冯军一路行军迟缓，且在沿途各站留驻兵力，致使队伍越走越少，已为回师北京预做准备。10月15日，冯在古北口按兵不动，坐观成败。王承斌与之会面时，预见到了战争形势的发展将不利于吴。这时，冯玉祥接到总部参谋长张方严的急电，催促冯部按预定作战方案迅速发起攻势，以策应榆关方向的作战，电文中有“大局转危为安在斯一举”的一句话，使冯知道直军已处于劣势。同时，冯玉祥看到战情报告，得知直军在榆关之战中牺牲惨重，已兵竭势衰。冯玉祥见成败形势已经明朗，又有张作霖重金的收买，冯认为回师北京的机会已经到来，便于19日晚召集主要将领开会，宣布班师回京的计划。随即下令所属部队将后队改为前队，即刻回师北京。同时令早已参与预谋的北京警备副司令孙岳开城门接应。
冯军沿途割断电线，封锁消息，并以昼夜兼程70公里的行军速度，迅速杀回北京。10月22日晚9时，冯军第八旅旅长李鸣钟、第二十二旅旅长鹿钟麟两部率先开回北京。随后，陕军胡景翼师也开进通州，隔断了吴佩孚与京东方向的联系。
10月23日，陆军检阅使兼第十一师师长冯玉祥、陕西陆军第一师师长胡景翼、大名镇守使兼第十五混成旅旅长孙岳联名发出了呼吁和平的通电。在电文中，他们把直奉战争说成是吴、张两人的“私斗”，痛斥吴佩孚“凭战胜之余威，挟元首以自重，揽国柄以掌握，视疆吏若仆从，逞一人之忿，兴孤注之师……业经电请大总统明令惩警以谢国人，停战言和用苏民困”。冯玉祥在此采用了倒吴而暂不倒曹的办法，还想利用曹锟这个傀儡总统来收束前方的军事，以制止吴佩孚的反抗行为。
曹锟在23日上午接到通电后才知道冯军回京。随后，孙岳率兵进宫，以保证“总统”的安全，同时，逼迫曹锟表态，给吴佩孚一个适当的名义让他体面下台。24日，内阁通过决议发表四道命令：
（1）停战言和。
（2）撤销讨逆军总司令等名义。
（3）解除吴佩孚的直鲁豫巡阅使及第三师师长等职。
（4）任命吴佩孚为青海垦务督办。
10月25日，公府卫队曹世杰旅（曹锟的子弟兵）被缴械，从此，曹锟便处于冯军的直接监视之下。同日，冯玉祥、王承斌、胡景翼、孙岳等人在北苑召开会议，决定组织中华民国国民军，冯玉祥为总司令兼第一军长，胡、孙二人分任副司令兼第二、第三军军长。
另一方面，吴佩孚在榆关前线接到冯玉祥10月23日通电后，当时大吃一惊，但又疑心是张作霖捏造出来的假通电，以迷惑军心。此时，前线形势似乎正朝着对直方有利的方向发展，所以接到曹锟的加急电报后，并未认真对待。24日，查明情况属实后，吴佩孚又寄希望胡景翼未必加入政变之事，即任胡为第三军总司令取代冯，并派张敬尧到通州传达命令。结果，胡景翼把张敬尧扣留起来。25日，一切真相大白，吴佩孚才心慌意乱地把前方作战任务交给张福来主持，自己率领第三、第二十六师各一部约8千余人乘车回救北京。26日，吴佩孚把司令部设在天津，军队到达杨村布防，对冯军采取守势，以待后援。
此时，吴佩孚唯一的希望就是调动齐燮元、孙传芳的军队由津浦路北上，调李济臣、萧耀南的军队由京汉线北进，两路夹击进攻北京。
北京政变后，津浦路成为直系军阀贯通南北的主要交通线，而山东督理郑士琦，是一个对直系怀有敌意的皖系军阀。在这种情况下，吴佩孚如果放弃榆关停止对奉系的战争，把全部兵力调到津浦路上来，就有可能控制这条交通要道，以便与山东、河南、江苏、浙江各省的直系力量连结起来，使自己战败后转入到一个进可以取、退可以守的机动地位。可是，吴佩孚没有考虑到这条路，仍把主力摆在榆关不动，自己仅抽调少数兵力回救北京。而此时，榆关直军因为北京发生政变而军心动摇，已不可能与声势方张的奉军相抗衡。
