为了消除抵抗势力，尽快稳定局势，明治新政府于庆应四年（1868年）五月二十四日宣布了对德川氏的最终处分决定：勒令德川庆喜隐居，由德川氏宗家 的田安龟之助继承家督之位，改名为德川家达，改封骏府附近七十万石。然而这一决定并未能使不满西南藩阀掌握新政府的旧幕臣们安下心来，八月十九日深夜，前 幕府海军副总裁榎本武扬突然发动叛乱，率领八艘战舰拔锚北上，前去与会津等奥羽诸侯会合。
榎本舰队的旗舰“开阳号”本是幕府在戊辰战争前不久才从西方购得的新式战舰，可以说是当时日本战斗力最强的水面舰艇。榎本就这样几乎把新政府的海军 力量全都掏空了，他于九月三日航至仙台藩的青叶城，与大鸟圭介、土方岁三等旧幕府残余军队会合。经过几个人的反复商讨，最终决定前往虾夷地创立新的国家、 新的政府，以与明治政府分庭抗礼。
临近冬季，天气寒冷，加上海上风暴毫不可测，当榎本舰队于十月二十日终于在虾夷地内浦湾靠岸的时候，八艘战舰只剩下了五艘。不过两千多旧幕府军还是士气昂扬地登上了陆地，十月二十六日开进了防备松懈的五稜郭，新政府委派的箱馆府知事清水谷公考逃亡。
五稜郭乃是江户幕府在安政四年（1857年）开始动工建造的西式要塞，其目的是阻遏沙皇俄国染指虾夷地。整个要塞呈五角形状，每个角上都设置有新式炮台，外有深深的战壕围绕，可谓是易守难攻的无敌坚城。
榎本等人占领五稜郭后，立刻进兵松前藩的福山城——松前藩曾一度被移封至出羽，其后不久又挪了回来——毫无准备而又兵少将弱的福山城很快就陷落了。 十二月十五日，榎本武扬等人发表《箱馆宣言》，宣布成立虾夷共和国，选举榎本武扬为总裁，大鸟圭介为陆军参谋，土方岁三为陆军奉行并。
然而这个虾夷共和国，可悲地从成立之初就笼罩在重重乌云之中，首先是在宣言发布的一个月前，旗舰“开阳”触礁沉没，其次在宣言发布后，西方列强不肯 承认虾夷政府是德川幕府的继承人，从而放弃了局外中立的立场，站到了明治政府一边。十二月二十八日，美国把一艘铁甲巨舰卖给了明治政府，随即这艘军舰就被 定名为“甲铁”，明治政府决定以此舰为主力，击破榎本舰队，攻克虾夷地。
明治二年（1869年）三月二十日，榎本舰队的三艘战舰——回天、蟠龙、高雄——离开箱馆南下，准备奇袭并捕捉北上的“甲铁”。然而倒霉的是，三舰 还没能看到“甲铁”的影子，先就碰上了暴风雨，蟠龙和高雄全都不知道漂到哪里去了。剩下的回天舰在舰长甲贺源吾的指挥下，依旧执着地想要完成使命，于是在 三月二十五日单独冲入宫古湾，向以“甲铁”为首的明治政府八艘战舰发动袭击。
虽然甲贺源吾及其部下作战英勇，但想依靠一艘老式木体舰，以传统的接弦战方式去俘虏铁甲舰“甲铁”，本身就是一件很可笑的事情，更何况“甲铁”身边还有七艘护卫僚舰。战斗仅仅持续了三十分钟，就以甲贺源吾等十三人战死，三十余人负伤，回天舰被俘虏而宣告了计划的失败。
经过此战，榎本舰队几乎全军覆没，明治政府军得到了制海权，随即就于四月九日登陆虾夷地，对“虾夷共和国”发动了猛烈的进攻。在“甲铁”等战舰的炮击配合下，政府军很快就攻陷了弁天岬台场炮兵阵地，以及新近修筑的五稜郭北方防御工事“四稜郭”，把五稜郭团团包围了起来。
土方岁三率领“额兵队”冲出五稜郭，想要夺回弁天岬台场，结果不幸中弹身亡。惨烈的战斗一直延续到五月十八日，政府军派出黑田清隆等人前去和榎本武 扬谈判——这位黑田清隆本是萨摩藩士，曾经作为西乡隆盛的使者前往与长州藩秘密接洽——已经穷途末路的虾夷政府被迫低头，五稜郭终于打开了大门，日本全境 得到统一。
就这样，延续了整整一年半的戊辰战争终于结束了，但这只是“明治维新”的开端而已。从此日本就从古代进入了近现代，向着一个谁都难以预料结局的新方 向迈开大步。西南藩阀掌控的这个明治政府，就其根本上来说，是一个协力强国而又勾心斗角的政权，是一个封建残余浓厚而又希望全盘西化的政权，也是一个军国 主义色彩非常浓厚的政权。它将给日本乃至整个东亚地区带来什么样的悲剧呢？高杉晋作是想不到也看不到了，而伊藤博文、山县有朋等人却用他们自己的笔调，描 下了这个悲剧的开端……
