在国民党“二大”以前，在广东工作具有双重身份的毛泽东、周恩来、陈延年等，决定对国民党采取打击右派、孤立中间派、扩大左派的政策。计划在国民党二大会上公开开除戴季陶、孙科等人的党籍，争取国民党中央委员会名额中共党员占到三分之一，少选中间派，多选左派，使左派占绝对优势。1926年1月，国民党“二大”在广州举行。到会代表256人，其中加入了国民党的共产党员代表约占五分之三。共产党员和国民党左派在大会上占了压倒的优势。大会作出了“弹劾西山会议派”和“处分违反本党纪律党员的决议”，对西山会议首要分子邹鲁、谢持“永远开除党籍”，居正、石青阳等因列名“国民党同志俱乐部”予以除名，其他分子被书面警告，限期悔改，对戴季陶也发出了“促其猛醒、不可再误”的警告。大会选举中央执委36人中，绝大多数属于汪系和共产党的人马。由36名委员中，选出9名常务委员，他们的名次是汪精卫、谭延闿、谭平山、蒋中正、林祖涵（林伯渠）、胡汉民、陈公博、甘乃光、杨匏安。上列9名中，汪系3名，即汪、陈、甘；共产党3名，即谭平山、林、杨；其余3名无所属。谭延闿与汪较近，胡在莫斯科，蒋被孤立起来。谭平山、林祖涵担任国民党中央组织部长和农民部长，毛泽东为宣传部代理部长。各部做实际工作的秘书均为共产党员。同时，各地国民党党部大多数由共产党员主持。
1926年3月20日，发生“中山舰事件”，其内幕至今仍有许多疑点，但其后果却是汪精卫被蒋介石所迫，不能在广州立足，只好抛开一手总揽的党政军大权而避往海外。蒋介石表面上表示拥护联俄容共政策，打击“西山会议派”的右派势力。其实，此时蒋介石的反共倾向已经至为明显，但是共产党及俄国顾问顾及蒋的实力，仍然对其采取了容忍态度。
再说，北伐军克复武汉、南昌之后，为配合军事进展，广州政府决定北迁。就形势而言，北迁自然以武汉为宜，向北可窥伺中原，顺江而下可进取江浙。可是蒋介石坚持要将国民党中央与国民政府迁到南昌。他的盘算是武汉方面的第四（李济深）、第八（唐生智）两军皆非其嫡系部队，若是政府迁鄂，自己必将失去对其控制能力。但是大多数中央委员不同意蒋的意见。因此，12月7日，部分中央委员在与蒋介石于庐山会议之后，径直前往武汉。12月13日，武汉组成“联席会议”，成员有孙科、徐谦、宋庆龄、吴玉章等人，在政府未迁武汉之前，行使最高职权——实际上就是国民党内的反蒋阵营。蒋介石也表示决不让步，双方对立形势日益加剧。
此时，北伐军的部署就绪，总的计划是暂时对北方采取守势，主要攻击东南方面。
1927年1月中旬，东路军从闽、赣两省分别入浙。新改编的国民革命军第二十六军、第十九军先后在富阳和宁海之战中失利。东路北伐军为打破三面受敌的被动局面，从l月27日起，由衢州兵分3路开始东进，先后占领兰溪、金华、桐庐、诸暨等地，于2月18日占领杭州，21日占领宁波。孙传芳在浙江的残部向淞沪溃逃。浙江全境为北伐军平定后，蒋介石即任命其随员担任了浙江的军政要职。继福建之后，浙江又完全被蒋介石控制。
在安徽方面，由于孙传芳军中王普、陈调元部起义，中路军未经战斗便顺利进驻安庆、芜湖。在江苏方面，中路军的江左军由长江北岸指向临淮、蚌埠；江右军由芜湖以东分3路直取南京。3月23日，第六军攻占南京。这时东路军也进抵上海附近，同日，上海工人在中国共产党领导下举行第三次武装起义，解放了上海市，北伐军得以顺利进驻上海。至此，孙传芳的五省联军彻底溃败，残部由扬州退往淮阴、泰州一带。
