陆志韦先生答应只代理1年，可是事实上一代理就是3年整。直到“七七事变”日寇占领了北平后，他才中止了代理校长的职务，而由司徒雷登担任校务长和校长两个职务，以应付日本侵略者的干扰。但是陆先生仍然要协助司徒雷登处理学校很多行政事务。
1934年陆志韦先生从美国进修回国后，本来打算继续深入生理心理学领域的研究工作，但是，由于时局动荡，学校经费短缺，无法创造条件来进行心理学的实验研究工作，他就只
好转而研究语言学方面有关心理学的问题了。正如他在所著《古音说略》一书的自序中说的：“由生理心理以知语言学之大要，由语言而旁涉音理，初亦无志于古音……”他对于儿童语言的研究、拼音文字的探索，以及对古诗音韵的研究等，就是从这个时期开始的。他认为“两只耳朵一支笔，随时随地都可以做些研究工作，不必跟着仪器走”。
支持进步学生的抗日救国运动
从陆志韦先生到燕京大学执教到1937年夏天为止的11年间，中国大地上始终战火连绵。先是军阀混战，然后是北伐战争，再以后爆发了“九·一八事变”，日本侵占东北并建立了伪“满洲国”。国民党“先安内后攘外”，在全国范围内展开了妄图消灭中国共产党的内战。在这样的社会环境中，不可能再有一块安静的乐土来供学者们致力于学术研究。
陆志韦先生代理燕京大学校长期间，日寇侵华日甚一日，政局多变，环境恶劣。广大进步青年学生掀起了一次又一次的抗日救国运动。陆先生对学生的爱国行动一贯积极支持，对国民党当局镇压学生运动十分不满。他利用代理校长身份和在学术界的名望，千方百计与国民党当局周旋，尽量使爱国学生不吃亏或少吃亏。
那几年中发生的各种政治事件，使陆先生对蒋介石领导的国民党政府有了一定的认识。1937年夏天，蒋介石召集全国各大学校长赴庐山“集训”，陆先生托故没有参加。
1936年底鲁迅先生逝世后，在北方各大学里很难找到能开大型追悼会的地方，燕京大学却得到陆校长的支持，在燕园举行了北平追悼鲁迅先生的第一次大会。这次大会冲破了当局阻止各校追悼鲁迅先生的禁令。那时，经常有一些进步学生被国民党当局逮捕或传讯，陆校长不断为他们具结保释，王汝梅（现名黄华）就是其中的一个。中国革命的友人斯诺是燕京大学的教员，应当说，只有当时燕园的那种环境，才给了他一个创作的良好机会。陆志韦先生与一些重要的共产党人也有所接触，邓颖超同志就曾在斯诺掩护之下，暂居燕京大学。
在“孤岛”继续办学
1937年“七七事变”后，平津沦陷。北平、天津的一些国立大学和私立大学纷纷撤退到内地。燕京大学的行政领导也曾讨论过是否撤退的问题。后来校方认为，燕大是美国人办的教会大学，学校属于美国财产，日寇没有什么理由对它进行接管或干涉，因而没有同时撤退。果然，日寇因顾忌于与美英尚有外交关系，没有占领校园，于是总算保留了燕京大学这么一块处于敌人刺刀丛中的自由学习园地。燕京大学的进步学生私下称这个敌伪包围下的孤岛为敌后抗日根据地。那时，平津一带沦陷区很多由于种种原因未能撤退到后方去的青年学生，纷纷奔向燕京大学。燕京大学则尽量多招生，以便培养更多的抗日爱国青年，因此，学生人数猛增。
