同年（1925年）春，蒋介石和廖仲恺共同签署连坐法命令。规定：“如一班同退，只杀班长。一排同退，只杀排长。一连同退，只杀连长。一营同退，只杀营长。一团同退，只杀团长。一师同退，只杀师长。”（《青年军人杂志》1925年第四期）
杨希闵和刘震寰，在第一次东征陈炯明时，却坐视右翼军单独作战，按兵不动。3月20日攻克兴宁后，林虎逃脱，蒋在林总部发现了杨、刘二人勾结林虎与陈炯明往来密电；代理大元帅胡汉民也获得杨、刘二人不轨的情报，得知刘震寰曾密往云南约唐继尧进攻广东；杨希阂曾去香港勾结英国人代向北京政府活动广东督理职位。
3月30日，蒋于军次（兴宁）祭奠孙中山时，自称为孙中山的弟子。并写有悼孙中山挽联：“主义扬中外；精灵炳日月。”横额为：“高明配天，博厚配地。”同时挽革命将士一联：“讨逆立功先我死；冲锋摧敌世尽惊。”横额为：“主义之花”、“革命结晶”、“死而荣”，同时发表演说。他说：“我们总理是中华民国的国父。”这当是由蒋最早于此时提出孙中山为国父之说。4月13日，中央执行委员会决定把原两个教导团扩编为一个旅，称党军第一旅，以何应钦为旅长，兼第一团长，王俊为参谋长，沈应时仍任第二团团长。4月21日，成立第三团，以钱大钧任团长，均受蒋节制。许济升任粤军第四师师长。5月21日，蒋率党军三个团和许济第四师、陈铭枢第一旅、吴铁城警卫军一个旅离潮、梅向广州进发。
大军东征后，滇军杨希闵、桂军刘震寰又叛变于广州。6月9日东征军又回师讨伐杨、刘。于石滩击败滇军悍将胡思舜。胡逃往增城。12日，占领龙眼洞。13日于瘦狗岭大败滇军，滇军退往广州市区。广九线滇军，亦被第三期学生军击溃退入城内，旋被谭延闿湘军和朱培德中央直辖第一军缴械。杨、刘逃往香港。胡汉民旋将大本营由士敏土厂迁往河南岛，由李福林部队护卫。6月15日，胡思舜率五千滇军来攻广州，被党军一、二团歼灭。第一次东征和平杨、刘之役胜利结束。蒋介石于6月13日抵广州。
平定杨、刘之后，广州革命政府仍是胡汉民代理大元帅职务。关于孙中山的继承人问题，董显光在《蒋传》中特说明孙中山没有指定继承人，是正确的。但他两次以胡汉民代行大元帅职务，北上时是最后一次令胡代行，这里面是否含有隐约选择之意，很难说定。军事上，他以蒋掌军校，而政治上则多信任廖仲恺。政府之权则多用胡汉民代理。著者认为代理大元帅职务本身，或有暗示含意，希望胡按孙中山本意领导中国国民党继续革命。但也不一定。孙中山是信仰西方民主政治或信仰选举制的，因此不可能，也不应要求他明确选定接班人。一切付诸选举，才是他的本意。
而且胡汉民是坚决反对联共的国民党人，和孙中山的联俄、联共、扶助农工政策不合，孙中山也很难相信他能执行他的主张。
自本年2月起，中国工人运动开始高涨。5月，反日、英等帝国主义的激愤达到高潮。2月，上海日纱厂工人为反对日本厂主残杀童工而举行的大罢工，参加者达三万人之多，延续两周之长。最后日方让步，答应不再打骂工人，每两周发工资一次。4月，青岛纺织厂工人罢工。5月15日，上海内外棉纱厂关闭第七厂厂房，顾正洪等8人被工人推为代表向日本厂方交涉，日厂方突然开枪射击，顾正洪身中四弹，当场死亡，其余7人受重伤。于是爆发了5月30日的上海大、中学生2000余人的抗议和演说运动。英帝国主义者于南京路老闸捕房门前用印度巡捕22人，于下午3时55分向学生开枪射击，死伤20余人，造成“五卅惨案”。这个大惨案发生后，激起全国人民的反对英、日帝国主义的怒潮。全国各地抵制英货。