其实，何廉的说法还只是就一般背景而言，可聊作参考。考虑到1947年内战方酣，经济形势急剧恶化的实际情形，教育部自身究竟有多少经费可用来满足各高校嗷嗷待哺的迫切需求，实在也是个疑问。何况原本并不充裕的经费被脱缰野马般暴涨的物价抵消之后的实际所得也就愈加少得可怜，而这又是教育主管当局所无可奈何的。张伯苓对朱家骅的抱怨即便确实也事出有因，而后者的操作难处也不应全然视而不见。问题在于，面对以北大为领头羊的近代中国高教体系，张伯苓领导的南开选择哪怕是部分地融入其中而换得相当的认同，还是
依旧像私立时期那样自外于这一体系，追求特色而“独往独来”？无论如何，张伯苓是眷恋自己独打天下的往昔岁月的，这可以从他反复强调南开发展史的言论中得到证实，“南开经验”的成功已使他建立起牢固的信念。所以，南开大学改为国立以后，他仍然梦想“十年之后恢复私立”。然而，现实里国立南开应如何度过“磨合期”而与现行教育行政体制实现良性互动，张伯苓却显得思想准备不足。而在教育部看来，南开大学要真正纳入国家管理系统，就必须放弃行之多年的“家长式管理”，而这一触及人事的敏感问题恰恰又与所谓“北大集团”对南开和张本人的认知及评价互为因果。随着不久后张伯苓出任南京政府考试院院长，教育部终于等来了更迭南开人事的机会。
三
1948年由国民党导演的“行宪国大”之后，蒋介石出任总统，他提名张伯苓担任考试院院长。张伯苓一生办教育的“清誉”和他近十年来与蒋的相互信任关系，应是他获得此项提名的两个关键因素。考试院与行政、立法、司法、监察院并称“五院”，乃国民党实行“宪政”的五大支柱之一。考试院院长一职长期由国民党元老戴季陶担任，戴死后蒋介石曾有意请胡适继任，被胡婉辞，几经考虑最终决定请张伯苓出山。张伯苓最初亦曾犹豫，以致推辞，但天津市长杜建时衔蒋之命极力敦促，陈布雷也专电恳请：“我公不出，将置介公于万难之地。”张伯苓性格中具有诚笃仗义的特点，他素来持“你以国士待我，我以国士待之”的做人处世准则，终于允其所请，复电称：“介公为救国者，我为爱国者，救国者之命，爱国者不敢亦不忍不从。”不过，他提出一个重要的附加条件，即兼任南开大学校长一职。张伯苓的意思很明显，南开才是他安身立命的根本。据说，蒋介石默许了这一附加条件，然教育部方面则存在异议。
张伯苓急电当时在美国的何廉，要他速归代理南开大学校长一职。何廉深得张校长器重，自他加盟南开，该校的学术研究局面为之一变，南开经济学科令世人刮目相看。何几次放弃他处高薪聘约，效力于南开，对张伯苓尊重有加，感情深厚。抗战期间，何廉一度从政，担任经济技术部门的管理工作，但仍兼任南开经济研究所所长。何廉应召而回，他同意由张伯苓居校长之名，由他实际主持校务。对此，教育部长朱家骅颇有保留，认为在张的影响下，何很难放手管理校政，他援引有关大学法的规定，现任政府官员不得兼任国立大学校长，指张伯苓的“恋栈”与法规不合。此前，北大资深校长蒋梦麟即因兼任行政院秘书长最终不得不辞去校长一职，促成此事者，主要是朱家骅和傅斯年等人。朱氏曾约张长谈，力求说服对方，却未能如愿。何廉提出一个“两全其美”的变通方案：张伯苓赴南京履职期间，向南开请长假，张请假期内，何廉代理校长，这样既顾及到有关法规，又照顾了张本人对南开的眷恋之情。对此，张伯苓自然欣喜，而朱家骅却不置可否。就在张伯苓与何廉交接校长职务的次日，行政院的人事变动决定见诸报端：“中华民国三十七年（1948年）10月13日行政院第二十次会议决定接受张伯苓辞去南开大学校长职务的辞呈；任命何廉为南开大学代理校长。”对此，张伯苓大感惊诧，而何廉则认为“很明显，这是教育部搞的对张伯苓的一次突然袭击，将他从南开大学校长职位上拉下来。张伯苓感情上受到了深深的伤害，所以，不久即离津到南京”。
张伯苓真正到南京考试院视事的时间甚短，他曾表示，“对考试院的业务，向来不熟悉，我可以学”，多少有些既来之则安之的意味。颇有意思的是，南京方面为张伯苓配备的考试院下属多为有南开背景的人员，如沈鸿烈任铨叙部长、田炯锦任考选部长、雷法章任考试院秘书长等。不知事属巧合，还是有意为之，不久，时局逆转，南京百官纷纷作鸟兽散，张伯苓年迈体衰，随即避往重庆南开中学，那里是八年抗战时期他的避难栖息之地。
考试院院长的这段经历，是张伯苓从政的“顶巅”，也是日后在新中国的环境里使他“身价大跌”的原由，即所谓“一脚踏在臭水沟里”。本来一位办教育卓有功绩的社会贤达，转瞬间竟成了“前朝遗老”，当年为之扼腕叹息者不乏其人。他的学生周恩来在1945年冬为军调处执行部成立来北平，与南开同学、时任中央社北平分社负责人的丁履进谈道：“（张）校长是卓越的教育家，不是政治家，他不应该参加国民参政会这类的政治工作。”反映了中共方面对张从政不以为然的态度。
被后人认为是“自由主义者”的胡适则从另外一个角度对张伯苓的从政表示了“惋惜”。且看1947年3月18日的胡适日记：“下午四点，蒋先生约谈，他坚说国府委员不是官，每月集会二次，我不必常到会，可以兼北大事。我对他说，现时国内独立超然的人太少了，蒋先生前几年把翁文灏、张嘉璈、蒋廷黼、张伯苓诸君都邀请入党，又选他们（廷黼除外）为中委，这是一大失策。今日不可再误了”。此时胡适任北大校长，刚刚推却了要他出任考试院院长的“好意”，又在为蒋介石请他兼任国府委员一事而苦心说服对方。在胡适看来，社会上应有好人站在政党之外，“独往独来”，必要时替政府说话，更有收效，而一旦加入政府便失去了独立发言（包括批评）的资格。基于此，他认定张伯苓等人的置身政府之内，得不偿失。因此，胡适在国府委员，乃至其后的行政院院长、总统等“官位诱惑”面前，还是把持住了自己，保有一个“独立之身”。虽然胡适与国民党人的渊源瓜葛较之张伯苓更为深厚复杂，但在拒绝官职方面，胡适毕竟表现出更多的个人选择，这里确有某种自由主义的理念在起作用，而这恰是偏重务实的张伯苓所欠缺的。
四
1949年11月底重庆解放，74岁的张伯苓在新中国只逗留了短短一年两个月又二十余天。其间，他先后两次中风，第一次在1950年1月的重庆，幸而经治疗恢复过来；第二次在1951年2月的天津，发病九天后去世。关于张氏这段最后岁月，现存的文字资料并不完整，其中令人质疑或相互矛盾之处颇不少。总的感觉是，张伯苓的处境十分不妙，其精神状态低迷不振，外界刺激接连不断，难以融入正在改天换地的新时代。