为此，郑敦谨耿耿于怀，这时听了曾国藩意见，越觉得满怀抑郁难宣，不由得就发了牢骚。
“不该办的非办不可，该办的却又不能办。”他说，“读书六十年，真不知何以为怀！”
曾国藩的牢骚更多，但养气的功夫，他比郑敦谨来得到家，所以不动声色地答道：“相忍为国而已！”
能忍是一回事，办案又是一回事。郑敦谨那个年过得很不是滋味，大年初一还好，年初二一早，马新贻的胞弟，浙江候补知县马新祐，领了他的过继给马新贻的儿子毓桢，跪在钦差大臣的行辕门口，放声痛哭，请求伸冤。好不容易给劝了回去，接着便是袁保庆来拜，郑敦谨跟他的叔叔袁甲三是会试同年，所以袁保庆称他“老世叔”，为他指出张文祥供词中，种种不合情理的疑窦，要求严办。袁保庆向来心直口快，对曾国藩和魁玉都有批评，张之万更为他隐隐约约指责得一文不值。江苏巡抚丁日昌丁忧开缺，张之万奏旨接任，朝命一到，忙不迭地赶往苏州，催丁日昌交卸，胆小怕事到如此，颇为袁保庆所讥评。
“还有人居然在马制军被难之后出告示，说‘总督家难，无与外人之事。’老世叔请想，疆臣被刺，怎能说是‘家难’？”
郑敦谨也听说过这件事，出告示的人就是梅启照。“这当然是失言！”他说，“我奏旨跟涤相会办此案，凡事亦不能擅专。等稍停几日，我再约诸公细谈。”
过了初五，郑敦谨会同曾国藩约集江宁的司、道、府、县会谈案情，别人都不讲话，只有孙衣言侃侃而谈，说指使的人倘能逍遥法外，则天下将无畏惧之心，又何事不可为？所以这一案办得彻底不彻底，对世道人心，关系极大。又说，民间谣诼纷传，上海戏园中甚至编了“张文祥刺马”这么一出新戏开演，明明是诬蔑马新贻的荒唐不经之谈，而竟有朝中大臣，信以为真，做一首诗，说什么“群公章奏分明在，不及歌场独写真”，马新贻含冤而死，复蒙重谤，天下不平之事，那里还有过于这一案的？
上海丹桂茶园编演“刺马”新戏，轰动一时，连远在安庆的安徽巡抚英翰，都有所闻，特为咨请上海道涂宗瀛查禁，以及孙衣言所提到的那两句诗，郑敦谨无不知道。那首诗出于乔松年的手笔，郑敦谨跟他虽是同年，也觉得他做这样的诗，实在有伤忠厚。
不过乔松年家世富饶，虽做过大官，不脱绔裤的习气，养尊处优，深居简出，跟恭王是倡和的朋友，一时觅不着诗材，信口开河，不足为奇。所以郑敦谨这样答道：“乔鹤侪的话理他干什么？清者自清，浊者自浊，马端愍的清誉，总有洗刷的一天。”
曾国藩也深深点头，用马新贻的谥来譬解：“端愍之端，即是定评。至于民间好奇的流言，事定自然平息，此时倒不必亟亟于去辟它！等定谳以后，我自然要替马端愍表扬。”
郑、曾二人作此表示，使得孙衣言的气平了些。当时决定正月初七开审，照例由首县办差，定制了簇新的刑具，送到钦差行辕，就在二厅上布置公堂，一共设了五个座位，除去郑敦谨和随带的两名司员以外，另外两个座位是孙衣言和袁保庆的。
这是那两名司员想出来的主意，因为此案的结果，已经可以预见，怕他们两人将来不服，会说闲话，甚至策动言官奏劾，别生枝节，所以建议郑敦谨用钦差大臣的身分，委札孙衣言、袁保庆参与会审。
接到委札，孙衣言特为去看袁保庆，要商量如何利用这个机会，追出实情。袁保庆因为曾国藩接任后，仍旧被委为营务处总办，公事极忙，经常在各营视察。替他料理门户的是他过继的一个儿子，名叫世凯，字慰庭。袁世凯这时才十三岁，矮矮胖胖，因为常骑马的缘故，长了一双“里八字”的罗圈腿，貌虽不扬，脑筋极好，已脱尽童騃之态，很整个成年的样子，凡有客来，如果袁保庆不在家，都归他接待。“慰庭！”孙衣言把手里的公事扬了扬，“令尊也接到委札了吧？”
“是！今天一早到的。”袁世凯答道：“家父昨天下午到六合查案去了，委札还不曾过目。”
“你拆开看了没有？”
“看了。怕是紧要公事，好专差禀告家父。”
“令尊什么时候回来？”
“临走交代，今天下午一定回来，正赶得上明天开审。”
“我要跟令尊好好谈一谈。奉委会审的，就是我们两个人。”
孙衣言说，“此案不平的人极多，无奈不在其位，不谋其政，要想讲话也无从讲起。所以我们两个人的责任特重，等于要为所有不平的人代言。等令尊回府，请你先把我的意思转达，今天晚上我在舍间专候，或是令尊见访，或是给我一个信，我再来。无论如何要见一面。”
“是！老伯的吩咐，我一定告诉家父。不过……，”袁世凯笑了笑又说，“我想放肆说一句，不晓得老伯容不容我说？”
“说！说！你常多妙悟，我要请教。”
“不敢当！”袁世凯从容答道，“我劝老伯不必重视其事，更不必有所期望。照我看，郑钦差不过拿这委札塞人的嘴巴而已！”
几句话把孙衣言说得愣在那里，作声不得。好半晌才用无穷感慨的声音说道：“我的见识竟不如你！不过……。”他把下面的那句话咽住了，原来是想说：钦差的用心，连个童子都欺不住，何能欺天下人？
“老伯是当局者迷，总之，是太热心的缘故。”袁世凯老气横秋地说，“我劝老伯大可辞掉这个差使。”
“这也是一法，但不免示弱。”孙衣言很坚决地说：“明知其不可为而为之，我不辞，我要争！”
这种择善固执的态度，袁世凯再聪明亦不能了解，而袁保庆是了解的，当夜去回拜孙衣言，表示也要据理力争。
第二天一早，钦差行辕外，聚集了好些百姓，有些纯然是来看热闹，有些则是来替张文祥“助威”的。当然，钦差大臣奉旨审问如同大逆的要犯，跟地方官审理案件不同，警戒严密，不得观审，百姓只能在一府两县差役的弹压之下，远远站在照墙边张望。
此外从钦差行辕到上元县衙门，一路也有百姓在等着张文祥。他一直被寄押在上元县监狱，独住一间死刑重犯的牢房，但睡的高铺，吃的荤腥，有个相好，钓鱼巷的土娼小金子，偶尔还能进去“探探监”，所以养得白白胖胖，气色很好。这天一早，扎束停当，饱餐一顿，然后上了手铐，在重重警戒之下，被押到钦差行辕。看到夹道围观的人群，不由得满脸得意，看的人也很过瘾，觉得张文祥为兄报仇，不但义气，而且视死如归，颇有英雄气概，恰恰符合想象中的侠义男儿的模样。
孙衣言和袁保庆是早就到了，在花厅里陪着郑敦谨闲谈，谈的是天津教案。正在相与感叹，国势太弱，难御外侮之际，督署派来当差的武巡捕来报，说张文祥已经解到，请钦差升堂。
等坐了堂把张文祥带了上来，郑敦谨看他一脸既凶且狡的神色，心里便有警惕，所以问话极其谨慎，而张文祥其滑无比，遇到紧要关头，总是闪避不答。那两名司员因为已经得到指示，也是采取敷衍的态度，一句来一句去，问是问得很热闹，却非问在要害上面。
于是袁保庆开口了，他是问起一通奇异的文件。在马新贻被刺以前几天，督署接到一封标明紧急机密的公事，封套上自然盖着大印，但印文模糊，不知是那个衙门所发？打开来一看，里面是一张画，画的一匹死马，文案上赶紧叫人逮捕那投文的人，却已不知去向。这张意示警告的画，究竟是谁弄的玄虚？袁保庆要问的就是这一点。
