复辟落败之后，老段进京主政，谁当总统成了颇费踌躇的问题。自然，黎元洪和自己已经撕破了脸，断无再请他回任的道理。可是让冯国璋代理总统，也不是他心甘情愿的。因为冯国璋有自己的军队，有为他卖命的喽啰，更为难以容忍的是冯有野心！所以老段一度属意徐世昌——毕竟老徐只是个文人。但是，没等他布置妥当，北洋系军头们就迫不及待地纷纷通电拥护冯国璋代理总统，弄得老段好不被动。但他转念一想，与其让手握重兵的冯在南京呼风唤雨，不如放在自己眼皮底下看住他，再说，现在实行责任内阁，他总统不过是个盖印机器罢了。于是，段决定邀请冯国璋入都代理总统。老段本想冯国璋同属北洋袍泽，应该同舟共济，谁知，冯、段搭档并不比当初的黎、段搭档好到哪里去。冯国璋虽是北洋之犬，却也有一番算计，他决心不做黎元洪第二。
关于国家的法统，当时有两种主张，一是恢复旧国会，把黎元洪请回来重新做总统；二是重打锣鼓另开张——召集临时参议院，制定国会组织法，另行选举国会议员。因为之前段已经和黎闹得不可开交，段自然选择了后者。
随着护法军在南方的不断胜利，北京政府内部以冯国璋为首的直系军阀与以段祺瑞为首的皖系军阀之间的矛盾日益表面化。冯国璋暗中与桂系联络主张和平，他的目的是希望能借重西南军阀的势力，牵制段祺瑞。而段祺瑞崇尚武力，坚持走武力统一的道路，于是冯、段的矛盾日益加深。随着段祺瑞内阁的一下一上，直皖两系近乎公开分裂。
段祺瑞知道平定南方不是朝夕之功可以奏效，于是将军费之一部分拿出来，组织新国会，另外选举总统，想把事事掣肘的代理总统冯国璋扫地出门。冯国璋也不是省油的灯，他通电全国，将南北战祸归咎于老段，并且密令吴佩孚、冯玉祥等人发表通电主和，以结好西南。广东军政府则通电宣称，冯国璋代理大总统于法有据，是合法的。徐树铮等皖系中坚本想推举老段为大总统，但是继承直系衣钵的曹锟也跃跃欲试。因为北洋各系惧于老段的强势作风，均怀戒心；直系更是怕段一登台，遭受排斥，所以群起反对，多方阻挠。段祺瑞的总统美梦化为泡影，深恨直系入骨，只好退而求其次，搬出徐世昌，以息事宁人。因而直皖的矛盾日趋尖锐。
为了能够主导国会，以操纵选举，1918年3月，在徐树铮的策划下，王揖唐、王印川、光云锦等皖系政客在北京安福胡同成立安福俱乐部，徐树铮、王揖唐是其核心人物。其他皖系人物尚有段芝贵、姜桂题、龙济光、田中玉、倪嗣冲、张怀芝、靳云鹏、卢永祥、何丰林、曲同丰、傅良佐、陈树藩、曹汝霖、章宗祥、陆宗舆、曾毓隽等人。
徐树铮恃才傲物，刚愎自用，连段祺瑞也要让他三分。一次，有个姓李的军官被撤职，他生活没有着落，一家人即刻有断炊的危险，便找到老段求情，段看他可怜，批条子给小徐请他予以照应。不料，徐树铮在老段的条子上批复道：“查该员无大用处，批驳。验过。”
小徐进段宅从不通报，长驱直入，一直奔老段的内宅。而他和段所谈都是公务，态度严肃，绝无闲谈聊天，说完公事马上离开，从来没有在段宅吃饭、打牌的时候。小徐从来说一不二，不容别人反驳。他的办事能力也强，有人到办公室会他，他一面打电话，一面手批文件，还一面和客人谈公事。真是眼观六路，耳听八方，过目不忘，对答如流。
徐树铮最为人称道的是他在外蒙的所作所为。
话说1911年，帝俄趁中国辛亥革命之机，策动外蒙哲布尊丹巴活佛登基，声称外蒙独立，号“大蒙古国”。后来，俄国发生十月革命，无暇顾及蒙古事情，于是日本人趁虚而入，加紧活动。原来蒙古地区实行喇嘛管教、王公管政的体制，不料哲布尊丹巴登基后，一切政务由喇嘛包办，使王公备受排斥，所以谋划取消独立，重纳中国版图。形势如此，遂使徐树铮成名。他于1919年10月23日率兵八十卡车进入库伦（今乌兰巴托），设计赶走日本驻军。行使了国家主权。小徐得意之余，有《早发叨林》七律一首：
