这时，他一面努力工作，到处讲演，显示自己的才智和革命意志，一边也在寻找一切可能的机会，挤走元老派，自己先抓军权，再抓政权。
就在他准备第二次东征前后，有两次被行刺者突然袭击，几乎遇难。
一次是他有一天自黄埔军校回城内办事处时，正巧碰上自己的车坏了，就改坐侍从的车子，先行登程。当他的车修好后，侍从们就坐他的车子追赶。他的车子有青天白日旗，很好辨认，刚驰到广州东坡楼附近时，当地驻军突然向车开枪射击，车被打翻，两侍从人员当场被打死。而蒋却因车坏而幸免。
此次谋杀，系梁鸿楷旧部旅长杨金龙所为。蒋回办事处后，就将梁鸿楷找来，责成他扣押和审判杨金龙。并将杨旅调出城外。
这以后，蒋怕住黄埔军校不安全，又改住长州要塞司令部。但不久，蒋的如夫人陈洁如来广州同住，他又改迁到广州东门外东山小洋房内，和廖仲恺一家同走一个大门。一个多月后，蒋正乘车到东门时，又遇两个刺客行刺。不过因为侍卫人员早两天已注意到此二人的行迹可疑，已格外留心。此次相遇早已留心，见刺客抬手时，先行开枪，击中其一，遂当场将二刺客捕获。
经审问，知二刺客是由蒋介石的老对头陈廉伯所派。陈洁如因蒋脱险特为卫士连长宓熙奖银元二百元，以示嘉勉。蒋见事不妙，又和陈洁如搬回要塞下榻了。
蒋脱二险后，其等待的抓权机会也来到了。可谓“逢凶化吉，命大福大”。
8月20日，廖仲恺突然被反共派朱卓文（主持行刺）、陈顺（凶手）等刺杀于中央党部。廖氏被刺，本是国民革命之重大损失，志士含悲，仁人痛悼。而蒋氏却利用此一机会，大作文章。
廖仲凯被刺后，蒋以广州卫戍司令兼特委会委员，专管廖案，立即于当日（8月20日）下午拟定捕人名单。25日，逮捕林直勉、张国桢（10月5日枪决）、梁士铎等。同日，又因梁鸿楷、魏邦平等与廖案主犯朱卓文等有联络和勾结陈炯明，将梁、魏扣押，并乘势解散梁的军队。
到9月20日，蒋又乘此案事，将他的顶头上司陆军部长许崇智，以涉嫌廖案驱逐出广州，并改编了他的军队。
从此以后，蒋成了广东军事实力派，将粤军全掌在手中，即第四军和第五军。尤其第四军为国民政府的主力军，以后北伐，被誉为铁军。
胡汉民也因其弟胡毅生素来反对廖仲恺，并与主犯有通谋，被迫出国赴苏访问。一时间国民党元老均被排除出国民政府，只余汪精卫一人，尚位在其上。而实际上，汪无军权，不过一个虚位，这对蒋来说，已不是什么重要障碍。所余者，是逐汪下台，自己“名正言顺”地成为国民党和国民政府的主宰者；再就是降低苏联顾问和中共的权力和影响，不影响自己独揽中央大权。为达到此目的，蒋还必须建立军功大业，为众推许。
为此，他决定接着开始第二次东征陈炯明。因为此时已到了他认为可以东征的时候了。
本年（1925年）9月1日下午，中央召开特别委员会，议决统一财政，设监督委员会，强令各处财款解部，并出兵东江，讨伐陈炯明逆部。
当日晚蒋介石对商界领袖讲话，强调孙越宣言，说明中国是以三民主义治国，不引进苏联共产主义，开始为反共播发信息。从此开始，蒋已在隐晦地进行反苏、反共的活动了。因为他已有军事实力在手了。但尚末进入中央领导岗位，他又不敢明显地表示限制中共。
9月6日，蒋于第二期学生毕业式上讲话，强调孙中山所曾讲过的为革命而死就是为革命成仁。他更进一步要求学生们“要作人格上、历史上成仁的革命党员，切不要希望成功，做假革命党。”
这是从思想和精神上，给学生鼓舞士气，准备第二次东征。
