众所周知，蔡元培的办学方针是“兼容并包”、“思想自由”八个字，一方面他聘请陈独秀、胡适、李大钊、钱玄同、刘半农、周作人、沈伊默等一批新文化运动的健将，一方面北大教师中又包括了一些学术上有造诣但政治上保守（甚至主张君主制）的学者，如辜鸿铭、刘师培、黄侃等等。他认为大学就是“囊括大典、网罗众家”，“此大学之所以为大也”。大学应该广揽人才，容纳各种学术、思想，让其自由发展。他聘用辜、刘等是因为他们的学问可为人师，是尊重讲学自由和一切学术讨论的自由。筹安会发起人刘师培在北大讲《三
礼》、《尚书》、训诂，从没宣讲一句帝制；辜鸿铭拖着长辫教英诗，也从未利用讲台讲复辟帝制。他曾对攻击刘、辜的学生说：“我希望你们学辜先生的英文和刘先生的国学，并不要你们也去拥护复辟或君主立宪。”在中国这个自古以来习惯专制、好同恶异的社会里，蔡先生这种容纳异己的民主作风、尊重学术思想自由的卓见开创了一代新风。他的北大是真正兼容并包的北大，各种思想、各种声音都可以并存，是一个多元、开放、宽容、民主的大学，超越了单纯的党派观念和“革命棋子”的狭隘性，不仅造就了傅斯年、罗家伦，也培养了高君宇、张国焘等人。正是在这一意义上，蔡元培先生重塑了北大，也奠定了20世纪前半叶中国大学的基本面貌。
在他眼里，“大学是包容各种学问的机关”，他用人不分信仰、党派、学术见解，他主持下的北大因此能超越当时的军阀政权之外、各种社会势力之外。他有大胸襟、大气魄，是大手笔，前无古人。如果把北大看作中国民主的摇篮，蔡先生则是中国民主的奠基者，他一生最为伟大的功绩正是给北大这一民主摇篮奠定了坚实的基础。这一点“五四运动”以来20世纪的编年史已经可以作出充分的证明。
他鼓励学术研究，提倡社团活动，其中新潮社、国民社等在“五四运动”中起过重要作用的学生社团都产生于1918年下半年，得到了他这位校长的支持。为培养学术自由精神和自治能力，他批准每月由北大的经费中拨出2000元来给傅斯年、罗家伦他们的新潮社办《新潮》杂志（当时北大每月的全部经费不过4万元），并由学校负责印刷发行。
在大学领导体制上他第一次实行民主办校、教授治校，设立评议会作为全校最高立法机构，评议员包括各科学长、主任教员、各科本预科教授各2人，由教授互选，任期1年，期满得再被选。组织各学科（系）教授会，规划各学科的教学工作。各教授会设主任1人，由教授互选，任期2年，并由各科教授主任组成全校统一的教务处，负责主持全校的教学工作。教务长由各教授会主任推选，任期1年。
蔡元培领导的北大不仅为现代中国大学教育树立了一个崭新的楷模，也促进了思想界、知识界的转变。在他的大力支持下，在陈独秀、胡适等的热情倡导下，青年学生掀起了追求民主、科学的浪潮，终于使北大成为五四新文化运动的中心。有人说蔡元培对北大的改造和陈独秀办《新青年》对“五四运动”具有同样重大的意义。傅斯年1943年说过一番话：“犹忆‘五四’以后有人说，北洋政府请蔡先生到它的首都去办学，无异猪八戒肚子中吞了一个孙悟空。‘五四’之后，南至广州，北至北平，显露出一种新动向……激动了青年的内心，没落了北洋的气焰，动荡了社会上死的寂静。”由蔡元培创造的思想自由、民主精神已经成为北大绵延不绝的火种、传统。