后一条天皇去世后，传位于东宫敦良亲王，也就是藤原道长的外孙，是为后朱雀天皇。后朱雀天皇在位十年，让位给东宫亲仁亲王，就是后冷泉天皇。后冷泉天皇立尊仁亲王为东宫。
这一接班人选，让执政的藤原道长之子赖通、教通非常不满。因为赖通兄弟都曾把女儿送给后冷泉天皇为妃，却都无出，尊仁亲王是天皇与祯子内亲王所生的 儿子。储君怎能不是藤原氏嫡亲的外甥或外孙呢？因此赖通兄弟想方设法要搞掉尊仁亲王。然而所谓藤原氏嫡亲的外甥或外孙根本就还不存在，就算废黜东宫，又该 由谁来接替呢？
时光如同流水，眨眼间后冷泉天皇登基已经二十四年了，藤原一族还没拿出应对方法来，他就先驾了崩。尊仁亲王顺理成章登上天皇宝座，就是后三条天皇。藤原赖通灰心丧气，就把关白之位让给兄弟教通，自己退居二线。
从宇多天皇开始，整整一百七十多年了，后三条天皇是唯一没有藤原氏外戚的天皇，加上他登基时已经三十五岁，年富力强，精神旺盛，就想踢开藤原北家， 自行其是。后三条天皇采取了一系列改革措施，比如发布《延久庄园整顿令》，在中央设立“记录庄园券契所”，管理和整顿各地的庄园，统一计量标准——当然， 他主要拿藤原氏名下的大小庄园开刀，这就必须会引发藤原氏群臣的反对。眼看改革阻碍重重，后三条天皇心生一计：如果从皇室中逐渐排除掉藤原氏的血缘，我看 你们还有什么资格再霸占朝堂！
延久四年〔1072年〕，后三条天皇退位，在位仅仅四年。他传位给藤原茂子所生的贞仁亲王，贞仁亲王的东宮妃乃是藤原贤子，但贤子并未生男，后三条 上皇就指定自己与源基子所生的实仁亲王为东宫，并且约定等实仁亲王继位后，立其同母兄弟辅仁亲王为储君。在上皇的如意算盘里，经过一个很短时间的过渡，就 会有接连两位天皇都和藤原氏没有关系。
安排好这一切，后三条上皇就安心地咽了气，年仅四十岁。贞仁亲王就是白河天皇，白河天皇登基后不久，藤原赖通、教通兄弟就相继去世，由赖通的长子藤 原师实出任关白。不过后三条上皇的梦想也落了空，藤原贤子竟然生下了儿子，是为善仁亲王，而相对的，东宫实仁亲王却因病辞世。于是在应德三年〔1084 年〕，白河天皇退位，他一脚踢开异母兄弟辅仁亲王，把年仅八岁的亲儿子善仁亲王扶上了宝座，是为堀河天皇。
不过若因此说后三条上皇架空藤原氏的努力完全没产生效果，也是不对的，在他的时代，天皇终究收回了一部分权力，藤原摄关政治有所萎缩，这一点对后世 影响甚大。堀河天皇只是个小孩子，按照惯例，当由藤原师实担任摄政，总揽朝纲，可是白河上皇当时才不过三十四岁，正当壮年，虽然退位却坚持不肯放权。他设 置“院厅”，起用身份较低而有能力的人担任“别当”、“年预”等官职，执行政务——这就是所谓“院政”的开端，藤原家族的辉煌，至此已如明日黄花。
不过院政之与摄关政治，只是换汤不换药而已，它可以解决藤原氏擅权的问题，却根本无法解决当时日益严重的种种社会矛盾。此后“院”代替藤原氏成为日本最大的庄园主，对百姓的剥削却一如既往，毫无缓和迹象。
院政之与摄关政治的不同，仅仅表现在对武士集团的拉拢上，这也直接造成了其后武家政权的建立。武士阶层在九世纪中期产生时，存在着高、低两端，低端 为地方庄园的庄官及庄官集结起来的战斗集团，高端武士就是源、平等军事贵族，他们本身拥有庄园，并且多次受朝廷诏令平定边远地区的叛乱，或者远征虾夷，实 力逐渐膨胀。最终这高、低两端结合为一，形成了自己独特的组织结构〔家族形式的层级武士团〕，与公卿之腐朽奢靡不同的节俭、武勇的风尚。当时社会上可以说 形成了四个大的权力集团，即在中央有正冉冉上升的院、逐渐江河日下的藤原氏，在地方上有以源氏或平氏为其真正领袖或精神领袖的武士集团。
平氏由高望王担任上总介开始，在关东扩张势力，经过“平将门之乱”以及1028年爆发的“平忠常之乱”，其在关东的势力逐渐被源氏所代替，而平贞盛 因为平定将门之乱有功受到嘉奖，其子维衡把根据地转移到伊贺、伊势等地，称为“伊势平氏”，逐渐在近畿站稳了脚跟。而源氏原本是服侍摄关家的“京侍”，后 来清和源氏的源赖信平定忠常之乱，趁机攫取了平氏的关东的势力，继而还妄图利用“前九年之役”和“后三年之役”，把影响力更扩展到东北地方。就这样，源、 平两氏的势力来了个大掉个儿。
这两个最高贵的武士家族，其发展方向是截然不同的。回归京都的平氏开始与院政相结合，成为院用来对抗摄关家的强有力武器。白河院就从伊势平氏中选拔 武士守卫自己的御所，因为这些武士主要驻扎在御所北侧，故称“北面武士”。而源氏则在地方上尤其是关东地区扩展势力，大量关东地区的名主把土地从寄进给藤 原氏转而寄进给源氏，这种风潮极盛一时，乃至于朝廷曾一度明令禁止。
就这样，院政促进了武士集团的膨胀和相互对抗，新的时代正在孕育，大乱也即将到来……
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