6月11日在汉口，13日在九江，23日在广州沙基，7月31日在南京，连续发生了英帝国主义制造的惨案，而以6月23日的沙基惨案为最大。6月23日，广州工、农、学生约七万人举行了“五卅惨案”追悼大会之后，在市区示威游行，其中还有黄埔军校学生约几百人，并有教导第一团第三营和第二团第二、四、七各连官兵。下午2时40分，游行队伍到达西堤沙基西桥口时，突然遭到英帝国主义者来自珠江对岸沙面英法租界步枪和机关枪的猛烈射击。白鹅潭法国军舰也开炮响应英国暴行，同时开炮轰击游行群众，达数十分钟。当场有工人、民众60人、军校学生23人死亡，170人负伤。此特大惨案发生后，广州革命政府即向英、法、葡三国提出严重抗议。但三国领事都推卸责任，耍无赖。蒋介石接到惨案发生电话时，即“变色出涕曰：‘帝国主义者，不以华人为生命，屠之如犬豕，国耻至此，我何以为生？’乃即下船赴省，一路风凄日暗，举目皆无光色。”8月4日，政府即宣布对英国经济断交，禁止各国商船到香港停泊。同时香港和广东工商业者，组织起省港罢工委员会，宣布对英国断绝经济关系。自7月开始，持续到第二年12月，达一年半之久。香港工人大多回到广东，香港商店倒闭约400余家，并断绝供水，使香港成为死港。罢工领导者就是廖仲恺、中共党人邓中夏等。
这种反帝怒潮，席卷全国，因此，“联俄容共扶助农工”的三人政策，深入人心。在这种形势下，胡汉民的反对三人政策思想和活动，当然不能为国人所接受。国民政府即在此种国内形势下成立。前于6月14日，胡汉民召集中央政治会议，决定成立国民政府。7月1日，选出胡汉民、汪兆铭、张八杰、谭延闽、林森，许崇智等为国府委员，共16人，以汪兆铭，胡汉民、谭延闿、林森、许崇智五人为常委。蒋介石未当选为国府委员。汪精卫（兆铭）任主席，国府之下设军事委员会，汪兼委员长。7月3日，军委会成立，蒋介石为八委员之一。原“党军”和其他建国各军改名为“国民革命军”。8月26日发表改编各军军长姓名：党军政为第一军，军长为蒋介石；建国湘军政为第二军，军长谭延闿；建国滇军改为第三军，军长朱培德；建国粤军政为第四军。军长李济深；建国福军政为第五军，李福林任军长；旋将建国赣军改为第六军，由程潜任军长。1926年3月广西李、黄军政为国民革命军第七军；夏，唐生智部改为第八军。
国民政府刚成立不久，1925年8月20日上午9时50分，廖仲恺就不幸被暗杀于中央党部。同日，中国国民党中央执行委员会、国民政府委员会、军事委员会举行联席会议，推选汪兆铭、许崇智、蒋中正组织特别委员会，授以政治、军事、警察全权。25日，国民政府派朱培德、陈树人、甘乃光、周恩来、岳淼、吴铁城、陈孚木、李根林、陈公博九八组成廖案检察委员会，以朱为主席，但廖被暗杀一案，真相当时难于彻底查清，只知与国民党右派反对磨仲恺执行孙中山三大政策实有密切关系，许崇智旋被蒋指为涉嫌人，派军包围位宅，许逃沪上，胡汉民亦因胡毅生之嫌而隐迹，廖死，许，胡出走，国民政府中有只氽汪精卫仍在蒋之上。如再将汪推倒，则蒋可以独揽中枢。
关于廖案，实系国民党反共团体于国民政府成立后的反扑，表明反共团体对新政府的仇视与不满。朱卓文应是主谋；凶手陈顺使用的手枪也是朱卓文的，朱阜文本人曾经于1936年创办的《中山日报》上载文说：
“大家对此赤焰极为切齿，酒酣耳热之际，骂座不已。后来诸人为抽薪止沸计，决议先除渠魁。习知俄顾问鲍罗廷、加仑、汪精卫、廖仲恺等每日必集东山百子路鲍公馆会议，乃密遣死士伺以炸弹、机枪击之，务使群凶同归于尽。下手前一日，余诫赴义诸死士，当熟戡地形，以利进退。……时吴铁城任公安局长，……反复……劝止，……遂亦作罢。”
