一是批评咸丰皇帝苛于小节，疏于大计。比如臣下晋见皇上，该穿何种服色，本有明确规定，皇上却反复过问这些小事；对于一些大事，皇上却不闻不问。比如发往广西的人员，安排极不合理，姚莹威望颇高，却只是“泛泛差遣委用”，而严正基地位低贱，资望浅薄，却委以办理粮台大任。这些，都是疏于大计的明证。
二是批评咸丰皇帝徒尚文饰，不求实际。曾国藩明确指出，皇上继位年余，曾表示广开言路，对于内外臣工上奏之折，有建设意见的将给予奖励，但结果呢，“大抵皆以‘无庸议’三字了之”；即使是对于那些稍事奖许者，也只是做做样子，毫无实际效果。比如，“手诏以褒倭仁，未几而疏之万里之外；优旨以答苏廷魁，未几而斥为乱道之流”。这都是皇上“鲜察言之实意，徒饰纳谏之虚文”的表现。
三是批评咸丰皇帝出尔反尔，自食其言，刚愎自用。曾国藩指出，皇上继位之初，曾经公开宣称要“以用人与行政并举”，但近来却连下谕旨，“皆曰‘黜陟大权朕自持之’，不容臣下‘更参末议’”。这是皇上失信于臣工的具体表现。况且，目前情势紧迫，广西军务大计独由皇上一人运筹，实为不妥。
奏疏到了结尾处，曾国藩几乎要给咸丰皇帝以警告了，曾国藩告诫咸丰皇帝，如果不听忠言，一直骄矜处世的话，那么，皇帝就将会觉得直言者面目可憎，奸佞之臣和蔼可亲，当今社会那些毛病将继续蔓延，没有尽头。
这样的奏疏，话语的确说得太狠了一点，也可能是曾国藩想仿效古代的谏臣吧，故意把事态说得严重一些。年轻的咸丰皇帝没有看完，就把曾国藩的奏疏狠狠地摔在了地上，并且，召来军机大臣，想问罪这个迂腐的老夫子。大臣们苦苦求情，曾国藩才免予获罪。余怒未消的咸丰皇帝自此之后，一直对曾国藩耿耿于怀。在此之后，曾国藩的恩师多隆阿被罢免，咸丰对曾国藩更是心存芥蒂。也许是性格和气场的不尽相同吧，在内心深处，这个一生好诗词、美酒，尤爱女色、房中术和的乱世皇帝，对谨小慎微的汉族臣子曾国藩，一直不太感兴趣，他从未将这个湖南乡下人当作自己的爱臣。
不过年轻的咸丰皇帝在这件事的处理上，还算是开明——冷静下来之后，咸丰还故作姿态地颁布上谕，对于曾国藩奏折一事作了说明。在上谕中，咸丰辩白说，虽然曾国藩的奏疏显得迂腐欠通，但毕竟用意是好的，对于下面的建议，朝廷只能采用切实可行的方式，对于一些沽名钓誉的谏言，只能用“无庸议”来表达——显然，咸丰是想以如此方式打一个圆场。对于曾国藩，咸丰甚至还给予了某种褒扬，又让他兼署刑部侍郎。这样，年纪并不太大的曾国藩，陆续担当并且同时兼任过礼部、吏部、兵部、工部、刑部等六部侍郎。这样的经历，在京城的汉族官员中，可谓屈指可数，也足见曾国藩的能力和声望。不久，曾国藩又被咸丰任命为四川乡试的主考官。曾国藩在四川悠闲地待了几个月，不仅得到了很多实惠，同时游历了西南之地的很多地方，领略到在京城从未享受过的风光。