孝文帝回到洛阳后，征尘未洗，就立即拘审高菩萨、双蒙、女巫等六人。在严刑拷问之下，“迭相证举，具得情状”，尽得皇后通奸之实。孝文帝气郁填胸，伤心过度，加之旅途劳累，就又病倒了。
当天晚上，气得发昏的孝文帝，决定在含温殿亲审冯妙莲。
孝文帝是一个深情之人，他想知道，他对皇后那么恩爱，她为什么还要背叛自己？但他同时也深知，冯妙莲现在已是一只困兽，她会在自保不了的情况下，会做出最后玉石俱焚的抗争。俗云：自古奸情出人命。因此，孝文帝也是戒心十足。他交代身边左右侍卫，待皇后入宫后，严加搜身。如果发现皇后身上带有凶器，不待圣旨，就可立即处死。
冯妙莲当然知道反抗亦是徒劳，只会给孝文帝以动粗的口实。而眼泪是女人攻击男人最犀利地武器，她泪水涟涟，跪在龙床前，不停谢罪，满脸都是忏悔的表情，诉说着与皇帝昔日的恩爱，为自己的出轨辩护。这一招果然奏效，孝文帝盛怒严峻的表情渐渐有所松弛，他好长时间没有说话。显然，在这沉默的背后，是他波翻浪涌的思想斗争，有那么一刻，他竟产生了动摇，几乎就要赦免冯妙莲了；但他最终无法忍受皇后带给他的奇耻大辱，他的心在颤栗，他下了要惩治她的决心。
孝文帝脸色铁青，愤怒地指责她，说：“你做下如此无耻之尤之事，却无一点痛悔之意，你对得起朕吗？”并把高菩萨等人的供状向她朗读了一遍。冯妙莲还想狡辩，孝文帝不耐烦的挥手制止了她。
他让冯妙莲坐在东楹之下，然后示意把高菩萨一干人等押解进来，跪在殿前，与皇后当面对质。在事实面前，冯妙莲尴尬万分，面无表情。
孝文帝说：“你不守妇道，秽乱宫廷。实属十恶不赦；又和你的母亲在宫中施巫蛊之术，诅咒于我，蛇蝎之心，有过此乎？你只有老实交代问题，不要心存侥幸。”
冯妙莲见事已至此，再也隐瞒不下去了。说，她可以据实以告，但要屏退左右。因为这是皇家隐私，不能让外人知道。
孝文帝依她之言，屏退左右，让她独自招供，身边只留下长秋卿白整护卫自己。
但冯妙莲害怕白整听到，仍不肯开口。孝文帝就用棉絮把白整的耳朵塞住，并在他身边连叫三声，白整毫无反应或佯装毫无反应。冯妙莲这才开口，把自己的丑事向孝文帝来了一次痛快淋漓的倾诉。并不住地向他磕头，请他原谅。
孝文帝听着冯妙莲的招供，气得脸都绿了，心如刀割般难受。骂道：“人无廉耻了，就是魔鬼也懒得招惹她啊！”说完，一口鲜血从口中喷出。白整急忙出手救助，孝文帝稍稍镇定一下，走出含温殿，让等在外边的彭城王元勰、北海王元详进屋。彭城王、北海王有些犹豫，孝文帝说道：“昔是汝嫂，今为路人，但入勿避！”
彭城王、北海王刚刚入座，孝文帝就指着冯妙莲骂道：“皇后失德，把刀插到我的心上，但我不忍心废她，怕太后九泉之下寒心。现在你们拷问她，让她一个人在宫中闲坐，如果这贱人还有羞耻之心的话，就会自我了断。不要以为我对她还有情义。”
孝文帝天性仁孝，最终念及文明太后生前恩德，以“文明太后故，未行废”，没有废掉冯妙莲的皇后封号；多情的孝文帝又念及两人先前曾有的情爱，也不忍心将她处死，仍让她留居宫中，仍受诸嫔妃参拜，只不过严加看护起来，实际上等于是软禁。
但高菩萨则予以处死，以绝冯妙莲之念。
冯妙莲虽然失宠了，但皇后派头不减，在宫中依然颐指气使，趾高气扬。孝文帝曾让宦官传话给她，她认为这对她是一种侮辱，就不满地说：“我是皇后，国体所系，有话应直接来跟我说，让阉人转达，成何体统。”孝文帝听到反馈后，气得直跺脚。他把冯妙莲的母亲常氏唤进宫来，要她约束自己的女儿。常氏无奈，就用拐杖痛打冯妙莲，一直打了100多下，直打得冯妙莲浑身鲜血淋漓、皮开肉绽方才住手。
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