陆志韦受的是美国教育，到燕京大学来也是在帮美国人办学，但是他有他自己的想法。他对美国人的态度是不卑不亢的，并无一般人所认为的那种洋奴相。他曾说过：“是美国人出钱办的燕京大学，但燕京大学不是为美国人办的！”并常常以“盗泉之水，可以灌田”这句话，表明他的办学态度。燕京大学的同仁们常说：“只有陆先生敢和美国人反驳。”美国托事部的做法是要人们按照他们的想法办学，而陆志韦先生却一贯主张要按中国的需要来办学。为此，在与美国托事部打交道中经常发生争执。1941年初，美国教会在中国办的13所大
学的托事部要成立联合托事部，组成一个系统，按一个模式办学。陆志韦先生对此坚决反对，他主张按中国的需要各自办好学校。他的意见虽为大多数中国教职员所拥护，但却没有被美国方面所接受。例如燕京大学要办工科的问题，从30年代末期太平洋战争爆发之前，燕京有些人士就议论过。战争之后大家更加认为，中国必将兴起建设的高潮，因此中国需要大批工科人才。特别是陆志韦先生，他一贯认为要振兴中华就要发展科学技术事业，大力培育科技人才，使我国以科学技术的优势，跻身于世界上先进国家、民族之林。燕京大学过去曾办过制革、化工等应用学科，培养了不少实业人才。在此基础上再加以扩大，办起机械、电机等工科是很切合实际的。1945年复校之后，在陆志韦先生的倡议下，开办工科的意见又一再被提了出来，但托事部却不肯答应。最后，陆先生不顾托事部的干扰，向国内一些民族资本家募集捐款兴办了工科课程。对此，托事部声称不承担责任，并且一直耿耿于怀。
1946年夏初，成都燕京大学决定复员回平，师生们分批陆续北上。陆志韦先生主持了迎接复员来平师生的组织接待工作和蓉平两校间的各项协调工作。
抗战胜利后，国民党政府曾拟邀请陆志韦先生出席庐山会议，陆先生闻讯后即向校内同仁们明确表示不去！会后，蒋介石派人送来一枚“勋章”，以表彰他在抗日时期所表现的民族气节。陆先生从楼上把勋章抛到楼下，说：“把国家搞成这个样子，还发什么勋章！”并写了一篇四六文，劝他们放下屠刀，讽刺蒋介石抗战胜利后又发动内战。
陆志韦先生不仅对蒋介石，对国民党其他派系人物也持这种态度。李宗仁为了通过陆志韦与司徒雷登拉关系，于胜利后的一天，携夫人到陆家。尚未进门就大嚷：“陆校长，我来过田园生活。”落座后谈话中，已流露出意图。于是，陆志韦马上对次子卓明说：“你去带他们游燕园，过田园生活吧。”游园回来，陆家已煮好自种的老玉米，陆说：“每个人吃两个。”这样，始终未容李说出自己要说的话。
大约在1947年末或1948年初，胡适先生来访，谈话间谈到了国内形势。胡适先生劝陆先生把燕京大学迁到南京去。这时候在燕京人内部也有人在议论着是否南迁的问题。陆先生说：“我不走。……谁要走，自己走。要校长下令南迁，不可能！”这样，胡适与陆志韦先生从20年代开始的友谊就此结束了。
1947年至1948年间，学生运动处于高潮中。有一个国民党人对陆先生说：共产党在燕大都闹翻天了，你的公子也混在里面，你也不管管！陆先生回答说：燕大的校训是“因真理，得自由，以服务”，学生们追求真理有什么可指责的？连美国教员也支持学生呢！
学校经费在联合托事部不断削减拨款的情况下日感拮据。托事部想从经济上使陆志韦先生就范，陆先生与托事部的矛盾越来越大，终于在1947年暑期矛盾激化。陆志韦先生一怒之下，借故休假一年，不理校政。但他仍留在校内，一方面休养身体，一方面读书。那时，国内解放战争已转入反攻阶段。陆先生对时局十分关心，虽然休假在家，但总是为校内行政权逐步落入外国人之手而担心。因此，他时常还要以在野身份出面干涉。学生们对陆先生是十分敬仰的，他们说陆先生好像一位慈祥的父亲。由于陆先生的高风亮节和对同学的爱护，使同学对他不但有崇高的“敬”，而且对他还有从内心深处发出的“爱”。
1947年除夕，学生会邀请陆志韦先生在全体师生新年同乐会上讲话。陆先生一上台，台下便掌声雷动，达四五分钟之久。下面摘录当年《燕大双周刊》第52期上的一段记载：
……陆先生讲演大意说：在目前这个年头，完全不感觉苦恼的人当然是麻木、堕落，然而快乐的人不一定都是堕落。从心理学观点看，一个人的苦闷、悲哀、烦恼，都是没有接近生活的表现。一个人如果真正面对生活，则不论环境怎样困难，心情怎样痛苦，他都是快乐地、振作地奋斗下去。因此，他觉得今晚举办的新年同乐会并非没有意义。他又举北平人过旧年的对联：“人过新年，二上八下；我辞旧岁，九外一中。”他说：二上八下者包饺子，九外一中者捏窝窝头。今年物价这样涨，教职员或者还可以凑合吃顿饺子，大多数学生可只有吃窝窝头了。由此证明人的欲望非常简单，过新年只不过要求吃顿饺子而已。……凡是生活在燕京的，不论嘴里怎样说与民同乐、民主，但实际生活并未与民众连在一起。环境越困难，有良心、有正义感的人越会感到这一点。1948年中国的情形将更坏，可能演变到人吃人的地步！但大家不要以为中国无希望。如果有饭吃的人都肯对无饭吃的人发一点慈悲，也许有点希望！反正明年吃苦是定了。但无论怎样今晚也该乐一乐，这样才有点人的乐趣。……（《苦中作乐之新年同乐会》）
陆志韦先生在讲话中还展望了1948年的形势，他明确地指出，局势快要变了，但是天快亮前更黑暗，1948年的环境会更加困难，大家要有思想上的准备。为了迎接光明的到来，大家还要度过一段更加艰难的日子。陆先生的讲话，引起了与会同学和教职员工的共鸣。
支持爱国反蒋的学生运动
1948年夏天，面对越来越严酷的环境，在各方面人士苦苦相劝之下，陆志韦先生断然挺身而出，力撑危局，复任燕京大学校务委员会主席。这是因为形势逐渐恶化，只有陆志韦先生才能应付国内和国外的局面。在陆先生休假期间，原代理校务长的美国教授窦维廉已调去协和医学院任教，燕京大学便没有再请校务长，只是找了个美国人作校务委员会的执行干事，以便于同托事部打交道。因此，陆先生在燕大师生的心目中，实际上就是校长了。这时，国内的形势日益紧张，国民党在军事上屡遭失败的情况下，对各大学进步师生的迫害日甚一日。同时，学生运动也就一浪高于一浪。在历次的反迫害、争取民主自由的学生运动中，燕京大学的教职员工在陆志韦先生领导下，总是千方百计地支持学生，保护学生。除了发表支持的宣言外，每当学生们进城去游行示威，总会发现有中外教师紧跟着。有人误以为是在监视，其实这都是受陆志韦先生的委托来保护学生的。每次游行胜利归来后，总会有学校派来的汽车把体弱的同学接回去。遇到有国民党特务或警宪捣乱，外籍教师就会出面把他们吓回去。