2 南京清共
国民革命军到达武汉，大概出于胜利后的狂喜，在共产国际代表的发动与纵容下，群众运动如火如荼——自然这也是国民党“扶助工农”政策的结果。或许是中国底层工农群众受压抑太重、太久，抑或是革命所描绘的前景过于诱人，总之，到了1926年底的时候，湖南农村已出现一些过火现象，暴力横行，长沙到处是奔跑着的少年儿童，口中唱着“打倒列强，除军阀”之类的革命歌曲。1927年初，汉口群众与英国水兵发生冲突，冲入并收回英租界，接着，九江英租界也被收回。中国人觉得扬眉吐气之时，却使群众运动出现失控的局面。工会组织遍及各行各业，甚至连挑水、卖菜的也有行业工会组织。而所谓工会的日常工作就是罢工、闹工潮，要求增加工资。提高工人待遇固然是好事，但是若是超出资方的承受限度，反过来会危及群众利益。最后的结果是，武汉三镇克复不久，许多工厂、商铺竟被迫歇业，百业倒闭，市井萧条，有时连蔬菜都买不到。农村的情况更不乐观，凡是中产以上之家都被扫地出门，有的甚至被屠杀。“农民协会”可以任意给人定罪，以至出现了“有土必豪，无绅不劣”的局面。共产国际代表鲍罗廷，甚至提出了必须依靠痞子、流氓做“革命先锋”的观点，无论是在农村土改，还是在城里罢工，流氓无产者成了主要力量，因为有传统道德文化在约束着人，要发动那些老实本分、善良纯朴、循规蹈矩，或者说比较“保守”的工人农民起来“造反”并不容易。用毛泽东的话来说，痞子、流氓们的革命“积极性”要比那些惯常的“良民”、“顺民”大得多，同时他们“革命”起来，也胆子大、步子快，敢打敢杀、敢抢敢夺。有这样一些人行动起来，就能够让那些“良民”、“顺民”起而仿效。毛泽东的《湖南农民运动考察报告》正是那时的真实写照。农村中，中农以上的农户是中国社会稳定的基础，国、共两党中的狂热分子只知道革命，或说是夺取政权，对社会造成了一定的冲击。社会上的有识之士对于这种现象深感担忧和不满。
另一方面，国民党高层内对于蒋介石的独裁倾向也是忧心忡忡，反蒋情绪也与日俱增。“联席会议”诸公为了迁都问题，与蒋闹得不可开交，唐生智、张发奎等人更是公开反蒋。反蒋的理由一是认为蒋介石有军事独裁的可能，二是觉得蒋介石个性偏执狭隘，不适担当北伐军的主帅。还有说他反对革命，与旧军阀无异。虽然有些批评也算中肯，但是阵前换帅，历来是兵家大忌，因此许多人支持了蒋介石。
1927年3月10日，国民党二届三中全会在武汉召开，会议的宗旨就是反蒋，抑制蒋在党政军各方面的权力。但为会议始料不及的是，社会各界人士将对群众过火行为的不满与武汉政府联系起来，反而将同情投向被武汉政府所诟病的蒋介石。
1927年3月，北伐军克复之后的南京又重现了武汉的一幕。第六军士兵竟袭击外国侨民，劫掠领事馆。导致英国领事受伤，金陵大学美籍副校长和震旦大学预科校长被杀。终于引发外交纠纷，停泊在下关的英美军舰向南京开炮，死伤许多无辜平民，是为“南京事件”。上海的情况更为激烈，工会组织有自己的武装。工人纠察队整日游行示威，聚会不断，动辄万人。士兵的情绪也变得激进起来，军官几乎无法约束他们。而下级军官也被党内斗争所困扰，纷纷自由行动。那些黄埔毕业的下级军官质问他们的蒋校长，因为他当初发表过诸如“服从第三国际领导”、“反共便是反革命”、“反农工便是替帝国主义服务”之类的言论，现在国共关系恶化，所以想弄清其中的缘由。总之，人们思想混乱，无所适从。