张佩纶婚后一直住在天津北洋总督衙门内，着意回避政治。但原本是政治中人，又是“宰相”李鸿章的女婿，还住在“政治旋涡”的北洋总督府内，最终未能 逃避政治。1894年7月，中日甲午战争爆发，丰岛海战中方失利，支援牙山的部队沉于海底；陆路驻守牙山的中国军队因敌众我寡而失利。8月1日，清政府向 日本宣战。甲午战争，事关重大，李鸿章首当其冲，张佩纶自不能免，此时他在北洋总督府亦不能不对此屡发议论、屡提建议，一些建议与李的其他幕僚不合，因此 得罪了一些人。就在清政府对日宣战之后、平壤战役全面展开之前，朝廷突然下诏，将张佩纶逐出天津，勒令其立即回原籍。原来御史端良奏劾张佩纶，说他以罪臣 身份待在北洋总督府，紧随李鸿章，“居北洋幕中，妄干公事”，应对这几次战争失利负责。奏劾张佩纶，是军机大臣、醇亲王亲信孙毓汶和北洋总督衙内李鸿章的 几个亲信共同策划的结果。因为孙向来以贪著称，十几年前张佩纶就参劾过他，故一直想找机会报一箭之仇。李鸿章左右则因对张提的意见不满而生忌恨，其中主角 竟是李鸿章长子李经方。郎舅失和，反目成仇。
不得已，张只得离开天津，但他提出想去南京，因张在直隶丰润老家已无直系亲属，且张自幼在南方长大，更习惯南方生活；朝廷则认为丰润离天津太近，所 以也同意他到南京。1895年初春，中国军队节节败退之时，被逐出北洋衙门的张佩纶携妻南下南京。随后几年国事蜩螗，张佩纶“忧伤君国”却又对政坛深感失 望，无可奈何。1900年秋，慈禧急盼李鸿章北上与列强“议和”，尤怕自己被列为应受惩罚的“祸首”，盼李与列强交涉，使自己免受惩罚。这时，慈禧又下旨 重新起用张佩纶，赏他为翰林院编修，随同李鸿章办理交涉事宜。但张并无意于此，经多次催促才在1901年初谈判基本结束时前往北京。在形势逼迫下，慈禧也 下诏变法，开始行“新政”，设立“督办政务处”统办全国新政，庆亲王奕劻、荣禄、王文韶等人担任督办政务大臣，张佩纶被任命为襄办。不过，他对于仕途已意 兴阑珊，不顾众人劝说坚辞不就，离京返宁。李鸿章于1901年深秋在北京逝世时，张佩纶在南京未及奔丧。
1902年至1903年，此时已是“天下名臣”的张之洞暂署两江总督，来到南京。多年老友近二十年未见，在此期间却只见了一面。个中原因，说法不 一。一说是张之洞知道朝廷不喜张佩纶，故百般推脱。另一说法则正好相反，谓张之洞来宁后多次想见张佩纶，但后者因当年同僚如今天壤之别而以病辞之。不论哪 种说法，终归最后还是见了一面。回首当年意气风发，今天物是人非，二人垂泪而别。1903年初，张佩纶于潦倒中在南京病逝。1909年秋，已是体仁阁大学 士、军机大臣的张之洞在北京病逝，清廷颁布上谕高度赞其一生并赐谥号“文襄”，可谓备极哀荣。
不过，从某种意义上说，“二张”最终的命运却完全一样：“*”中响应“横扫一切牛鬼蛇神”之“伟大号召”的红卫兵，在1966年11月8日掘开了张 之洞与三位夫人合葬在家乡河北南皮县双庙村的坟墓，四人尸骨被曝荒野，任人拨弄踢踹，不知所终；1967年10月24日，红卫兵掘开张佩纶与夫人合葬在家 乡河北丰润大齐坨黑山沟的坟墓，二人尸骨完好，被红卫兵用锹镐捣烂。
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