第13师团山田支队：师团编成于仙台，但这个支队是以两角业作（日本陆军士官学校22期，长野县人）为联队长的第65联队和野炮兵第19联队（横尾阔中佐）为基干拉起来的，士兵来自福岛县的会津若松，支队长山田栴二少将（第103旅团长）。在向南京进攻的途中，第13师团先陷落江阴要塞，再陷当时的江苏省会镇江，破城后屠杀3000多中国平民，最后第13师团主力和第11师团天谷支队渡江围攻扬州，留下山田支队沿长江南岸向乌龙山、幕府山进攻。
第3师团第68联队：师团编成于名古屋，这个联队的士兵主要来自岐阜县，就是在上海打宝山的那个联队，联队长鹰森孝大佐，辖金田长雄少佐第1大队、胜屋福茂少佐第2大队、中岛嘉喜少佐第3大队。上海陷落后，第3师团跟第9师团打下了苏州，随后该师团主力和松井石根的华中方面军司令部屯驻下来，只派出了鹰森孝的部队作为先遣队协同第9师团作战，继续向南京追击。
第101师团骑兵第101联队：编成于东京，以第1师团骑兵联队的预备役士兵为主体，联队长大岛久忠大佐。这个骑兵联队协同第16师团作战，向南京的行军路线也跟第16师团一样。
日军的骑兵联队由两个骑兵中队（每个中队120匹马）和一个机关枪小队组成。往骑兵里放机关枪小队，是日本人的创造，第一个这样搞的是秋山好古（帮东乡平八郎打败俄国舰队的参谋秋山真之的哥哥）。当时，秋山好古的这个创造，使他的骑兵在跟沙俄哥萨克骑兵的会战中取得大胜，好古后来也被称为“日本骑兵之父”。但所谓的机关枪小队，实际上只有两挺机关枪。进入现代战争后，从战斗力上来讲就非常薄弱了。所以，后来日军就不怎么重视骑兵了，骑兵的任务也就从秋山好古时代的阵地突击，变成了打下手的搜索、警戒、从侧翼掩护步兵进攻，或临时弥补步兵间的空当。
海军第3舰队第11战队：辖八重山号、比良号、势多号、热海号、安宅号和鸟羽号等战舰，司令官是近藤英次郎，率舰逆长江而上，向南京下关码头进攻。
前面讲到过，日军师团平时只有12，000人左右，战时达到约22，000人。考虑到第114师团为战争爆发后新编的特设师团，兵力是少于第6师团、第9师团和第16师团的，而且上述几支部队尤其是第9师团在上海作战时伤亡惨重，多次补充仍没达到定额，所以直接进攻南京的日军，在七八万人左右，不会超过10万人，而并非很多人认为的15万人。
南京围城
上海开打后，决定全面持久抗战的中国进入了紧张、悲壮又倔强的大迁移中！
当然不只是政府机关向华中、西南内地迁徙，还有文化、教育和工业的迁移。
1933年初，山海关失陷后，北京天津暴露在日本人的枪口下，南京将故宫的文物装了一万多箱分批南运。中日开战前，这批瑰宝从上海秘密运往南京朝天宫库房。为保护国宝的安全，上海开打的转天，政府派专人在军队押解下将其分批运往大西南：第一批80箱文物精华经长沙入川；第二批7286箱走陇海铁路经陕西入川；第三批文物的运送最为惊险，在12月5日南京陷落前一周，一共9369箱文物走水路经武汉入川。
故宫的文物是华夏五千年文明之精华，可谓名副其实的无价之宝。漫长的护送途中，一路上的紧张与惊险，是我们万难想象的。
这些华夏文明之血脉的转移入川，实际上比天津东局子飞机场之战中用大刀砍日机的场面更悲壮：中国人，为民族血脉之生存，为文化血脉之延续，跟企图亡我而后快的军国日本，真的拼了。
上海、南京、杭州等东南沿海城市的工业大迁移也在紧张进行中。
