1860年6月李秀成攻克苏州，形势对于清廷变得越来越不利，朝廷不得不打曾国藩和湘军这张牌了——一个好消息传来——6月8日，朝廷着曾国藩署理两江总督，令统率所部兵勇，取道皖南，恢复东南。8月上旬，朝廷实授曾国藩为两江总督，并命为钦差大臣督办江南军务，所有大江南北水陆各军均归节制；又将杨岳斌、彭玉麟统率的湘军水师拨归曾国藩节制调遣。
接到上谕的那一刻，曾国藩长吁一口气，终于感到扬眉吐气了。曾国藩得到的，不仅仅只是官位，更重要的，还是承认。从一开始组建湘军起，曾国藩就一直在不信任甚至打压中度过。或许朝廷清楚地知道，曾国藩之所以挺身而出，只是为了维护汉民族数千年的文化道统，对于满族的朝廷，并不是油然于心。曾国藩感到欣慰的是，朝廷此番决定，对湘军各方的情形有利，尤其是那些抗战的兄弟们，会因此有些名分，对于今后的前程，也会有利一些。身处两江总督的位置，曾国藩担心的一点是，太平军在苏南一带势头正旺，力量倍增，此时让他督办江南军务，压力是可想而知的。在家信当中，曾国藩流露出自己的情绪：担当此重任，深感害怕，最担心的是跟前任一样，遭受失败，让自己的家人蒙羞。这样的事，真不知是祸还是福，只有自己辛勤地做事吧，以报效朝廷。
有一个小插曲，足以说明曾国藩的做人准则——曾国藩接到上谕后，幕僚提醒说，在任命过程中，新上任的军机大臣肃顺起到非常大的作用，是因为肃顺的举荐，咸丰才下决心让曾国藩担当两江总督的。建议曾国藩给肃顺写一封感谢信，这样对曾国藩以后的升迁也有好处。曾国藩考虑一番后，没有写这封信，他觉得自己担任两江总督是朝廷的任命，不是哪一个人的原因，如果硬要归功某一个人的话，就把是非搞颠倒了。曾国藩只是给皇上上了一个折子，以谢龙恩。等到咸丰去世，慈禧联合慈安以及咸丰的两个弟弟发动宫廷政变，杀掉肃顺之后，在肃顺家找到一个密封的大箱子，里面装的都是全国各地的命官给肃顺的效忠信，几乎所有人的都有，唯独没有曾国藩的。这一下，也让慈禧对曾国藩有了一个很好的认识，确认曾国藩是忠于朝廷的大臣，也敢用曾国藩了。一次阴差阳错的经历，足以说明曾国藩的处事原则和处事方法。
应该说，曾国藩就任两江总督，不仅仅是曾国藩个人的转折点，也是战争的一个转折点，甚至可以说，是中国近代史上的一个关键点。正是满族君主政体和汉族上层分子中的领袖人物融为一体所造就的强大保守联盟，才使得这个腐朽的王朝苟延到二十世纪。同时传来的好消息是：朝廷同意了曾国藩的请求，在全国推广厘金制度。这一件事，让曾国藩非常高兴。这样，湘军的军事供给就有了很大的保障，最起码，会比以前的状况改善很多。晚清的厘金制度，是1853年帮办江北大营的刑部侍郎雷以创议的，其办法是，在盐、土药、洋药以及百货中征收百分之一的厘金，用于地方库银，这一部分，主要作为地方政府承担的军饷。1856年，曾国藩曾与湖南巡抚骆秉章达成协议：湖南的大部分厘金被指定作湘军经费之用。曾国藩重新出山之后，曾经力争为整个江西的厘金另外开辟一个不受省布政使控制的特别官署，这样，便绕开正式的财政机构，将这一部分钱财直接用于湘军的供给上。但这个渠道一直通行不畅。现在，朝廷正式同意了这一项措施，这意味着从此之后，湘军军费有了重要保证。曾国藩如释重负，自己这么多年牵扯精力最多的，就是湘军的供给。