宅起火半小时后，北洋政府的步军统领李长泰和警察总监吴炳湘才率领大批军警赶到，此时学生大部分已经散去，只有几十百把人还在那里看热闹，军警就在这些学生中抓了32个人。
为救出被逮捕的同学，同时进一步给北洋政府施加政治、外交压力。5月5日，北京专科以上学校的学生举行总罢课。6日，北京中等以上学校学生联合会宣告成立。面对一发而不可收的学生运动，北洋政府如临大敌，统治集团内部迅速分成两派。以大总统徐世昌、教育总长傅增湘等一些无实权人物组成的一派，主张对学生运动采取怀柔、软化的措施；而掌握实权的皖系军阀段祺瑞、徐树铮、段贵芝和直接受到学生冲击的曹汝霖、陆宗舆等则坚持要严厉镇压。段贵芝甚至叫嚣：“宁可十年不要学校，不可一日容此学风。”然而，此时来自社会各界的压力不得不让反动派有所收敛。社会各界爱国人士都站在学生这一边，尤其是以蔡元培为首的北京十几个学校的校长，组织了校长团营救被捕学生。眼看“五七”就要来临，一般公民如何激烈，商界如何愤激，在野政客如何不平，北洋政府不会不知晓，为避免引发更大乱子，只能宣布释放所有被捕学生。
被捕学生是释放了，但北洋政府却不理学生的政治要求。相反，在日本帝国主义的恫吓下，下达了镇压学生运动的命令。命令要求反动军警“遇到纠众滋事不服弹压者，仍遵照前令，依法逮惩”；同时要求各级行政机关切实约束学生“毋得干预政治”，“其有不率训诫，纠众滋事者，查明斥退。”①
5月19日，北京25000多名学生掀起了更大规模的集体罢课，明确提出欧会不得签字、惩办卖国贼等6项要求，并开展演讲、抵制日货、组织护鲁义勇军、进行军事训练等活动。
罢课持续到6月1日，北京政府在这一天居然以大总统的名义接连下了两道荒谬的命令②。
一道命令是为曹、章、陆等卖国贼辩护，说什么“曹汝霖迭任外交、财政，陆宗舆、章宗祥等先后任驻日公使，各能尽维持补救之力，案牍俱在，无难复按”。
另一道命令是在此要求取缔爱国运动，并要求学生立即复课。说什么“在京著责成教育部，在外著责成省长及教育厅，警饬各校职员，约束诸生。即日一律上学，毋得借端旷废，致荒本业。其联合会、义勇队等项名目，尤应切实查禁。纠众滋事，扰及公安者，仍依前办理”。
对照这两个命令，简直就是宣告“爱国有罪、卖国有功”。学生们内心无比愤慨，深感与这样的反动政府合作，无疑是与虎谋皮。政府与学生之间的矛盾进一步恶化。这时，警备司令段贵芝与步兵统领王怀庆依仗这两个命令，气势汹汹地带领步兵、马队涌向街头，他们横冲直撞、驱散群众，甚至逮捕街头贩售国货的学生。更大的压迫激起更强的反抗，6月3日上午，北京20余所学校各派出数百名学生，集中在各自预定的地点，挑起讲演团的大旗，展开爱国宣传活动，公然与北京政府对着干。
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