在沦陷了的北平城，日本占领者杀个把中国人还不是司空见惯的事，中国人只能敢怒而不敢言！而在燕京大学里却引起了这么巨大的风暴，侵略军怎可能不怀恨在心！在日本侵略者的心目里，燕京大学是一颗眼中钉、肉中刺，但一时又难以对燕大下手。
保持民族气节
1941年12月7日深夜，日本军国主义者偷袭珍珠港，悍然发动了太平洋战争。
早晨，阴霾笼罩北平，蓄谋已久的日本侵略军，横冲直撞地从西苑兵营奔赴海淀，包围并占领燕京大学。美丽的燕园遭受到屈辱，自由的学习园地受到敌寇铁蹄的践踏；坚持真理的师生，处于日伪监视下。
那天凌晨，还在日寇采取行动之前，英籍教授林迈可夫妇和班维廉夫妇四人，从广播中听到了太平洋战争爆发的消息，当机立断，驾汽车直奔西山，投向了平西解放区。他们走后，燕大的全部外籍教职员，除了一位瑞士籍的王克私教授（因属中立国侨民）和日籍的鸟居龙藏教授外，全部被日军逮捕，旋即遣送到山东省潍县的集中营关押起来。
日寇占领燕园后，当即宣布解散燕京大学，对在校师生实行“甄别”，随后将大部分师生逐出校门。15名教职员及十余名学生先后遭到逮捕。被逮捕的教职员是：陆志韦、张东荪、赵紫宸、蔡一谔、周学章、洪煨莲、邓之诚、陈其田、侯仁之、林嘉通、赵承信、萧正谊、刘豁轩等。他们被关押在北平炮局日本宪兵队监狱。
被逐出校园的师生，有些陆续潜往内地，在四川成都华西坝成立了成都燕京大学。
陆志韦先生等被捕之后，日寇妄图利用他们在学术上和教育方面的造诣和威望，让他们出山事敌，为伪政权涂脂抹粉。在监狱中，敌人用尽了威逼利诱的种种伎俩，结果却大失所望。陆志韦先生等大义凛然，不畏强暴，绝不屈膝事敌，充分表现出中国知识分子的民族气节。日寇无可奈何，就改变方法，从肉体上、精神上对他们施以摧残与蹂躏。但陆志韦、洪煨莲、邓之诚、赵紫宸、赵承信、侯仁之先生等，彼此勉励，强自支撑，相濡以沫，在生死关头，在极端严酷的境遇下，坚信总有一天会云开雾散，重见光明，未名湖畔必将重新回荡起那洪亮的钟声。
在敌人的监牢中，敌人的淫威尽管未能摧残先生们的坚强意志，却极大地戕害了先生们的身体健康，大家的体力大为下降，疾病丛生。陆志韦先生更是被折磨得浑身是病，孱弱之至，瘦得皮包骨头。日本侵略者曾哄骗陆先生说，只要写了“悔过自新”书，便可出狱。陆先生不为所动，拿着敌人给他的纸笔，严肃而认真地写了四个大字：“无过可悔”，充分体现了他的浩然正气！在敌寇的监狱中，他亲眼看到，日本人对共产党员或有共产党嫌疑的人频施酷刑，相对来说对他却没那么残暴。对此他仔细琢磨，得出了一条道理，就是：“共产党对他们威胁大，而我对他们没有威胁力；日本人怕的是共产党，而我不是日本军阀所害怕的人！”这加深了他对中国共产党的认识。
在狱中放风或倒恭桶时，陆先生和其他几位燕京人相遇，偶尔还能匆匆说上一两句话。这对陆先生来说是无比欣慰的，因为他看到这些燕京人是那么坚强，敌人也奈何不了他们。
陆先生入狱之后，家中只有陆夫人带着孩子们度日如年地苦撑着。尽管环境极端恶劣，但还是有不少燕京人来家关照、安慰。陆家被赶出燕园时，就有学生来帮忙搬家。物理系的学生张象乾帮着搬家时，再三叮嘱陆家的孩子们讲话要小心，他认为很可能有特务在监视着。以后的情况应验了他的预见。
探监每月只有一次。所谓“探监”，只是送些洗换的衣服和少量食品，根本见不到被探望的“犯人”。头两次探监是陆夫人和赵承信夫人及陈其田夫人搭伴去的。尽管每次探监时看守都说“好好的，快出去了”，可是亲人们还是能够从取回的衣服上仔细地觉察到狱中人的情况在恶化。到了5月，陆夫人发现陆先生衣服上那不同于臭虫血的血迹，知道陆先生正在患着重病。她立即进城到从前在燕大校医处工作，当时任德国医院院长的郭德隆大夫处求援。郭大夫判断陆先生病情恶化，他给陆夫人出主意，由德国医院接收“取保监外就医”。5月中旬，日本占领军当局通知陆家，允准取保接陆先生外出就医。两天后，由李荣芳夫人陪同陆夫人，带着陆卓明去日军监狱接人。此时，陆先生已被折磨得瘦骨嶙峋，面色蜡黄，不能走路。日寇让雇来的一辆人力车进狱中把陆先生拉出来。陆先生一见大家就说：“想不到还能看见你们……”人虽孱弱，但目光炯炯，满腔仇恨尽在不言之中。
在德国医院就医期间，除家属外，一律不得探望。经过医生们（大多是旧友或学生）的悉心医护，奄奄一息的陆先生居然转危为安，并奇迹般地逐步康复起来。
在敌人监视下生活
陆志韦先生出院回到家中疗养时，槐树街上来往的小贩多了起来。那时陆家不时变卖衣物，于是就有收破烂的强行进门收购。
不久，日本侵略者又陆陆续续逮捕了一些燕京人，审问两三天后又放出来。陆卓明、田丽丽（燕大教员田洪教之女）等都在被捕之列。卓明等被放回来的次日，日寇又通知陆先生去受审，实际上仍是逼他出山，替日伪政权服务。陆先生断然拒绝后，日寇恼羞成怒，竟以“违反军令”罪名，判处陆先生一年半徒刑，缓刑二年。陆先生回到槐树街家中后，在敌伪特务严密监视下被软禁起来。
这期间，陆家几次受到敌伪军警的搜查与骚扰，不少珍贵的稿件散失了。
除了敌特监视之外，日本侵略者还专门指派了一个不大不小的宪兵官儿来陆先生处做工作。烨田队长和杨翻译官不时来家“访问”，有时坐下聊上几句，有时硬要和陆先生下棋。谈话间总会直接或间接地劝陆先生“出山”，为“大东亚共荣圈”效力。陆先生则以病体未愈婉拒，并整天埋首在线装书堆中，以此表明自己的志趣。经过几次三番软磨硬逼都未奏效之后，日本人只好放弃了劝降拉陆下水的企图。但还是有一些已经失节之徒不断到陆家劝说。对此，陆先生则一概斥退，并晓之以大义，告诫他们来日方长，不要太短视了。
铁蹄下的生活是极度困难的。陆先生蛰居海淀成府村期间，经济相当困难，一家老小靠当卖度日，间或也有亲友送些钱物周济。这期间，中国共产党地下组织也曾在极度困难的条件下，通过友人给予他一定的帮助。凡在这一段时间里所借用的钱物，陆先生都折合成美元（因为当时伪币不断贬值，难以计数，老百姓私下里有美元黑市交易）写成借据，在抗战胜利后都陆续清还了。从这点也可见陆先生一丝不苟的耿介性格。