照袁保庆想，如果张文祥真的为了私仇，处心积虑，非置马新贻于死地而后快，则行踪愈隐密愈好，岂能事先寄这么一张画，让马新贻好加意防备？这是情理极不通之处。
而且，反过来看，果真马新贻有过那种不义的行为，则此画的涵意，在他是“哑子吃扁食，肚里有数”，也会特加防范，何致漫不经心，自取其祸？
“王书办！”袁保庆说：“把那张画取来！”
王书办是上元县的刑房书办，张文祥一案的卷牍证据，都归他保管，知道他指的是那张“死马”的画，当即取来呈堂。
“张文祥！”袁保庆把那张画提示犯人：“这张画你以前见过没有？”
他问得很诡谲，因为这张画以前没有提出来问过，是最近钦差到了江宁，有人突然想起，这张画来路可疑，特为检了出来归案。袁保庆疑心张文祥根本不知其事，但如说了缘由，他必定一口承认，真相就难明了。所以故意这样套他一句，如果张文祥不知就里，一口回答“不曾见过”，则送画的自另有人，追出这个人来，就可以知道指使的是谁。
然而他失望了，张文祥看了看答道：“见过的。”
“你在那里见过？”
“是我送给老马的。”
“咄！”有个司官拍案叱斥：“岂有此理！你对马制台，怎么能用这样无礼的称呼？”
张文祥把双三角眼翻了翻，什么表示也没有。
“我问你，这张画是你亲自送到总督衙门的吗？”袁保庆又问。
“是我自己送的。”
“你为什么要这么办？你不想想，这一下有了防备，你还能有侥幸一逞的机会？”
“明人不做暗事！先给他个信，教他小心！”张文祥答非所问地，但仿佛强词夺理，很难驳诘。
袁保庆也感觉到了，张文祥实在难对付！凡是犯人，或者想脱罪，或者想避重就轻，企求着堂上笔下超生，决不敢胡扯惹问官生气。而张文祥不同，本性既凶狡，又根本没有打算活命，若说他有些微畏惧之心，无非怕吃眼前亏，可是堂上定了决不用刑的宗旨，那就连这一丝忌惮都没有了！因此信口雌黄，想怎么说就怎么说，拿他毫无办法。
好在目的是要追指使的人，袁保庆便不理他那套大言不惭的话，仍旧在那幅画上追根。
“那么，这张画，是你自己画的？”
“这也没有了不起，反正一匹‘死马’！”
“哼！”袁保庆冷笑一声：又喊：“王书办！”
“喳！”王书办趋前听命。
“拿纸笔给他，开去手铐，叫他照样画一张！”
王书办依言照办，把那张画铺在张文祥面前，再取一副笔砚，一张白纸，一一摆好，然后指挥差役开去手铐，把枝笔递到张文祥手里。
就在提笔要画的那一刻，他忽然将笔一丢，摇摇头说：
“我画它不象！”
袁保庆一听这话，立即拍案喝道：“说！这张画是谁画的？”
突如其来地这一声，大家都吓一跳，张文祥仿佛也是一惊，愣了一下，立即恢复正常，很随便地答道：“我也不知道是谁画的。”
“这一说，是个什么人交给你的。是不是？”
旁敲侧击地套了半天，终于把意向说明白了，袁保庆是在套问指使的人。张文祥却是仿佛早就看出他的用意，不慌不忙地答道：“也没有什么人交给我。”
“那么，这张画难道是天上掉下来的不成？”袁保庆连连击桌：“说，说！”
张文祥丝毫不为所动，“倒不是天上掉下来的。”他说，“是我在地上捡到的，想起正好寄给他，当个口信，便这么做了！”
这样回答，迹近戏侮，袁保庆大怒，“好刁恶的东西，真正十恶不赦！”急怒之下，不暇考虑地下令：“看大刑！”
大刑就是夹棍，看看三根木梃，几条绳子，却不知多少好汉过不了这一关。郑敦谨也是不主张对张文祥用刑的，此时便想开口阻止，却让一名司官用眼色阻止住了。郑敦谨也明白，一说阻拦的话，便是当众纠正了袁保庆，逢他盛怒之际，说不定拂袖而起，甚至即时出言顶撞，岂非大失体统？好在那司官既有眼色递过来，自然必有打消他这个命令的办法，且等着看！
上元县的差役无不明白，张文祥决不会上刑，簇新的刑具是钦差审问，照例定制，不过摆摆样子而已。此时看见钦差不作声，而袁道台的面子不能不顾，于是响亮地应一声：
“喳！”身子却站在那里不动。
袁保庆越发恼怒，刚要出言责备，只听一名司官——是向郑敦谨使眼色的那个人，拉开嗓子喊道：“来啊！拉下去打！”
“喳！”差役们又是响亮地答应。
“问得太久了，”那人赶紧转脸向郑敦谨说，“请大人暂且退堂休息吧！”
郑敦谨出了翰林院就当刑部主事，这些问案的“过门”，无不深悉，因而一面起身，一面向袁保庆和孙衣言看了看说：
“两位老兄请花厅坐吧，这里让他们去料理。”
经过这一番周折，袁保庆怒气稍平，方始领悟到那司官是替他圆面子的手法，可想而知的，张文祥也决不会“拉下去打”。
等他们回到花厅，两名司官接着也到了，擦脸喝茶抽水烟，乱过一阵，在等候开饭的那段休息的时间内，少不得又要谈到案情。
“郑大人！”这回是孙衣言先说话，“今日一审，洞若观火。张文祥虽奸狡无比，但别有所恃者在，倘无所倚恃，就不致于如此顽恶！”
“喔，倒要请教，所恃者何？”
“所恃者，堂上不用刑！”孙衣言说，“郑大人两绾秋曹，律例自然精通，倒要请教郑大人，如何才能教张文祥吐实？”
“说起来我是三进刑部，不止两绾秋曹。”郑敦谨说：“大清律例嘛，如今年纪大了，只怕记不周全，三十年前刚分部的时候，背得极熟。教犯人吐实，自然也有办法，无奈不能用！”
“想来郑大人是指的刑讯之制。”孙衣言特为抢在他前面说：“凡命案重案，男子许用夹棍，女子许用拶指，这是律有明文的。”
“不错，律有明文。”郑敦谨答道，“然而仍旧不能用。这个犯人在堂上的情形，老兄已经亲见，刑用得轻了，熬刑不供，无济于事，用得重了，怕有瘐毙的情事出现，那时我担处分是小事，不能明正典刑，岂非更对不起马端愍？”
“在法言法。”袁保庆帮着争辩，“夹棍既为律之所许，自然应当用，用过了无济于事，事后就无遗憾了。”
“老兄只知其一，不知其二。”郑敦谨摇着头说：“‘三木之下，何求不得’？倘或诬服，随意供出几个人来，说是幕后指使，请问，又将为之何？”
“自然依法传讯。”
“传讯不承，难道又用刑求？”
“未曾传讯，安知其不承？”
两个人针锋相对，展开激辩，一场舌战无结果而散，反倒耽误了这天的审问。到第二天，接得消息，说有一营新兵，因为长官苛虐，有哗变之虞，袁保庆不能不亲自去料理，剩下孙衣言一个人参加会审，自更不发生作用。而从这天审过以后，郑敦谨又闹病，中间停了几天。事实上审与不审，几无区别，孙、袁二人，争既争不过，闹亦闹不起来，照例陪坐而一筹莫展，以致变得视会审为一大苦事。
在此期间，有好些人来游说解劝，多云张文祥死既不怕，便无所畏，刑讯之下，倘或任意胡攀，使得案子拖下来不能早结，则各种离奇的谣言，将会层出不穷，愈传愈盛，使得马新贻的清誉，更受玷辱。倘或张文祥竟死在狱中，则成千古疑案，越发对马新贻的声名不利。
