太平天国在经历一番内乱后，大伤元气。更让太平天国感受到打击的，是他们对于洪秀全的个人崇拜遭遇到了沮丧，人们开始怀疑洪秀全的神话了。这个新成立的“政教合一”的组织不得不收敛起锋利的进攻态势，开始坚壁清野固守城池了。战事对于太平天国来说，已转入战略防御阶段。几个月后，形势逆转直下，在苏南战场，清军江南大营死灰复燃，1857年，清军张国梁部攻克镇江，威逼金陵。在江西，石达开回金陵之后，曾国藩开始全面反攻，江西太平军力量几乎全部瓦解，仅存湖口、九江等地，成为孤立的据点。在湖北方面，太平军武昌城的守将韦俊是韦昌辉的亲弟弟，兄长被杀，韦俊斗志完全丧失，弃城而逃后投诚了湘军。胡林翼重新占领了武昌，武昌的失守让战局立即得到改变。1856年底，湘军水陆两路再次顺江东下，连陷黄州、蕲州、大冶、兴国等；1857年1月，又攻下黄梅。在湖北，太平天国丢失了大量地盘，基本丧失了战斗力。紧接着，李续宾统率湘、楚军一万多人，直抵九江城下。很快，九江城被攻陷，太平军一万多人阵亡。
1857年，洪秀全从香港招回了洪仁玕，又让李秀成、陈玉成、李世贤等青年将领挑起了大梁。李秀成、陈玉成等执掌军权之后，混乱的局面得到控制。双方的军事形势又呈对峙平稳局面。这段时间，双方就像互相搏击的野兽一样，一边舔着自己的伤口，一边绞尽脑汁寻找对方的破绽，谋划着给对手致命一击。曾国藩就像一条阴险无比的眼镜蛇一样，全力对自己的部队进行整编改进，补充了大量先进的。曾国藩一直是一个战略高手，虽然就具体战术的制定和执行而言，不是曾国藩的强项，但曾国藩有高屋建瓴的视野，能凭借敏锐的观察力和智慧，从大势上看到敌人的薄弱之处。在曾国藩看来，太平天国的本质还是“流寇”，对于这样的对手，一定要避其锋芒，消耗它的锐气。如果湘军能得到有效的坚持，太平天国肯定会不战自乱，因为它的实力和倚仗的信仰，无法支撑它去打持久战。也因如此，曾国藩在整个战略思想上，更接近于稳扎稳打、步步为营；更热衷于拼消耗，拼实力，拼时间。自此以后，湘军一直贯彻着曾国藩的战略思想：不轻易打浪仗，一旦扎下营寨之后，先把自己的防守立于不败之地，把营寨布置得固若金汤。曾国藩甚至对湘军营盘围墙建设都作了硬性要求，要求营盘的围墙一般要有八尺高、三尺厚，墙外面必须有一道深沟，深沟八尺宽、六尺深，墙外两道，墙内两道等等。这样的营寨扎在哪里，就是一道坚硬的堡垒。应该说，曾国藩的战略思想对于太平天国的打击是致命的，一支离开了本土，在组织路线和指导思想上一直支离破碎的军队，是很难保证长久的。