1279年二月，元朝灭亡了南宋，完全统一中国，势力更为强盛。到了1281年，忽必烈再次下诏东征，派出两路大军：一路由忻都、洪荼丘率领四万作 战部队，战船九百艘，从朝鲜出发；一路由范文虎率领携带农具、稻种的十万江南屯田部队，战船三千五百艘，从扬子江口出发。两军约定于六月中旬在壹岐汇合， 作战部队主管作战，屯田部队在被占领区屯田，以为长久之计。
六月初，负责作战的元东路军进展神速，不待江南军到来，先绕过了对马和壹岐，直接南下侵入博多湾，攻克了志贺岛。然而因为日本幕府方面预先做好了比 较充分的准备，在博多附近建起了牢固的石堤，使得元军的战舰在到达日本近海时，竟找不到一处可以登陆的地点，只好停泊在海面上等待时机。
在停泊于海上的一个月里，元军进行的几次强行登陆作战都宣告失败，并且一直遭到河野通有、草野四郎等人所组成的海上敢死队的袭扰。这般的船上作战， 全靠个人水性和武力的拼斗，元军的步兵集群战术根本无从发挥，因此双方互有损伤，谁都无法真正改变战局。元军被迫退到肥前的鹰岛，等待江南军赶来会合。
六月底，元江南军的先遣部队攻入壹岐，七月初，南北两军终于完成汇合。然而就在即将发起总攻的七月三十日，元军再次遭到台风的猛烈袭击，兵船大部分沉没，生还者还不到十分之一——这次对日本的失败远征，史称“弘安之役”。
元军两次来侵，都因为台风骤起而遭到惨败，这只能说明忽必烈敌情搜集和出征的准备不充分，以及指挥官不知天时风候，颟顸无能。然而在日本方面看来， 两次骤起的台风如有神助，因此尊称为“神风”，认定日本岛国有天神庇佑，永远不会沦亡——就是这种愚蠢而骄傲的心理，六百多年后让他们欲哭无泪。
拉回来说欢庆胜利的幕府吧，战争虽然打赢了，敌人虽然退去了，但幕府却从此背上了沉重的负担。元朝是如此庞大，随便发动一两次远征，扔个数万人，对国民生计不会造成太大影响，而面对这样的敌人，数年来积极备战的镰仓幕府，却已经库房空虚，财政紧张了。
更要命的是，战斗既然打赢了，总该奖赏有功之将吧。按照幕府的传统，御家人应当一心“奉公”，而幕府要公平“恩赏”，恩赏的内容则不外乎土地和庄 园。比如“承久之乱”的时候，北条泰时就流放了大批公卿，没收其庄园和土地以赏赐有功的御家人。然而这次打的是防御战，根本没能获得新的土地，又拿什么来 赏赐那些奋战在第一线的九州武士呢？
幕府无力行赏，御家人们或许可以暂时咽下这一口气，然而这些御家人自己也有一族郎党，有家来，有临时拉出来的领地上的农民，不可能要求这些人也都秉 持着对幕府或主家的忠心不要赏赐。于是御家人只好大量侵占公地来达成奖赏臣下的目的，这些新被侵占的土地和庄园，并非幕府恩赏，也不可能得到幕府的承认， 是独立于幕府经济体系之外的。就这样，幕府对御家人和对全国大小庄园的控制力开始减弱。
饶是如此，仍有大批武士破产，而相对的，“百姓名主”中倒有相当数量因为发战争财而上升为武士阶层。这些新武士和旧的御家人不同，和镰仓幕府并无严 格意义上的主从关系，他们为了保护自己的土地以及土地上的产品，经常阻碍幕府对年贡的征收，甚至武装袭击和夺取运送年贡的车队。当时称这些新武士集团为 “恶党”，恶党首先出现在近畿地区，逐渐蔓延到日本各地，甚至很多不满幕府统治的地头和守护也逐渐与恶党们暗中勾结起来——后来声威赫赫的楠木正成，其实 就本是河内的恶党头子。
以上所述，都是“文永?弘安，蒙古来侵”给日本社会造成的不安定因素，这些不安定因素旧已有之，因为战争的刺激开始泛滥并且日益严重。此外，日本家族制度的变更，也给幕府统治带来了相当大的影响。
日本古代家族，表面上看是属于家名继承制，实际上则属于诸子析产制，也就是说，一门总领世代相传给嫡子〔没有嫡子的情况则另论〕，并且只传一人，然 而老子隐居或去世，名下财产却是平均分配给各个儿子的。本家的一门总领挂个家督的空名头，他的实力未必比得上那些分家，分家只是在家族完整的前提下听命于 总领而已。
因为这样，所以御家人的领地经过很多代以后越分越细，就算分家没有离心倾向〔打败元军以后，基于财政上的考虑，这种离心倾向其实是越来越严重〕，一 百头羊集合在一起，也比不上过去的一头狮子。于是很多家族就逐渐从诸子析产制向总领继承制方向转化，也即老爹隐居或死后并不分家，财产都是一门总领继承人 的，别的儿子都得靠这个新总领来养活。
为了保持御家人的活力，镰仓幕府鼓励这种新的转变，而在执权北条氏内部也加强得宗专制，事实上，从北条时赖直到镰仓幕府灭亡，一共有十二名执权粉墨登场，但是握有实权的却只有出身得宗的时赖、时宗、贞时与高时四人而已。
然而北条氏可以这样搞，别的家族若也这样搞，势力就会越滚越大，甚至逐渐强大到足以和北条氏相抗衡。这种继承制从诸子析产向总领继承方向的转化，事实上经过了漫长的近三百年才得以彻底完成，新旧轮替所产生的动乱先后搞垮掉两个幕府——第一个，就是镰仓幕府。
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