战前经国民政府十年建设，现代工业、金融、教育尤其是大学教育初现成就。有人对所谓“黄金十年”不以为然，但实际上，如果想想那个年代的中国是在怎样的背景下搞建设的，就应该对十年中工业增长率平均6.7%的数字怀有敬意。
在工业建设中，南京最看重交通建设，因为无论是现在，还是在那个年代，交通除了关系经济外，更关系国防。开战前，中国的铁路有平汉、粤汉、津浦、正太、胶济、同蒲、浙赣、陇海等十多条大动脉，新建铁路超过2万公里。苏、浙、陕、湘、桂、川、黔、滇、粤、闽等多个省份的公路网也已经通车，新建公路则超过8万公里（“八一三”前后，确实发挥了不错的运兵效果）。
上海开打后，军政部长何应钦牵头搞战略资源的转移，其中工业资源是重头部分。怎么把沿海的工业迁到大后方，是政府必须考虑的。在那个年代，中国的工业主要集中在沿海城市，1937年中国的3800家现代工厂，有3300家在沿海城市，其中上海又占了1200多家。
人要走，买张火车票就行了，但迁个工厂可不是几句话就能解决的，尤其是重工业厂。按资源委员会委员兼工业联络组组长林继庸回忆，当时迁一个厂，必须做到这些：动迁、选择、拆卸、装箱、报关、运输、保险、设站、检验、接收、未复工前工人安置，此外还要面对临时出现的各种问题。
但就是这样，经万水千山而又克服了重重困难，中国工业星夜兼程地向大后方迁移着，为中国的现代工业保留了最宝贵的薪火。但也有很多工厂不愿意走，无论怎么动员，他们就是听不进去，这些工厂主的想法是：就算日本人来了，他们不也得需要这些工厂吗？他们就不吃饭，不用商品了啊？
总之，该走的，能走的，都在向着华中和西南大后方转移，因为日本人已经追过来了。
上海跟南京间的太湖北岸有两道国防线：第一道是吴福线，第二道是锡澄线。按新上任的军令部部长徐永昌（接替去山西帮助阎锡山的黄绍竑）和作战组组长刘斐的想法，上海退下来的军队，利用这两道国防线作有次序的撤退。
军令部拟订的撤退计划是：陈诚的左翼军殿后，张发奎的右翼军和中路军先撤。但操作起来却有一定的困难，也就是说兵败如山倒的事情发生了。
在上海苦战3个月的中国第3战区的士兵们拥挤在通往后方的公路上，信息不通，指挥混乱，很多士兵找不到长官，只好各行其是，过完桥就炸桥，也不管后面还有没有友军。天上有日机跟踪轰炸，地面上的日军跟进速度又非常快，往往是中国军队撤退到一个阵地后还没喘口气，日军的前哨就已经跟过来了，不得不再一次撤退。
即使有的部队比较镇定，想利用这两道国防线抵抗，但由于他们大多是从别的省份赶过来的，不熟悉江苏的这两道国防线，手里也没有地形图。更要命的是：这两道国防线，主要由碉堡和各种掩体构成，但碉堡的铁门钥匙掌握在当地保长手里，仗一打起来，很多保长就找不到了，拿不到钥匙，碉堡也就成了废物。有些碉堡终于打开了，跟日军一接火发现：碉堡基本上建在了阵地正面，忽略了侧面，建在正面的都高出地面一米多，目标过于醒目，以致一些部队长认为：这些碉堡在机动性和安全性上还没散兵壕来得实用。
吴福线和锡澄线终成影子防线。
中国军队退一步，日军进两步，仅从心理角度上讲，这样的战斗已经没办法打下去了。尤其是柳川军团，鬼得很，数路并进，多点迂回，而且时不时地叫日军化装成难民，在迂回中进行迂回，搞得民心大乱，比如要地平望镇还没失守时，在平望后面（以西15公里）的震泽镇就被日军便衣队袭击了。
在这种态势下，上海、南京间的重要城市先后沦陷：1937年11月19日苏州失守，26日无锡再陷，29日日军开进常州！南京的气氛，一下子紧张起来。