冲寒自觉铁衣轻，莫负荒沙万里行，
似月似霜唯马啸，疑云疑雨问鸡鸣。
中原搅辔信孤愤，大海回澜作夜声，
且促毡车趁遥曙，沉沉阊阖渐清明。
徐树铮为了能够直接与蒙人谈判，潜心学习蒙语，仅用了两个星期时间即基本上可用蒙语交谈。之后，小徐与喇嘛、王公会谈，向他们宣讲大义，终于以他的智谋和魅力，使外蒙于1919年11月15日撤销独立。12月27日，徐树铮又以册封专使的身份来到库伦，蒙古人民扶老携幼，王公喇嘛以下数千人，步行三十里，拜伏迎接。
徐趁机施行新政，改变蒙古的闭塞落后状态。短短时间内，开医院，设银行，办学校，修道路，兴市政，使蒙古发生了极大的变化。
徐树铮若是能够坚持下去，不但蒙古局面正未可知，他自己何尝不能成为青史留名的功臣和出色外交家呢。只可惜，由于国内的政争，徐树铮志不在此。又因为当时的靳云鹏内阁因闹个人意气，不愿见到小徐立功，因此并不支持徐树铮。遂使蒙古事务半途而废，想起令国人扼腕。
1918年7月，安福系继续操纵全国各地正在进行的国会代表选举。
说起中国当时的国会选举，实在令人汗颜。不但议员的名单早已事先拟定，内阁还专门拨出一千万的“选举费”，而这笔费用都是来自对外借款。选举的细节更是令人捧腹，例如，陕西选举由督军陈树藩一人指派，只许投指定人的票。选举当日，由“军人监场”，实乃是武力干涉。投票选举候补人员时，有三人未按指定名单而另选了别人，陈树藩查出后，下令将其逮捕，“三人几遭杀身之祸”。江苏为冯国璋直系地盘，因此安福系与研究系的斗争最为激烈。安福系占优胜。参议院选举，安福系特派人携带巨款南下，一时票价涨至每张300元。两派互不相让，以致酿成选民捣毁票匦之闹剧。湖南众议员选举为安福系一手包办。竟然打开票匦，将不合意的选票涂污后，宣布无效。研究系的杨度用每张票500元的高价，收买了选票50张，开匦后，废票占30张，杨度二字被改写成“杨皮”、“杨之度”、“洋豆”、“羊豆”等，致有效票仅19张而未能通过。
7月12日，北京政府发布命令，要求所有当选的参众两院议员在8月1日以前齐集京师，定期开会，以便正式成立新的国会。
7月底，选举结果全部揭晓，除广东、广西、四川、云南、贵州护法五省及川边一特区抵制选举外，总计共选出参议员147名（总额为168名），众议员325名（总额为406名）。两院合得472名，其中属于安福系的议员总数为384名，占80％强，成为国会的唯一支配者。研究系只得20余名，遭到惨败。
1918年8月12日，也是第一届国会期满之时，临时参议院解散，安福国会正式成立。8月20日，选举安福系领袖王揖唐为众议院议长，刘恩格为副议长。22日参议院选举旧交通系领袖梁士诒为参议院议长，朱启钤为副议长。
1918年9月4日，安福国会正式选举徐世昌任中华民国总统，接替了代总统冯国璋。根据当初许下的诺言，段祺瑞与冯国璋同时下野，由钱能训组阁。但直系将军吴佩孚于9月13日在衡阳通电，不承认安福国会的总统选举，在北洋诸将中表现了一副特立独行的姿态。安福俱乐部又暗中操作，拟推选曹锟为副总统，因研究系、旧交通系和部分安福系议员抵制，副总统竞选会因法定人数不足而流产。有人说这是徐世昌的手腕，他为了达成与南方和解的目的，有意将副总统之位留给南方。
曹锟自然明白，安福系既然能够选出总统，为何不能选出副总统？气愤地说：“甜哥哥、蜜姐姐，说了半天，敢情是耍我呀！骑驴看账本，咱们走着瞧吧。”从此不再做直皖两栖将军，而要独树直系一帜。
2 南北和谈
选举之初，徐世昌还尽力笼络皖系一派，可他一进中南海，登上总统宝座，就不是原来的样子了。他对皖系不即不离，对直系却暗送秋波，对关外的奉张也是竭力拉拢——他的原则是，使各派互不相能，以收渔人之利，因此很快就与段祺瑞发生摩擦。
