文学院成立了历史研究所，与中国文化研究所合作招收研究生。
理学院除原有课目外，加强了课程设备及师资力量，增设化学工程与电机工程课，后来又增设化学研究所。抗战期间，理学院鉴于公路交通之重要，汽车技术人才缺乏，又添设汽车专修科，前后举办7年，直至抗战胜利复员返回南京始告停止。
理学院推行电化教育时间早，历史长。从1922年开始，一直间歇地延续到解放后院系调整。抗日战争时期，为适应客观需要，还办过二年制的电化教育专修科、三次电化教育人员训练班。电化教育内容包括教育电影的翻译、制作和幻灯片的制作、发行。电化教育摄制人员的足迹遍及上海、北京、江苏、安徽、河南、江西、山东、河北、绥远、福建、广东、湖南等省市，拍摄各种有关地理、工业、农业、手工业等方面的教育电影，到全国100多个点巡回放映。有一年日全蚀，理学院院长曾偕同中国天文学家组成的观测队，前往西伯利亚、伯力和日本北海道，拍摄日全蚀电影，后又制成《日蚀》教学片一部，对群众进行科学普及教育。1943年到1945年，金大内迁成都时期，每周一次露天放映教学电影，经常有许多人观看。
除文、理学院外，原来的金陵神学院与金大脱钩，本着信仰自由的精神，宗教课由必修改为选修，宗教集会改为自愿参加。在此时期，教学方针强调学以致用，学用一致，亦即“研究高深学术，养成专门人才，适应社会需要”。我个人提倡学生思想自由，并鼓励学生组织各种团契、讨论会、读书会（有宗教的，也有非宗教的），旨在了解社会实际，接受进步思想，因此，学术空气十分活跃，呈现出一派欣欣向荣的新面貌。
金大农学院历史悠久，初创于1914年，开国内四年制农科先河。它的主要特点也是教学、研究、推广“三一制”，重在联系中国农业实际，不尚空谈。其中对推广一项尤为重视，师生足迹遍及全国十多个省的农村，受到各地农民的欢迎。其他如教学、研究也卓有成效。金大校誉鹊起，闻名国内外，农科是一主要因素。
1912年，农科斐义理教授向在南京的临时大总统孙中山及黄兴、黎元洪等30人，吁请赞助规模颇大的农义会，这是使遭受水灾的农民开植荒地、以工代赈、自谋生计的办法，深受孙中山先生等人之赞许。随后又请求提倡造林，经临时政府批准，并规定清明日为植树节（后改为3月12日）。金大的林科就是在此基础上开始成立的。当时，北京农商部设立的林业学校已解散，青岛大学林科因第一次世界大战影响也告停办，国内大专院校设农林科者只有金大。
农林科成立后，在南京、安徽等地购买土地，开辟农场，并在学校附近开办农事实验园，培育新品种，同时接受各省保送的官费生前来就学。山西阎锡山、南通张謇等都曾选送学生前来学农，金大也曾派人前往指导植棉。1922年，上海各纱厂为建立棉花原料的可靠来源，曾联合要求并资助金大农学院推广植棉。为此，金大开办了农业专修科、农业推广部，并在各地设立试验农场。20年代初，美国教会曾派一位教授来金大，专教棉花育种试验，后培育成第一号优良棉种，称为“百万棉”，在江苏、安徽等农村推广。继棉花之后，农科又培育成稻、麦新品种，从事推广，收效不小。
金大农林科立案后改为农学院，下设八个系和一个部：农业经济系、农艺学系、植物学系、动物学系、森林系、蚕桑系、园艺系、乡村教育及农业推广部。另辟农场及试验场多处，其中农艺学系共有总场一所、分场四所、合作场八场、区域合作试验场五所、种子中心区四所。仅总场就有农地1700余亩，蚕桑系桑园有230多亩，试验场面积100多亩，种植桑树数万株，对改良中国蚕桑业起了一定的作用。
农业经济系曾对土地利用情况作过一次广泛调查。截至1931年止，调查范围包括辽宁、绥远、山西、陕西、河北、河南、山东、湖南、湖北、四川、安徽、浙江、广东等十几个省，还曾作过人口调查及水灾调查。对水灾调查的结果，曾细加分析，后交水利和赈济单位作预防水灾之参考。
1930年，美国农业部出资，在金大教授美国人卜凯（J.L.Buck）支持下，农学院进行过一次大规模的全国农村经济调查。这次调查，动员了众多的师生参加，事后写了一份长达数千页的英文报告（后译成中文，名为《中国农家经济调查》，由商务印书馆出版）。这位卜凯，原为安徽宿县地区的传教士，熟悉中国农村情况，写过不少有关中国农村的报告，在美国被视为中国农业专家，担任过美国国务院的中国农业顾问。二次世界大战后，曾任联合国远东救济总署署长。在金大，他曾倡力“东方文物研究所”，罗致不少名流学者，孜孜不倦地研究中国语言、语法、中国少数民族史、中国古籍等，前后达20年之久。
卜凯的前妻就是曾获诺贝尔文学奖的美国女作家赛珍珠（Pearl Buck）。她自幼生长在中国，是一位“中国通”，先后写过五十几部作品，多取材于中国农村。她曾把中国古典小说《水浒》翻译成英文在国外发表，《大地》（Good Earth）是她的成名作，曾改编为电影。赛珍珠和她丈夫卜凯在金大任教。卜凯在农学院，赛珍珠在外语系。由于她上英文课时常常夸夸其谈，离题万里，引起学生不满，后来反映到校长室。我转告了学生对她的看法，希望她引起注意，她就被调走了。此事曾引起部分美国传教士对我的不满，他们说我不尊重赛珍珠，“使金大失去了一位朋友，殊属可惜。”我当时也深感不安，但又无可奈何。
根据1940年出版的《金大农学院研究设计一览》所载，农学院创办宗旨，在于“授与青年以科学知识和研究技能，并谋求我国农业作业的改良、农业经营之促进、与夫农民生活程度之提高”。
1934年，日本驻南京公使馆在鼓楼百步坡竖立一座钢架式旗杆，悬挂太阳旗。金大师生义愤填膺，自动筹款，于大礼堂南侧建立了一座钢管式旗杆，1935年8月落成，高出日本旗杆10尺，以示中国人民不可侮学院在这些方面，确实作出了一定的成绩。当然，有些属于社会的根本性问题，要改善、改革，就不属农学院的范围了。
金大农学院培养了大批农业科学方面的人才，在国内农业科学阵地上，金大校友居于举足轻重的地位，各地有关农业单位和大专院校，主要负责人也多系金大农科出身。农学院历届毕业生，称得上是遍地开花。如在国外，著名的研究烟草的专家、美籍华裔学者左天觉，也出身于金大农学院。左天觉对吸烟及健康问题颇有研究，在减少烟草有害成分、生产无害或少害的安全烟草方面，作出了贡献，为此曾获1978年国际烟草协会的最高科学奖和美国政府授予的美国科学奖。目前，他主持美国安全烟的研究与生产，担任美国贝兹维尔农业研究中心的烟草部主任，也是中国农业科学研究院聘请的第一位外籍名誉研究员。去年6月，他回国讲学时表示，要把世界各国办农业教育的长处，提供给中国参考。他说他要为中国的农学院培养高水平的人才作出贡献。