上海开战后的第二天，木更津航空队的20架“九六”式轰炸机从长崎基地起飞，长途奔袭了中华民国的首都南京。从那一天起，南京终于也闻到了战争的气息。在当时，南京被日本视为反日中心。在大街上，到处写着这样的标语：破坏抗日活动即是反革命！
上海陷落后，日军加大了对南京的轰炸。在空袭南京时，刺耳的防空警报不时响起。上海开战后，中国空军虽然打得很好，出了不少王牌飞行员，但无奈飞机数量有限，损失一架就少一架，开战一个月后中国这边的空军力量就不行了。此时分散在句容、扬州和笕桥的三个大队残余的飞机已全集中在南京光华门外的大校场机场（此时来了一批苏联志愿飞行员）。日机不仅天天来南京轰炸，还开始嘲笑起中国空军，轰炸完了不立即飞走，而是做起了飞行表演。见此情景，刘粹刚大怒，钻进2401号战机，几个回合下来，在南京上空击落了新田慎一海军少佐（鹿屋航空队飞行队长）的座机。
上海陷落当日，政府发表了《告南京市民书》，讲述当前的紧急局势，开始疏散南京居民。
此时南京有人口一百万出头。疏散工作进展缓慢。陆续离开南京的，除了各政府机关的公务员和家属外，就是有权或有钱的。他们主要顺长江而上撤往武汉。所以下关码头天天船来船往。很多南京人想走，但对平民来说，这时候自然是一票难求。其实，直到这时候，不少市民仍不相信日本人会打过来。还有一小部分人的想法是：就算日本人占了南京，又怎么样呢，咱还过咱的日子。
说到南京的防御，实际上早在1934年，政府就搞了“南京防御计划”，预想日军攻击南京的几种可能：日舰炮击南京、空袭南京、海军特别陆战队登陆进攻南京、日军沿京沪铁路和京杭公路或沿江北地区进攻南京。防御计划里，从敌情判断，到所采取的军事对策，都特别齐全，而且细化到在某个局部需要多少船用跳板和麻绳（甚至连跳板和麻绳的长度都作了规定）。别光看着华北的几个协定，以为南京那边满脑子糨糊，过一天是一天，其实还真不是，什么最坏的打算，南京政府都想到了。当然，这也再正常不过了，如果一个国家的政府连这些都想不到或者不去想，那也就没存在的必要了。
同样从1934年起，南京大规模地开始修建针对日军的永久性防御工事。当时抓这事的是南京宪兵司令兼警备司令谷正伦。说到南京防御，谷正伦是有发言权的，因为当年北伐军打南京时，谷正伦就是先锋，在日本陆军士官学校学炮兵的他，亲自放了几炮，就拿下了雨花台，然后进了南京。有这样的经历，谷正伦在主持南京防御工事时，特别注意雨花台高地的工事。
但这时候有人建议：在雨花台和天堡城（紫金山西峰山顶）两个南京城外的制高点掘壕筑墙，壕沟可以阻挡日军的坦克，高墙上设射击孔，后面可以放上步兵。在天堡城到太平门之间的公路上，也可以修建这样的长壕和高墙。
谷正伦把这个计划呈上去。蒋介石还没说话，先被他的德国军事顾问法肯毫森否决了。
法肯毫森是个职业军人，当年是八国联军中的一员，入侵过北京，这就不提了，后来在军中屡建战功，做了德累斯顿步兵学校的校长（1938年夏天，被希特勒叫回国，含泪告别蒋介石；欧战爆发后，在西线统领纳粹军队，任比利时军事总督）。这个德国老炮认为：针对坦克进攻时，壕沟虽然可以发挥一些作用，但高墙却经不起口径15厘米以上的榴弹炮攻击。与其搞这个，还不如多修步兵支撑点、机关枪阵地，以及地雷阵地。这些手段看似平常，但却具有多种防御用途。
蒋介石也觉得这个观点靠谱，于是马上开工。
