1919年以后，蒋梦麟主持北大达17年之久，北大之所以能成为一所现代性的大学，与他的努力也是分不开的。
这位出生在浙江余姚一个小村庄的教育家，从少年时代起所接受的大部分都是西式教育，先后在绍兴中西学堂及上海、余姚的教会学校求学，进入浙江高等学堂时他已能够读英文原版的世界史。1903年，他19岁那年考中秀才，1904年考入上海南洋公学。在急剧变动的大时代，在新与旧、中学与西学、维新与革命之间，他“尚未成熟的心灵”终于看清楚了——“西化的潮流已经无法抗拒”。1908年，他考取官费留美资格，留美近十年，成为杜威的学生，1917年获得哥伦比亚大学哲学及教育学博士学位。
回国之初，蒋梦麟曾办过《新教育》月刊，提倡新的教育思想，强调教育要按照学生的要求设计，目标是“养成健全之个人，创造进化的社会”，仅仅6个月发行量就达到1万份。由于这个刊物与北大师生“知识上的密切关系”，1919年初，他被聘为北大教育系教授。
1919年“五四”运动发生后，蔡元培离京南下。7月23日，蒋梦麟受蔡先生托付代理北大校务，这时他不过30岁出头。在北大学生欢迎会上，他第一次发表了有关他办学思想的演说。他指出：国家民族的地位是由历代文化积聚起来的，不是朝夕所能成。“故救国之要道，在从事增进文化的基础工作，而以自己的学问功夫为立脚点。”这些观点成为蒋梦麟以后一直遵循的办学方针。
除了三度代行校长职权，蒋梦麟长期担任北大总务长，主持日常事务，是蔡元培治校的得力助手，他们共同把北大引上了现代大学的轨道。在他们主持下，“学术自由、教授治校，以及无畏地追求真理”成为北大的三项治校准则。同时，他还认为学生自治会应该受到鼓励，“以实现民主精神”。他在1923年写的《北大之精神》一文中把北大精神概括为两点，一是大度包容，二是思想自由。
他代理校长期间，也就是“五四”以后的7年，面对连绵不断的军阀混战，风起云涌的学生运动，而且始终为经费问题所困扰。如果没有高度负责的精神，没有勇挑重担的态度，要在政治风云变幻莫测的年头，要使北大能始终稳步发展是难以想象的。“为着本校的维持，我仍旧愿负这责任，虽生死以之可也。”就是他当年对全体教师说的话，他的道德威望、他的人格风范虽然无法与蔡元培相比，但他是一个有担当、能负责的人，一个做事的人。他曾感叹：那时当大学校长真伤透脑筋。政府只有偶然发点经费，往往一欠就是一两年。学生要求更多的行动自由，政府则要求维持秩序，严守纪律。出了事，不论在校内校外，校长都得负责。发生游行、示威时，大家马上找到校长，不是要他阻止这一边，就是要他帮助那一边。日夜奔忙的惟一报酬，就是他两鬓迅速增加的白发。这些感慨，无疑是蒋梦麟代理北大校长期间的切身体会。
作为职业教育家，他对无休止的罢课很不以为然。1920年5月4日，他曾和胡适联名发表《我们对于学生的希望》，态度很明白。他们表示学生运动是变态的社会国家里，政府太腐败卑劣，又缺乏正式的纠正机关所致。但他们认为单靠罢课作武器是下下策，希望学生注重学问的生活、团体的生活、社会服务的生活。一句话，就是希望学生以学业为重。