后金汗努尔哈赤于天命十一年（1626）正月宁远兵败，遭受起兵以来最重大的挫折。他自称“朕心倦惰”，心情沮丧，悒悒（yì）不自得，郁郁思往事。《清太祖武皇帝实录》三月三日，记载他的引咎之言：
吾思虑之事甚多，意者朕心倦惰而不留心于治道欤？国势安危民情甘苦而不省察欤？功勋正直之人有所颠倒欤？再虑吾子嗣中果有效吾尽心为国者否？大臣等果俱勤谨于政事否？（《清太祖武皇帝实录》第4卷）
他在昼夜殚思，稽省治策的失措、后金的困难、诸申的烦苦、忠奸的倒衡、臣吏的怠绌、子嗣的继任等问题。努尔哈赤既在思索宁远之败的教训，又在筹虑身后军国的大计。但百思不得其解，陷于苦闷之中。
努尔哈赤为掩饰宁远兵败的惭闷，重振士气，把将士的不满引向蒙古。以其背弃“若征明与之同征，和则与之同和”的盟誓（《满洲实录》第8卷），兴师问罪。四月初四日，他率领诸贝勒大臣统兵西渡辽河。前锋军射死蒙古喀尔喀巴林部叶赫巴图鲁幼子囊努克。努尔哈赤派大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极以及济尔哈朗、阿济格、岳托等统兵往西拉木伦河，获胜而归。五月二十一日，蒙古科尔沁奥巴贝勒来沈阳，他出城十里升帐迎接。但后金汗努尔哈赤这两次重大军政活动，《满文老档》缺载。看来，这时努尔哈赤或伤创未愈，或患病在身，亦或兼而有之。
劳师远袭和奥巴归服，这都不能排解努尔哈赤因宁远兵败而潜郁在心灵深处的悲苦。久经疆场、攻无不克的后金汗，竟然会输给初历战阵、婴城孤守的袁崇焕？努尔哈赤思索、惭赧、痛苦、焦燥，食不甘味，寝不安眠，肝郁不舒，积愤成疾。努尔哈赤创伤未愈，痈疽突发。他于七月二十三日往清河汤泉沐养，八月初一日，派二贝勒阿敏杀牛烧纸，祈祷神佑，但毫无效果，病势危重，寻乘船顺太子河回沈阳。
天启六年即天命十一年（1626）八月十一日，后金汗努尔哈赤在由清河返回途中，至沈阳东四十里的叆鸡堡死去。《清太祖高皇帝实录》记载：
（七月）癸已（二十三日），上不豫，幸清河坐汤。八月庚子朔，丙午（初七日），上大渐，欲还京，乘舟顺太子河而下。使人召大妃来迎，入浑河。大妃至，溯流至叆鸡堡，距沈阳城四十里。庚戌（十一日），未刻，上崩。在位凡十一年，年六十有八。（《清太祖努尔哈赤实录》第10卷）
大妃纳喇氏见努尔哈赤死去，悲痛欲绝，泣不成声。群臣抬着努尔哈赤灵柩至沈阳宫中。努尔哈赤的尸骨未寒，就发生汗位继嗣之争。
时四大贝勒为代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极，四小贝勒为阿济格、多尔衮、多铎、济尔哈朗。阿敏和济尔哈朗为舒尔哈齐子，属于旁支，不能争位。莽古尔泰性鲁钝，或言曾弑其母继妃富察氏，也不能争位。承嗣汗位鼎争者主要是皇太极、代善和纳喇氏所出的多尔衮。大福晋纳喇氏是努尔哈赤晚年的宠妃，为阿济格、多尔衮和多铎的生母。努尔哈赤死时，多尔衮十五岁，多铎十三岁，因受父汗偏爱，两人领有正白、镶白二旗，又有其三十七岁正当盛年的生母纳喇氏控制于上，势力强大。这自为皇太极等所难容。诸王以“遗言”为由，迫令纳喇氏殉死：
后饶丰姿，然心怀嫉妒。每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。留之恐后为国乱，预遗言于诸王曰：“俟吾终，必令殉之。”诸王以帝遗言告后，后支吾不从。诸王曰：“先帝有命，虽欲不从，不可得也。”后遂服礼衣，尽以珠宝饰之，哀谓诸王曰：“吾自十二岁事先帝，丰衣美食，已二十六年。吾不忍离，故相从于地下。吾二幼子多尔哄、多躲，当恩养之。”诸王泣而对曰：“二幼弟，吾等若不恩养，是忘父也。岂有不恩养之理！”于是，后于十二日，辛亥，辰时，自尽。寿三十七。乃与帝同柩。（《清太祖武皇帝实录》第4卷）
就这样，大福晋纳喇氏成为后金汗位争夺的牺牲品。同时殉葬的还有二庶妃阿济根和德因泽。
纳喇氏死后，多尔衮与多铎年少，失去依恃，无力争夺汗位。汗位的争继主要在皇太极与代善二人之间角逐。代善虽为大贝勒，但性情“宽柔”，先已失宠，并被削夺一旗，无力与皇太极抗争。他在努尔哈赤生前，因恐皇太极图己，曾跪在其父面前泣诉。这说明代善在与皇太极争夺嗣位时已居下风。四贝勒皇太极兼领镶黄、正黄二旗，“奢得众心”，将卒精锐，“智勇俱全”，战功独多，又得到其兄正红旗旗主贝勒代善的退让，遂得继嗣父汗以登大位，但是，汗权的执行形式是四大贝勒共同听政。他们并坐议政，实行贵族共治，暂未形成君主专制。
后金汗努尔哈赤死后，辽东巡抚袁崇焕向明廷奏报：“奴酋耻宁远之败，遂蓄愠患疽死。”（《明熹宗实录》第76卷）朝鲜《李朝仁祖实录》也作了记载：努尔哈赤于“七月间得肉毒病，沐浴于辽东温井（泉），而病势渐重，回向沈阳之际，中路而毙，立其第四子（按：应为四贝勒）。”（《李朝仁祖实录》第14卷）努尔哈赤之死与皇太极继立，对明朝和朝鲜的历史，后来均发生很大的影响。
努尔哈赤死后，梓宫暂安于沈阳城内。皇太极即位后，命诸贝勒大臣选择墓地，营建山陵。崇祯二年即天聪三年（1629）二月十三日，清明节，努尔哈赤的梓宫葬于沈阳东石嘴头山，后改名为天柱山，是为福陵，又称东陵。
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