在此期间，由于北京政变后情况不明，各省直系军阀对吴佩孚还存有幻想。因此，在10月26、27日，萧耀南、齐燮元、孙传芳、马联甲、周荫人、杜锡珪、蔡成勋、杨树庄等人纷纷发出了助吴讨冯的通电。萧耀南派出陈嘉谟师、寇英杰旅；齐燮元派出陈调元师；孙传芳派出孟昭月、张允明两旅；马联甲派出田锦章旅等，分别由津浦、京汉两路北上援吴。
但是，各省援直军尚未开动，冯玉祥、胡景翼的军队即已到廊坊，准备进攻天津。此时，在天津做寓公的张绍曾，看到吴佩孚的地位十分危险，便充当中间人，奔走于北京和天津之间，协调冯、吴言和。但这种调停没有任何效果。
10月28日，榆关战事发生急剧变化，由平泉、冷口入关的奉军张宗昌部，从翼侧占领滦州，截断了榆关直军的归路和榆关与天津之间的交通干线，因此，榆关的直军如土崩瓦解一般从榆关溃败下来。31日，奉军占领了榆关和秦皇岛。缴获了直军枪支3万余支，吴佩孚多年经营的直军主力至此也已基本瓦解。
11月2日，冯玉祥的军队由廊坊东进，占领了杨村和北仓。吴的司令部由天津被迫移至军粮城。这时，奉军张宗昌、吴光新等部又南下攻占唐山、芦台。吴佩孚在军粮城也不敢久留，便打算由津浦路南下另找出路。此时，山东督理郑士琦突然宣布“武装中立”，派兵到沧州、马厂一带阻止吴佩孚率部假道通过山东。同时，郑士琦还派兵南下炸毁了韩庄铁路，以阻止江浙援吴军通过山东。与此同时，阎锡山出兵石家庄，截断了京汉路的交通，豫、鄂等省的援吴军，也都被阻止不能前进。这时，吴佩孚所盼望的两路援军都落了空，自己南下津浦路又受阻。正在无路可走的时候，海军部军需司司长刘永谦替他准备好华甲运输舰一艘，劝吴乘车到塘沽登舰南下。11月3日，当奉军与国民军迫近天津时，吴佩孚不得不率残部三千多人自塘沽出海南逃。至此，第二次直奉战争从9月15日起到11月3日止，一共打了50多天，以直军主力的全部覆灭和吴佩孚的狼狈遁逃而告结束。直系军队大部分被奉系的张宗昌以“山东人不打山东人”为幌子收编，小部分被冯军吸收。
吴佩孚路过青岛，早与皖系有勾结的温树德拒绝其登陆。吴又从吴淞口进入长江，在南京与齐燮元一晤，又向武汉驶去。吴佩孚以为萧耀南是经自己提拔才当了湖北督军，便打算在武汉设立军政府。不料，萧与其他直系将领已通电吁请老段出山，吴只好转往河南，岂知豫省已被国民军占有，无奈之下前往避暑胜地鸡公山躲避寒冷去了。
其实直系败北并不是一次战争就能造成的事实。此前，吴佩孚的武力统一政策和个人独裁野心的日趋外露，在直系外部首先促成奉、浙、粤三角反直同盟；在直系内也有以冯玉祥为首的几股反吴力量形成同盟。在此内外夹击之下，不待战事发动，直系分崩离析的局面就已形成。当然，直系失败更主要的原因在于不得人心，在这一历史时期，吴佩孚极力推行武力统一政策，穷兵黩武，曹锟贿选总统的丑行，以及各省直系军阀在地方上的种种暴行，都注定这样的政权不会得到人民的支持。
三 奉张企图主导天下
1 奉冯反目
虽然在第二次直奉战争中，奉、冯暂时结为同盟，但是一旦直系倒台，奉、冯的矛盾立即尖锐起来——这也是军阀之间关系的一个特点，即私有利益高于一切。
1924年11月2日，曹锟被迫辞职，当他看到前来向他逼宫的正是前两年为他逼迫黎元洪交印的王承斌，不由得百感交集，说不出话来。
