在新文化运动的进程中，北京大学逐渐成为新思想、新文化的传播阵地，并从这里掀起了新文化的狂澜。北京大学的前身是创办于1898年的京师大学堂，位于地安门内的马神庙（即现在景山东街）一带，共有几十栋新旧相间的房舍。最初，它是承继清朝国子监的全国最高学府和全国教育的最高管理机关。1912年中华民国成立后，教育部命令将京师大学堂改称国立北京大学。由著名的早期启蒙思想家、学者、翻译家严复担任第一任校长。
经严复和几任校长的多年努力，至1916年，北京大学已具备了一定的规模。全校有文、理、法、农和预科学生1500多名，有一批学有根底的教师，开设有国文、伦理、中国史、外语、西洋史、法制、经济、逻辑学、心理学、数学、物理、化学、地质、矿物、画图等多门课程。随着学校的发展，1916年6月，学校从比利时仪品公司借款20万元，在原有的操场动工兴建一幢有300多间房屋的校舍。这就是后来的北京大学“红楼”。
当时的北京大学虽是全国最高学府，但由于受到社会上不良风气的影响，不少学生求学的目的就是为了升官发财。有的到处托门路、找靠山，还有的就是整天游手好闲，不用心学习，考试打小抄。教师中，一些人思想陈旧，大肆宣扬复古读经，上课也是敷衍了事，有的甚至道德堕落。这种情况直到蔡元培担任校长以后才得以改变。
蔡元培（1868－1940），字鹤卿，号子民，辛亥革命时期有影响的领导者之一，民国时期著名的教育家和思想家。1892年考中进士，当时年仅24岁，随即进翰林院。两年后升翰林院编修。对一个刚刚踏入仕途的人来说，能做到编修一职，可谓年轻有为，前途无量。但他没有沉醉于个人对未来美好的幻想，而是深深为危机日深的国家和民族担忧。戊戌变法失败以后，他对清廷彻底失望，断然弃官离职，返回浙江绍兴老家从事教育工作。他与好友发起成立中国教育会，被推为事务长（即会长）。后又创立爱国学社，被推为总理。1904年，革命团体光复会成立，他又被推为会长。1905年，光复会和孙中山组织的兴中会等团体合并为同盟会，这是中国第一个资产阶级革命政党，成为领导辛亥革命的组织基础。正是这些非凡的革命经历，为他赢得了崇高的社会威望。
饱读四书五经的蔡元培曾留学国外，西方的自由民主观念对他产生了深远的影响。1908年，年已40岁的蔡元培携家眷到德国莱比锡大学进修，接受了康德思想，并开始向国内介绍新康德主义。1912年1月1日中华民国成立。1月3日，蔡元培被临时大总统孙中山任命为第一任教育总长。在短短6个月的任期里，他对民国教育提出了许多重要的建设意见，如废除忠君、尊孔、读经，改革学制，修订课程，小学男女同校，推行义务教育、社会教育等。他还把清朝学部忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实五项教育宗旨，修改为包括军国民教育、实利教育、公民道德、世界现、美育等五项内容的新教育宗旨，并且用中国传统道德的“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”的“义”，“己所不欲，勿施于人”的“恕”，“己欲立而立人，己欲达而达人”的“仁”来解释法国大革命时代标举的自由、平等、博爱的含义。在蔡元培看来，中国传统文化中有不少积极的内容可以和现代西方进步思想中的科学、民主内容融合在一起，他把中国传统道义中的义、术、仁与西方民主革命中的自由、平等、博爱口号巧妙结合起来，提出了思想自由、兼容并包的文化价值取向，成为现代中国文化的内容和原则，为新时代的中国国民吸收和运用，成为他改革北京大学的重要原则。
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