军政府的人事安排，体现了中华革命党人主动与西南实力派以及国民党稳健派合组护法军政府的一厢情愿。但是政治是以实力说话的，手握军权的陆荣廷与唐继尧等不甘心处在并无军事力量的国民党领导之下，他们追求的是建立一个合议制政府，按各方实力排定座次，实现他们称霸西南的野心。
所以，军政府自一成立就是同床异梦，各怀心事，也就注定其并不乐观的前途。
由于军政府采取了元首制，确定了孙中山在护法政权中的领导地位，西南实力派反而成了配角。陆荣廷与唐继尧等人自然不满，可是他们又无力抵御孙中山的声望，而且孙的海军尚有一定实力，所以对军政府的组织原则及选举结果都是袖手旁观，均不肯就元帅职。伍廷芳、唐绍仪、程璧光、李烈钧等国民党稳健派人士为求得与西南实力派的合作，也不赞成元首制而倾向于合议制，故这四人也不肯就职。于是孙中山任命了一批中华革命党的骨干和原同盟会或国民党的激进分子代理各项工作。可想而知，这些人的工作开展得如何。这样，军政府实际上成为中华革命党一党专政的政府，从而决定了它必遭西南军阀的反对而难以长期存在下去。
再有，西南各系军阀的军队性质类近雇佣兵，当孙中山财力枯萎时便起而反之。当时的广州市民，对于由孙中山招徕的“客军”开赌卖鸦片、政府欠缺实干革命精神、忽视市政建设等弊病，感到厌恶，因而对孙中山为首的军政府亦不存好感。
10月，段令闽督李厚基出兵援粤，以配合段对广东的进攻。面对北洋军阀大兵压境，经过孙中山的力争，陆荣廷将二十营的粤兵交给陈炯明指挥，号称“援闽粤军总司令”，由陈带往漳州。陈炯明以漳州为首府，建立闽南护法区；陈、李双方暂时相安无事。直到1920年陈炯明才回到广东。
两年主政漳州，陈炯明施行社会改革，在政治、经济、文化诸方面取得不斐的成就，不但引起国内进步舆论的好评，且得到国际上的瞩目。
2 冯段分歧
再说北方。
冯国璋于1917年7月7日宣告就任代大总统职务。府院之争再起。
话说冯国璋、段祺瑞二人虽然同属北洋元老，但行事风格迥异。辛亥革命之际，冯、段同时受命于清廷，各率一军，南下镇压。冯国璋与民军竭力周旋，以焚汉口之功，得封男爵。段祺瑞则联合各路诸侯，公开通电，赞成共和，促清廷退位。两人行事，已是趋向各异。况且，二人作风也是大异其趣。段祺瑞刚愎自用，说一不二，人称“段老虎”；冯国璋虽然出身穷困，到底是秀才底子，颇有算计，且行事圆滑，无可无不可，有时甚至猥琐不堪，所以得了个“北洋之犬”的绰号。袁世凯谋划帝制时，冯国璋表面依违两可，暗里勾结西南军阀发难，遂有了蔡锷在云南兴师。后来在西南方面要求袁世凯退位时，冯斡旋其间，与西南互通声气，并与陆荣廷有了维持现状的默契，遂造成南北分裂的局面。
1917年8月1日，冯国璋抵京。进京前，他已做了一番安排。
原来，深知老段行事为人的冯国璋，早已预知这是个难相处的伙伴，便在进京前与陆荣廷、岑春煊等人为将来政局暗中做了铺垫；并且内定了心腹李纯自代为江苏督军，又以陈光远代李纯为赣督、加上王占元的鄂督，号称长江三督，属于直系，是冯的基本班底和得力外援。
14日，冯以大总统宣告对德奥宣战。这个困扰了政府一年之久的问题似乎圆满解决，却不料外交问题却变成了内政问题了。