北伐第一军军长何应钦递了辞呈，蒋介石也不愿意再干下去。武汉方面及上海工会仍积极活动，蒋介石与李宗仁决定统一内部，将越轨的左倾分子清除出去——这就是后来人们所说的“清党”。李宗仁先把他的第七军调到南京，以维持大局的稳定。然后逐步清理各军中的左倾军官。国民党清党之后，斯大林想要以中共代替国民党的企图碰壁。而苏共另一领导人托洛茨基为中共制定了一个题为《中国的政治状况和反对派的任务》的政治纲领，认为“中国已进入了政治安定和经济复苏的时期，中共只能要求召开国民会议以解决国家的最重要问题”。陈独秀对此表示赞同。但斯大林却不承认错误，批评托洛茨基和陈独秀，并在1927年8月解除了陈独秀总书记的职务。1928年6月，中共“六大”在莫斯科举行，陈独秀拒绝参加。1929年“中东路事件”发生之后，共产国际在苏共操纵下，指示各国共产党开展“保卫苏联”运动。李立三等中共领导人也盲从这一指示，提出：“反对国民党进攻苏联成为中国革命最迫切的任务。”陈独秀给中共中央写信，认为要顾及民族利益和民族情绪，批评了中央的口号及做法。当年11月，陈独秀被开除出中共。
陈独秀是比较清醒的一位中共领导者，他认为，只有大众政权才能实现大众民主，如果不能实现大众民主，所谓“无产阶级独裁”必然流为斯大林式的少数人的专制；以大众民主代替资产阶级的民主是进步的，无产阶级民主应该有集会、结社、言论、出版的自由。陈独秀对“独裁”有着清晰的认识，并将苏维埃独裁与法西斯独裁等同起来，“所谓无产阶级独裁，根本没有这种东西，他只是党的独裁，结果也只能是领袖独裁，任何独裁都和残暴、蒙蔽、欺骗、腐化的官僚政治是不能分离的。”“没有事实使我们相信，在人类自由之命运上斯大林党徒好过希特勒党徒。”“我们若不从制度上寻出缺点，得到教训，只是闭起眼睛反对斯大林，将永远没有觉悟，一个斯大林倒了，会有无数斯大林在俄国及别国产生出来。”“是独裁制度产生了斯大林，而不是有了斯大林才产生独裁。”在那个年代，可谓是众人皆醉而陈君独醒。时至今日，回味陈独秀的这些论断，实在是至理名言。
1927年4月2日，汪精卫应武汉方面的邀请回到上海。当时汪精卫的德望及在国民党中的威信可说是一时无两，蒋介石也声言希望汪精卫领导全党奋斗革命。党内高层见到汪时，众人向他陈述共产党最近在武汉的情形，以及在上海工会，扰乱治安，妨碍军事进展，若不加以约束，前途会不堪设想。众人都希望汪能恢复领导，谋求解决。汪默默地静听各方的意见后郑重地说：“我是站在工农方面的呀！谁要残害工农，谁就是我的敌人！”
嗣后，在沪的中央高层曾和汪氏开会两次，出席者有：李宗仁、吴稚晖、蔡元培、李煜瀛、钮永建、汪兆铭、蒋中正、宋子文、邓泽如、古应芬、张人杰、李济深、黄绍竑等。会上大家一致要求汪氏留沪领导，并裁抑共产党的过激行动。而汪一再申述孙中山的容共联俄及工农政策不可擅变，同时为武汉中央的行动辩护。是时为武汉中央派来接收东南财政的大员宋子文沉默不发一言，其他与会人士则与汪氏激烈辩论。辩论至最高潮时，吴敬恒十分激动，竟向汪氏下跪，求其改变态度，并留沪领导。
4月5日，报上忽然登出“国共两党领袖汪兆铭、陈独秀的联合宣言”。宣言指出国共两党将为中国革命携手合作到底，绝不受人离间中伤云云。“联合宣言”一出，与会人士为之大哗。大家皆不以汪氏的行为为然。当晚汪氏遂秘密乘船到汉口去了。汪氏一去，国民党的分裂遂无法避免，而分共清党也就势在必行。表面上汪精卫好像在支持共产党，实际上是借共产党和工农运动之手，达到与蒋介石抗衡之目的。
