以上所述，都是在统治阶级内部的下剋上风潮的表现，其实下剋上更有一层含义，那就是平民百姓纷纷揭竿而起。且说从两畠山氏争乱到“应仁之乱”，京畿 附近频繁爆发战争，百姓不堪其扰，于是文明十二年（1480年），丹波、山城、大和、播磨等地同时爆发一揆。尤其在京都地区，大群农民和手工业者为反对新 设的七处关卡而愤然起义，进而袭击奈良地区，烧毁了兴福寺的十三重高塔。
文明十七年（1485年），大和农民发动一揆，以“大和国总百姓等”的名义请求“德政”，要求免除拖欠的年贡。同时山城国也爆发一揆，要求对峙的两畠山军队移往别处交战。其实这些一揆的参与者并不仅仅是农民，也有很多国人在其中起着举足轻重的作用。
当年十二月，山城国南部三十六名国人代表一揆势力向幕府提出诉求，此后这三十六人即共同管理山城国南部，并且驱逐幕府派驻的守护。这一状况一直延续了整整八年，才被幕府和守护大名们镇压下去。
整个战国时代，类似的一揆此起彼伏。一揆分很多种名目，前面提到过，以农民为主体的暴动，称为土一揆，此外，以国人为主体的暴动称为国人一揆，最著名、影响力最大的，则还有一向一揆。
一向一揆是由佛教净土宗的分支净土真宗（即一向宗、门徒宗）所领导的暴动。一向宗因为简化修行法门，提倡口念佛号即得往生，因此在室町中后期广为传 播，信众深入乡村和偏远地区，人数极为惊人。这些有了虔诚信仰，并且往往也有牢固组织的一向宗信徒们一旦闹起事来，规模和声势都与别种一揆不同，事实上， 虽然没有爆发全国性的一向一揆，却很有我国汉朝末年到处都是张角信徒、黄巾战士的架式。
一向一揆的总后台是摄津石山的本愿寺，就本愿寺本身来说，它逐渐发展成为一方割据势力，有兵有粮，寺庙也造得很碉堡一般，除了头子都是和尚，偶尔唱 唱佛号外，与别的战国大名没多大区别。本愿寺也经常煽动与自己不和的战国大名领内众信徒发起一揆，不过只有真正与农民切身利益相关，这种一揆才具备最可怕 的声势和破坏力。
一向宗最盛行的地区是畿内和北陆地区。文明三年（1471年），本愿寺法主莲如上人亲往北陆传教，使得这一地区的信徒数量大增，农民、僧侣和国人在 宗教的旗号下结合起来，反抗守护大名的统治。虽然莲如号召信徒要遵守本分，不得抗缴年贡，不得轻蔑神佛，但他所埋下的火种蹿出熊熊火焰，他自己却是扑灭不 了的。
长享元年（1487年）十二月，加贺国爆发大规模一向一揆，次年集结近二十万人包围了高尾城，六月城陷，守护富樫政亲自杀。一揆随即迎立富樫一族的泰高为名义守护，接管了加贺一国。从此加贺国在国人信徒和一向宗寺院的联合领导下，支撑了九十余年，号称“百姓所有之国”。
就在这种种下剋上的背景下，旧的守护大名纷纷没落，新的战国大名们成长起来。战国大名和守护大名的区别，主要在于是否愿意维持旧有的庄园经济——维 持松散的领国统治，容忍或保护旧庄园的存在，动员力有限的，就是守护大名，相反，运用种种手段摧垮旧庄园经济，完成领地的一元统治体系，动员力强盛的，就 是战国大名。
随着社会经济的发展，农村的联系日益紧密，无论为了加强对土地的投入以期待更大产出，还是为了有计划地统一协调耕作，都需要打破旧的庄园经济，把数 郡甚至一国、数国都置于一个强有力的武士集团的统治之下。此外，随着商品经济的发展，商人和手工业者也希望撤除因庄园林立而到处设立的关卡，完成流通领域 内的一元管理。因应这种时势，战国大名就此产生了。
农业和商业的发展促成统一的趋势，因此战国大名们对内加强一元化管理，对外频繁发动兼并战争。在兼并战争中，一元化管理薄弱，旧经济体系残余较多的武士集团纷纷败下阵来，最后的胜利者，必然属于迎合历史发展趋势而敢于大刀阔斧改革旧制度的新的战国大名。
咱们还可以从另一个角度考虑问题：武士家族内部从诸子析产制向总领继承制转化的趋势，因争霸战争的需要而加速，反过来也强有力地支持其家族对外扩 张。在诸子析产制的旧继承模式下，大名家业只会越分越小，内部凝聚力不足，很容易就在争霸战争中失败——如细川、山名、斯波、畠山等庞大的旧的守护大名家 族，虽说领有数国守护职，但往往一门总领实际可以控制的地域非常有限，分家家长们有能力反抗一门总领的领导，两畠山争乱、武卫家骚动，就都是这种原因所造 成的恶果。而在总领继承制的新模式下，一门总领具有绝对的权威和实力，他的兄弟们、同族们只等同于他的普通家臣，必须从一门总领手中接受封地，一门总领为 了维护自己的权柄，就会非常小心地划分家臣领地，并且不时加以“转封”，甚至藉机予以“除封”和“改易”，使得分家很少有机会威胁到本家的安全。虽说从诸 子析产制向总领继承制的转化，要到江户幕府时代才算彻底完成，但这种转化趋势加速了战国大名的成长，加速了旧庄园公领制的崩溃和新的一元化的封建领主制的 形成，却是不争的事实。
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