冯、段二人召集临时参议院会议，冯表面上拥护北洋派为主体统一全国，实际上因为他与西南实力派，如陆荣廷、岑春煊等人都是故交，陆还是他的把兄弟。而且双方早就暗通款曲，达成维持现状的共识——只要他们承认北洋政府的统一领导，则允许他们裂土封侯，原地坐大，默许其土皇帝的特权。所以他主张迁就现实，给西南方面更大的自由空间，保持“和平混一”的局面。其实，老冯并非是真正的和平使者，他不过认为与西南作战，徒然消耗自己的实力，却为老段扩充了家底。就算是征南获胜，也只是给老段增加威信，对自己更为不利。而段是眼里不揉沙子的主儿，所以力主武力统一，消灭地方割据势力。
老段并不满意冯对江苏、江西督军的安排，因为他心中早已把苏督给了段芝贵（1869—1925）。可是又碍于情面，不好直接拒绝，就给了他一个反手锏，提出以心腹傅良佐（1873—1924）代替谭延闿为湖南督军，以内弟吴光新（1875—1939）为长江上游警备总司令兼四川查办使。二人皆是段的亲信，如此布置无异皖系控制了西南，老冯也不愿意。最后在徐世昌的斡旋下，双方互相让步，于8月6日同时发表了两项任命，即李纯督苏、傅良佐督浙。虽然面对南方之敌，直皖两派达成暂时的一致，却埋下日后交战的祸根。
段主战，冯倾向和，自此，冯、段之间矛盾日益加深，并趋于尖锐。直、皖两系也渐行渐远。
3 第一次湖南战争
南方军政府的成立，标志着护法运动高潮的到来，也标志着南北对峙局面的形成。军人出身又崇尚武力的段祺瑞不能容忍南方又有一个政府，决心以武力统一中国，便确定了以北洋武力对付西南的“自主”与国民党的“护法”的方针。其军事战略有两个重点：一是对湖南用兵以制两广，一是对四川用兵以制滇、黔。这两条南下路线，湖南都是首当其冲，段决心先拿下湖南。
虽然傅良佐是湖南人，但他长期一直为北洋系效力，所以段任命其为湘督遭到湖南上层精英的一致反对。1917年9月18日，原湘督谭延闿部将零陵镇守使刘建藩、湘军第一师第二旅旅长林修梅联合宣布自主，参加护法。不久，湖南第一、第二区守备司令吴剑学、周伟等相继宣布独立。湖南督军傅良佐奉段之命，任命第八师师长王汝贤为湖南军总司令、第二十师师长范国璋为副司令，分三路讨伐湘南。傅良佐以为王、范两师都是北洋精锐，且与他二人是至交，所以只带了一营工程兵赴任。王、范两师出发不久就攻下衡山、宝庆（邵阳）。
西南护法各省将湘督易人看作是北洋派进军西南的信号，桂系派出谭浩明率桂、粤联军80营援湘。10月1日，北军向衡山发动猛攻，3日孙中山正式下令讨伐段祺瑞等。10月6日，湘省护法军组成以程潜为首的湘军总司令部，粤、桂、湘三省护法军的总目标是会攻长沙。同日，湘南护法军与北洋军在湘潭西倪铺接战，护法战争正式爆发。
孙中山当即复电湘军将领，望其“勉事进行，以树大勋”。此后，湘南护法军和两广护法联军与北洋军在衡山、宝庆一带相持近一月，战况十分激烈。11月，南军开始取得优势，接连攻克宝庆、永丰、湘乡、衡山、湘潭等地。傅良佐面对变局，惊慌失措，并不知会王、范二人，就一溜烟跑回北京，使王、范两军大为不满。11月14日，王汝贤和范国璋在冯国璋的唆使下，径直通电议和。冯国璋还授意长江三督通电主张停战，陈光远甚至不让北军假道江西进入湖南。傅良佐逃回北京后，段祺瑞大怒，坚持要处死他。后经人求情免于一死，从此遁迹津门，一心坐禅，以至后来走火入魔，发狂而死。
20日，护法军轻取长沙。段祺瑞对湘用兵以制两广的计划宣告失败，桂系控制了湖南。此时，各省护法势力也纷纷起来响应。
湖南败绩，说明段祺瑞武力统一政策的失败。11月22日，老段不得不黯然辞职，以汪大燮代理国务总理，30日由王士珍继任。