他接着要求毕业生“同心同德，团结一致”；不要再赌、嫖和吸烟；严守军纪；不要只想升官发财；涤荡怠惰。最后，指出中国革命的目的，是独立与自由，因之先要从废除不平等条约做起；而“要取消不平等条约，就要先打倒帝国主义。所以帝国主义是我们中国革命党的唯一敌人，而尤其是我们军官学校的唯一敌人。希望各位以后要认清这一点才好。”如此说来，军阀好像又不是革命的对象和敌人了；反封建更是不提一字。不反封建，不反军阀，怎么实行三民主义？在蒋的心目中，革命到底是什么，实在令人无法琢磨。但有一点非常清楚，就是一切为了民族的独立和强盛。而他将是这个民族的主宰。
8日下午，又对第二期学生讲振奋精神、革新社会问题。在这里他批判了中国几千年的封建和宗法制度。但他提的是改良旧制度字样。他说：“这个旧社会旧制度不改良，中国是决不能自由独立的。”蒋的讲话，往往是顾此而失彼，当他强调甲时，忘了乙，强调乙时又忘了甲。前面说打倒帝国主义，废除不平等条约后，中国就可以独立自由，此次又说改良旧制度后，就可以自由平等了。他很少全面兼顾地讨论问题，不能将多种因素综合起来，进行分析。
在这次讲话中，他又特别谴责了懒惰与不死不活的精神状态，要学生们振作精神，奋勇向前。
9日，又对第二期毕业生讲做事作战时革命军人和党人要坚持最后五分钟，如不坚持，就容易失败。例如打仗，可能在最后五分钟里决定胜负。至此，第二次东征工作准备基本结束或完成。
第一次东征后，已扫清东江一带陈逆军，只有惠州尚未攻下。这时，除惠州仍为陈炯明的基地外，潮、梅一带又为洪兆麟于政府军回师讨伐杨、刘之时，以假投降手段重新占领。9月1日，陈又举兵西犯，欲攻省城。此时国民革命军建军刚刚四、五天。9月27日，陈逆军洪兆麟、谢文炳、翁腾辉部攻陷平山，距广州尚有150公里。国民政府军委会立即决定举行第二次东征。9月28日蒋任东征军总指挥，主要指挥第一军和第四军为主力。29日编成三个纵队，以何应钦为第一纵队长，辖第一军第一、三师（谭曙卿）和第二师（王懋功）第四团，警卫军吴铁城旅（由欧阳驹代理），建国鄂军各部。李济深为第二纵队长，辖第四军陈济棠十一师、张发奎独一旅、冯轶裴团、余鹰扬团、第三十四团等各部。程潜为第三纵队长，辖任应岐部建国豫军、李明扬建国赣军、程潜攻鄂军、潮、梅军各部。王懋功代理广州卫戍司令留穗（广州）。周恩来任东征军总政治部主任，与蒋共同指挥作战。9月30日颁布行军令，详细规定行军中的联络、通讯、供给、医务、担架等诸多事宜。10月1日上午，蒋与各军事长官研究作战计划。下午4时参加第一师誓师大会。（2日，汪精卫就任军校党代表。）是日晚，蒋回要塞部后，心情很是兴奋，便不顾与如夫人陈洁如的亲热，而独自一人走上房顶，仰观碧空明月，不禁思绪万千，大动今昔之感，喟然兴叹曰：“如此良夜而佳兴索然。党国危难，惟吾一身当之，小子可不自勉！”这时，蒋氏真是踌躇满志，已是天下安危“在予一人”了。
蒋为使东征军在出征前有严明的军纪和振奋的精神以及高昂的士气，便于10月4日对东征军痛揭军官弊端如下：第一次东征时，有严重拉夫现象，而且及于老妇少女，使其连续服役。特务长和军需士，每每短给役夫钱币，有的连长也吞吃役夫费用，致使役夫怨恨。有的老役有病在身，跟不上队伍，官兵竟拳足痛打，惨不忍睹。甚至在第一次东征回师淡水时，竟把五、六百女役夫关起来，不准回去，而又不对其加钱和解释劝慰。在宿营地有的士兵擅入民房任意吃喝，官长也不禁止，人民不堪其扰；或擅住民家不住庙堂等公房，人民敢怒而不敢言。下级军官怠惰成性，公务委之副职，并且嫖赌成性。官长虐待士兵，视同牛马，竟将士兵打得皮开肉烂，且下情不能上达。中级以下军官袒护下属军官，上下勾结，置士兵痛苦于不顾。伪造报销，侵蚀公款，甚至冒刻图章，假造发票。