“赤报队”的悲剧
推翻德川幕府的封建统治，将日本带入近代社会的明治维新，可以分为前后两个阶段，第一阶段就是戊辰战争，前后不过持续了一年半的时间而已，然后就是 漫长而艰难的制度改革、经济改革阶段。对比世界各国的近代资产阶级革命，往往血流成河，战争旷日持久，新旧势力反复占据上风，日本的这场革命无疑要迅速得 多也温和得多。然而，不管采取了何等过激的手段，各国革命中总能让人看到虽然可能很幼稚也可能和僵化，却总闪烁着宝贵的理想
主义的光芒。这种光芒在日本是很微弱的，明治唯新中罕有一心为国的充满理想主义的仁人志士——偶尔有，也都被毫不留情地干掉了。
就以“赤报队”和相乐总三为例吧。相乐总三原名小岛四郎左卫门将满，是下总国相马郡乡士小岛兵马的儿子，通称四郎。受到樱田门外事变的影响，年仅二 十二岁的四郎萌生了尊王攘夷，挽救国家民族危亡的念头，于是拿出家中所有积蓄招募同志。文久二年（1862年），他加入了“慷慨组”，在上野国赤城山起兵 倒幕。
这次起兵失败后，四郎逃归江户，不久后又加入水户“天狗党”，在筑波山举义。“天狗党”遭到镇压，四郎在江户也存身不住，于是东上京都，在那里认识 了萨藩的尊王派首脑西乡隆盛和土藩的尊王派首脑坂垣退助等人。庆应三年（1867年），西乡隆盛派四郎秘密潜回江户城，组织“浪士队”，骚扰德川幕府统治 的中心区域。“浪士队”的种种举动使得幕府大怒如狂，于是在强硬派幕臣小栗上野介忠顺的指挥下，当年十二月二十五日，幕府军攻击并烧毁了江户萨摩藩邸—— 这是戊辰战争爆发的导火索。
战争爆发后，四郎率领“浪士队”的同志重新在京都集结，并且奉侍从绫小路俊实、滋野井公寿为主，组成了“赤报队”，四郎改名相乐总三，担任“赤报 队”一番队的队长。“赤报队”领自新政府的主要任务是什么呢？那就是作为东山道方面军的先锋，率先进入信浓、上野等国，一路宣扬新政府的仁政，号召附近诸 侯归附，联兵倒幕。
所谓新政府的“仁政”，主要是指“年贡半减”，这是相乐总三提出建议，受到西乡隆盛等人同意的政治口号。总三认为，各地农民已在幕府多年的横征暴敛下苦不堪言，如果新政府答应减少一半年贡，他们肯定会群起响应，则幕府的统治必将瞬间倾垮。
然而，到了庆应四年（1868年）的一月下旬，京都却开始流传出“赤报队”“恐吓民众，掠夺财物”的谣言，听到这种谣言，已经进入信州的“赤报队”二番队、三番队在两位公卿头子的率领下，立刻转身跑回了京都。相乐总三茫然无措，于是孤身前往东山道总督府去澄清谣言。
就趁着相乐总三离开的机会，信州各藩纷纷对“赤报队”发起突袭，将其半数杀死，半数逮捕。等到总三在东山道总督府申诉成功，乐呵呵回到信州的时候， 不禁被眼前的情景给惊呆了。经过他反复游说和催促，各藩终于答应将所逮捕的“赤报队”一番队队员全部释放——但这只是一个缓兵之计而已，“赤报队”的彻底 覆灭就在眼前。
原来，有关“赤报队”“恐吓民众，掠夺财物”的谣言，根本就是新政府派人放出去的，其原因就在于新政府财政拮据，无法承担庞大的军事开销，被迫向三 井等大财阀借款，而这些大财阀为了聚敛钱财，根本上反对“年贡半减”政策。基于这一因素，新政府不惜食言而肥，失信于天下百姓，“赤报队”就此变成了可悲 的政治牺牲品。
庆应四年（1868年）三月，东山道总督府突然逮捕了再度前来申诉的相乐总三及“赤报队”残余队员，随即以“伪官军”的罪名将总三及其亲信八人在信 州下诹访处以斩刑——相乐总三享年仅三十岁。明治政府是以此向农民们表示：政府根本就没有发出过“年贡半减”的承诺，这都是“赤报队”这些伪官军混淆视听 的谣言。咱们仗照打，幕府照倒，年贡照收，以为在新政府统治下农民们能过好日子，那只是不切实际的妄想！
一直到六十年后的1928年，日本政府才终于为相乐总三和“赤报队”恢复了名誉。这一场延续了半个多世纪的冤狱，非常鲜明而透彻地揭示了明治维新以及维新政府的垃圾本质。
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