还有一些人则比较说得坦率，而话愈坦率，愈见得此案难办。他们向孙衣言、袁保庆提出一个难题：张文祥在刑讯之下，据实招供，是湘军某某人、某某人所指使，说不定还会扯上江南水师提督黄翼升的名字，请问办是不办？到时候说不定军机处会来一道廷寄，转述密旨，以大局为重，不了了之，则欲求此刻所得的结果，将张文祥比照大逆治罪，或许亦不可得。再有少数人的措词，更玄妙得叫人无法置答，说是倘或因严追指使而激出变故，地方受害，只怕反令公忠体国的马新贻，在九泉之下不安。这样，孙、袁二人的执持，反倒是违反死者的本意了。
就这样川流不息地争辩着，搞得孙衣言和袁保庆筋疲力竭，六神不安。最后有了结果，认为张文祥的行凶原因，与魁玉、张之万的审问所得，完全一样。
供词已经全部整理好，即将出奏，会审的人照例都该“阅供”具名，表示负责。孙衣言和袁保庆，使出最后一项法宝，拒绝具名。
“这是无法勉强的事。”郑敦谨苦笑着说，“案子总得要结，只好我跟涤相会衔出奏。反正凶手是张文祥，定拟了‘比照谋反叛逆，凌迟处死，并摘心致祭’的罪，对马端愍也算有了交代了。”
在会衔复奏时，曾国藩特别附了一个夹片，陈明“实无主使别情”。他是个重实践的人，与那些三天一奏、五天一折，喜欢发议论以见其能的督抚，纯然两路，无事不上奏，所以上奏格外有力，附这样一个夹片，虽不免“此地无银三百两”的痕迹，但确有用处，意思是知会军机，此案到此就算结束，再也问不出别的来了。这样，倘或还有言官不服，要想翻案，军机处就会替他挡在前面，设法消弭，不致再别生枝节。
当然，马新贻的家属、旧部，还有些秉性正直的人，心有不甘，但也只能发发牢骚，无可作为。朝廷重视此案，两派钦使，而且对马新贻的恤典甚厚，总算仁至义尽，这口气还能叫人咽得下去。至于案子的办得不彻底，细细想去，也实在有些难处，再加上曾国藩的“面子”，就只有忍气吞声。不过孙衣言是个读书人，有笔在手，可以不争一时争千秋，他为马新贻所撰的墓志铭，秉笔直书：
“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽刺杀我大臣，非律所有，宜以经断用重典，使天下有所畏惧，而狱已具且奏！衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之所以力争，亦岂独为公一人也哉？”
这篇文章一出，外界才知别有隐情，对郑敦谨的声名，是个很大的打击。他本来就有难言的委屈，从结案以后，就杜门不出，钦差在办案期间，关防是要严密的，一到结案，便不妨会客应酬。而魁玉邀游清凉山，曾国藩约在后湖泛舟，郑敦谨一概辞谢，只传谕首县办差雇船，定在二月初回京复命。
※ ※ ※
于是曾国藩派了一名戈什哈，去送程仪，两名司官每人一百两，这在“曾中堂”，出手已经算很阔的了。送郑敦谨的是二百两，附了一封曾国藩亲笔写的信，说这笔程仪，是致送同年，不是馈赠钦差，同时表明，绝非公款，是从他个人的薪给中分出来的，请郑敦谨无论如何不可推却，否则就是不念交情。
郑敦谨还是“不念交情”，断然谢绝。到了二月初六，携带随从，上船回京，一路闷闷不乐，每每终宵长吁短叹。这样到了清江浦，便得起旱换车北上，新任漕运总督张兆栋把他接到衙门里去住，留他盘桓数日，郑敦谨无可无不可地答应了。
不久，从江宁来的消息，郑敦谨和曾国藩会衔的奏折，已奉上谕批准，马新贻“着再加恩，照阵亡例赐恤，并于江宁省城建立专祠，用示笃念荩臣，有加无已至意。”而张文祥也就在上谕到达的第二天伏法，行刑的地点在江宁城北小营，曾国藩亲临监视。两江总督亲莅刑场，监视正法，是从未有过的事，因而引起许多揣测，说倘非如此，或者会有意想不到的变故，唯有曾国藩亲临坐镇，才得安然无事。
郑敦谨又听到消息，说马家的报复甚酷，定制了一把刀、一把钩，交给刽子手作行刑之用。凌迟重刑，数十年难得一见，有人说只“扎八刀”，有点脔割的意思就行了，有人说要用“鱼鳞剐”，一片片细切。而张文祥则是介乎其间，用定制的钩子扎住皮肉往上一拉，快刀割切，钩一下，割一下，自辰至未，方始完事，张文祥始终不曾出声。
于是郑敦谨以一种奇怪的、豁达的声音对张兆栋说：“我的责任已了！该回去了。”
“春寒料峭，起旱苦得很，何不再玩些日子？”张兆栋说，“反正案子已了，回京复命就晚些也不要紧。”
“我不回京。”郑敦谨摇摇头说，“我回家。”
张兆栋愕然，想了一下说道：“想来老前辈出京时就已请了假，顺道回籍扫墓？”
“‘田园将芜胡不归’！”郑敦谨朗声念了这一句，又黯然摇头：“九陌红尘，目迷五色，我真的厌倦了。”
张兆栋大为诧异：“老前辈圣眷优隆，老当益壮，着实还有一番桑榆晚景，何以忽有浩然归去之志？”
“早归早好。”郑敦谨说：“涤相是抽身不得，以致于不能克保全名。象我，驽马恋栈，只恐真如涤相所说的，‘名既裂矣，身败在即！’归去，归去！岳麓山下，白头弟兄，负暄闲话，强似千里奔波来审无头命案！”
这一说张兆栋才知是为马新贻一案，受了委屈，先还当他是发发牢骚，解劝了一番，也就丢开了。谁知第二天一早，郑敦谨亲自来跟张兆栋要求，派一名专差为他递告病的奏折，同时请张兆栋替他雇一只官船到长沙，竟真个要辞官回里了。“老前辈何必？”张兆栋说，“就要告病，等回京复了命再奏请开缺，也还不迟。”
“那就辞不成功了。”郑敦谨说，“士各有志，老兄成全了我吧！”
说到这话，张兆栋不便再劝，当天就派了专差，为他递折，接着又传淮安府首县的山阳知县办差，派了一只大号官船，床帐衾褥，动用器具，一律新置，作为对这位刑部尚书的敬意。
那两名司官，自然也要苦劝，而郑敦谨执意不听。问他辞官的原因，他答了八个字：“外惭清议，内疚神明。”说唯有辞了官，才能消除对马新贻和他的家属，以及孙衣言、袁保庆等人的疚歉之感。
“此案外界闲言闲语很多。大人这样子一办，见得朝廷屈法，恐怕上头会不高兴。”
“那也是没法子的事，”郑敦谨说，“只怕不高兴的不是朝廷，是我们湖南同乡。然而我也顾不得了！屈法是无奈之事。若以为屈法是顾全大局，以此自宽自解，恬然窃位，岂不愧对职守？”
说到这话，那两名司官心里也很难过。原来是打算着办这件名案可以出一出风头，就象总理衙门的章京陈钦办天津教案那样，虽然费心费力，到底名利双收。谁知年前冲寒冒雪，吃尽辛苦到江宁，落得这么个窝囊的结果，除了曾国藩的一百两程仪以外，什么也没有捞到！
于是吃了一顿张兆栋特备的，索然寡味的离筵，水陆异途，各奔前程。郑敦谨趁一帆东风，过洞庭湖回长沙，两名司官走旱路回京复命。一到部就为同事包围，都要知道郑尚书辞官的真相。
最后连恭王也知道了，特地传谕，叫那两名司官到军机处去见他，询向郑敦谨倦勤的原因，那两名司官不敢隐瞒，照实答复。于是恭王也就据实陈奏两宫太后，因为两宫太后也觉得事出突然，颇为怀疑，曾经一再问起，恭王不能不奏。