6日蒋率军出发，驻石尤。7日6时起床后，蒋见朝云五色，顿觉神志振奋。旋又感到近来多所愤慨，“几以国人萎靡不振，皆为可杀”，是太过于忧虑了，应当自己戒甚方好。同日，电令陈炯明逆军杨坤如退出惠州。8日上午制订作战计划。令何应钦纵队长督攻惠州。10日蒋由石龙乘船赴博罗行营。途中看孙、吴兵书。看到孙子虚实篇，则叹为观止，认为高于吴起兵法。这虚虚实实，实实虚虚，正是蒋介石一生的写照，正合蒋意。晚8时，设行营于县公署。翌日下令何应钦编组攻城先锋队。
令曰：“为令遵事：照得杨逆坤如，负嵎惠州，祸国殃民，久稽天讨。本军前进，俯顺舆情，……若不亟予歼灭，何以登惠民于衽席之上。……先登城者得头等奖，……转饰照知，此令。”
这种命令格式、语言与古代无疑，也足令人深思一番。中国几千年的封建意识犹如一块铁陨石，是什么样的新思潮也不能溶解的，而新思潮却被吸收进陨石之内，无影无踪。故中国历史之前进，总是“孔雀东南飞，五里一徘徊”。
12日上午偕何应钦乘船至第三师阵地飞鹅岭视察。午后至香祖园，露宿于佛祖古庙门外，很有几分悲壮意味。
此次作战，三路纵队一齐出动，作战极为踊跃。蒋此次系第一次独立制定作战计划。他的计划是采取中央突破之法，或先攻主力，后及旁枝的战法，决定首先攻取陈炯明老巢惠州。守城者为杨坤如，率三千人死守。此城南、西、北三面环水，东侧枕山，形势险要，易守难攻，号称东江锁钥，自宋代以来，无人攻破此城。对此坚城，蒋决定用大炮配合敢死队——当时命先锋队攻城。先挑选先锋队650人，于第一师三个团中，每团挑选150人，第二师第四团挑选200人。敢死队总队长为第二团一营营长杜从戎。营长冷欣亦参加敢死队。先锋队员每人犒赏30元。最先登城者，得头等奖。蒋的军队以后一直以悬赏银洋鼓励战士冒死冲锋。周恩来也命第三师第七团党代表蒋先云以共产党员和共青团员为骨干组成敢死队，参加攻城。攻城战于10月13日晨9时开始，蒋于飞鹅岭指挥。首先炮击城墙。然后自各门攻城。二师四团团长刘尧宸，攻北门，连冲五次，未能进城。刘并新自率小队挟梯爬城，不幸中弹身亡。西、东门，也冲锋多次，未能奏效。同日下午2时，开始总攻，集中炮火和军队主攻北门。炮击之后，就缘梯爬城，杨坤如欲亲上城门督战，终因炮击不能登城。14日下午4时30分，第一军攻入北、西二门，敌人自东门逃出，奔向紫金方向。克惠州后，官兵每人赏银洋1元，猪肉4两。此役俘敌4000余名。刘尧宸被迫为陆军中将抚恤其家属5000元。此战至为激烈，画家梁鼎铭时在军中，数年后画成国画《惠州之战》，复本现在台湾。
即日蒋向国民党中央执行委员会、国民政府主席汪精卫和国府委员、监察院、大理院、广州市政委员长、李军长、各师长、各报馆、商会、农会、工会、教育会发告捷电报。其中有云：“惠城夙称天险，有宋以来，从未能破，今为革命军一鼓攻克，虽由将士奋勇用命，亦我先大元帅在天之灵有以祜之。从此努力前驱，肃清逆氛，指日可期。吾党前途大放光明。……”15日，蒋入惠州，绅商等出城迎接。
19日，国民政府立即下令表扬蒋介石：“蒋中正受命东征，督率将士，立破坚城，……统一前途，已呈曙光。该总指挥忠勇激发，成此伟功，至深嘉尚。”同时据蒋呈报奖励何应钦、谭曙卿、陆瑞荣等。