南方很快做出响应，11月26日，陆荣廷下令停战，湘军不再继续前进。
4 第二次湖南战争
段祺瑞下台之前发表铣电，将湖南战败的责任推给冯国璋，言辞中煽动皖系将士反对直系。
冯国璋自然不肯示弱，也发了一通密电，推脱责任。
冯唆使李纯拉拢曹锟。曹锟虽出自直隶，因为为人随和，与各方关系都不错，所以地位颇超然。于是11月18日，曹锟领衔，以四省（直、鄂、苏、赣）名义发表巧电，主张停止内战，并自愿担任调人。这一来，又将了老段一军。
11月，南军第九师黎天才在襄阳通电宣告自主，组成“湖北靖国军”；郭坚等人在凤翔宣告独立，组成“陕西护法军”。此外，河南、山东等省也有靖国军相继起事。短短三四个月，护法战争的烽火遍及十余省，使孙中山受到很大鼓舞，曾计划各路大军会师武汉，大举北伐。北方面临严峻的形势。
可是被人们视为忠厚的曹锟，心里也有自己的小九九。他虽属直系，但一向不愿意过分得罪段祺瑞，被人称为直皖两栖将军。由于他实力雄厚，举足轻重，皖系大将徐树铮连忙跑到天津游说，并许以副总统之位。曹锟明白皖系控制着国会，将来荣升副座，诱惑不可谓不大，瞬间这个主和派变成了主战派。曹锟于21日给老段打电话，表白说发表巧电并未经他同意。老段抓住这个机会，急忙指使徐树铮再给曹锟加温，当日，曹锟发表通电，主张以南军退出长沙作为和谈条件。于是，北洋军人复统一立场，过去和战的双方又站到一起。在段祺瑞及其心腹徐树铮的策动下，吉、黑、奉、直、鲁、晋、陕、豫、甘、新、皖、浙、闽十三省督军代表于12月2日在天津会议，各省代表一致决定出兵进攻湖南，并且将矛头对准了主和的李纯。
会后，由段芝贵向冯国璋转达督军们的意见，要求南军撤出湖南，并解散“非常国会”作为南北和谈的条件；否则要求冯国璋明令讨伐西南。并要挟冯说，若是总统不同意，他们将以当初对付黎元洪的办法对付他。这次督军团会议不但是府院之争的再版，也是直皖分裂的公开化表现。
在主战派如此巨大的压力下，冯国璋进退维谷，左右失据。12月16日，冯任命直隶督军曹锟、山东督军张怀芝分别为第一、二路军总司令，让他们从湖北、江西分别进攻湖南。张怀芝生性蛮横，行事鲁莽，主政山东时，一次忽然心血来潮，带着一队重兵跑到省议会，登上讲坛发表演讲，道：“官为民之父母，我是官，诸位是民。所以也可以说，我就是你们的父亲，你们就是我的儿子。父命子不敢辞，古有明训，请诸位自勉。”这样的人担此重任，结果可想而知。
段祺瑞虽然辞去总理一职，但实力仍在，冯大总统还得听他的。
12月18日，冯特派老段为督办参战（欧战）事务，皖系干将段芝贵为陆军总长。冯的本意是把老段的手脚限制在对外事务上面。可是那时中国根本没有国际地位，真正懂得国际事务的也没有几人。实际上，老段是借参战之机，利用日本提供的军械和借款训练为自己所用之兵。
皖系重掌中央军事指挥大权之后，便准备南下征湘。
1917年12月15日， 1918年1月14日，荆、襄分别被北洋军攻克。桂系与湘军看到直系屈从主战派，也于1月24日发动对岳阳的进攻。
冯国璋见和局无望，忽然慷慨激昂地要“御驾亲征”。