此时欧战即将结束（1918年11月11日，欧战停战协定签订），西方列强开始关注到中国的形势，尤其是美国逐渐成为世界上举足轻重的大国，他们不能容忍日本一国操控中国政治，于是美国总统威尔逊于1918年10月10日，借祝贺徐世昌当选总统之机，在贺电中提出南北实现和平的劝告。事实上，人们早已厌恶了战争，一些社会名流纷纷组织促成和平的团体，一时间和平成了全国上下的一致要求。就连段祺瑞等主战派也不得不停止战争叫嚣。
10月25日，徐世昌以总统名义发表和平令。
11月15日，徐大总统决定召开各省督军会议。讨论停战、撤兵问题。议定在南方不提出过苛条件的情况下，赞成和平统一。次日，徐发表南北双方停战退兵的命令；他为了提高自己的声誉，巩固总统地位，同时也为摆脱各路军阀的挟制，因此与岑春煊共同促成了南北和谈。
仗是不打了，但是南北双方坐下来谈还是不容易。
首先，在哪儿谈，由谁来谈？都是个问题。
在北方和谈代表的人选上，徐总统与安福系发生了分歧。老徐属意李纯，或是梁士诒，而安福系一律反对。他们想把众议院议长王揖唐推到台前，老徐又不认可。最后，商定朱启钤为北方总代表，南方则选派了唐绍仪为总代表。有意思的是，辛亥革命后南北第一次谈判时，唐绍仪乃是北方和谈代表，事隔七年，摇身一变又成了南方代表。
1919年2月21日，南北和谈于上海开幕。但是北方代表团中的安福系不满首席代表朱启钤，说他过分迁就南方。
和谈在裁军问题、段祺瑞在参战的幌子下成立的参战军问题、陕西战事等问题上纠缠不休；还有一个国会问题更是双方争论的焦点。南方的军政府，其法律的依据是“护法”，就是要取消安福国会，恢复被解散的国会。可是现任的徐总统是安福国会选举产生的，所以尽管老徐与老段有矛盾，但是在安福国会上却是一致的。双方僵持不下，李纯又提出折中方案，重新制定宪法、选举国会。这又引发安福系与徐大总统之间的一场口水战。北方代表得不到北京的指示，竟然全体称病，使和谈陷入停顿。
此时，巴黎和会作出由日本继承德国在山东特权的决议，引起中国人民的强烈反对，并最终爆发了“五四运动”。
5月6日，南北双方口径一致，决定恢复谈判。13日，唐绍仪代表南方提出：
（1） 不承认巴黎和会关于山东问题的决议。
（2） 取消中日之间一切密约，惩办有关人员。
（3） 取消参战军。
（4） 撤换声名狼藉的督军。
（5） 宣布1917年解散国会的命令无效。
（6） 由会议选出人员组成政务会议，执行和谈产生的决议。
（7） 会议已经决定的问题，将进一步作出决定。
（8） 北方如承认以上七条，则会议承认徐世昌为临时大总统，以待国会正式选举总统。
北方代表表示，除第五项条款外，其他都可以接受，而南方坚持第五款如不通过，其他条款全都免谈。和谈破裂，南北代表都宣布辞职，于是持续了三个月、开会八次的南北和谈宣告结束。和谈失败后，朱启钤深感政坛之凶险，遂决心退出官场，投身实业，不再过问政事。
8月12日，徐世昌在皖系压力下任命王揖唐为北方和谈首席代表，南方也换了温宗尧为总代表，重启和谈。可是北方的任命却遭到全国一片反对之声，直系大将吴佩孚也通电表示质疑。吴电指斥王氏道：“身列国会，安能解决国会之问题；身为党魁，安能不受党派之牵掣……足下自命不凡，不计个人‘安福’，欲谋天下‘安福’，其为天下之不谅何？”王揖唐到了上海之后，南方代表都避而不见，所以他空背了一个总代表的名义，却从未进行过一次谈判，但此公颇有定力，公开扬言，不离沪，不辞职。
双方既然缺乏谈判的诚意，自然不会有什么结果。
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