“我说呢，郑敦谨年纪虽大，精神一向很好，怎么一下子就告了病。原来其中还有这么多隐情！”慈禧太后停了一下又说：“不过他就是告病，也该回京复了命再说，就这么擅自回籍，也太说不过去了。”
听她的语意不满，恭王怕惹出“交部议处”的话来，会引起各方的揣测，又生是非，因而赶紧为郑敦谨进言：“这一案，郑敦谨劳而无功，不免觉得委屈。臣等叫人写信劝他销假，请两位皇太后，暂时不必追究了。”
既然恭王为他乞情，慈禧太后也就算了，“最好让他销假。”她说，“不然，面子上不好看。”
这话就算说得很重了，恭王不敢再多说什么，只答应一声：“是！”
“倭仁的病，怎么样了？”慈安太后问。
“不行了！”恭王微微摇头，“不过拖日子罢了。”
“那是先帝敬重的人。”慈安太后看着右面，用征询的语气说，“给他一个什么恩典，冲冲喜吧！”
“也好！”慈禧太后看着恭王问：“你们倒看看，怎么办才合适？”
问到这一层，恭王恰好可以陈奏拟议中的办法。大学士本以官文为首，他已在正月里病故，这是个满缺，该由瑞常以协办大学士坐升，瑞常空出来的一个缺，照例由六部之首的吏部尚书升任，而文祥是在同治六年就已调任吏部，等着拜相，此时顺理成章地得了协办。但是四位大学士，两殿两阁，需要重新安排，官文所遗的文华殿大学士，为殿阁之首，依惯例应该由曾国藩以武英殿大学士改授，但入阁是倭仁在先，科名亦是倭仁早，因此，倭仁以文渊阁改为文华殿，亦未始不可。
等恭王把这番周折奏明以后，两宫太后一致认可，以倭仁为文华殿大学士。这是名义上的“首辅”，说到做官，算是“一人之下，万人之上”，无以复加的高官。但是冲喜没有能把倭仁冲好，到四月里假满，再赏假两个月，并颁赐人参，这就再无销假之期了。师傅的恤典，一向优厚，加赠太保，入祀贤良祠，赐谥第一个字自是“文”字，第二个不出大家所料，是理学大臣专享的“端”字。
这一下又出一个大学士缺，应该由文祥坐升，以他的圣眷，两宫太后应该早有交代，但一直不提，就知道事情有变化了。
一打听，是两广总督瑞麟的儿子，刑部主事怀塔布在替他父亲活动入阁。瑞麟是内务府管银库出身，家资豪富，两广总督又是有名的肥缺，加以瑞麟于慈禧太后娘家有恩，文祥已知道争他不过。果然，等瑞麟为大婚进贡的珍品一到，两宫太后亲临检视以后，慈禧太后有话下来了。
“倭仁的遗缺，该谁补啊？”她这样问。
问到这话，即是不愿让文祥升任的明确表示，好在恭王已跟文祥商量过，所以答奏得很漂亮。
“照规矩，该由文祥升补。”恭王手指着说，“不过文祥已经跟臣说了，受恩深重，不敢再邀非分之荣，而且刚得协办不久，资望还浅，应该多历练历练。倭仁病故，空出来的大学士一缺，请两位皇太后另简资深望重的大臣接补。”
“嗯，嗯！”慈禧太后深为满意，转脸向慈安太后问道，“你看，叫瑞麟补，怎么样？”
慈安太后因为瑞麟对“大婚传办事件”，相当巴结，表示同意：“讲资望，瑞麟也够了。他是那一年进的军机？我记得是咸丰三年。”
“是！”恭王是跟瑞麟一起进军机的，记得很清楚：“咸丰三年十月里。”
“那就叫瑞麟补！”慈禧太后觉得对文祥有疚歉，便看看他说：“你就让他一步吧！”
听得这话，文祥赶紧跪下答道：“圣母皇太后的话说重了，奴才惶恐之至。奴才自觉蒙天恩补了协办，受恩已经逾分，实在不敢再作非分之想。目前大婚费用浩繁，除了户部的正项以外，全靠各省督抚感恩图报，共襄大典。瑞麟时传谕交办的活计、洋货，都能敬慎将事，如期办妥，为昭激励，应该让他补这个缺，两位皇太后的圣裁极是！”
“话虽如此，瑞麟到底太便宜了一点。”慈禧太后停了一下又问，“你今年五十几？”
“奴才今年五十四。”
“喔！”慈禧太后点点头说：“那总还可以替朝廷办二十年的事。”
这意思是来日方长，不必争在一时。文祥便又磕头谢恩。接着慈禧太后谈起洋务，连恭王在内，军机五大臣，倒有四个兼了总理衙门的差使，而事无巨细，尽皆参与的是沈桂芬。文祥是他的荐主，宝鋆在办理教案那一段期间，深得他的助力，而恭王虽以军机领袖，照规在御前召对，只有他一个人发言，但近年来凡属于照例的陈述，都让他人奏对，所以此时为了培植沈桂芬，不约而同给了他一个在两宫太后面前显露才具的机会。
沈桂芬跟李鸿藻一样，说话都极有条理，但李鸿藻还不免有正色立朝，直颜犯谏的味道。而沈桂芬则是煦煦然，娓娓然，如巨族管家对女主人回话的那种神态，所以慈禧太后觉得格外动听。
首先谈教案，他说崇厚到了巴黎，因为法国“内乱”，法皇拿破仑第三为普鲁士皇威廉第二所俘虏，竟找不到一个可以接受大清国修好致意的君主。而“法相”仍旧坚持罗叔亚所提出来的要求，由张光藻、刘杰为丰大业及被杀教士、修女抵命，同时要崇厚就在巴黎定议。
“崇厚告以无权开议。这个答复很妥当，不过崇厚写信回来，要总理衙门奏请两位皇太后准他回国。臣等以为断断不可。”沈桂芬接着又说：“法国现已战败，自顾不暇，此是国家之福，这一案正好趁此了结。臣等以为崇厚必得在巴黎撑着，一回来就会别生枝节，说不定前功尽弃。”
“对啊！该这么办！”慈禧太后深为满意。
接着沈桂芬又面奏直隶总督李鸿章主持交涉的中日商约办理情形，以及曾国藩与李鸿章会奏的，选取聪颖子弟赴泰西“肄习技艺”一案。依照中美商约，招选幼童，委派刑部主事陈兰彬和江苏同知容闳带领赴美，学习军政船政。原奏的办法是由陈、容二人“酌议章程”，经费由江海关洋税项下，按年指拨，经总理衙门核议章程，请旨办理。沈桂芬此刻便是面奏章程大要，听候裁断。
“发愤图强是要紧的，就怕把子弟教坏了！不过，美国总算还好，天津教案没有夹在里头起哄。”慈禧太后想了想又说，“这件案子是早就谈过的，曾国藩、李鸿章在洋务上经验得多，他们这么提议，总理衙门又说该这么办，我们姐妹俩，自然得依。就怕事情还没有办，先就自己闹意气，象那一年开同文馆，惹出多少无谓的是非！现在倭仁也故世了，我不愿意再说他什么，只望大家体谅朝廷，自己委屈一点儿！别尽顾着自己挣名声，教朝廷为难。”
这话在李鸿藻听来，很不是味道，他也象倭仁一样，绝口不谈洋务。”洋务不是不可谈，但内如董恂，外如崇厚，仿佛以为中国人生来就该怕洋人，只好把洋人敷衍得不找麻烦，便已尽其办洋务的能事。而凡有保举，总理衙门的人，总是优先，各地的海关道，总理衙门更视为禁脔，好象除了他们，就没有人懂得如何跟洋商收税？其实不过借机把持而已。这些为清议所不齿的行为，使得李鸿藻看不起办洋务的人，因而抱定有所不为的宗旨，不沾洋务。当然也就对在洋务上特别巴结的沈桂芬，怀有反感了。
因此，这天君臣们谈得越投机，李鸿藻越如芒刺在背。等退了朝，却又不得休息，有个应酬非去不可。上年慈禧太后老母，承恩公惠澂夫人病故，开吊那天，方家园车马喧阗，只有李鸿藻没有理这回事，慈禧太后为此大不高兴。前车之鉴，这一次可不能疏忽了。
