才。
交结近侍又次等论徒三年输赎为民者：大学士顾秉谦、冯铨、张瑞图、来宗道，尚书王绍徽、郭允厚、张我续、曹尔祯、孟绍虞、冯嘉会、李春晔、邵辅忠、吕纯如、徐兆魁、薛风翔、孙杰、杨梦衮、李养德、刘廷元、曹思诚，南京尚书范济世、张朴，总督尚书黄运泰、郭尚友、李从心，巡抚尚书李精白等一百二十九人。
交结近侍减等革职闲住者，黄立极等四十四人。
魏忠贤亲属（可能是姻亲疏属）及内官党附者又五十余人。
名单中应该注意的是，首先弹劾阉党的原阉党杨维坦也被惩治，受到削籍处理，罪名是“逆阉亲信，占气最先，转身最捷，贪无为功，沽名反复”。小人枉为小人。此外，名单中还有最早与阉党分手的兵部尚书霍维华。
魏忠贤逆党定案后，漏网的党羽多次蠢蠢欲动。更可笑的是，崇祯帝派去整理逆党的吏部尚书王永光本人就与阉党是“同志”。他后来与奸臣温体仁多次谋划翻案，均因崇祯帝的坚定态度而未遂。
这位新君对魏忠贤及其同伙极端厌恶，日后有人上章举荐阉党人物霍维华等人重新为官，崇祯帝怒下诏旨，把举荐人谪戌重罚。此后，其党待偃旗息鼓，不敢再言。明朝灭亡后，福王朱由崧跑到南京建立小朝廷，漏网阉党阮大铖冒定策之功，援引杨维坦、徐得阳等阉党复起，大肆残害东林党人等异已，勾心斗角，直至南明覆亡乃止。
观明天熹帝一朝，给我们后人留下最难忘印象的，是杨涟、左光斗等“东林六君子”的“明知不可为而为之”的耿耿忠贞。为了清除奸阉邪党，为了尽忠报国，他们不惜身死族灭，挺身而出，赤手空拳与手握东厂、锦衣卫实权的魏忠贤抗争，忠直肝肠，苌弘碧血，不惧酷刑，不悲残死，不悔直节，正如杨涟被杀前所表白的那样：
浩气还太虚，丹心照千古。平生未报恩，留作忠魂补。
至今读之，凛然生气，沛然诗文之间。
特别可贵又可悲的是，这些骨鲠忠臣，皆为血肉之身，皆有家人宗族，他们绝对不似简单宣传中的董存瑞，刘胡兰那样的“英雄符号”式人物。在天高不可呼、阉党猛于虎的暴虐政权下，在与妻儿父母痛别后，在被逮入地狱般的锦衣卫诏狱前，这些道德文章气节均达至“完人”层次的烈士，也有凄怆，也有迷茫，也有对生命深沉的眷恋：
世事浮云变古今，等闲回首尽伤心。愁霾镇日迷荒草，不觉郊原夜色侵。——《顾大章被逮道经故人里门》
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