而真正让燕京大学跻身世界一流大学地位的，则是哈佛燕京学社的建立。上世纪初期，司徒雷登了解到美国铝业大王霍尔（1863-1914年）有一笔巨额遗产捐作教育基金，并声明遗产中一部分用于研究中国文化，由一所美国大学和一所中国大学联合组成一个机构，来执行这项计划。起初遗嘱执行机构选了美国的哈佛大学和中国的北京大学，但司徒雷登设法成功地说服哈佛大学与燕京大学合作，于1928年春成立哈佛燕京学社，并设立燕京学社北平办事处。司徒雷登回忆这段往事的时候说：“那是一次可怕的经历，弄得我十分紧张，心里为自
己事业的前途担忧，连吃的东西也顾不上看一眼。
出任大使晚景凄凉
我们可以注意司徒雷登在哈佛燕京学社成立之后所说的那句话，在说那句话的时候，他完全是以一个中国人自居并为此感到欣喜。事实上也正是如此，他不仅把燕京大学看作自己毕生的事业，更是把它看成是中国事业的一部分，认同这所大学是“中国人的大学”。也正因为如此，司徒雷登在当时的燕大师生当中受到极高的推崇。而由于燕京大学的成功以及它的影响，司徒雷登在中美两国的声誉也在上个世纪中叶达到了巅峰。
有一件事特别能够体现燕京大学以及司徒雷登在当时中国的影响。1935年，那时候的燕京大学已经享誉国际，当时对于政府的一些部门来说，它并没有受到足够的重视。有一次司徒雷登发出了这样的抱怨，蒋介石知晓之后，立即为司徒雷登在南京励志社安排了一次演讲。那次演讲，蒋介石临时有事，未能参加，但是在当时的行政院院长汪精卫的率领下，包括宋子文、孔祥熙、张群、何应钦、陈诚在内的各院、部和三军负责人近200人出席了这次集会。在这次演讲中，司徒雷登把燕京大学的种种状况介绍给当时的官员，以至于此后的燕京毕业生在应聘政府职员的时候，政府部门都不得不对他们青眼有加。
司徒雷登对于学生更是像一个慈祥的长辈，在燕京学生人数较少的时期，他能够准确地说出每个学生的名字。后来学生逐渐增多，但他依然努力做到这一点。当时燕京有个规定，未名湖里禁止钓鱼，但是有个学生忽视了这个规定，正当他手持鱼竿在未名湖畔悠然自得的时候，一个慈祥的声音在他身后响起来：“这湖里面的鱼不错吧？”
1937年抗日战争爆发，司徒雷登也在考虑着是否把他经营了许多年的燕京大学迁往后方，但是经过一番深思熟虑，他决定让这所大学留在北京。他迅速地在燕园升起美国的星条旗，以表示此处属于美国财产，又特别在大门上贴上公告，不准日军进入。司徒雷登本人并不认同共产党，但是就是在这样的时期，抗日刊物以及各种宣传马克思主义的刊物依然在燕京大学里正常地得以出版。燕京大学的校友、旅加拿大学者林孟熹在多年之后发出这样的感叹：“星条旗啊！多少年来你曾在这块土地上留下令《独立宣言》蒙羞的可耻记录，可这一次却让你顿增光彩。”由于司徒雷登这种兼容并包的胸怀，在那段风雨如晦的岁月中，抗日救亡的呼喊得以在这个由美国人创办的教会大学中发出了时代的最强音。1945年抗日战争胜利后，毛泽东主席在重庆第一次见到司徒雷登，就满脸笑容地对司徒雷登说“……久仰！久仰！你们燕大同学在我们那边工作得很好……”
司徒雷登与燕京大学，仿佛就是一体。那所由他的朋友们捐赠给他作为居所的庭院，位临未名湖，冰心先生给它起了个诗意的名字：临湖轩。但是司徒雷登并没有一个人独享它，而是作为学校的办公地点，所以，很快地，这座庭院成为了燕京大学的标志。每年的6月24日，燕大的学生必定来到这里，给这位受他们尊重的校长祝贺生日。1926年6月5日，司徒雷登的夫人在这所庭院离开人世，她的墓地成为了燕大校园中的第一座坟墓。也许，从那个时候起，司徒雷登就跟燕京大学融为了一体。
他本来应该一直生活在这个美丽的校园里，但是在1946年，他做出了出任美国驻华大使的选择。在他即将离开北平的时候，在某个中美联谊会为他举行的欢送会上，他突然发现了已经认识了多年的北京大学校长胡适。在他的即席发言中，他把自己与胡适作了一番比较，他说：“他幸运地辞去了出使国外的使命（指胡适辞去了驻美大使的职务），返回了北平当大学校长，而我却要离开这最可爱的城市和那令人满意的事业，去从事一项前途未卜的使命，而这正是胡博士所避开的。”不过，燕京大学校友林孟熹对此则有不同的回忆。
林孟熹曾就司徒雷登出任大使请教当时燕大政治系主任兼校务委员会成员陈芳芝，陈芳芝回忆说：“在离开燕园赴南京就任前夕，司徒雷登曾经对他说：‘出任大使是为了谋求和平，而只有在和平环境下，燕京大学才能生存和发展。’”
但是长于治校的司徒雷登对于政治显然没有对于教育那样了如指掌，这段大使生涯让他感到心力交瘁。他想一碗水端平，因此得罪了他过去的老朋友蒋介石，以至于1950年司徒雷登的75岁寿辰，当时国民党政府驻美大使顾维钧请示蒋是否以蒋的名义赠送鲜花，蒋冷漠地回答：不必了。甚至他昔日的学生们，也不能完全了解他的一片苦心。据林孟熹回忆，1948年5、6月的一个下午，燕京的学生代表在临湖轩就中美关系和美国对华政策交换意见，气氛剑拔弩张，因为燕大过去给他的教育是：“吾爱吾师，吾更爱真理。”
随着南京的解放以及美国对华政策的彻底失败，1949年8月2日，司徒雷登不得不踏上回美国的飞机，离开这片他曾经生活了50年并曾经深深热爱过的土地。在飞机上，他看到美国国务院发表的《白皮书》，在那里面，司徒雷登完全成了一个美国对华政策失误的替罪羊。而在大洋彼岸的这一侧，毛泽东主席则发表了那篇著名的文章：《别了，司徒雷登》。这位老人再也支撑不住，一下子中风卧床不起。在他身边的，只有过去一直支持他的秘书傅泾波。这个富有传奇色彩的中国王公的后人，在司徒雷登卧床不起的日子里，体现出他一如既往的君子之风，像一个儿子一般服侍在司徒雷登的身边。恐怕也只有他，能够体会司徒雷登此刻心情的荒凉。