清官册、假官真做任公与刁间状元娘子李娃风尘三侠(高阳)汉宫名媛王昭君恩怨江湖风尘三侠柏台故事明末四公子丁香花草莽英雄董小宛李鸿章粉墨春秋汪精卫八大胡同慈禧全传缇萦八大胡同艳闻秘事荆轲“不该办的非办不可，该办的却又不能办。”他说，“读书六十年，真不知何以为怀！”
曾国藩的牢骚更多，但养气的功夫，他比郑敦谨来得到家，所以不动声色地答道：“相忍为国而已！”
能忍是一回事，办案又是一回事。郑敦谨那个年过得很不是滋味，大年初一还好，年初二一早，马新贻的胞弟，浙江候补知县马新祐，领了他的过继给马新贻的儿子毓桢，跪在钦差大臣的行辕门口，放声痛哭，请求伸冤。好不容易给劝了回去，接着便是袁保庆来拜，郑敦谨跟他的叔叔袁甲三是会试同年，所以袁保庆称他“老世叔”，为他指出张文祥供词中，种种不合情理的疑窦，要求严办。袁保庆向来心直口快，对曾国藩和魁玉都有批评，张之万更为他隐隐约约指责得一文不值。江苏巡抚丁日昌丁忧开缺，张之万奏旨接任，朝命一到，忙不迭地赶往苏州，催丁日昌交卸，胆小怕事到如此，颇为袁保庆所讥评。
“还有人居然在马制军被难之后出告示，说‘总督家难，无与外人之事。’老世叔请想，疆臣被刺，怎能说是‘家难’？”
郑敦谨也听说过这件事，出告示的人就是梅启照。“这当然是失言！”他说，“我奏旨跟涤相会办此案，凡事亦不能擅专。等稍停几日，我再约诸公细谈。”
过了初五，郑敦谨会同曾国藩约集江宁的司、道、府、县会谈案情，别人都不讲话，只有孙衣言侃侃而谈，说指使的人倘能逍遥法外，则天下将无畏惧之心，又何事不可为？所以这一案办得彻底不彻底，对世道人心，关系极大。又说，民间谣诼纷传，上海戏园中甚至编了“张文祥刺马”这么一出新戏开演，明明是诬蔑马新贻的荒唐不经之谈，而竟有朝中大臣，信以为真，做一首诗，说什么“群公章奏分明在，不及歌场独写真”，马新贻含冤而死，复蒙重谤，天下不平之事，那里还有过于这一案的？
上海丹桂茶园编演“刺马”新戏，轰动一时，连远在安庆的安徽巡抚英翰，都有所闻，特为咨请上海道涂宗瀛查禁，以及孙衣言所提到的那两句诗，郑敦谨无不知道。那首诗出于乔松年的手笔，郑敦谨跟他虽是同年，也觉得他做这样的诗，实在有伤忠厚。
不过乔松年家世富饶，虽做过大官，不脱绔裤的习气，养尊处优，深居简出，跟恭王是倡和的朋友，一时觅不着诗材，信口开河，不足为奇。所以郑敦谨这样答道：“乔鹤侪的话理他干什么？清者自清，浊者自浊，马端愍的清誉，总有洗刷的一天。”
曾国藩也深深点头，用马新贻的谥来譬解：“端愍之端，即是定评。至于民间好奇的流言，事定自然平息，此时倒不必亟亟于去辟它！等定谳以后，我自然要替马端愍表扬。”
郑、曾二人作此表示，使得孙衣言的气平了些。当时决定正月初七开审，照例由首县办差，定制了簇新的刑具，送到钦差行辕，就在二厅上布置公堂，一共设了五个座位，除去郑敦谨和随带的两名司员以外，另外两个座位是孙衣言和袁保庆的。
这是那两名司员想出来的主意，因为此案的结果，已经可以预见，怕他们两人将来不服，会说闲话，甚至策动言官奏劾，别生枝节，所以建议郑敦谨用钦差大臣的身分，委札孙衣言、袁保庆参与会审。
接到委札，孙衣言特为去看袁保庆，要商量如何利用这个机会，追出实情。袁保庆因为曾国藩接任后，仍旧被委为营务处总办，公事极忙，经常在各营视察。替他料理门户的是他过继的一个儿子，名叫世凯，字慰庭。袁世凯这时才十三岁，矮矮胖胖，因为常骑马的缘故，长了一双“里八字”的罗圈腿，貌虽不扬，脑筋极好，已脱尽童騃之态，很整个成年的样子，凡有客来，如果袁保庆不在家，都归他接待。“慰庭！”孙衣言把手里的公事扬了扬，“令尊也接到委札了吧？”
“是！今天一早到的。”袁世凯答道：“家父昨天下午到六合查案去了，委札还不曾过目。”
“你拆开看了没有？”
“看了。怕是紧要公事，好专差禀告家父。”
“令尊什么时候回来？”
“临走交代，今天下午一定回来，正赶得上明天开审。”
“我要跟令尊好好谈一谈。奉委会审的，就是我们两个人。”
孙衣言说，“此案不平的人极多，无奈不在其位，不谋其政，要想讲话也无从讲起。所以我们两个人的责任特重，等于要为所有不平的人代言。等令尊回府，请你先把我的意思转达，今天晚上我在舍间专候，或是令尊见访，或是给我一个信，我再来。无论如何要见一面。”
“是！老伯的吩咐，我一定告诉家父。不过……，”袁世凯笑了笑又说，“我想放肆说一句，不晓得老伯容不容我说？”
“说！说！你常多妙悟，我要请教。”
“不敢当！”袁世凯从容答道，“我劝老伯不必重视其事，更不必有所期望。照我看，郑钦差不过拿这委札塞人的嘴巴而已！”
几句话把孙衣言说得愣在那里，作声不得。好半晌才用无穷感慨的声音说道：“我的见识竟不如你！不过……。”他把下面的那句话咽住了，原来是想说：钦差的用心，连个童子都欺不住，何能欺天下人？
“老伯是当局者迷，总之，是太热心的缘故。”袁世凯老气横秋地说，“我劝老伯大可辞掉这个差使。”
“这也是一法，但不免示弱。”孙衣言很坚决地说：“明知其不可为而为之，我不辞，我要争！”
这种择善固执的态度，袁世凯再聪明亦不能了解，而袁保庆是了解的，当夜去回拜孙衣言，表示也要据理力争。
第二天一早，钦差行辕外，聚集了好些百姓，有些纯然是来看热闹，有些则是来替张文祥“助威”的。当然，钦差大臣奉旨审问如同大逆的要犯，跟地方官审理案件不同，警戒严密，不得观审，百姓只能在一府两县差役的弹压之下，远远站在照墙边张望。
此外从钦差行辕到上元县衙门，一路也有百姓在等着张文祥。他一直被寄押在上元县监狱，独住一间死刑重犯的牢房，但睡的高铺，吃的荤腥，有个相好，钓鱼巷的土娼小金子，偶尔还能进去“探探监”，所以养得白白胖胖，气色很好。这天一早，扎束停当，饱餐一顿，然后上了手铐，在重重警戒之下，被押到钦差行辕。看到夹道围观的人群，不由得满脸得意，看的人也很过瘾，觉得张文祥为兄报仇，不但义气，而且视死如归，颇有英雄气概，恰恰符合想象中的侠义男儿的模样。
孙衣言和袁保庆是早就到了，在花厅里陪着郑敦谨闲谈，谈的是天津教案。正在相与感叹，国势太弱，难御外侮之际，督署派来当差的武巡捕来报，说张文祥已经解到，请钦差升堂。
等坐了堂把张文祥带了上来，郑敦谨看他一脸既凶且狡的神色，心里便有警惕，所以问话极其谨慎，而张文祥其滑无比，遇到紧要关头，总是闪避不答。那两名司员因为已经得到指示，也是采取敷衍的态度，一句来一句去，问是问得很热闹，却非问在要害上面。
于是袁保庆开口了，他是问起一通奇异的文件。在马新贻被刺以前几天，督署接到一封标明紧急机密的公事，封套上自然盖着大印，但印文模糊，不知是那个衙门所发？打开来一看，里面是一张画，画的一匹死马，文案上赶紧叫人逮捕那投文的人，却已不知去向。这张意示警告的画，究竟是谁弄的玄虚？袁保庆要问的就是这一点。
