采取官督商办后，基隆煤矿恢复顺利。1887年，当年的生产能力就达到日产100吨，年产17000余吨。此时，煤矿的运力明显不足，制约了煤产量 的进一步提高。于是，开始修建从矿井到基隆码头的铁路，以使运力大大提高，促进生产进一步发展。此时，官商矛盾已经出现，商人对进一步投资修铁路态度消 极，而刘铭传这时看到生产顺利，因此乐观地认为铁路工程已办有“十分之九”，以后不需要再增加资本，便将商股退还，重新将煤矿收归官办。
以刘铭传的思想之开明，曾长期力主商办企业，但在“官督商办”企业营利后还想将其收归官办，遑论他人。可见，要官员、政府真正将“官企”尤其是营利的“官企”“民营化”，确实难而又难。
不过，收归官办后，官办企业的各种弊端立刻表现出来，又是月月亏损，与几年前官办时的情形完全一样。无情的事实很快使刘铭传清醒过来，他转而再次寻 求商办，一是福州船政局仍大量需要基隆的煤炭，二是刘铭传急于将官本收回。不过，有实力的华商毕竟不多，一些商人很可能对他之前轻易将颇有成效的商办企业 收回变成官办的做法，还心有余悸，所以募集商股的工作并不顺利。此时，一位英国商人向刘铭传提出，愿以分期偿还官本银为条件，换取20年内台湾全部煤矿和 石油的开采权。刘铭传认为引进英资对中国有利，既可收回官本，还可得各种利税。他在给朝廷的奏章中写道：“若由该英商承办，不特官本可以收回，即以二十年 计之，可免漏卮百万。关税并车路运资，转可得数十万……”不过，此事被清廷否决。
官办严重亏损，引进外资又被朝廷否决，煤矿还不能关闭，刘铭传只得在勉强维持中继续作商办打算。经过多方努力，终于有一些商人愿意以官商合办的形式 承办基隆煤矿，为期20年，商人出资20万元，并缴还原矿本银12万两；官府出资10万元，而且是以“矿存房屋机器以十万元作官本，其余按月缴煤扣除”。 但这些商人很清楚“官”的危害，所以在合同中提出，在用人、财务方面官方免予过问。其实，对于官办企业或官督商办企业，官员最感兴趣的就是用人大权与财务 大权，有此二权，便可任意安插亲信，贪污中饱。规定官方无此两种权力，确实抓住了问题的要害。按照此办法，政府既不必另拨款项，又能得到煤矿生产之利，完 全符合刘的意图，所以他认为此约对官方大大有利；同时，他更加深刻地认识到“官”对“商”的干涉有害无益，因此完全同意此约。所以，在1890年8月中旬 将基隆煤矿移交商人办理。他在给朝廷的奏折中说明了合约的具体内容，彼此入股、分利的情况，还如实写道：“除矿务，一切事宜由商经营，官不过问。”
但是，朝中反对民营商办的力量异常强大。任总理衙门事务大臣的庆郡王奕劻带头反对，总理衙门和户部联衔上奏反对此举，他们列出了种种反对理由，特别 针对刘铭传奏折中的“官不过问”一句声色俱厉地质问：“此事既经官商合办，自应官为主持，何以一切事宜悉授权于商人，官竟不能过问？”在官本位、官权大于 一切的近代中国，提出“官不过问”确实敏感，使反对者引申发出了“官竟不能过问”这种很能打动人的严厉责问。群情汹汹之下，亲政不久的光绪皇帝降旨对刘严 斥：“刘铭传着交部议处。该抚接奉此旨，即将现办之局赶紧停止，不准迁延回护。”吏部“议处”的结果是刘铭传“照违制律私罪革职”。或许是考虑到刘的功劳 与影响，1890年10月上旬，上谕将此改为“革职留任”。但刘知道自己在官场已无前途无意义，再三以病请辞，终于在1891年6月获准。
官办企业民营化是晚清社会近代化转型中最重要的方面，战功赫赫、为大清王朝效尽犬马之劳的刘铭传却因此丢官，付出了惨重代价，由此可见转型之艰难。 这固然是刘铭传的不幸，其实更是清王朝的不幸。依然官办的基隆煤矿的衰败更加迅速，就在刘铭传辞官后的第二年，1892年11月底，基隆煤矿便不得不完全 停产。宁愿维持企业官办以致衰败破产，也不愿把企业交给民营使其兴旺发达，在这种基本思路的指导下，清政府如何能引导社会成功转型呢？
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