宇多天皇一度被降格为臣籍，无疑内心是存在着一定自卑感的。继位后他曾路过阳成院，被迫退位的阳成上皇竟然羞辱他说：“当今圣上，原来曾是我的家奴 呀。”在这种心态影响下，宇多天皇当然不敢对扶他上台的藤原基经说半个不字，虽然登基时已经成年，依旧把政务全部委托给基经，说“万事巨细，百官已总，均 关白太政大臣〔藤原基经〕，然后奏上”——这就是关白称号的由来。
然而换个角度来观察，宇多天皇此举未必出于完全的心甘情愿。他在位第二年〔888年〕的六月，下诏请藤原基经“以阿衡之任为卿之任”，把他比作中国 古代的贤相伊尹〔传说伊尹曾被尊为“阿衡”〕。然而藤原基经见了此诏却大为光火，他认为“阿衡”只是一个尊号，并无实权，表示说既然天皇心有此意，那我就 干脆辞职，什么也不管好了。他这一撂挑子，宇多天皇可吓坏了，赶紧忏悔和解释，但是基经不依不饶，坚持要天皇罢免起草诏书的亲信橘广相。关于“阿衡”是否 有权的争论持续了整整半年，藤原基经也就罢工整整半年。
宽平三年〔891年〕，藤原基经去世。宇多天皇立刻重用橘广相，以及当年敢为橘广相辩护的菅原道真，任命道真为藏人头，以与藤原基经之子藤原时平分 庭抗礼。六年后，宇多天皇让位给年仅13岁的敦仁亲王，自己出家仁和寺潜心撰写回忆录《宽平遗诫》，自此以后，天皇退位出家，就被尊称为“法皇”，宇多法 皇是日本历史上第一位法皇。
敦仁亲王登基后，史称醍醐天皇，他年岁还小，难免会受权臣的拨弄，已经升任右大臣的菅原道真就因此遭到藤原时平的诬陷，说道真打算拥立自己的女婿、 宇多法皇的第三子齐世皇子为天皇，醍醐天皇于是右迁菅原道真为太宰权帅。作为太宰府的代理主官，其实这个职位也不算小了，但终究远离京都，远离开统治中 心，这使得满腔报负，想要做一番轰轰烈烈大事业的菅原道真大为忧愤，遂于两年后〔903年〕客死在九州。
据说宇多法皇在听闻菅原道真被贬之事后，匆忙驱车前往内里，想要劝说醍醐天皇收回成命，然而内里各门都已被藤原时平的亲信守把住了，不放法皇进宫。宇多法皇怅然离去，从此专心研究佛学，再不管尘世之事——藤原氏权势之盛，也由此可见一斑。
菅原道真是日本古代著名的书法家、诗人和学者，他曾跟随遣唐使团西渡，具有相当高的汉学素养。886年，他被任命为赞岐守，在偏远的南海道目睹了贫 穷百姓的艰难生活，写下很多传诵后世的诗篇。也是在赞岐守任上，他写了《奉昭宣公书》，劝说藤原基经放下执念和恩怨，专心国事，据说藤原基经看了此文后有 所觉悟，停止罢工，也不再坚持要宇多天皇严惩橘广相，使延续整整半年的朝廷风波暂时平息。
890年，菅原道真太守任满，回归都城，从此受到宇多天皇的重用。894年，朝议派发新的一轮遣唐使团，以菅原道真为大使——这很可能是政敌想藉此 机会把他排挤出权力中心——于是道真写下《请令诸公卿议定遣唐使进止状》一文，明确指出唐朝正在发生内乱〔黄巢起义〕，形势复杂，路途危险，请求暂时停止 派发遣唐使团。宇多天皇采纳了他的建议。
应该说从此以后，中日两国间的文化交流虽然并未停顿，但日本人已经不象奈良时代那样完全彻底地甘当小学生，处处以中国为师了，独具特色的日本本土文 化重新抬头，混合土风和唐风的新的文化逐渐成型——这也就是平安时代的日本贵族服饰虽有唐人之形，却兼本土之魂，非如奈良时代那样浑然唐装的重要原因。
菅原道真的权势逐渐成型，醍醐天皇登基后，他被任命为右大臣，与左大臣藤原时平共执朝纲，这当然会引起藤原家族的警惕和不满。于是藤原时平就造谣进谗，终于迫使菅原道真被赶去九州做太宰权帅。
菅原道真满腔忧愤，两年后〔903年〕就客死在九州。人民一方面怀念他的刚直不阿，另方面反感藤原氏专权，就传说菅原道真化为怨魂，降下种种灾异来 惩罚政敌。说也奇怪，此后的几十年间还真是灾祸不断，909年正当壮年的藤原时平病死，923年时平的妹妹稳子所生的东宫保明亲王也夭折了，925年，时 平的外孙庆赖王刚被立为东宫就猝然辞世，年仅五岁。此外公卿〔尤其是藤原家族及其党羽〕去世，时疫流行，种种不祥无可胜数……
最可怕的是延长八年〔930年〕六月二十六日，正逢干旱，群臣聚集在清凉殿上商议祈雨的事情，突然从西方爱宕山上飘来一片黑云，笼罩住平安京的上 空，随即雷声大作，一道惊雷正巧劈中了殿柱，大纳言、民部卿藤原清贯〔南家〕当场被雷打死，另有数人重伤。醍醐天皇受此惊吓，一病不起，于九月份匆忙传位 给东宫宽明亲王，自己迁出皇宫，然而这样做也无法挽救他的性命，没多久他就咽了气，享年仅四十六岁。
因为此事，菅原道真在民间传说中，从怨魂变成了雷神。到了十一、二世纪前后，他的形象再次转变，从怒目金刚般的雷神变成了慈眉善目的学问之神，也是各届考生的庇护神。他被供奉在北野天满宫中，称为“天满大自在天神”。
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