照袁保庆想，如果张文祥真的为了私仇，处心积虑，非置马新贻于死地而后快，则行踪愈隐密愈好，岂能事先寄这么一张画，让马新贻好加意防备？这是情理极不通之处。
而且，反过来看，果真马新贻有过那种不义的行为，则此画的涵意，在他是“哑子吃扁食，肚里有数”，也会特加防范，何致漫不经心，自取其祸？
“王书办！”袁保庆说：“把那张画取来！”
王书办是上元县的刑房书办，张文祥一案的卷牍证据，都归他保管，知道他指的是那张“死马”的画，当即取来呈堂。
“张文祥！”袁保庆把那张画提示犯人：“这张画你以前见过没有？”
他问得很诡谲，因为这张画以前没有提出来问过，是最近钦差到了江宁，有人突然想起，这张画来路可疑，特为检了出来归案。袁保庆疑心张文祥根本不知其事，但如说了缘由，他必定一口承认，真相就难明了。所以故意这样套他一句，如果张文祥不知就里，一口回答“不曾见过”，则送画的自另有人，追出这个人来，就可以知道指使的是谁。
然而他失望了，张文祥看了看答道：“见过的。”
“你在那里见过？”
“是我送给老马的。”
“咄！”有个司官拍案叱斥：“岂有此理！你对马制台，怎么能用这样无礼的称呼？”
张文祥把双三角眼翻了翻，什么表示也没有。
“我问你，这张画是你亲自送到总督衙门的吗？”袁保庆又问。
“是我自己送的。”
“你为什么要这么办？你不想想，这一下有了防备，你还能有侥幸一逞的机会？”
“明人不做暗事！先给他个信，教他小心！”张文祥答非所问地，但仿佛强词夺理，很难驳诘。
袁保庆也感觉到了，张文祥实在难对付！凡是犯人，或者想脱罪，或者想避重就轻，企求着堂上笔下超生，决不敢胡扯惹问官生气。而张文祥不同，本性既凶狡，又根本没有打算活命，若说他有些微畏惧之心，无非怕吃眼前亏，可是堂上定了决不用刑的宗旨，那就连这一丝忌惮都没有了！因此信口雌黄，想怎么说就怎么说，拿他毫无办法。
好在目的是要追指使的人，袁保庆便不理他那套大言不惭的话，仍旧在那幅画上追根。
“那么，这张画，是你自己画的？”
“这也没有了不起，反正一匹‘死马’！”
“哼！”袁保庆冷笑一声：又喊：“王书办！”
“喳！”王书办趋前听命。
“拿纸笔给他，开去手铐，叫他照样画一张！”
王书办依言照办，把那张画铺在张文祥面前，再取一副笔砚，一张白纸，一一摆好，然后指挥差役开去手铐，把枝笔递到张文祥手里。
就在提笔要画的那一刻，他忽然将笔一丢，摇摇头说：
“我画它不象！”
袁保庆一听这话，立即拍案喝道：“说！这张画是谁画的？”
突如其来地这一声，大家都吓一跳，张文祥仿佛也是一惊，愣了一下，立即恢复正常，很随便地答道：“我也不知道是谁画的。”
“这一说，是个什么人交给你的。是不是？”
旁敲侧击地套了半天，终于把意向说明白了，袁保庆是在套问指使的人。张文祥却是仿佛早就看出他的用意，不慌不忙地答道：“也没有什么人交给我。”
“那么，这张画难道是天上掉下来的不成？”袁保庆连连击桌：“说，说！”
张文祥丝毫不为所动，“倒不是天上掉下来的。”他说，“是我在地上捡到的，想起正好寄给他，当个口信，便这么做了！”
这样回答，迹近戏侮，袁保庆大怒，“好刁恶的东西，真正十恶不赦！”急怒之下，不暇考虑地下令：“看大刑！”
大刑就是夹棍，看看三根木梃，几条绳子，却不知多少好汉过不了这一关。郑敦谨也是不主张对张文祥用刑的，此时便想开口阻止，却让一名司官用眼色阻止住了。郑敦谨也明白，一说阻拦的话，便是当众纠正了袁保庆，逢他盛怒之际，说不定拂袖而起，甚至即时出言顶撞，岂非大失体统？好在那司官既有眼色递过来，自然必有打消他这个命令的办法，且等着看！
上元县的差役无不明白，张文祥决不会上刑，簇新的刑具是钦差审问，照例定制，不过摆摆样子而已。此时看见钦差不作声，而袁道台的面子不能不顾，于是响亮地应一声：
“喳！”身子却站在那里不动。
袁保庆越发恼怒，刚要出言责备，只听一名司官——是向郑敦谨使眼色的那个人，拉开嗓子喊道：“来啊！拉下去打！”
“喳！”差役们又是响亮地答应。
“问得太久了，”那人赶紧转脸向郑敦谨说，“请大人暂且退堂休息吧！”
郑敦谨出了翰林院就当刑部主事，这些问案的“过门”，无不深悉，因而一面起身，一面向袁保庆和孙衣言看了看说：
“两位老兄请花厅坐吧，这里让他们去料理。”
经过这一番周折，袁保庆怒气稍平，方始领悟到那司官是替他圆面子的手法，可想而知的，张文祥也决不会“拉下去打”。
等他们回到花厅，两名司官接着也到了，擦脸喝茶抽水烟，乱过一阵，在等候开饭的那段休息的时间内，少不得又要谈到案情。
“郑大人！”这回是孙衣言先说话，“今日一审，洞若观火。张文祥虽奸狡无比，但别有所恃者在，倘无所倚恃，就不致于如此顽恶！”
“喔，倒要请教，所恃者何？”
“所恃者，堂上不用刑！”孙衣言说，“郑大人两绾秋曹，律例自然精通，倒要请教郑大人，如何才能教张文祥吐实？”
“说起来我是三进刑部，不止两绾秋曹。”郑敦谨说：“大清律例嘛，如今年纪大了，只怕记不周全，三十年前刚分部的时候，背得极熟。教犯人吐实，自然也有办法，无奈不能用！”
“想来郑大人是指的刑讯之制。”孙衣言特为抢在他前面说：“凡命案重案，男子许用夹棍，女子许用拶指，这是律有明文的。”
“不错，律有明文。”郑敦谨答道，“然而仍旧不能用。这个犯人在堂上的情形，老兄已经亲见，刑用得轻了，熬刑不供，无济于事，用得重了，怕有瘐毙的情事出现，那时我担处分是小事，不能明正典刑，岂非更对不起马端愍？”
“在法言法。”袁保庆帮着争辩，“夹棍既为律之所许，自然应当用，用过了无济于事，事后就无遗憾了。”
“老兄只知其一，不知其二。”郑敦谨摇着头说：“‘三木之下，何求不得’？倘或诬服，随意供出几个人来，说是幕后指使，请问，又将为之何？”
“自然依法传讯。”
“传讯不承，难道又用刑求？”
“未曾传讯，安知其不承？”
两个人针锋相对，展开激辩，一场舌战无结果而散，反倒耽误了这天的审问。到第二天，接得消息，说有一营新兵，因为长官苛虐，有哗变之虞，袁保庆不能不亲自去料理，剩下孙衣言一个人参加会审，自更不发生作用。而从这天审过以后，郑敦谨又闹病，中间停了几天。事实上审与不审，几无区别，孙、袁二人，争既争不过，闹亦闹不起来，照例陪坐而一筹莫展，以致变得视会审为一大苦事。
在此期间，有好些人来游说解劝，多云张文祥死既不怕，便无所畏，刑讯之下，倘或任意胡攀，使得案子拖下来不能早结，则各种离奇的谣言，将会层出不穷，愈传愈盛，使得马新贻的清誉，更受玷辱。倘或张文祥竟死在狱中，则成千古疑案，越发对马新贻的声名不利。