11月5日，冯玉祥指使其摄政内阁修改《清室优待条件》，又派其属下，北京卫戍区司令鹿钟麟、警察总监张璧入宫，将溥仪赶出紫禁城，并废除皇帝名号。溥仪无处落脚，只好流落天津日租界，为日后的满洲国埋下伏笔。而且此举首开近代“抄家”之先例，置国家法律于不顾，更为恶劣。
鹿、张两人带领一帮警察士兵入宫后，简直如同刘姥姥进了大观园，不由得不动心。有个士兵见到一个大铁箱，以为其中藏有金银，便用斧头、铁锤等将铁箱砸开，只见内里装的历代珍贵瓷器已全部震碎。警察总监张璧毕竟有眼光，见桌上有一对钧窑花盆内种着菊花，便吩咐手下警察道，这菊花不错，给我带回去。鹿钟麟看见有一翡翠西瓜，遂拿在手中把玩，随手将帽子盖在西瓜之上。旁边警察见状，即捧着西瓜与帽子，走到鹿的跟前说，您忘了带帽子了。鹿说，天气太热，你拿着吧！军警会意，便将翡翠西瓜拿走了。就这样，连抢带夺，将无数历代宝物装在军用卡车上，运出宫去。后来这些宝物大多下落不明。冯军为了掩盖其丑行，纵火将储存宝物的建福宫烧毁（一说是宫内太监所为），消防队员们在火灾现场找到许多熔化的贵重金属。后来，在美国纽约古董市场上，冯玉祥拥有的一件乾隆翡翠雕花舫船只以两万美元出手，而其真正价值应在几十万。
1924年11月17日，战败的吴佩孚不甘服输，在汉口发表通电，宣布组织黄河上游及长江各省护宪军政府。
同日，张作霖到达天津，邀请段祺瑞、冯玉祥会议。孙、段、张的联合与冯玉祥的倒戈，只有推翻曹、吴的目的是相同的。至于之后，怎么组织政府，如何解决国是，则是各有各的打算。张与冯的主要目的是扩充地盘，独霸一方，进而控制中央政府。段张冯三人在津会面，首先讨论的是要不要对长江各省用兵，张、冯主张用兵，段却反对。张、冯自然是为了略城抢地，而老段则是要依靠这些地方上的北洋旧侣，用来平衡张、冯势力。最后，三人议定段祺瑞以“临时执政”的名义主持政务，性质是临时过渡性政府。当时的形势是，奉张虽有实力，但在关内影响有限，而冯玉祥资格尚浅，不足当大任；海内足以有号召能力者，非段祺瑞莫属。
11月23日，段祺瑞进京任临时执政。但是江苏、浙江、湖北等省仍在直系控制之下，而且奉、冯争权，互相倾轧，致使老段的政令不出京城一步。
关于如何解决战后的政治问题，巨头们又产生了分歧。
张作霖主张召开“巨头会议”，参加者为：段祺瑞、张作霖、冯玉祥、孙中山、唐继尧、卢永祥。
段祺瑞则主张召开“善后会议”，参加者有黎元洪、孙中山；各省的军事领袖；各省区及蒙、藏、青海的军民长官；有特殊学识、声望、经验者。
孙中山则主张召开国民会议，由全国人民来决定国家命运。
冯玉祥则遣使邀孙中山北上，商讨国家大计。
孙中山接受邀请，于1924年11月13日由广州启程，12月4日由日本抵达天津，31日到达北京——盖当时军阀割据，交能不畅之故。可是孙召开国民会议的主张遭到段、张的反对。1925年2月13日，善后会议召开第一次会议，由耄耋老人赵尔巽为议长。国民党代表拒绝参加会议，而此时孙中山已病入膏肓，延至3月12日逝于铁狮子胡同行辕。
段出山后，由冯玉祥支持的黄郛摄政内阁于1924年11月23日下台。黄郛是冯政变的内线人物，阁员中有奉系，也有国民党人，再有就是冯派人物，冯以为这个奉、冯、孙的联合政府应该被各方接受。但是首先遭到了奉张的反对。奉系的阁员不肯就职，所以新内阁没有履新就胎死腹中。虽然奉、冯联合打败了直系，但胡匪出身的张作霖，讲究的是义气，所以尽管他利用了冯的倒戈，却从心眼儿里瞧不起冯。再说，奉系卧薪尝胆打败直系，决不能让别人将果实攫走。所以奉张处处防范冯玉祥，想方设法将其挤往西北，津浦路一带绝不容其染指。