朱卓文则和林直勉在廖案前曾谈到非杀死廖仲恺不可。林又是胡汉民之弟胡毅生领导之“革命纪念会”成员，该会为反共团体。则朱卓文和反共团体有密切关系。朱所谈被吴铁城制止之事，当是朱并未真地放弃暗杀计划，而是改令陈顺单独暗杀廖。所以朱氏逃亡后，仍著文声称：“廖仲恺骤被狙击，实为民众最后之裁判”，以自我开脱罪责。后即隐姓埋名。到1936年改名朱元鼎出任中山县土地建设两局局长，创办《中山日报》。朱言及陈顺杀廖之事时自谓：“一星期后，某日余方午睡，陈顺同志匆匆自外归来，言杀廖事，神色自若。余知事非寻常，必在大患，即探囊取出200元与之，促其离穗。世人所谓朱某谋杀廖，如是而已。”
看来朱卓文虽自我开脱，但终究他是杀廖主谋，罪责难逃。他事前曾预谋此事，事后又赞助陈顺200元，促其速逃。则此事已昭然若揭。
廖仲恺，原名恩煦，广东省惠阳县人。父竹宾为美国华侨。廖1878年3月10日生于美国。初于美国上学。17岁回国，在香港继续读英文。20岁与何香凝结婚。1905年同入同盟会。1911年辛亥革命后，任广东督府财长。1923年帮助孙中山改组国民党，实现联俄、容共、扶助工农三大政策。1924年任大元帅府财政部长兼广东省长、军需总监。同时任中央常委兼工人、农民部长，主持工运。1925年7月任国民政府委员、军事委员、中国国民党中央执行委员、财政部长。并领导省港工人大罢工。8月20日被国民党右派分子暗杀。
廖被刺杀后，蒋于军校开追悼大会，曾发《祭廖党代表文》。文云：“总理逝世未半载，而先生突死于凶徒之手；是犹慈父见背，而盗又杀其长兄……”并提出军校与党军中无共产派和反共派之分，均以三民主义为中心。汪精卫此时特别亲苏，自称左派，主张肃清右派。廖死后，胡汉民被嫌，于9月15日赴苏访问；汪精卫便大权独揽，将中央常务委员中林、邹派往北京，补林伯渠充任（而丁惟汾于树德又已在北京），使中常会为汪和林、谭主持，成为以中共为主的局面。
同年10月7日，莫斯科成立孙中山大学，由汪精卫、胡汉民、谭延闿三个人为选拔委员会总负责人，选拔学生赴中山大学留学。10月19日，蒋经国经陈洁如努力劝说，得蒋介石同意赴苏留学。蒋经国当时思想很活跃，憧憬苏联。蒋当时对苏联虽无好感，但尚不敢对经国直言，因为他正在伪装亲苏。
林、邹决心反共，便到上海会见戴季陶、谢持、邵元冲、叶楚伧、居正等商议于北京召开第一届中央执行委员会第四次全体会议。11月23日，中央执行委员林森、居正、戴季陶、石瑛、邹鲁、覃振、石青阳、叶楚伧和候补中委邵元冲、沈定一、茅祖权、傅汝霖等共12人，加上中央监委谢持、张继、吴稚晖共15人，在北京西山碧云寺召开“一届四中全会”，是为西山会议，参加者称为“西山会议派”。议决取消共产党人参加国民党党籍。12月2日，议决开除谭平山、李大钊、瞿秋白、毛泽东、张国焘等9名共产党人的国民党党籍。并发表大会宣言。12月4日又议决开除汪兆铭党籍六个月，并开除其中央执行委员职务。进而宣判汪罪三项：
（一）任凭鲍罗廷操纵本党中央和国民政府。
（二）廖案后，听鲍罗廷唆使，放逐胡汉民。
（三）特别擢拔毛泽东为中央宣传部长。12月14日，另设中央党部，于上海环龙路44号，处理党务。