还有一些人则比较说得坦率，而话愈坦率，愈见得此案难办。他们向孙衣言、袁保庆提出一个难题：张文祥在刑讯之下，据实招供，是湘军某某人、某某人所指使，说不定还会扯上江南水师提督黄翼升的名字，请问办是不办？到时候说不定军机处会来一道廷寄，转述密旨，以大局为重，不了了之，则欲求此刻所得的结果，将张文祥比照大逆治罪，或许亦不可得。再有少数人的措词，更玄妙得叫人无法置答，说是倘或因严追指使而激出变故，地方受害，只怕反令公忠体国的马新贻，在九泉之下不安。这样，孙、袁二人的执持，反倒是违反死者的本意了。
就这样川流不息地争辩着，搞得孙衣言和袁保庆筋疲力竭，六神不安。最后有了结果，认为张文祥的行凶原因，与魁玉、张之万的审问所得，完全一样。
供词已经全部整理好，即将出奏，会审的人照例都该“阅供”具名，表示负责。孙衣言和袁保庆，使出最后一项法宝，拒绝具名。
“这是无法勉强的事。”郑敦谨苦笑着说，“案子总得要结，只好我跟涤相会衔出奏。反正凶手是张文祥，定拟了‘比照谋反叛逆，凌迟处死，并摘心致祭’的罪，对马端愍也算有了交代了。”
在会衔复奏时，曾国藩特别附了一个夹片，陈明“实无主使别情”。他是个重实践的人，与那些三天一奏、五天一折，喜欢发议论以见其能的督抚，纯然两路，无事不上奏，所以上奏格外有力，附这样一个夹片，虽不免“此地无银三百两”的痕迹，但确有用处，意思是知会军机，此案到此就算结束，再也问不出别的来了。这样，倘或还有言官不服，要想翻案，军机处就会替他挡在前面，设法消弭，不致再别生枝节。
当然，马新贻的家属、旧部，还有些秉性正直的人，心有不甘，但也只能发发牢骚，无可作为。朝廷重视此案，两派钦使，而且对马新贻的恤典甚厚，总算仁至义尽，这口气还能叫人咽得下去。至于案子的办得不彻底，细细想去，也实在有些难处，再加上曾国藩的“面子”，就只有忍气吞声。不过孙衣言是个读书人，有笔在手，可以不争一时争千秋，他为马新贻所撰的墓志铭，秉笔直书：
“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽刺杀我大臣，非律所有，宜以经断用重典，使天下有所畏惧，而狱已具且奏！衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之所以力争，亦岂独为公一人也哉？”
这篇文章一出，外界才知别有隐情，对郑敦谨的声名，是个很大的打击。他本来就有难言的委屈，从结案以后，就杜门不出，钦差在办案期间，关防是要严密的，一到结案，便不妨会客应酬。而魁玉邀游清凉山，曾国藩约在后湖泛舟，郑敦谨一概辞谢，只传谕首县办差雇船，定在二月初回京复命。
※ ※ ※
于是曾国藩派了一名戈什哈，去送程仪，两名司官每人一百两，这在“曾中堂”，出手已经算很阔的了。送郑敦谨的是二百两，附了一封曾国藩亲笔写的信，说这笔程仪，是致送同年，不是馈赠钦差，同时表明，绝非公款，是从他个人的薪给中分出来的，请郑敦谨无论如何不可推却，否则就是不念交情。
郑敦谨还是“不念交情”，断然谢绝。到了二月初六，携带随从，上船回京，一路闷闷不乐，每每终宵长吁短叹。这样到了清江浦，便得起旱换车北上，新任漕运总督张兆栋把他接到衙门里去住，留他盘桓数日，郑敦谨无可无不可地答应了。
不久，从江宁来的消息，郑敦谨和曾国藩会衔的奏折，已奉上谕批准，马新贻“着再加恩，照阵亡例赐恤，并于江宁省城建立专祠，用示笃念荩臣，有加无已至意。”而张文祥也就在上谕到达的第二天伏法，行刑的地点在江宁城北小营，曾国藩亲临监视。两江总督亲莅刑场，监视正法，是从未有过的事，因而引起许多揣测，说倘非如此，或者会有意想不到的变故，唯有曾国藩亲临坐镇，才得安然无事。
郑敦谨又听到消息，说马家的报复甚酷，定制了一把刀、一把钩，交给刽子手作行刑之用。凌迟重刑，数十年难得一见，有人说只“扎八刀”，有点脔割的意思就行了，有人说要用“鱼鳞剐”，一片片细切。而张文祥则是介乎其间，用定制的钩子扎住皮肉往上一拉，快刀割切，钩一下，割一下，自辰至未，方始完事，张文祥始终不曾出声。
于是郑敦谨以一种奇怪的、豁达的声音对张兆栋说：“我的责任已了！该回去了。”
“春寒料峭，起旱苦得很，何不再玩些日子？”张兆栋说，“反正案子已了，回京复命就晚些也不要紧。”
“我不回京。”郑敦谨摇摇头说，“我回家。”
张兆栋愕然，想了一下说道：“想来老前辈出京时就已请了假，顺道回籍扫墓？”
“‘田园将芜胡不归’！”郑敦谨朗声念了这一句，又黯然摇头：“九陌红尘，目迷五色，我真的厌倦了。”
张兆栋大为诧异：“老前辈圣眷优隆，老当益壮，着实还有一番桑榆晚景，何以忽有浩然归去之志？”
“早归早好。”郑敦谨说：“涤相是抽身不得，以致于不能克保全名。象我，驽马恋栈，只恐真如涤相所说的，‘名既裂矣，身败在即！’归去，归去！岳麓山下，白头弟兄，负暄闲话，强似千里奔波来审无头命案！”
这一说张兆栋才知是为马新贻一案，受了委屈，先还当他是发发牢骚，解劝了一番，也就丢开了。谁知第二天一早，郑敦谨亲自来跟张兆栋要求，派一名专差为他递告病的奏折，同时请张兆栋替他雇一只官船到长沙，竟真个要辞官回里了。“老前辈何必？”张兆栋说，“就要告病，等回京复了命再奏请开缺，也还不迟。”
“那就辞不成功了。”郑敦谨说，“士各有志，老兄成全了我吧！”
说到这话，张兆栋不便再劝，当天就派了专差，为他递折，接着又传淮安府首县的山阳知县办差，派了一只大号官船，床帐衾褥，动用器具，一律新置，作为对这位刑部尚书的敬意。
那两名司官，自然也要苦劝，而郑敦谨执意不听。问他辞官的原因，他答了八个字：“外惭清议，内疚神明。”说唯有辞了官，才能消除对马新贻和他的家属，以及孙衣言、袁保庆等人的疚歉之感。
“此案外界闲言闲语很多。大人这样子一办，见得朝廷屈法，恐怕上头会不高兴。”
“那也是没法子的事，”郑敦谨说，“只怕不高兴的不是朝廷，是我们湖南同乡。然而我也顾不得了！屈法是无奈之事。若以为屈法是顾全大局，以此自宽自解，恬然窃位，岂不愧对职守？”
说到这话，那两名司官心里也很难过。原来是打算着办这件名案可以出一出风头，就象总理衙门的章京陈钦办天津教案那样，虽然费心费力，到底名利双收。谁知年前冲寒冒雪，吃尽辛苦到江宁，落得这么个窝囊的结果，除了曾国藩的一百两程仪以外，什么也没有捞到！
于是吃了一顿张兆栋特备的，索然寡味的离筵，水陆异途，各奔前程。郑敦谨趁一帆东风，过洞庭湖回长沙，两名司官走旱路回京复命。一到部就为同事包围，都要知道郑尚书辞官的真相。
最后连恭王也知道了，特地传谕，叫那两名司官到军机处去见他，询向郑敦谨倦勤的原因，那两名司官不敢隐瞒，照实答复。于是恭王也就据实陈奏两宫太后，因为两宫太后也觉得事出突然，颇为怀疑，曾经一再问起，恭王不能不奏。