11月24日，张大帅到了北京，压迫冯的国民军撤出。在现实力量的对比下，冯的声势顿时削弱不少。国民军将领颇不服气，岳维峻、邓宝珊等人甚至准备再次发动兵变，将张氏父子杀掉。但是毕竟新胜的奉军气焰正旺，冯不敢轻举妄动。不料消息走漏，张作霖于12月2日匆匆去了天津，国民军重新掌握北京。
段上台后，虽然暂时不对南方用兵，但为酬劳张作霖与冯玉祥，任命张为镇威上将军，节制东三省军务等许多头衔；任命张作相、吴俊升分别为吉林、黑龙江督办。同时将察哈尔、绥远，以及近畿的22县划作国民军的地盘，并允许其扩军，还将河南、陕西督办给了胡景翼、孙岳。直隶作为近畿重地，争夺尤为激烈。与冯玉祥协同倒戈的王承斌，极想保持直隶的地盘，奉军却毫不客气地将他收编的部队缴了械，吓得王承斌跑到租界。冯的地盘也只有察哈尔和绥远两地。
奉系的李景林想要占据直隶，段却属意其属下卢永祥，并未经奉张同意就发表卢永祥和杨以德为直隶督办和省长。张作霖自然不干，亲自召集奉军将领、卢永祥与段的代表吴光新会议，决定免去齐燮元的江苏督办，任卢永祥为苏皖宣抚使、王揖唐为安徽督办，将苏皖两省划归皖系，并由奉军组织宣抚军，护送卢永祥返南；直隶则畀于李景林。张宗昌名正言顺地以宣抚军的名义率师南下，他手下有极具战斗力的白俄军团。不费吹灰之力将试图顽抗的齐燮元吓走，进驻上海。又在吴光新的斡旋下，与孙传芳达成协议，奉军和平地进入南方。
但是此时的卢永祥兵将全无，王揖唐是个文人，很快两省地盘都落入奉系手中，而奉军经过的山东则是顺便收取而已。至于这些地方如何在奉系内部分配，又花费了一番周折。张宗昌在战争中立功，又是山东人，所以自然把山东一地给了他。老张的意思原是让姜登选督苏，郭松龄督皖。不料，奉系的实力派杨宇霆看中了江苏这块富庶之地。姜登选不敢与之争锋，只好退居安徽。如此一来，郭松龄则有向隅之感，这也是后来郭松龄反奉的诱因之一。
9月下旬，杨宇霆、姜登选分别在南京、蚌埠就职；上海的守备司令也是奉军的人。奉军纪律之差，全国闻名，敲诈勒索、奸淫妇女，简直是无恶不作。引起江浙士绅的不满，张謇、张一麐等特意去见孙传芳，倾诉其愤懑之情。孙传芳抓住机会大做文章，不久借着沪宁士绅反奉游行之机，发兵袭击上海，并截断沪宁补给线，进窥南京。同时，吴佩孚又在武汉再起。奉军知道，其战线拉得太长，将有被人切割的危险，便主动撤军。所以奉系在江南根本没有站稳脚跟，就被赶了出来。杨宇霆面对孙传芳的攻势，并未抵抗，于10月18日匆匆逃离南京。只有一旅奉军的姜登选在蚌埠不敢与皖军较量，也于10月23日自动退出安徽。孙传芳占领南京后，令部队沿津浦线追击北逃的奉军，直追过徐州。若是一鼓作气本可拿下济南，但是孙命令停止前进，对部下说，我们占的地盘不少了，就此打住吧。
张作霖并不甘心退出江南，令张宗昌、施从滨率军征讨孙传芳。施从滨到蚌埠后被孙军打败，张宗昌率白俄兵团前来支援。白俄军虽然凶残，还是被击败。孙传芳取得胜利后，得意忘形，将年过七旬的施从滨杀掉，埋下后来被施从滨女儿刺杀的祸根。
2 吴佩孚东山再起
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