面临如此情势，蒋介石当时是不得已而站在汪精卫一方，反对西会议派的。他在1925年11月7日，即他的小册子中声言：“苏俄同志不来指导我们革命的方法，恐怕国民革命军至今还不能发生。”又说：“我敢老实说，叫革命先进的苏俄来指导我们中国革命，我们世界革命的中国革命党员，实是愿接受的，而且是应该接受的。”进而又说：“一定要照俄国革命的方法去做，才是总理的真正信徒。”接下去又说：“总理面谕，鲍罗廷的主张就是我的主张，凡是政治上的事，……你听他的主张，要像听我的主张一个样子才好。”前面这些话是强调他坚决联俄和拥护鲍罗廷。又说：“现在总理死了，各位俄顾问对本党的努力，仍然与在日一样，以亲爱的精神，以同志的资格，有事大家商量，互相讨论求得真理，谁的主张有道理，就实行谁的主张，并没有一些勉强和迁就的事情。”这后面的话，又把前面的话否定了。既然听鲍罗廷的主张，又何必讨论呢？他是软中有硬，处处表示出独立自主的刚强思想锋芒，但表面上，则不得不装得极端拥护联俄容共和听鲍罗廷主张的样子。
12月5日，蒋就发表亲苏讲话，强调团结反对分裂，并指出三民主义与共产主义相辅相成，甚至相同：“我敢率国民党内共产与非共产诸同志集合于国民党青天白日之旗下，为实行我总理革命主义而死也。……吾为三民主义而死，亦即为共产主义而死也。吾愿本党诸同志不分畛域，不生裂痕，终生终死，本我亲爱精诚之教训——直接实行我总理之三民主义，即间接以实行国际之共产主义也。三民主义之成功，与共产主义之发展，实相为用，而不相悖者也”。
12月11日，演说表示应服从俄国人的指导，12月25日，又说；“总理深知必能包括共产主义始为真正之三民主义。同时亦必能容纳共产党，始为真正之国民党也”。
当时蒋介石，按其本来性格和本来思想，是坚决的反共人物，也不善于作伪屈从。但遇到自己权位受到威胁时，他也开始屈从并伪装亲苏亲共，以保其权位，权位乃为其第一位的生命价值。当时全国人民反帝和扶助工农的思潮，正汹涌澎湃，连吴佩孚也曾于1923年以前高唱过“劳工神圣”。而此时广州国民政府中，右派胡汉民已经出国，林森等远在北京，汪精卫和苏俄鲍罗廷主持中央执行委员会，执委会中又增加林伯渠为中央常委。则中共和国民党左派势力占有绝对优势，只要蒋稍有不满，便会被踢出黄埔军校和解除军职及一切职务。因此，蒋便不敢像对孙中山那样直抒己见和来去自如。而是为保权位，不惜伪装和假唱左派高调。对此，黎东方有一种解释，很可回味。他说：“蒋公当时的处境，极端艰苦。他在内心上是反共的，同情居正等人；然而有军校与国民革命第一军的职务在肩上，处在英帝国主义与俄籍顾问双重威肋之下，怎能轻易表示真正的态度，使得国父与他自己惨淡经营的一点点革命基础，毁于一旦？因此，他不便明白说出大家不可改信共产主义”。
这种解释，透露了蒋的心思，但要说他为国父的革命，为反对英帝国主义而作伪，则不正确。他从没有真正服从过孙中山的领导，当孙中山指挥护法之战时，前方急需军官，而蒋则一次次拂袖而走，如他自己所说，“合则留，不合则去”。孙中山为此批评他专断任性，像个君主，稍不合己意就拂袖而走，个人意气太重，叫他要为革命，而不要为个人。对他的这种批评，直到孙中山1924年11月北上之前，一直不断。这一切说明蒋是为个人权位或权威而不服从领导，并不是为了什么革命。而这次作伪，则是为保位。至于说他不便明白说出来，不叫大家改信共产主义，则也是不准确的，因为他明明提出“要照俄国的革命方法去做，才是总理真正的信徒”，叫大家信仰三民主义，也信仰共产主义。并说三民主义与共产主义是相辅相成，互相为用，并未暗示反共之事。这种作伪，一直继续到1927年3、4月间。
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