陆志韦先生虽已不再担任代理校长，但仍参与校政。当时，日本侵略者飞扬跋扈、气焰嚣张，虽说尚未占领学校，但是刁难与磨擦则无时不有。例如，他们要求学校组织学生参加“庆祝”日本侵略军攻占中国城市的游行，学校没有同意。又如，他们借口说燕京大学既然是一所国际性大学，那么就不能没有日本籍教授，于是，提出要向燕大派遣三位日籍“教授”，实际上是三个监视爱国师生抗日活动的特务。在这种形势下，为了维护这块自由学习园地，使之不被敌伪的奴化教育污损，校方提出日籍教授不能由日方派遣，而应由学校自己聘请。于是，校方主动聘请了一位真正的学者、考古学家鸟居龙藏教授，这才搪塞过去。燕京大学就是这样不断应付日寇的种种无理要求，坚持真理，坚持学术自由，维持课业，勉为其难地苦撑了四年。
这期间，在燕园里人们可以收听短波广播，可以谈论抗战消息，《义勇军进行曲》不时在校园中飘荡。四年间，曾有不少学生要转到大后方或延安去学习、工作。凡是要走的同学，学校都为他们送行，由陆先生或司徒雷登，以及学生生活辅导委员会的老师邀请他们吃晚饭，叮嘱他们要记住“因真理，得自由，以服务”的校训，预祝他们一路平安。不但替他们绝对保守秘密，并且大都向他们资助一些路费。
陆志韦先生在这几年里，除了协助办理校务和带心理学研究生外，主要的工作是研究汉语的语音史。西南联大曾约陆志韦先生去执教，先生未去。原因之一是不忍抛下无依无靠的家庭，同时也认为应该坚持在燕京大学为国家教育事业继续出力。当然，还有一条很重要的原因，就是他对蒋介石的偏安政权不抱什么希望。
对于国民党后来的假抗战真反共的政策，对于沦陷区人民的苦难生活，以及对于国际上的政治动态等，陆志韦先生经常在各种不同场合发表自己的看法，其中有些言论是相当激烈的。那时，虽然燕园是在美国人庇护下，但敢于直言不讳谈论抗日问题的并不多见，因而他赢得了全校师生们的赞誉。
这个时期的学子们很难埋首于课堂学习。不关心政治的超然态度既不现实，也是不可能的。陆志韦先生也是如此，民族的屈辱不断地刺痛着他的心灵。在“一二·九”学生运动和继之出现的无数次爱国学生运动中，身为燕京大学代理校长的陆志韦先生虽然不便正面参加进爱国学生的行列中去，却总是想方设法保护青年学生。
“双十二”西安事变爆发，张学良与杨虎城两位将军对蒋介石实行“兵谏”。
在中国共产党的调停下，国民党同意国共再次合作，一致抗日。消息传来，全国人民欢欣鼓舞，陆先生也异常兴奋。他认为中国共产党为全国人民做了一件大好事，从此他对中国共产党有了一定的好感。
1938年，燕京大学学生冯树功骑自行车行经西直门外白石桥时，被一辆横冲直撞的日本军车轧死。消息传到学校后，群情激愤，纷纷提出要日本军方严惩肇事凶手。燕京大学当即以书面向占领军当局提出抗议，并在校内组织召开了追悼会。追悼会是由陆志韦先生主持的，他拖着沉重的步伐，一步一步地走上了主席台，笔直地站在讲台上，面色阴沉，头深深地垂下，脸上的肌肉在抽动。礼堂内一片肃穆，足足有两分多钟的静寂。这难忍的沉默使全体与会者们透不过气来！突然，他用嘶哑悲痛的声音讲道：“我……我讲不出话来！因为我这里（这时他以拳捶胸）好像有一大块石头，压得我喘不过气来！但是，我相信，不仅是我，在座的每一个人都会感受到同样的压力！”这时台下鸦雀无声，人们似乎都只能听到自己的心跳，大家都感觉到了感情在交流。接着他又说：“死者有一颗善良的心。他追求真、善、美，但是他却被假、丑、恶给毁灭了！……他向往美好的境界，向往正义、友谊和幸福，但他得到的却是黑暗、不义和残忍……死者不可复生，但我们生者决不能忘记死者！永远、永远不能忘记！”人群中的饮泣声，突然爆发成一片大声的哭泣！