就在这一天，陈炯明调三艘北洋舰威胁虎门。蒋调第四团对该方面防守，这时，陈炯明决定从南路进攻，以牵制东征军，并连占西江地区的阳江、罗定、云浮、新兴、恩平、开平、台山。苏廷有和梁鸿楷旧部梁鸿林、洪敦曜遂一同叛变国民政府。国民政府派军防卫。
17日，蒋介石为表谦让和无野心，便上辞第一军军长书。理由是于攻克惠州后，东征已基本成功，他可以继续任东征总指挥，完成广东统一，但第一军军长实职，则为避免自己成为军阀，要求辞掉，以便监督军队而身不在其中。他说：“以中正今日思想与环境，固不患启军阀之恶端，然兵力扩张，事权增大，实有造成新军阀之可能。故中正惴惴自惧，愿终身勉为我先总理之信徒，而无负所托，其必卸去军权，方得造成打破军阀之势力，使中国军阀完全消灭，再无发生之余地，盖必先不任军职。……此中正之所以辞军职，而期成为忠实革命党员，改变旧日军人风尚，以树革命之基础。非敢为一得自足之习所囿也。”说得多好听啊！
蒋真的不想当军阀吗？如果不想，则与他以往专断独行的性格绝对不合。他是很想军权独揽的，但此时，他深怕被猜忌，从而真地失掉军权，不如先表示辞让，叫上面放心，则军权反而把握得更牢。这应当是他辞军职的主要想法。
在蒋东征期间，由陈洁如作主，其长子经国，追随时代潮流，赴苏留学，于10月19日启程。对于蒋经国赴苏，蒋介石虽内心里是不同意的，但表面上不敢反对，便只好听之任之。蒋与其长子便从此一别十二年未曾见面。1937年，斯大林为团结蒋氏抗日，才将蒋经国放归。
就在蒋经国启程赴苏的同一天（1925年10月19日），蒋自惠州出发，经惠阳、马鞍、平潭，于晚7时抵达平山。22日，向梅陇、西羊蹄岭之敌进击。上午研究作战计划。下午5时收复海丰，敌退守陆丰。同时令第二纵队北来，会合第三师（谭曙卿），攻击紫金、蓝塘、河婆敌主力。第一师向河婆推进（同日呈请任命毛思诚为军校秘书）。23日，蒋又由平山启节，于下午3时抵三多祝。是日攻克蓝塘。次日下午5时，蒋抵埔心圩，深感此处山景奇绝，民风淳美，并见到八十老叟，神骨超群，油然而生敬意。
25日复由埔心圩至禾多布。26日又由禾多布至龙寓圩，与李济深会议军事。会后李赴紫金；程潜赴老隆进取五华。27日上午8时，蒋由龙寓圩起身，于下午2时半至羊高圩。复闻谭师告急，又进抵大坪。时谭师被敌军万余包围于华阳附近塘湖地区，谭师官兵纷纷溃退，阵线动摇。
在第三师溃退时，蒋立即命在总部担任警卫的第四团连长陈赓前去第三师传命谭师长，不许撤退。谭见令后，曾组织一次反攻。蒋此时也亲自到前线里圩指挥。但经敌人（林虎部）一次侧击，谭师复又大败而溃。蒋命陈赓代第三师长职，制止溃退，但兵败如山倒，陈也毫无办法。蒋见此状，急得要自杀殉职，并大声地说：“我必须在这里杀身成仁，我没有脸回去见江东父老。”陈赓急忙上前劝阻，并对他解释说：“你是总指挥，你的行动会对这次整个的战事发生影响。这终究只是一个师，而且还不是黄埔训练出来的部队。赶快离开这里吧！我们还可以把部队整一下，再打过来。”经陈赓劝解，蒋介石顺台阶下来，嘴巴也就松动了。正在这时，敌人也已经快到近前，陈赓背起蒋介石就跑，走了几里路，到一条河边上了船，脱险过河后，退到羊高圩。蒋又派陈赓到后埔去找第一师。陈于后埔见到师党代表周恩来，将情况向周报告。转达了蒋的增援命令。
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