“我说呢，郑敦谨年纪虽大，精神一向很好，怎么一下子就告了病。原来其中还有这么多隐情！”慈禧太后停了一下又说：“不过他就是告病，也该回京复了命再说，就这么擅自回籍，也太说不过去了。”
听她的语意不满，恭王怕惹出“交部议处”的话来，会引起各方的揣测，又生是非，因而赶紧为郑敦谨进言：“这一案，郑敦谨劳而无功，不免觉得委屈。臣等叫人写信劝他销假，请两位皇太后，暂时不必追究了。”
既然恭王为他乞情，慈禧太后也就算了，“最好让他销假。”她说，“不然，面子上不好看。”
这话就算说得很重了，恭王不敢再多说什么，只答应一声：“是！”
“倭仁的病，怎么样了？”慈安太后问。
“不行了！”恭王微微摇头，“不过拖日子罢了。”
“那是先帝敬重的人。”慈安太后看着右面，用征询的语气说，“给他一个什么恩典，冲冲喜吧！”
“也好！”慈禧太后看着恭王问：“你们倒看看，怎么办才合适？”
问到这一层，恭王恰好可以陈奏拟议中的办法。大学士本以官文为首，他已在正月里病故，这是个满缺，该由瑞常以协办大学士坐升，瑞常空出来的一个缺，照例由六部之首的吏部尚书升任，而文祥是在同治六年就已调任吏部，等着拜相，此时顺理成章地得了协办。但是四位大学士，两殿两阁，需要重新安排，官文所遗的文华殿大学士，为殿阁之首，依惯例应该由曾国藩以武英殿大学士改授，但入阁是倭仁在先，科名亦是倭仁早，因此，倭仁以文渊阁改为文华殿，亦未始不可。
等恭王把这番周折奏明以后，两宫太后一致认可，以倭仁为文华殿大学士。这是名义上的“首辅”，说到做官，算是“一人之下，万人之上”，无以复加的高官。但是冲喜没有能把倭仁冲好，到四月里假满，再赏假两个月，并颁赐人参，这就再无销假之期了。师傅的恤典，一向优厚，加赠太保，入祀贤良祠，赐谥第一个字自是“文”字，第二个不出大家所料，是理学大臣专享的“端”字。
这一下又出一个大学士缺，应该由文祥坐升，以他的圣眷，两宫太后应该早有交代，但一直不提，就知道事情有变化了。
一打听，是两广总督瑞麟的儿子，刑部主事怀塔布在替他父亲活动入阁。瑞麟是内务府管银库出身，家资豪富，两广总督又是有名的肥缺，加以瑞麟于慈禧太后娘家有恩，文祥已知道争他不过。果然，等瑞麟为大婚进贡的珍品一到，两宫太后亲临检视以后，慈禧太后有话下来了。
“倭仁的遗缺，该谁补啊？”她这样问。
问到这话，即是不愿让文祥升任的明确表示，好在恭王已跟文祥商量过，所以答奏得很漂亮。
“照规矩，该由文祥升补。”恭王手指着说，“不过文祥已经跟臣说了，受恩深重，不敢再邀非分之荣，而且刚得协办不久，资望还浅，应该多历练历练。倭仁病故，空出来的大学士一缺，请两位皇太后另简资深望重的大臣接补。”
“嗯，嗯！”慈禧太后深为满意，转脸向慈安太后问道，“你看，叫瑞麟补，怎么样？”
慈安太后因为瑞麟对“大婚传办事件”，相当巴结，表示同意：“讲资望，瑞麟也够了。他是那一年进的军机？我记得是咸丰三年。”
“是！”恭王是跟瑞麟一起进军机的，记得很清楚：“咸丰三年十月里。”
“那就叫瑞麟补！”慈禧太后觉得对文祥有疚歉，便看看他说：“你就让他一步吧！”
听得这话，文祥赶紧跪下答道：“圣母皇太后的话说重了，奴才惶恐之至。奴才自觉蒙天恩补了协办，受恩已经逾分，实在不敢再作非分之想。目前大婚费用浩繁，除了户部的正项以外，全靠各省督抚感恩图报，共襄大典。瑞麟时传谕交办的活计、洋货，都能敬慎将事，如期办妥，为昭激励，应该让他补这个缺，两位皇太后的圣裁极是！”
“话虽如此，瑞麟到底太便宜了一点。”慈禧太后停了一下又问，“你今年五十几？”
“奴才今年五十四。”
“喔！”慈禧太后点点头说：“那总还可以替朝廷办二十年的事。”
这意思是来日方长，不必争在一时。文祥便又磕头谢恩。接着慈禧太后谈起洋务，连恭王在内，军机五大臣，倒有四个兼了总理衙门的差使，而事无巨细，尽皆参与的是沈桂芬。文祥是他的荐主，宝鋆在办理教案那一段期间，深得他的助力，而恭王虽以军机领袖，照规在御前召对，只有他一个人发言，但近年来凡属于照例的陈述，都让他人奏对，所以此时为了培植沈桂芬，不约而同给了他一个在两宫太后面前显露才具的机会。
沈桂芬跟李鸿藻一样，说话都极有条理，但李鸿藻还不免有正色立朝，直颜犯谏的味道。而沈桂芬则是煦煦然，娓娓然，如巨族管家对女主人回话的那种神态，所以慈禧太后觉得格外动听。
首先谈教案，他说崇厚到了巴黎，因为法国“内乱”，法皇拿破仑第三为普鲁士皇威廉第二所俘虏，竟找不到一个可以接受大清国修好致意的君主。而“法相”仍旧坚持罗叔亚所提出来的要求，由张光藻、刘杰为丰大业及被杀教士、修女抵命，同时要崇厚就在巴黎定议。
“崇厚告以无权开议。这个答复很妥当，不过崇厚写信回来，要总理衙门奏请两位皇太后准他回国。臣等以为断断不可。”沈桂芬接着又说：“法国现已战败，自顾不暇，此是国家之福，这一案正好趁此了结。臣等以为崇厚必得在巴黎撑着，一回来就会别生枝节，说不定前功尽弃。”
“对啊！该这么办！”慈禧太后深为满意。
接着沈桂芬又面奏直隶总督李鸿章主持交涉的中日商约办理情形，以及曾国藩与李鸿章会奏的，选取聪颖子弟赴泰西“肄习技艺”一案。依照中美商约，招选幼童，委派刑部主事陈兰彬和江苏同知容闳带领赴美，学习军政船政。原奏的办法是由陈、容二人“酌议章程”，经费由江海关洋税项下，按年指拨，经总理衙门核议章程，请旨办理。沈桂芬此刻便是面奏章程大要，听候裁断。
“发愤图强是要紧的，就怕把子弟教坏了！不过，美国总算还好，天津教案没有夹在里头起哄。”慈禧太后想了想又说，“这件案子是早就谈过的，曾国藩、李鸿章在洋务上经验得多，他们这么提议，总理衙门又说该这么办，我们姐妹俩，自然得依。就怕事情还没有办，先就自己闹意气，象那一年开同文馆，惹出多少无谓的是非！现在倭仁也故世了，我不愿意再说他什么，只望大家体谅朝廷，自己委屈一点儿！别尽顾着自己挣名声，教朝廷为难。”
这话在李鸿藻听来，很不是味道，他也象倭仁一样，绝口不谈洋务。”洋务不是不可谈，但内如董恂，外如崇厚，仿佛以为中国人生来就该怕洋人，只好把洋人敷衍得不找麻烦，便已尽其办洋务的能事。而凡有保举，总理衙门的人，总是优先，各地的海关道，总理衙门更视为禁脔，好象除了他们，就没有人懂得如何跟洋商收税？其实不过借机把持而已。这些为清议所不齿的行为，使得李鸿藻看不起办洋务的人，因而抱定有所不为的宗旨，不沾洋务。当然也就对在洋务上特别巴结的沈桂芬，怀有反感了。
因此，这天君臣们谈得越投机，李鸿藻越如芒刺在背。等退了朝，却又不得休息，有个应酬非去不可。上年慈禧太后老母，承恩公惠澂夫人病故，开吊那天，方家园车马喧阗，只有李鸿藻没有理这回事，慈禧太后为此大不高兴。前车之鉴，这一次可不能疏忽了。