雨花台建筑了半永久性的机关枪工事，天堡城环城修建了多座重机枪掩体，紫金山半山腰至天堡城连线也建筑了半永久性机关枪阵地。
到了1935年，蒋介石要搞一个以保卫南京为目标的演习计划，唐生智（保定陆军军官学校1期，湖南东安人）马上从命。
跟那个时代的很多人一样，老唐从军校毕业后回本省从军。这个人有两下子，要不然后来也当不了湖南最有实力的派阀，也不会成为北伐军前敌总指挥。不过，老唐这个人有个特点，喜欢冲动，嘴比脑子快，还有点浪漫主义，当年他的湘军被吴佩孚的军队打得大败，士兵们都往后撤，老唐一着急躺在路上不叫大家跑；再比如，老唐信佛（法名法智），于是也叫手下的士兵“受戒”，每个大兵胸前都戴个“大慈大悲救人救世”的徽章。
豪杰并起的时代，大致有两类人，一类是琢磨着怎么找个好单位，一类是琢磨着自己单干。有一段时间，唐生智属于后一类，一度想跟蒋介石争天下。但这个老唐，打那些旧军阀还可以，在跟蒋介石的较量中，被一次次猛擂，但一直不老实，抓个机会就反蒋，所以气得蒋介石放出话来：我誓灭唐生智！当然，最后老唐被打老实了，蒋介石还算宽大，给了他个一级上将，让他出任训练总监部部长，后来又兼任了警卫执行部主任。
警卫执行部是秘密成立的，任务是对日进行战备。搞演习这个事，自然就落在了主任老唐身上。
在老唐操扯的这次大演习中，分东军和西军，第36师、第87师和教导总队等部队参加演习。蒋介石亲临，东军司令官张治中、西军司令官谷正伦，审判长是杨杰。
老唐是这样设计的：四道防线，第一道为上海至杭州湾；第二道从昆山、无锡、苏州到杭州；第三道从江阴到镇江；第四道，也是最后一道，为南京。演习开始后，东军（代表日本军）以第87师和教导总队为主力，集结于宜兴，向南京进攻；西军（代表中国军）以第36师、中央军校学生暂编第1混成旅为主力，集结于天王寺附近。
按老唐的作战思路：在日军的进攻中消耗其战力，最后将日军诱至紫金山以南进行围歼。演习进行了一周，但还没把东军吸引到紫金山以南，就已经在南京外围把东军“歼灭”了。对这次演习，蒋介石既兴奋，又担忧。兴奋的是，这是现代中国第一次大规模军事演习；担忧的是，这仅仅是一次演习而已，如果日军真的打来，“西军”最后真的能取胜吗？
演习是1935年12月2日开始的，令人惊叹的是：两年后，恰恰是这个时间段，日军打响了南京外围战。相同的还不仅仅在于此，当年演习的总设计唐生智，很快就成为卫戍南京的司令官了，而第36、第87、第88师和教导总队，则成为守卫南京的主力！
对中国这边来说，也是在11月中旬判断日军要进攻南京的。军令部长徐永昌在发给第3战区副司令顾祝同的密电里说：“松井寒日命令，预定主力突破常熟后，再攻无锡，其海军与陆军协同破坏长江障碍物，再攻江阴，其目的在占领南京……”
此时南京城下，碉堡、战壕、铁丝网，工事修了一层层，城中富贵山、鸡鸣寺、清凉山等地也修建了大量战壕、地下室和防空洞，甚至蒋介石官邸的后园也挖了交通壕，直通富贵山。
对于中华民国的首都，守或弃，蒋介石必须拿出自己的决定。
上海陷落后没两天，蒋介石就开了专门会议。此时陈诚、顾祝同都在外面收整军队，没在南京，参加会议的，除蒋介石外，只有军政部长何应钦、副参谋总长白崇禧、军令部长徐永昌、军令部作战组组长刘斐等人。
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