其实，汪精卫去武汉也是情势的必然。汪、蒋二人勾心斗角已久，“中山舰事件”之后，汪被蒋所迫，竟不能在广州立足，只好抛开一手总揽的党政军大权而避往海外。今幸北伐胜利，武汉中央请他回国复职，正是千载良机，他自当速去武汉。他在上海一无凭借，自然不敢和蒋氏盘桓。俗语说：“一朝被蛇咬，十年怕井绳”，这正是汪精卫此时的心态。
4月2日，国民党中央监察委员会发出由吴稚晖领衔弹劾共产党的呈文，于是便根据此呈文，由监察委员会授权国民革命军监督各地共产党的活动。同时根据李宗仁向蒋提的建议，次第将不可靠的各部队调离上海，以嫡系部队接防。
恰在此时，北京发生的一件意外事件促成了南京方面的“清党”。
1927年4月初，有风声说张作霖政府准备对共产党有所行动。李大钊带领全家立刻躲到了东交民巷的苏俄领事馆，即原俄国兵营院内，并且将左翼国民党和共产党在北京的机关一起搬入其中。4月6日，张作霖根据情报，突袭了苏俄领事馆，抓捕了李大钊等一批共产党人，起获了7卡车中共与共产国际的秘密文件，据说秘密文件泄露出共产党利用国民党在中国夺权的内幕和真相，张作霖大怒，处死了李大钊等人。张作霖后来找人将搜到的文件翻译编成了《苏俄阴谋文证汇编》，涉及内容有“军事秘密之侦探”和“苏俄在华所用经费”等。
蒋介石得知后，决心清除国民党内的共产党。清党首先由李济深、黄绍竑在两广进行，东南各省也同时跟进。上海方面，在白崇禧策划指挥之下，由杨虎、陈群两人执行，于4月12日将上海总工会工人纠察队解除武装。各地方政府及各部队中的共产党员也全部被褫职。共产党和左倾国民党分子一律清除出党。从此之后，共产党在东南一带即转入地下活动。
4月17日，武汉国民政府主席汪精卫下令免去蒋介石总司令职务，以冯玉祥代之，唐生智为其副。宁、沪方面的国民党也于4月18日成立国民政府，选举胡汉民为主席，开会议决否认武汉中央的合法地位。遂形成宁汉分立的局面。
4月18日，武汉国民政府举行誓师北伐典礼，19日令唐生智任国民革命军总指挥，统率三个纵队进军河南，继续北伐。5月1日，败奉军于河南驻马店，随即分三路北进，以靳云鹗等豫军任左翼，张发奎率第四、第十一军任右翼，唐生智率第三十五、第三十六军及第八军之一部任中路。6月1日，刘兴率第三十六军与冯玉祥会师郑州，武汉政府的第二期北伐结束。
3 武汉分共
宁汉分裂后，武汉方面一变“容共”为“联共”，成立了“国共联席会议”，凡重要政令悉由两党合议方可施行。共产国际代表、苏俄顾问鲍罗廷几乎操纵了一切，俨然是中国革命的“太上皇”。可是由于共产党影响下工农运动的迅猛发展，严重损害了武汉政府赖以生存的脆弱的经济基础，同时也在中下级军官中造成思想上的混乱。尽管，无论是武汉国民党中央，还是中共中央，都曾极力地控制工农运动，但中共既缺乏有水准的基层干部，又盲从于共产国际的错误指挥，使中共的工农政策无法顺应形势做出相应的调整，故而极大地刺激了武汉国民党人的疑惧心理。到了1927年夏天，这种过激的行动引起革命军，尤其是两湖军队中下层军官的强烈不满，因为他们中的大多数都是中小地主出身，其父母、亲人多有遭受过“农会”凌辱，甚至被杀害的。例如，第三十五军军长何健的父亲就曾被游街示众。
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