1918年1月26日，冯国璋带领精兵一旅，以及充足的武器弹药，挂在专车后面沿津浦路南下。不久，老段悟出其中的奥妙。如果是亲自出征，应该奔赴湖南前线，何以却走津浦线？再有，冯一路行色匆匆，沿途不停直奔南京而去。老段断定，冯所谓的亲征或是出巡全是幌子，其真正目的是打算在南京另组政府，与南方讲和，说不定还会与南方联合起来对付自己。于是，段密令皖系大将山东督军张怀芝、徐州剿匪司令张敬尧、安徽督军倪嗣冲沿途阻拦。那苏督李纯也不愿意冯总统来南京，所以也求倪嗣冲设法阻拦。冯国璋先到了济南，张怀芝顾及面子以礼相迎；经徐州时张敬尧劝阻未果，登车与冯同行。但是到了蚌埠就被倪嗣冲强行劝阻下了车。倪嗣冲问冯南下何意？冯说：“我离开南京已有半年，想念同仁，慰劳慰劳他们，并且有事与李纯商量。”那位一向快人快语的倪督军说：“我已经打电话给李纯，让他来蚌埠一趟。北京是国家首都，大总统不宜离开，我劝大总统还是回去的好。”冯执意要去，倪死活不放。后来，张怀芝也亲自到蚌埠劝驾，李纯不便与冯当面冲突，只好派代表来一起劝他回京。29日，冯颓然而返，临登车时悻悻地说：“要论北洋的资格，其实还轮不到我。谁叫你们把我拥戴出来呢？既然把我扶上了台，又都不听我的，叫我怎么办？”倪不客气地说：“我们拥护你，是希望你给我们当家做主，现在你却一点儿担子也不肯担。”倪说话时声色俱厉，冯很是下不来台，愤愤地说：“哼，项城在世的时候，你们再也不敢这样！”倪反唇相讥道：“袁大总统在时他能给大家做主，可是当他要做皇帝，若不是你带头反对，他的皇帝早就当上了，何至于气死呢？话又说回来，他要是不死，大总统也轮不上你呀！”把老冯着实地抢白了一通，冯无奈地又回到老段的控制之中。
1月27日，南军攻克岳州，逼近湖北。
看到南军咄咄逼人，冯国璋在皖、奉两系的联合压力之下，被迫于1月30日下达对西南的讨伐令，任命曹锟为两湖宣抚使，张怀芝为湘赣检阅使，张敬尧为援岳前敌司令，统率所部分路进兵。但是冯国璋并不想见到段祺瑞的主战政策得逞，便密令曹锟见好就收，以收复湖南为止。这时，陈炯明率粤军攻闽，闽督李厚基请求北京政府支援。于是，陆军部命令驻扎廊坊的冯玉祥旅开往福建，协助进攻广东。因当时津浦路被洪水冲断，冯旅绕道陇海路，转浦口，再乘轮船赴闽。冯玉祥找各种借口推托，迟迟不发。倪嗣冲却积极发兵湘南，准备进攻广东。
1918年2月6日，曹锟将直隶督军交给他的弟弟曹锐，自己率军南下前往湖北。南北大战大有一触即发之势。2月中旬，各路北洋军约10万人分别向湘鄂、湘赣边界进军。再说，冯玉祥旅到达浦口即屯兵不前，北京又令其转鄂，冯于2月14日，在湖北武穴发表通电，力主南北言和。原来，冯玉祥的通电主和是他舅舅陆建章的策动——陆建章一向与段不和，想攀附冯国璋，趁倪嗣冲出征之机袭取安徽，而陆背后又有李纯的策划，不问而知李纯的后台是冯国璋。老段得知后曾密令除掉陆建章，被他逃脱，不过这为以后小徐（徐树铮）杀陆埋下了伏笔。
段祺瑞听到这一消息，直把冯国璋恨得不行。他认为小冯的通电是老冯捣的鬼，想当初黎元洪虽然可恨，但也没有玩这种手段。于是他又想故伎重演，想要发动政变将冯国璋从总统位子上面赶下来。可是老段又没有自己的军队，只好派小徐到关外去联络胡帅张作霖来做这件事。
对于小徐来说，此时恰有一个机会。
原来陆军部向日本购买的一批军械在秦皇岛上岸，小徐以为冯必将军械拨给直系，便想半路劫夺，并说服张作霖一起来做这笔买卖，也算是送给奉系的礼物——不过老段对此事并不知情。小徐派曾毓隽做说客，开出的条件是，军械之大部送给奉军扩充军力，但要求张作霖入关拥护段祺瑞上台。那张作霖的野心极大，一心想着进关扩张地盘，焉有不同意之理。
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