孝文帝经过这次事件的沉重打击，忧积于心，心灵深受刺激，身体每况愈下，常思及此，每每咳血不止。
北魏太和二十三年（公元499年）3月，孝文帝再次带病南征，在新野大败4万南齐军。然而就在三军庆贺胜利之际，孝文帝却在军中突然病倒。大军回撤到一个叫谷塘原的地方，孝文帝已是三昏三迷，自知朝不保夕。弥留之际，向彭城王元勰、北海王元详嘱托后事：“我命危矣！旦夕间事。太子幼弱，望卿效汉之霍光，辅佐太子。”之后又说：“皇后自绝于天，背悷人伦，失德已久，若不除掉她，恐难以为制，必为祸患。我死之后，可赐皇后自尽别宫，为保全冯家颜面，可以皇后之礼安葬，庶掩冯门之大过。”又遗诏遣散后宫三夫人以下所有嫔妃，让她们自由地择人而嫁。
499年4月，一代有为之君孝文帝，带着江山未能统一的深深遗憾和对皇后冯妙莲失德不贞的深深怨恨，在谷塘原匆匆离世，年仅33岁。在位29年，亲政９年。
彭城王元勰传令三军缟素，当孝文帝的灵柩到达鲁阳（今河南鲁山县）时，彭城王元勰委托北海王元详，快马奔赴洛阳，向皇后“奉宣遗旨”，赐其饮鸩自尽。
冯妙莲惜命，不肯就死。且奔且号，“长秋卿白整等入授后药，后走呼，不肯引决”。她哀求白整，“皇帝不会这么做的，是诸王辈要杀我！这是阴谋，你不要被他们利用。”白整哀痛孝文帝的英年早逝，又十分愤恨冯妙莲的淫荡无耻，就上前抓住冯妙莲的衣袖，趁她大喊大叫的时候，猛然将鸩酒灌进她的口中。“强之，乃含椒而尽”。冯妙莲挣扎了一会儿，就气绝身亡。
这个恃宠而娇，狠毒淫荡的女人，终于得到了应有的报应，死时年仅30岁。谥号幽皇后，陪葬在孝文帝的长陵（今河南临汝）。
咸阳王元禧闻听皇后死讯，如释重负，击掌笑道：“若无遗诏，我兄弟亦当做计去之。岂可令失行妇人宰制天下，杀我辈也？”冯妙莲的无耻行径，已到了何等令人忍无可忍和切齿痛恨的地步，即使孝文帝未留下遗诏，人不灭之，天也不会饶恕她的。
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