五、图书馆、中国文化研究所及博物室
金大对图书馆一向重视，早在20年代初，农业经济系即成立农业图书研究部，收集中国古今农业书籍及各种图册，编纂《先农集成》及《农业索引》，为搜集、整理我国农业文献，做了大量的工作。图书馆对地方志的收藏，更是不遗余力。金大中国文化研究所成立后，搜集工作抓得更紧。文化研究所附设的博物室藏有殷墟甲骨数百片，包括《老残游记》作者
刘鄂陪嫁女儿的甲骨片。这里值得一提的是名画真迹，如海内仅存的南唐画家王齐翰（晋卿）所作的“挖耳图”，图上有北宋、南宋至清末各代名家的题跋。此图原为端方所有，福开森以巨金从端方手中购得，在福开森众多的收藏中，“挖耳图”是其中最有价值的一件。
金大图书馆的管理和图书的收藏、整理，是与图书馆学专家美国人克莱门斯（H.C.Clemons）、中国教授刘国钧、李小缘等人的努力分不开的。他们为丰富金大图书，鞠躬尽瘁，值得人们深深怀念。
图书馆建成后，在命名问题上曾出现过意见分歧。有人为了纪念在动乱中被流弹打死的金大副校长、美国人文怀恩，主张命名为“文怀恩图书馆”，并在馆前竖立文怀恩的铜像，考虑到金大师生的反帝爱国情绪，结果图书馆落成后，既没有写文怀恩的名字，也没有竖立他的铜像。
六、西迁与复校
1936年，我去美国考察，把已经辞职的原校长包文请回金大，当我的顾问，因当时金大美国教师人数不少，暴露出来的问题也不少，需要他来帮助解决。他们夫妇两个回来后，果然帮了我不少忙。但终因金大内部人事比较复杂，使我难以大刀阔斧地进行改革。虽然我一向对个人得失，特别是经济效益，无所萦怀，但对更好地开展工作，多少有些阻碍。记得有一次，美国教会派了一位年轻的哲学博士来金大担任教育系教授，此人业务平平，却一心想当作家，经常把他的作品寄往美国发表。有一天，他外出拍摄不雅观的街景，为我校同学所见，认为他选拍的镜头是对我国的有意侮辱，要他当众交出胶卷并赔理道歉。此事闹到校长室，我及时向包文谈了这一情况，包文写信给美国教会，不久，此人便奉命调离返美，但事后却有人批评我偏袒学生。诸如此类的矛盾，常常使我左右为难。
“七七事变”之前，美国教会一度设想调整在华的教会大学，考虑把分布在江浙两省的教会大学圣约翰、东吴、之江、沪江、金大、金陵女子文理学院等六校合并成为一所“华东大学”。后因抗战爆发，不了了之，但酝酿、研究了很长时间，也开过不少次会。
当我第二次从美国回来不久，就爆发了“八·一三”抗战。由于国民党消极抗日，日军长驱直入，淞沪很快弃守，南京岌岌可危，金大和其他许多单位一样，积极作内迁打算。经与另一教会大学——成都华西大学商洽，决定迁往四川。在迁校问题上，一部分美国传教士对局势估计不足，对迁校抱无所谓态度，显然他们认为一旦南京失守，有美国大使馆保护，不怕日本人干扰。教育部开始时态度暧昧，表示公立大学都迁了，你们教会大学不迁也无所谓。还说目前需要几个大中学校撑场面。在这种情况下，金大只得宣布开学。但20多天后，局势更形恶化，教育部突然通知闭校停课，却又表示无法帮助解决迁校所必需的交通工具。金大行政只好发动群众，依靠师生员工的力量，四处借车辆、船只，运送行李家具及人员。最后分3批从下关出发，经汉口抵成都，前后历时3个月，备尝艰辛，全体教工在西迁中表现得同心协力，十分团结。金大校本部迁成都华西坝，理学院迁重庆，次年3月，在四川开学。当时内迁成都的，除金大外，还有金陵女子文理学院、齐鲁大学，最后还有燕京大学，加上原来的华西大学，一共有5所教会大学集中一地，显得十分热闹融洽。
在迁校中，图书馆库藏的图书，因运输困难，未能全部装运，大约只运了总数的十分之一，共一百多只箱子。由南京到成都，路途遥远，沿途押运起卸，图书馆人员均躬亲其事，十分辛苦。
西迁不久，金大又恢复了蓬勃气象，但麻烦与困难还是不少，如行政与经济无法统一，战时迁校单位分散。在这种情况下，要有一个综合性的推进计划是不容易的。
1944年，美国国务院邀请中国各大学推派教授赴美讲学并考察。校董会提出由我代表金大前往。出国期间，校长职务由农学院院长章之汶代理。我本人也颇想暂时卸去学校行政重担，到美国去换换空气。次年夏天，我重返金大，欣逢日军投降。八年艰苦抗战终于胜利结束，举国欢腾，金大师生得以重返家园，极为欢欣鼓舞。于是，计划迁回南京。
抗战八年，处境虽然困难，但金大科系仍有发展，学生人数年年增加，我心中感到十分快慰。
抗战胜利后，学校于1945年11月组织了复校委员会，我于年底赴南京，接洽复员事项。事毕于1946年1月赶回成都，最后由复校委员会决定4月15日提前放假，4月底开始复员。幸赖全体师生员工之努力，不仅圆满完成艰巨的迁返任务，还维持了教学的正常进行，使金大于该年9月得以在南京如期开学。经过八年动乱，人心思定，大家都埋首于做好本身工作。在复员后的头一年，金大的设备仪器大有补充，各学院所属学科也有所发展。但国民党挑起内战，金大学生同其他学校的进步学生一样，以爱国为己任，热情澎湃，奋起反饥饿、反内战，积极参加各种爱国运动。尽管国民党政府多次表示要各校当局负责控制学生的情绪，加强对学生的管教，尽管我平时要求学生埋头读书，少问外事，但我反对国民党的党团活动干扰高等学府，更反对随意侵犯人权，因此，我十分同情和支持学生的活动。记得从1947年到解放前夕，曾多次发生金大师生被捕事件，我对此是很不以为然的。这些被捕的师生，后来多由校方设法保出。解放前有一天，蒋政府派车来接中央大学校长和我两人到蒋宅，蒋介石当面提出，学生频频闹事，要我们对学生严加管束。其实，天下兴亡，匹夫有责，学生的爱国正义行动，岂是强力所能阻挡。我们二人回答说：我们已经劝告，但要过于管束，可能会引起更大的反抗。
复校后，金陵大学接受了福开森捐赠的千余件文物，其中有不少名贵的铜器书画。早在抗战以前，我就得知福开森酷嗜中国古代艺术，研究并收藏大批我国古代书画、铜器、瓷器，听说考古学家商承祚还专门为此帮助福开森编写过一本小册子。大约在1930年左右，校董会开会，我与福开森并肩而坐。谈话中，他不时吐露对我国古代文化的向往，并说不吝巨金收集珍藏。我当即表示，希望他对金大有所捐赠，以作纪念。他颔首允诺，后因抗战爆发，没有兑现。此前，我曾去北京福开森家中作客，亲眼目睹他那古色古香的书房中，不但字画、古籍多，历代瓷器也琳琅满目。福开森死后，他的女儿根据遗嘱，把乃父捐赠给金大的文物转给了金大。这批文物，前几年曾在内部陈列展出，现存南京大学。